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Leo Bastos Profile picture
Leo Bastos
@leosbastos
Pesquisador Titular do PROCC/@Fiocruz na área de modelagem estatística de doenças infecciosas | bolsa de produtividade do CNPQ e JCNE da Faperj | pai de 3.
Aug 27, 2023 • 7 tweets • 3 min read
Sobre reinfeccoes. Avaliamos as reinfeccoes em um estudo de coorte de pessoas com resultado PCR+ para SARS-CoV-2 e seus contatos residentes no mesmo domicílio. Temos evidências que vacinas protegiam contra reinfecção mas não após a chegada Omicron. + Image O estudo consiste numa coorte aberta de pacientes com PCR+ e seus contatos moradores no mesmo domicílio de maio de 2020 até junho de 2022. Para estudar a reinfecção consideramos apenas pacientes com PCR+ e coletas de PCR 90 dias ou mais depois da primeira infecção (n=335). Image
Feb 26, 2023 • 16 tweets • 4 min read
Ouvi o podcast do Mano Brown com a @flaviaol, jornalista incrível que eu já era fã e agora fiquei mais fã ainda. Me identifiquei com várias falas ao longo do episódio. Mas uma em especial me deixou bastante reflexivo. Qdo ela fala da sorte q teve ao fazer certas escolhas na vida. Esse fio longo (16 tweets) é mais sobre minha trajetória pessoal que resolvi escrever nessa madrugada enquanto refletia sobre o episódio. É como se fosse um post de um blog. Fique a vontade de procurar outra coisa pra ler. :-)
Feb 24, 2023 • 8 tweets • 4 min read
Deixa eu colocar uns dados junto pcom a minha hipótese do que está rolando, que é: A última "onda" da omicron, associada a variante BA.5, não aconteceu de forma síncrona no país, e casos e óbitos, nesse momento, não deveriam surpreender. (Tenho certeza que Isaac não tá surpreso) O que rolou? Tivemos uma onda de BA.5 no final de 2022 em algumas regiões como RJ, CE e BA como podemos ver nas figuras do @obscovid19br onde vemos uma pequena onda no final. Felizmente esses são lugares onde o carnaval de rua é bem popular e o momento atual é de baixa atividade. ImageImageImage
Oct 3, 2022 • 12 tweets • 3 min read
As pesquisas erraram?

Acho que vale aqui uma reflexão a respeito de vícios e viéses associados às pesquisas de opinião. O que é vício ou viés sob o ponto de vista estatístico?

Seja theta um parâmetro a ser estimado (a prop. de votos para um candidato nas eleicoes) e P um estimador para theta (prop. de eleitores para o candidato nas pesquisas)

Bias(P) = E[ P - theta ]

en.wikipedia.org/wiki/Bias_(sta…
Mar 31, 2022 • 8 tweets • 2 min read
Deixa eu voltar nesse assunto d enfim da pandemia, num fio desabafo. Pandemia, epidemia e endemia são termos técnicos e no fio abaixo eu falo de uma forma + informal sobre eles. No entanto, há um interesse de mudança de status de como a epidemia é vista.

Ou seja, o que está na mesa agora é a retirada do caráter emergencial que a pandemia impôs ao país, estados e municípios. Tenho sentimentos mistos, pois na prática muita gente já voltou ao "normal" e vida que segue. A pandemia acabou? Não. Estamos numa situação melhor? Estamos.
Mar 30, 2022 • 9 tweets • 3 min read
"A pandemia acabou", "Agora não é mais pandemia é endemia", "A COVID agora é endêmica", por que essas frases ou variações delas não fazem sentido? Pandemia. A pandemia foi declarada pela OMS em 11/3/2020 pq na época os casos de COVID já estavam presentes em 114 países com 4291 óbitos pela doença. Já era uma doença espalhada no planeta.

who.int/director-gener…
Dec 23, 2021 • 15 tweets • 5 min read
Vou jogar aqui e sair correndo pro Natal.

Seguem as estimativas corrigidas para a cidade do Rio de Janeiro. Tivemos uma aumento nas hospitalizações nos adultos jovens (18 a 29 anos) e agora estamos vendo um aumento nos grupos mais velhos. O grupo 80 ou mais preocupa. O estado do Rio segue um padrão similar com mais ou menos o dobro de hospitalizações em cada grupo etário. Por conta com 50% das hospitalizações o comportamento da capital acaba dominando.
Nov 23, 2021 • 23 tweets • 5 min read
Muita gente compara o que está acontecendo em partes da Europa com o que pode acontecer por aqui. Essa comparação não é tão simples assim.

IMHO não precisamos nos preocupar no curto prazo com essa onda europeia. Já no médio e longo prazo a coisa pode mudar de figura.

Explico O ponto principal que inviabiliza uma comparação direta entre os dados do Brasil e Europa é a subnotificação do caso leve por aqui que é bem grande. Essa figura deixa isso claro, reparem na curva de óbitos no Brasil no primeiro semestre, a curva de casos NÃO reflete essa "onda".
Aug 21, 2021 • 7 tweets • 2 min read
Essa é uma figura que gero toda semana, ela não entra no fio padrão pois geralmente uso as hospitalizações por SRAG, aqui temos SRAG com confirmação por COVID-19. Vou botar uma lupa no RJ Temos que olhar com bastante atenção para o estado do RJ, reparem como está a situação do estado para hospitalizacoes e óbitos por SRAG e SRAG-COVID. As estimativas sugerem uma retomada nas hospitalizações e uma estabilidade para os óbitos.
Aug 20, 2021 • 4 tweets • 2 min read
Modelos estatísticos para fazer previsões. Sem uma estrutura esperta, a incerteza será tão grande que as previsões não serão diferentes de chutes. E se tiver uma estrutura ela pode nao ser realista e apontar para o caminho errado. Os modelos de nowcasting que usamos não são desenhados para fazer previsões para o futuro. Eles fazem previsões para o presente (e passado), ou seja, são correções do atraso de casos e óbitos que ocorreram mas ainda não foram reportados.

Dá para fazer previsão? Dá, mas...
Aug 18, 2021 • 5 tweets • 3 min read
Atualização da semana 33/2021.

SRAG-COVID

Óbitos: 553649 [550761; 558522]
Hospitalizações: 1795290 [1778459; 1818737]

SRAG (contém COVID-19)

Óbitos: 674891 [671529; 680292]
Hospitalizações: 2683024 [2659217; 2718297]

Linha preta: valores observados
Em vermelho: Nowcasting Image Obitos por SRAG com confirmação de COVID-19 por data do óbito. Os dados mais recentes tem atraso de notificação e de laboratório, mas conseguimos estimar com o método usando diferença de bancos. ( @obscovid19br ) Image
Aug 2, 2021 • 12 tweets • 3 min read
Voltando a falar do nowcasting por faixas etárias para hospitalizações e óbitos por SRAG com Covid-19 até a semana 30 de 2021 (semana passada). Tentando explicar algumas coisas da análise Hospitalizações pela síndrome respiratória aguda grave (SRAG) com confirmação de Covid-19 para o estado do Rio de Janeiro.
Jul 8, 2021 • 8 tweets • 10 min read
Atualização da semana 27/2021.

SRAG-COVID

Óbitos: 523627 [516720; 534383]
Hospitalizações: 1712568 [1675896; 1760431]

SRAG (contém COVID-19)

Óbitos: 636574 [628613; 648656]
Hospitalizações: 2538582 [2501940; 2593934]

Linha preta: valores observados
Em vermelho: Nowcasting Essa semana estimamos que ocorreram/ocorrerão 10.690 [5.937; 19.479] óbitos por SRAG com confirmação de COVID-19.

Lembrando que no pior momento de 2020 foram registradas 7798 mortes na 20a semana (meados de maio de 2020)
Jun 27, 2021 • 4 tweets • 1 min read
Ainda nao estamos nessa situação aqui no Brasil, mas estaremos. E ter mais óbitos entre vacinados não é um sinal ruim. É importante entender os números Quando o número de óbitos entre vacinados for maior, é um sinal de duas condições boas não excludentes: (i) o número total de óbitos mais baixo; (ii) cobertura vacinal alta.
Jun 27, 2021 • 5 tweets • 2 min read
Segundo os dados do SIVEP, em 2020, foram 203 mil óbitos por SRAG-COVID no Brasil. Segundo nossas estimativas mais recente, até semana passada somente em 2021 foram 298 mil óbitos por SRAG-COVID. O número de 2020 foi superado na 17a semana (final de abril). Aqui para o estado do RJ, em 2020 foram 30 mil óbitos por SRAG-COVID, esse ano estimamos 26 mil óbitos por Covid. Esse ano ainda não superou ano passado, mas é uma questão de tempo, estimo quatro ou cinco semanas pra isso.
Jun 17, 2021 • 11 tweets • 11 min read
SRAG-COVID

Óbitos: 491159 [484478; 500241]
Hospitalizações: 1612566 [1586799; 1651651]

SRAG (contém COVID-19)

Óbitos: 600888 [594178; 610743]
Hospitalizações: 2401090 [2369053; 2443525]

Linha preta: valores observados
Em vermelho: Nowcasting Baseados nas análises dessa semana, temos que as probabilidades de ultrapassarmos as barreiras de 500 mil óbitos por SRAG-COVID e 600 mil óbitos por SRAG até sábado são respectivamente 5% e 50%.

Por se tratar de uma análise bayesiana podemos falar em termos de probabilidades.
May 1, 2021 • 13 tweets • 5 min read
3a onda? Mas o que é uma onda?

Não há uma definição formal pra isso. Antes de falar de onda deixar eu falar de epidemia, que também não tem uma definição convincente (pelo menos para uma pessoa com formação nas exatas). Da Wikipedia:

"Epidemia é a manifestação coletiva de uma doença que rapidamente se espalha, por contágio direto ou indireto, até atingir um grande número de pessoas em um determinado território e que depois se extingue após um período."
Apr 29, 2021 • 6 tweets • 2 min read
Estimativas atualizadas com dados divulgados hoje 28/4/2021

Hospitalização SRAG: 1.996.422 [1.964.323; 2.044.196]
Hospitalização SRAG-COVID: 1.294.638 [1.269.458; 1.329.174]

Óbito SRAG: 514.859 [504.862; 531.691]
Óbito SRAG-COVID: 412.830 [402.631; 426.772] Image Dados divulgados em 28/4/2021 e estimativas corrigidas até 1/5/2021.

Linha vermelha mediana a posteriori da estimativa corrigida, áreas em vermelho intervalos de credibilidade de 95% (claro) e 50% (escuro). Linha preta dados observados até o momento.

SRAG contém SRAG-COVID!
Apr 22, 2021 • 6 tweets • 2 min read
Segue o fio com a atualização semanal

Hospitalização SRAG: 1.951.048 [1.914.148. 2.002.868]
Hospitalização SRAG-COVID: 1.259.185 [1.231.576; 1.297.499]

Óbito SRAG: 501.478 [488.268; 521.039]
Óbito SRAG-COVID: 400.664 [388.164; 417.887] Sim você leu certo, após corrigir pelo atraso chegamos aos 500 mil óbitos por SRAG e desses, 400 mil com confirmação da COVID-19.

E qdo olhamos para a série, a estabilização da semana passada se mantém. Estável em um patamar MUITO alto para hospitalizações e óbitos.
Apr 19, 2021 • 5 tweets • 2 min read
SARS-CoV-2 Infection Dynamics in Children and Household Contacts in a Slum in Rio de Janeiro pediatrics.aappublications.org/content/early/… Esse é o primeiro artigo da coorte de COVID-19 em crianças numa favel do Rio de Janeiro (Manguinhos). Projeto liderado pela Patricia Brasil (@brasilp33)
Apr 8, 2021 • 22 tweets • 9 min read
Vamos ao fio com as atualizações do nowcasting para SRAG e Covid-19 com os dados até 13a semana epidemiológica (e previsão p a semana atual).

Em geral, dados de hospitalizações por data de 1os sintomas mostram queda e as estimativas para óbitos por data do óbito seguem em alta. Antes das estimativas, vale a pena dar uma olhada em 2 fios.

O do Marcelo (@marfcg) falando da ultima atualização do infogripe com estimativas de hospitalizações por SRAG com bem mais detalhes que aqui.