Urartu Şeker Profile picture
Synthetic Biology, Genetic Circuits. Currently @BilkentUniv @sekerlab Previously @MIT @NTUsg @UW @itu1773 @Hacettepe1967 father of Rüzgar § Deniz
Oct 23, 2022 7 tweets 2 min read
Kimerik (birleşik?) virüs yapmak : bir virüse diğer bir virüsten parça alıp koymak şeklinde. Buna benzer bir deneme, Sars-CoV-1 virüsüne, doğadaki yarasalardan toplanan coronovirüslerden birisinin spike protein bölgesi eklenerek yapılmıştı.
nature.com/articles/nm.39… Buradaki amaç, acaba coronovirüsler doğda evrimleşip başedemeyeceğizi hale gelebilirler mi, Sars'dan ve Mers'den sonra sorun çıkarırlar mı sorusuna cevap aramaktı. Ve bugünkü Sars-CoV-2 ile benzerliği olmayan bir virüsle, muhtemel bir gelecekte pandemi oluşabileceği+
Oct 23, 2022 4 tweets 2 min read
" Virüs laboratuvarda üretildi", dayanaksız iddiası aşağıdaki ön basımda yeniden ortaya çıkmış. Detaylı bir analiz yazacaktım ki @virusfantom hocam yazmış. Şunu ekleyeyim; makalede iddia edildiği gibi genom assembly için endonükleaz kullanılır demek+
biorxiv.org/content/10.110… ben bu işten hiç anlamıyorum demektir. Zira, genome assembly için çok daha ucuz, verimli ve hızlı yöntemler var : Gibson Assembly, Golden Gate Assembly, linear rekombinasyonu. Bulduklarınıniddia ettikleri ortak enzim kesim bölgeleri anlamsız. Alçak gönüllü olmayacağım- oldukça +
Mar 3, 2022 12 tweets 2 min read
mRNA genome entegre oluyorcular yeni bir dandik makale yazmışlar. Bakalım bu süper iddialı makale ne diyor. Diyor ki, biz karaciğer kanser hücrelerine bastık mRNA aşısını sonra RT-PCR baktık, genomik DNA izole edip+
mdpi.com/1467-3045/44/3… RT-PCR ile baktığımızda mRNA aşısından "parçalar" gördük diyor. Öncelikle makalede çok ciddi metodik hatalar var. Teknik olarak, insan hücrelerinde mRNA- DNA'ya geri dönmez, bunun için ters transkriptaz adı verilen bir enzim varlığı gerekir ki, bu enzime bezer aktiviteyi insanda+
Sep 12, 2021 6 tweets 1 min read
mRNA aşılarının içinde grafen var diyen YALAN söylüyor, ve okuduğunu anlamakta ciddi sıkıntısı var. mRNA aşılarını oluşturan mRNA kodunu stabilize edip dayanımının artıran 5 ucunda yer alan bir kimyasal (patentli1) . Bu kodun en yüksek verimle viral proteini-antijeni üretmesini + sağlayan ise hem 5 ucunda hem de 3 ucunda yer alan UTR adı verilen bölgeler(patentli-2) ile kodun sonunda yer alan polyA kuyruğu adı verilen (uzunluğu patentli-3) ve bu kısımda yer alan kısımlar (patentli) var. Bu yapıda iki çok kritik nokta var birisi, daha önce MERS aşısı için+
Jul 24, 2021 4 tweets 1 min read
Şu linktekini okuyup #PCRBalonuPatladı yazan ya katıksız cahildir, ya kötü niyetlidir. Anlamak isteyenler için açıklayalım. CDC diyor ki daha önce FDA aracılığı ile genel olarak önerdiğim spesifik PCR panelini önerimi geri çektim.
cdc.gov/csels/dls/locs… artık FDA tarafından onaylanmış başka bir RT-PCR testini kullanabilirsiniz. Eski panel şuraydaydı.
