Luca Beltrame Profile picture
Bioinformatician and FOSS enthusiast
Dec 6, 2023 34 tweets 8 min read
It is now time to share why I actually resumed posting on X/Twitter for the next 24 hours.I'm excited to share the news of a publication of which I am co-author on, published today on Science Translational Medicine.
science.org/doi/10.1126/sc… This is probably the biggest thing I've worked on for the past 20 years, and this thread will hopefully highlight the major points of this research.
Dec 28, 2022 16 tweets 23 min read
@CasTx20 @longagnani @ritornoallanorm @filipporiccio1 @CristinaDragani @claudeger55 Vediamo di dire la mia. Il discorso si basa molto su quest'ottimo editoriale su Monash Bioethics Review.

link.springer.com/article/10.100… @CasTx20 @longagnani @ritornoallanorm @filipporiccio1 @CristinaDragani @claudeger55 Un patogeno nuovo per definizione può fare male alle persone, giusto? Quindi si può voler limitare l'impatto sulla società. I principi cardine di salute pubblica parlano, tra le altre cose, di equità, proporzionalità, e il minimo impatto sulla popolazione affetta. 1/
Dec 18, 2022 22 tweets 31 min read
@AlessiaMaroc1 @mbx1900 @ngiocoli @mafino72 @PaoloGrazioso @MarabottiMarco Lo dico chiaramente, nuovamente: ho studiato farmacologia per un bel po' di anni specialmente su farmaci molto peggiori dal punto di vista rischio / beneficio come gli antitumorali.
E adesso spiego perché mi fa saltare i nervi la dicitura "sperimentale". 1/ @AlessiaMaroc1 @mbx1900 @ngiocoli @mafino72 @PaoloGrazioso @MarabottiMarco Come si determina l'efficacia di un vaccino? Fissato l'obiettivo (infezione, malattia, effetti gravi, quel che vi pare...) bisogna dimostrare che ci sia una significativa differenza tra chi lo prende e chi no. Quindi si usa un trial randomizzato controllato (RCT). 2/
Dec 17, 2022 8 tweets 2 min read
Once upon a time, the F in #FOSS meant "Free" as in "freedom". Nowadays some of the developers are ascribing instead to some different political theories (which is fine) and perceive FOSS as a way to advance a politcal view or agenda (*not* fine). 1/ In fact, some argue that software should not be used if there are moral or ethical issues, forgetting for example the legal issues around the JSON license (what does "not for evil" mean?). But, to me, it seems that some developers *hate* the idea of freedom. 2/
Oct 23, 2022 12 tweets 12 min read
@RobiVil @claudeger55 @MedicinePop @repubblica No, ma in immunologia "escape" vuol dire anche la perdita di un solo epitopo. Qui si fa pensare che non funzionino più perché l'immunità umorale è bypassata da Omicron... *ma* questo solo perché solo le Ig che neutralizzano la S fermano l'infezione. 1/ @RobiVil @claudeger55 @MedicinePop @repubblica Ma vogliamo ricordare che l'omologia di sequenza a livello di proteina su tutti le proteine del SARS-CoV-2 è superiore all'80%? Solo la S scende attorno al 60%, ma questo è indice di una bassa variabilità "dove conta". Le cellule T sono più resistenti a questi cambiamenti. 2/
Oct 12, 2022 13 tweets 8 min read
@claudeger55 @ontherailaway L'ho visto, come è stato un caso montato ad arte! In primis, la risposta alla domanda stessa è stata pessima perché chiaramente quella donna non se lo ricordava affatto. 1/ @claudeger55 @ontherailaway Ma anche chi ha fatto la domanda è in completa malafede. La ragione è che la risposta c'è sempre stata prima che venisse approvato. Nei documenti FDA per la discussione sull'approvazione c'era un addendum e una discussione su questo. 2/
Jun 21, 2022 15 tweets 12 min read
@fiori_gianmarco @Davide19663174 @valerialm26 Sembra un film che ho visto tante volte. ;) Ma cerco di non essere noioso. Sono almeno vent'anni che si studiano le mascherine per combattere le infezioni respiratorie, perché se fosse così sarebbero utili in ambito ospedaliero. @fiori_gianmarco @Davide19663174 @valerialm26 Ovviamente prima del SARS-CoV-2 c'erano le influenze o le sindromi simil influenzali (ILI, influenza-like illness). Trasmissione simile, comunque, anche se meno contagiose, e con una fase asintomatica (30-40% delle influenze sono asintomatiche).
May 14, 2022 18 tweets 3 min read
I've heard now several experts, but this is a common theme also among lay people, that these "outdated" vaccines no longer work against Omicron. That depends on how you define "work". And that's mainly an incorrect take. 1/ A vaccine, as you already know, stimulates the immune system to act against a pathogen. There are several mechanisms that are activated, but we're going to simplify the picture to two: "humoral" and "cellular" response. 2/
Dec 18, 2021 6 tweets 5 min read
@andreeeee95 @AilenGamberoni @ferrix88 Come se queste misure servissero per fermare la diffusione di un virus respiratorio altamente contagioso che dà sintomi aspecifici, temendo una variante ancora neanche caratterizzata. Hanno dimenticato epidemiologia, immunolgia, salute pubblica. Tutto.
E non servirà a nulla. @andreeeee95 @AilenGamberoni @ferrix88 Mettiamolo in chiaro, prima che mi si dia del "novax". Solo i presidi farmacologici funzionano. Solo i farmaci (esistenti ed in approvazione) ed i vaccini, che fanno sì che non diventi più un problema sociale e non individuale.
Ma...
Dec 17, 2021 4 tweets 2 min read
The latest Report 48 from Imperial College estimates vaccine efficacy against Omicron using... wait for it... neutralizing antibody titres and doesn't take into account T cells.
How can something like that be even believable is beyond my understanding. 1/ And that coupled with estimates that cover also low median income countries (LMICs) but that if applied to South Africa make zero sense (credit to @RufusSG for pointing this out).
I honestly can't believe these Reports are used to shape public policy!