Hopping between epidemiology/evolution of pathogens, popgen and genomics.
And digital contact tracing for COVID-19.
And birds, when I find the time!
@bdi_oxford
May 1, 2022 • 7 tweets • 2 min read
“Living with COVID” has been a lie.
Not because it isn’t possible, or because it isn’t the right goal.
But in practice it has clearly morphed into "let's stop talking about COVID, and the problem will disappear by itself".
A dangerous and irresponsible bet.
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Most of the political & health authorities have implicitly chosen to rely mainly on vaccination to control COVID.
A reasonable choice...
if only the vaccination campaign would have aimed at protecting the entire population with sterilising vaccines adapted to the new variants.
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Apr 23, 2022 • 16 tweets • 3 min read
Why vaccinate kids against COVID19, if they rarely get sick?
This is an important and widespread question.
From my perspective, the answer is simple:
to protect them from potential (and still not understood) long-term effects.
1/
From outside, it is not easy to understand that we know very little or nothing about potential long-term effects of SARS-CoV-2 infections.
The reason is obvious: it’s a novel pathogen, humans have been infected only for 2.5 years, so science can’t provide direct answers.
2/
Apr 23, 2022 • 16 tweets • 3 min read
Perché vaccinare i bambini contro COVID, se si ammalano così raramente?
Questa è una domanda importante e molto comune.
Dal mio punto di vista, la risposta è semplice: per proteggerli da eventuali effetti ancora non compresi a medio/lungo termine.
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Per un profano, non è facile rendersi conto che non sappiamo praticamente nulla degli effetti a lungo termine delle infezioni da SARS-CoV-2.
La ragione è semplice: si tratta di un nuovo patogeno, apparso un paio d’anni fa, quindi la scienza non può fornire risposte dirette.
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Oct 15, 2021 • 7 tweets • 2 min read
What will be the future of contact tracing for COVID-19?
Test-Trace-Isolate is a relatively blunt intervention, due to high social costs of quarantine
(but less blunt than generalised closures of course!)
Two potential TTT alternatives:
Test-Trace-TEST and Test-Trace-TREAT.
1/
TESTing individuals exposed to COVID-19 is a potential alternative to quarantine.
Especially if rapid home tests widely available
(e.g. Lateral Flow Devices in UK).
There are many unanswered questions on the evolution of SARS-CoV-2.
Unsurprisingly, because evolution is hard to predict:
- can follow many, many possible paths and mutations...
- it'is stochastic: replaying the epidemic we would probably see the emergence of different variants!
"Has SARS-CoV-2 reached peak fitness?" is a question that attracted quite some interest:
The answer, as implied by Betteridge's law en.wikipedia.org/wiki/Betteridg…, is no.
Not easy to reach peak fitness, especially in a dynamic landscape that changes in time.
Mar 15, 2021 • 6 tweets • 2 min read
Alcune domande sulla situazione Astrazeneca/UE - vorrei capire se è follia, stupidità, o eccessiva prudenza (mancanza di buonsenso).
Ammetto subito: sono ignorante, non sono un medico, vorrei capire. Mi sembra tutto assurdo, ma forse non lo è. Spiegazioni e correzioni benvenute.
Questo riporta la Germania (7 casi di trombosi rara, a quanto capisco altrove) pei.de/EN/newsroom/hp…
UK ha 6 volte i vaccinati AZ, quindi ci aspettiamo ~40 trombosi extra. Qui ne han visto 35 totali. Tante? Poche?Essendo anche indotta da COVID, non sappiamo con cosa comparare.
Feb 24, 2021 • 27 tweets • 7 min read
Moltissimi hanno espresso opinioni sulle app di tracciamento dei contatti, come Immuni. A favore o spesso contro, purtroppo basate principalmente su pregiudizi e convinzioni personali.
Io non l’ho fatto, aspettando che parlassero i dati. Ora il momento è arrivato. 1/
Spoiler: quando il sistema di salute pubblica le supporta adeguatamente, le app di tracciamento funzionano eccome.
Non fanno miracoli, ma a questo punto dovrebbe essere chiaro a tutti - se non lo era dall’inizio - che soluzioni miracolose contro questa pandemia non esistono.
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Nov 1, 2020 • 10 tweets • 3 min read
Su protezione/lockdown selettivo degli anziani: un thread di risposta doveroso per chiarire dove siamo in accordo - quasi su tutto - e disaccordo - su un punto, ma importante.
(Conto che @emmevilla mi corregga se ho mal interpretato la sua posizione.)
1) Iniziamo con le basi su cui siamo tutti d'accordo:
Le persone più fragili e a rischio vanno protette il più possibile, attraverso tutte le misure di prudenza ragionevoli, come mascherine, rigoroso distanziamento fisico (non sociale), supporto (servizi/tempi/spazi dedicati).
Oct 30, 2020 • 24 tweets • 5 min read
Pare che molti economisti (rispettabili, a quanto ne so) stiano recentemente proponendo l'idea di distanziare fisicamente gli anziani dal resto della popolazione causa COVID.
Un thread.
Spoiler: gli epidemiologi non sono così stupidi o ingenui come evidentemente li pensate. 1/
L'idea é semplice:
visto che gli over 50 o 60 o 70 costituiscono la maggior parte dei morti e ricoverati per COVID, chiudiamoli tutti in casa per evitare che si infettino, e usiamo le risorse del SSN per gli altri, che nel frattempo si infetteranno ma con minori conseguenze.
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Oct 24, 2020 • 5 tweets • 1 min read
Il rapporto costi/benefici del tampone dopo la notifica dipende molto dall'efficienza del sistema.
Per riassumere l'idea in parole povere: il tampone sarebbe svantaggioso sia se il sistema fosse molto efficiente (poco utile) che se fosse molto inefficiente (troppo costoso). 1/5
Per chiarire:
Costi = quarantena (costo umano ed economico), tamponi (risorsa finita)
Benefici = contagi prevenuti
Il tampone a tutti i contatti serve a ridurre i costi (quarantena dei contatti) e a fermare contagi nella generazione successiva. 2/5
Sep 8, 2020 • 6 tweets • 4 min read
Understanding timing of COVID-19 transmission is key to inform good models and to choose appropriate interventions and public health policies.
We made an effort to estimate it accurately from transmission data.
A thread. 1/
(medrxiv.org/content/10.110…, not yet peer-reviewed)
For symptomatic individuals, transmission is actually driven by onset of symptoms:
individuals with late symptoms tend to transmit later,
and individuals with early symptoms tend to transmit earlier... 2/
