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O conjunto de microrganismos (microbiota) do solo possui grande diversidade em relação a espécies, funções, habitat, interações, etc. Os microrganismos presentes no solo constantemente interagem entre si por sinergismo, antagonismo, mutualismo, parasitismo e de saprofitismo.
As plantas e o solo abrigam grande quantidade e diversidade de microrganismos que compõem o microbioma. A relação dos microrganismos com as plantas, na maior parte das vezes, é benéfica ou neutra.
A cultura de tecidos vegetais envolve: