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新田 剛 Takeshi Nitta Profile picture
新田 剛 Takeshi Nitta
@takenitta
分子病態学部門 免疫学ボディビル部 部長。 能力：アスパラガスを食べた後のおしっこの臭いを識別できる。 発言内容は個人の見解であり所属機関や能力とは無関係です。
Dec 23, 2023 • 12 tweets • 4 min read
この論文のDNA解析については Supplementary Data に詳しく記述されてます。



本研究では、被験者の血液からDNAを抽出してPCRをしてます。
以下、詳しく解説してみます。

（予め言っておきますがスカポン論文です） europeanreview.org/wp/wp-content/…
PCRに用いたプライマーの塩基配列はこれ。
このプライマーはファイザー💉BNT162b2のスパイク遺伝子の一部（400bp）を増幅するように設計されている。
天然のコロナウイルスやモデルナ💉のスパイク遺伝子は、塩基配列が異なるので、増幅されない。 Image
Oct 17, 2023 • 8 tweets • 1 min read
@mk_nomask 1980年代に、ポリオワクチンなどをがん細胞株を使って作っていました。その際、がん細胞の遺伝子が接種者の細胞に取り込まれて癌化させる危険性が考慮されました。
当時の経験則や推測によって、細胞のゲノムDNAの混入上限は10pg/doseと決められたそうです。
journal.pda.org/content/67/2/1… @mk_nomask その後、実験データに基づいた計算により、細胞由来ゲノムDNAの混入が100 pg/doseであれば癌化の可能性は 100億分の1 と推定されました。
ゲノムDNA 100 pgは数十個分の細胞に相当しますが、実際にはDNAはバラバラになって混入するので、がん遺伝子として機能する可能性は低い、という理屈だと思います
Sep 6, 2023 • 4 tweets • 1 min read
@Z8ZLQj8YJEfwai8 @torutoridamari 追加投与すると抗体産生がかえって低下する。T細胞の活性化も抑制され、制御性T細胞や疲弊T細胞が増える、という結論です。

T細胞の活性化状態を調べるなら、pMHCテトラマー等を使ってスパイク特異的T細胞を見てほしかった。
ついでに、投与された抗原以外に対するT細胞応答がどうなるか、も。 @Z8ZLQj8YJEfwai8 @torutoridamari この論文について不満な点：
肝心の投与の条件について詳しく書かれてない。
おそらく1~4回目はマイコバクテリア死菌体入りのFreund’s complete adjuvantを使い、5,6回目はマイコバクテリアが入ってないincomplete adjuvantを使ったと思われるが、条件をちょっと変えるだけで結果が変わる可能性もある
Apr 2, 2023 • 9 tweets • 2 min read
思い返すと、
γδT細胞について話しそこねたことがたくさんあった！

この引用RTの図のように、γδT細胞は様々な生理的・病理的な場面ではたらくことがわかっている。
例えば右下の「組織修復」で、 骨折すると、その部位にγδT細胞が集まってきて、サイトカインIL-17を産生し、骨芽細胞の生成を促して、骨折治癒を助ける。
私もちょっとだけ関わった仕事だが、γδT細胞が何を認識して骨折部位に集まるのか、はまだわかっていない。

newswitch.jp/p/3954
Mar 12, 2023 • 15 tweets • 2 min read
読書感想文

３年間の「コロナ騒動」をウイルス学者の視点から課題ごとに整理・解説した名著・快著だと思う（私なんかが言うのはおこがましいが）。
前の「おどウイ」「責任」よりも良かったです。

γδT細胞も出てくるしw 最後のQ&A集にはほぼ全て同意。

「SARS-CoV-2は存在しない」については私も質問されたことがあるが、SARS-CoV-2を分離した論文は複数存在している。
当たり前過ぎて、よほど新しい知見がないと論文にならない、ということ。

例えば、、
Feb 3, 2023 • 8 tweets • 1 min read
【訂正】
先日「やなチャン」で紹介した２つの論文は、異なるmRNAに関するものでした。
Sahin et al, Nature 2020ではBNT162b1
Sahin et al, Nature 2021ではBNT162b2
混同して副反応の違いを論じておりましたが、誤りでした。訂正します。
ロットの違いかなどと口走ったのも誤りです。 一般に接種されてきたのはBNT162b2の方です。
リンパ球減少はこの図の通り。
30μg接種を受けた大半の人で基準値以下に減少していますが、私が紹介した論文（BNT162b1）ほどの、基準値の1/2~1/3未満にもなるような激しいリンパ球減少症の例はありません。
Jan 29, 2023 • 16 tweets • 2 min read
リンパ球減少について、まだやりますか？
私は「リンパ節への移動・偏在」と考えていました。１年以上前にそう書いています。
ヒト血液中のリンパ球数 1500~2000/μL
計算しやすいように2000とすると、
= 2 x 10^9（20億）/L
成人男性の血液量5Lなら 1 x 10^10（100億）個
ヒトの血液中のリンパ球数については、この方の計算であってます。
Jan 29, 2023 • 4 tweets • 1 min read
私のこと？
時々いますね〜こう言う人
業界で生きていけないぞ、将来に関わるぞ…

