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Germain Forestier Profile picture
Germain Forestier
@gforestier
Professor in Computer Science @UHA68 • Associate Professor (Adjunct) @MonashUni • Data Scientist • Exhausted dad³ • #WearMask 😷
Jun 27, 2022 • 18 tweets • 7 min read
Petit retour d'expérience d'un échec personnel d'aide à l’installation de capteurs CO2 dans l'école maternelle de mon fils 1/N 🧵 Image Fin août 2021, voyant que rien ne bougeait j'ai proposé à la directrice de l'école de lui prêter un capteur ARANET4 personnel. Il fallait l'accord de la mairie 2/N
Jan 13, 2022 • 7 tweets • 3 min read
Santé Publique France publie ce soir un point épidémio. sur le COVID-19 chez les 0-17 ans.

Il contient notamment une information attendue depuis longtemps, les hospi. POUR cause de COVID ou AVEC le COVID (hospi. d'enfants COVID+ mais hospitalisés pour une autre raison) Image Distribution hebdomadaire des cas pédiatriques nouvellement hospitalisés POUR COVID-19 en France du 01/01/2021 au 09/01/2022 Image
Sep 1, 2021 • 9 tweets • 4 min read
À partir des taux d'incidence par niveau scolaire de la semaine 34 (semaine dernière) j'ai calculé l'estimation de la probabilité d'avoir au moins 1 cas positif dans un groupe de 30 élèves (de la même classe d'âges et du même département)

1/n J'ai appliqué un facteur 3 sur les contaminations car les tests ne permettent pas d'identifier toutes les personnes positives (le choix de ce facteur peut être discuté).

2/n
May 12, 2021 • 6 tweets • 6 min read
Maj des données de dépistage avec focus par niveau scolaire, ajout de la S18 (sem. dernière)

Évolution des taux d’incidence par semaine dans les régions de France métropolitaine

De 3 à 5 ans - Maternelle
De 6 à 10 ans - Primaire
De 11 à 14 ans - Collège
De 15 à 17 ans - Lycée Évolution des taux de positivité par semaine dans les régions de France métropolitaine

De 3 à 5 ans - Maternelle
De 6 à 10 ans - Primaire
De 11 à 14 ans - Collège
De 15 à 17 ans - Lycée
Apr 30, 2021 • 7 tweets • 7 min read
Les taux d’incidence, de positivité et de dépistage par niveau scolaire en France sont disponibles en open-data sur data.gouv.fr merci @SantePubliqueFr !

data.gouv.fr/fr/datasets/do…

Quelques premières visus avec ces données dans ce fil ⤵️ Évolution des taux d’incidence par semaine dans les régions de France métropolitaine

De 3 à 5 ans - Maternelle
De 6 à 10 ans - Primaire
De 11 à 14 ans - Collège
De 15 à 17 ans - Lycée ImageImageImageImage
Mar 17, 2021 • 10 tweets • 4 min read
La transmission du SARS-CoV-2 entre groupes d'âge en France qui semblait être visible dans les cartes de chaleur (heatmap) en Août / Septembre a été étudié par @SCauchemez et al. @institutpasteur dans ce pre-print ⤵️

modelisation-covid19.pasteur.fr/transmission-s… "Nous avons développé un modèle qui reconstruit la propagation du virus entre les groupes d’âge en nous appuyant sur les données des cas positifs et des hospitalisations stratifiées par âge dans les 13 régions métropolitaines, entre le 15 juin et le 28 septembre 2020."
Mar 16, 2021 • 5 tweets • 2 min read
Évolution du nombre de personnes actuellement en réanimation (SI/SC) en fonction de l'âge (+/- 70 ans) en France

⚠️ Attention les échelles sont différentes pour < 70 ans, ≥ 70 ans et Tous âges. Évolution du nombre de personnes actuellement hospitalisées en fonction de l'âge (+/- 70 ans) en France

⚠️ Attention les échelles sont différentes pour < 70 ans, ≥ 70 ans et Tous âges.
Feb 27, 2021 • 7 tweets • 3 min read
1/ On constate depuis quelque temps une baisse des cas de COVID-19 et des hospi. chez les personnes âgées.

Le date de début du rôle de la vacc. dans cette tendance est discutée.

Pour étudier ça, j’ai fait des graphiques dynamiques permettant de faire varier la date de référence 2/ Le « slider » en bas du graphique permet de faire varier la date de référence. Les courbes sont mises à jour automatiquement pour exprimer le pourcentage de variation par rapport à cette date de référence.

Les graphiques sont disponibles ici : germain-forestier.info/covid/variatio…
Feb 25, 2021 • 11 tweets • 3 min read
1/ Petit rappel sur les données SI-DEP des tests COVID-19

Il existe deux chiffres en fonction du fait que l’on regarde les résultats des tests par date de prélèvement des patients ou par date de déclaration (ou remontée) dans la base de données SI-DEP

Par date de prélèvement👇 Image 2/ Les données par date de déclaration sont plus "fraîches" car sur les dernières 24h alors que les données par date de prélèvement ont un embargo de 3 jours.

Par date de déclaration 👇 Image
Feb 19, 2021 • 10 tweets • 5 min read
1/ Le lien entre météo (température / humidité) et la propagation du covid est souvent discutée.

@flight_behav a notamment fait des travaux intéressants que j’ai répliqué dans ce fil 👇

2/ Ici la France métropolitaine avec la température moyenne T 7j (j-3 à j+3) (estimée à partir de 42 stations Météo France) et le R des nouvelles hospitalisations (j-3 à j+3, puis R = j / j-7) et décalage de 9 jours entre T et R.

L’axe de la température est inversé.
Dec 31, 2020 • 5 tweets • 2 min read
1/ Évolution du taux d’incidence (nb de patients positifs par semaine pour 100k personnes), et du taux de dépistage (nb de patients testés par semaine pour 100k personnes) sur les 6 dernières semaines.

J’ai mis en orange les départements pressentis pour un couvre-feu à 18h. Image 2/ Le taux d’incidence a des limites (comme tout indicateur), et il faut l’apprécier au regard d’autres indicateurs: nombre de tests, politique des tests, âge de la population positive, tendance à la hausse ou à la baisse, etc.
Dec 31, 2020 • 5 tweets • 1 min read
1/ Les taux d’incidence actuels restent plus faibles que ceux au début du deuxième confinement il y a deux mois (effet accentué par le 25/12).

Cependant, pour certains dpt, le nb de personnes hospitalisées est plus élevé et les nouvelles hosp. sont sur un plateau fragile. Image 2/ J’ai mis en orange les départements pressentis pour un couvre-feu à 18h.
Dec 26, 2020 • 9 tweets • 5 min read
1/ Premier essai d’un « grid cartogram » ou « grid/tile map » pour la France.

Dans cette représentation chaque département a la même taille (ici un carré).

Exemple avec le taux d’incidence 👇 2/ Ici avec la variation en pourcentage d’une semaine glissante à l’autre du nombre de patients positifs moyen sur 7 jours 👇
Dec 24, 2020 • 9 tweets • 4 min read
1/ Pour mettre en perspective l'évolution du nb de patients testés et du nb de patients positifs, j'ai calculé le % de variation sur les 6 dernières semaines du nb de patients testés et du nb de patients positifs comparativement à la semaine précédente pour chaque département. Image 2/ Version zoomée en ignorant les départements qui ont plus que doublé le nombre de patients testés sur la S51 (>+100%) Image
Dec 23, 2020 • 4 tweets • 3 min read
Des chercheurs de SPF ont étudié l'impact du couvre-feu (pré-confinement) ds 22 métropoles françaises.

Plus fouillé que ma modeste visu de fin octobre mais utilisant sensiblement la même approche (étude des % d'augmentation des indicateurs)

L'article ➡️ bit.ly/2WFNGst Image via @SantePubliqueFr

Dec 6, 2020 • 5 tweets • 2 min read
1/ Le ralentissement de la baisse est aussi visible au niveau des nouvelles hosp.

Si on regarde pour chaque jour la diff avec J-7, c'est la 1ère fois qu'on est au dessus de 0 depuis le 9/11.

C'est un peu bruité (surtout le weekend) car les données sont par date de déclaration. 2/ A partir d'un moyenne glissante sur 7 jours ça donne ça 👇
Dec 5, 2020 • 11 tweets • 7 min read
1/ On constate ces derniers jours un ralentissement de la baisse du nb de cas de COVID-19 au niveau national.

Le nb de pers testées et le nb de pers positives semblent se stabiliser et donc également le tx de positivité.

La situation est contrastée en fonction des départements. 2/ Des exemples de départements où les taux de positivité augmentent.

Tous les départements sont disponibles ici : germain-forestier.info/covid/departem…
Dec 3, 2020 • 10 tweets • 3 min read
1/ Les données sur les tests antigéniques n'étant pas encore disponibles sur Géodes et en open data, je regarde régulièrement les données sur ce site : iqvia.opendatasoft.com/pages/antigeni…

J'en ai déjà parlé ici 👇

2/ Cette semaine, j'ai été étonné par l'augmentation très importante des données des actes de prélèvement pratiqués en officine.

Le site revendique 9 133 412 actes depuis octobre.
Nov 13, 2020 • 6 tweets • 2 min read
1/ J'ai essayé de trouver des données sur la grippe pour comparer la pression hospitalière avec le covid (la comparaison revient souvent dans les commentaires) 👇 2/ La même chose pour les décès à l’hôpital 👇
Nov 12, 2020 • 6 tweets • 2 min read
1/ Des infos sur les tests antigéniques dans le point épidémiologique du 12/11 de SPF (page 45) :

"Il convient de rester prudent dans l’interprétation des indicateurs liés aux tests RT-PCR du fait de la mise à disposition depuis 3 semaines des tests antigéniques." 2/ "Les tests antigéniques peuvent avoir entrainé une diminution du recours aux tests RT-PCR et par conséquent sous-estimé le taux d’incidence."
Nov 12, 2020 • 5 tweets • 3 min read
1/ À l'heure de possibles annonces, j'ai mis à jour les estimations des probabilités qu'au moins une personne soit infectée par le covid-19 étant donné un groupe de 10/25/50 et 100 personnes de la même classe d'âges dans un département 👇 2/ Ici avec une estimation où l'on aurait 3 fois plus de cas positifs que ce qui est identifié par les tests 👇