そうなって欲しいという願望なのか、
当人達が余程腐った「業界」で生きてるのか…

くだらな過ぎて脱糞 一応ご説明。
私は現在、２つの専門誌から総説を依頼され、免疫学会の評議員と高校生物教育関連の委員、英文雑誌のeditorも務めてます
どれも私にとっては分不相応の大役です。精進します。
Dec 17, 2022 • 28 tweets • 5 min read
@jinpeiishii 先生からお誘いをいただき、お受けしましたが、
宮澤先生の宮川先生や石井先生への度を越した中傷は討論相手に対する態度として不適切だと思いました。宮川先生が辞退されるにいたった経緯をご説明いただきたいと宮澤先生にお願いしたのですが、回答がありません。 @jinpeiishii 現時点で「討論会」に参加することにメリットがあるようには思えませんので、参加を取り下げます。
宮澤先生からは、DMで次のような批判をいただきました。
Nov 18, 2022 • 8 tweets • 2 min read
１年前のプレプリント論文が査読完了して掲載されてました
Riemersma et al, PLoS Pathogens 2022
タイトル
「ワクチン接種にも関わらず感染性SARS-CoV-2が放出される」

「にも関わらず (despite)」というか、、接種者の方が非接種者よりウイルス量が多い…

知ってたけど
journals.plos.org/plospathogens/… 米国でデルタ株が流行していた頃のデータ（時期的にオミクロンは含まれていない）。
２回接種者と非接種者を比較（3回接種者や接種後14日以内は除外されている）。
メインデータはFig 1とTable 1だけ。

接種者の方が平均Ct値が低い（ウイルスが多い）。平均で0.8低い。P<0.0001。
Oct 16, 2022 • 5 tweets • 1 min read
武漢型とオミクロン型のキメラウイルスを作ってマウスで病原性を調べた研究。プレプリント論文。
スタイルからしてNature狙いかな

オミクロン（BA.1）型スパイクだけを武漢型に組み込んだOmi-Sウイルスは、オミ型と同様にワク接種者の中和抗体を回避し、武漢型と同程度の病原性を示した。 Gaborさんも、このウイルスが漏洩しませんように、、と書いている。
Sep 22, 2022 • 8 tweets • 2 min read
血清中の抗体の活性を測る実験について
例えば、
細胞が100個あります。ここに一定量のウイルス液を加えると、10個の細胞が感染したとします。

ウイルス液に血清を混ぜてから感染させると、、1個の細胞が感染したとします。
この場合、10個感染→1個感染、すなわち90%中和、などと評価します。 注意点は、「ウイルス液中のウイルスは10個」ではなく、「この実験条件で感染したウイルスが10個」ということです。
もし血清を混ぜることによって20個の細胞が感染した場合は、血清中に何らかの感染増強因子が含まれていたと考えられます。中和活性はマイナス100%（論文中の詳しい計算式は違うかも）
Aug 2, 2022 • 23 tweets • 2 min read
前のスレッドが長くなり過ぎたので改めて

免疫系は、異なる原理に基づく複数のしくみで病原体に対抗する
①自然免疫。ウイルスが相手なら、NK細胞やγδT細胞が感染細胞を殺す。
②獲得免疫。キラーT細胞が感染細胞を殺す。ヘルパーT細胞がB細胞に指示し、B細胞が抗体を作る。抗体がウイルスを中和する. このような複数の免疫細胞による役割分担は、ほぼ全ての脊椎動物に共通している（一部例外はある）。
抗体だけやT細胞だけの免疫をもつ動物はいない。それが地球で生きてきた過程で最適化された免疫の姿。

当たり前だが、抗体やT細胞が不要だと言ってるわけではない。その点についてはまた後で書く。
Jul 31, 2022 • 44 tweets • 4 min read
さて、、
今週はこのどうしようもない答案を採点しました。。

私の質問は「その図、説明に使わせてもらって良いですか」ですが、
一週間待っても返事がないので勝手に使います。
まあ、人の名前を勝手に使っといて図を勝手に使うなとは言わんやろ🤣 匿名の集団が実名の人物の名前をあげてからかったつもり。。 しかもそのうち一人は故人。。
なかなかのレベルの人間の屑。非常に興味深い。
しかし、人間の屑だとしても、科学的主張なら中身で吟味されるべきです。いってみましょう

最近、組織的な質問をいただいた方々にも、ぼちぼちお答えします
Jul 30, 2022 • 4 tweets • 1 min read
セミ太郎は冗談ですが、
でも生物の進化ってそういうこと
１億数千年前の我々の祖先がレトロウイルスに感染し、そいつがFOXP3遺伝子の近くに入り込んだ。ウイルスの塩基配列は徐々に変化してFOXP3の転写スイッチとしてはたらくようになり、その結果我々の祖先は子宮でTregを分化誘導できるようになった おかげで哺乳類は胎児という異物を長期間子宮内に保持して育てる「妊娠」が可能になった。
FOXP3の転写スイッチを手に入れ損ねた動物たち（有袋類や単孔類）は、我々の祖先に駆逐され、地理的に隔絶されたオーストラリア以外ではほぼ姿を消した。
Jul 18, 2022 • 4 tweets • 2 min read
セービン！ 流石プロのコメント…
ポリオの弱毒生ワクチン（セービンが開発）。稀に復帰変異で病原性株に戻るため、100万人に3人の頻度で感染し麻痺が起きる。これを克服するため1回目は不活化ワクで免疫をつけ、2回目に生ワクという接種法が確立。相手がポリオでさえ改良の努力や葛藤があったはずだが @threepinner1 @K9FCR

サル痘用のワクチンとして承認された天然痘ワクチン株 LC16 に復帰変異の可能性があるとのこと。
接種予定の株やロットは大丈夫なのか？

Jun 2, 2022 • 16 tweets • 2 min read
まずこっちの論文を読んでみました。
Nakayama et al,
Anti‑nucleocapsid antibodies enhance the production of IL‑6 induced by SARS‑CoV‑2 N protein.
Scientific Reports 2022
nature.com/articles/s4159…

長いです。わかりやすくないです。
専門家向けですすみません。 SARS-CoV-2感染細胞を破壊して抽出液を作製。これをマクロファージ細胞にかけると、IL-6などの炎症性サイトカインが大量に出た。
SARS-CoV-2の重症化例におけるサイトカインストームのモデル系として有用である可能性がある。
Feb 27, 2022 • 8 tweets • 7 min read
@j_sato @takavet1 @Ap4Qu @DrTomabechi 免疫とウイルスの共存、というほどの高次の現象ではなく、、たぶん細胞生物学やウイルス学の基本知識で説明できると思います。
長くなってすみませんがちょっと書いてみますね。

例えば、 @j_sato @takavet1 @Ap4Qu @DrTomabechi 例えば、
レトロウイルス（HIVなど）は、自分自身で逆転写酵素を持っていますし、ウイルスRNAの中には逆転写を開始するための特別な配列があり、繰り返し配列を器用に使って逆転写酵素をジャンプさせて全長を逆転写する巧妙なしくみを持っています。
Jan 23, 2022 • 31 tweets • 3 min read
前半のあらすじ：
mRNAを封入したLNPを筋肉注射すると、周辺の細胞で抗原（スパイク）が大量に作られる。樹状細胞による抗原提示とLNPのアジュバント作用によってT細胞を活性化。獲得免疫が始動する。
その後、T細胞はB細胞を活性化して抗体産生（割愛。免疫学の教科書通り）。 筋肉細胞など他の細胞で抗原が作られた場合、MHCクラス1で提示される。ここにワクチンで活性化されたキラーT細胞がやってくると、スパイク抗原提示細胞＝感染細胞とみなされ殺される。
免疫のしくみとして普通の可能性。
なぜ3回、4回と「ブースター」を勧める人がいるのかわからない。。
Jan 22, 2022 • 27 tweets • 2 min read
mRNAを封入した脂質ナノ粒子（LNP）を筋肉注射すると、LNPは周辺の細胞（筋肉細胞、血管内皮細胞、マクロファージ、樹状細胞、などなど）に入り、抗原（スパイクタンパク質）がバカスカ大量に作られる。

LNPの一部は血管やリンパ管にも流入する。血流にのれば体中に届く。 LNPは血液中の細胞や流れ着いた先の細胞にも取り込まれうるが、血液中を流れていく間に薄まるので、作られるスパイクタンパク質の量は多くないと思われる。それ自体で細胞を殺したり重大な生理的作用を発揮する可能性は低いと思う。
Jan 21, 2022 • 5 tweets • 1 min read
昔、ポスドクの頃、指導してた中国人大学院生（女子,優秀）が
「毎日実験を教えてくれてありがとう。いつも忙しいのにごめんなさい。今日も食事の邪魔してしまって」と申し訳なさそに言うので、
気にすんなと言ってこの言葉をメモに書いてみせた。

一沐三握髪
一飯三吐哺

彼女はこの言葉を知らないと 「中国人なのに知らんの？」と冗談でからかったら、
よほど悔しかったらしく、その夜、家で調べて、翌朝やって来て「意味わかった。ありがとう。お返しに」と漢字を書いたメモをくれた。

周公吐哺
天下帰心

、、えっごめん知らない。誰の言葉だっけ？　

彼女はドヤ顔で
「曹操！」