fda.gov/media/134922/d…
Bunun bir kaç nedeni var, birincisi, artık sürekli yeni varyant çıktığı için varyant testleri de kullanımda olsun,
Jul 24, 2021 7 tweets 2 min read
Sars-CoV-2'nin bloke edilmesi sağladığını gösterdiğimiz, proflaktik rekombinant protein ilaç adayımıza dair preklinik çalışmamız. Çalışmada da görüldüğü üzere, düşük viral yüklerde tamamen, yüksek viral yüklerde ise anlamlı ölçüde farelerde enfeksiyon engellenebiliyor. GRFT adlı protein, virüsün spike proteini üzerinde bulunan şeker gruplarına bağlanıyor. Ancak spesifik bir AA dizin bağlanmadığından, tüm varyantlara ve oluşacak varyantlarda karşı da etkin olması beklenen doğal bir durum (test de edilecek). Burun spreyi formunda tasarladığımız+
May 21, 2021 4 tweets 1 min read
"Maskeler işe yarıyor", ifadesinin bilimsel olarak sayısal ve deneysel analizi yapılmış. Normal, limitli seviyelerde viral yük olan ortamlarda cerrahi maskeler de, işi yaraıyor ve enfeksiyon riskini durduruyor. Ancak yüksek viral yük +
science.sciencemag.org/content/early/… olan kapalı alanlarda (hastaneler, sağlık merkezleri vs.) , N95 gibi maskeler daha etkili. Ancak, çalışmada şu vurgulanıyor, yüksek virüsü yükü taşıtan 100 mikrondan büyük parçacıklar yerçekimi etkisi ile hızla yer düşüyor ve basit maskeler tarafından dahi tutulabiliyor. ++
Apr 28, 2021 4 tweets 1 min read
Sputnik aşısında taşıyıcı vektör olarak bir Adenovirus kullanılıyor. Normalde bu adenovirüsler insan patojeni ancak genomlarından bazı genler silinerek, bu adenovirüslerin insan verildikten sonra çoğalması engelleniyor. Ancak sputnik 5 aşısında kullanılan vektörde bu virüsün- çoğalmadan sadece taşıyıcı olarak çalışmasını sağlayacak olan genlerin , viral genomdan çıkarılmadığı sebebiyle Brezilya'dan onay alamadığı söylenmiş. Bu çok ciddi bir iddia, umarım bakanlık konuyla ilgili açıklama yapar. Aksi halde insanların durup dururken bir de
Jan 17, 2021 5 tweets 1 min read
Sinovac aşısı yumurtada üretilmiyor, bir maymun türüne ait böbrek hücrelerinde üretiliyor (Vero hücreleri). Öncelikle, izole edilen standart -genomu bilinen suş- virüs bu hücrelere verilerek, bu hücreleri enfekte etmeleri sağlanıyor. Özel biyoreaktörlerde çoğaltam yapıldıktan sonra, bu virüsler özel bir kimyasalla inaktive hale getiriliyorlar. İnaktive edilen virüsler saflaştırılıyorlar- yani ne maymun böbrek hücresi kalıntıları, ne de inaktive edici kimyasal kalıyor. Sonrasında içerisine adjuvant konularak stabilize ediliyor hem de immün sistem
Jan 3, 2021 7 tweets 1 min read
SMA için bahsi geçen şey anlaşılan anlamda bir ilaç değil aslında, Astra Zeneca ya da Sputnik covid aşısındaki gibi bir adenovirüs, bu sefer bozuk olan geni hücre çekirdeğine girerek doğru kopya ile değiştiriyor. Bunun uygulanması için Türkiye'de hastanelerde uygun altyapı, takip programı var mı bilmiyorum. Ancak bahsedilen gen terapisi FDA tarafından onaylı bir tedavi, FDA burada bir yan etki uyarısı yapıyor , ciddi akut karaciğer zedelenmesini olası bir yan etki olarak belirtiyor. fda.gov/news-events/pr…
Dec 20, 2020 10 tweets 2 min read
İngiltere'de saptanan ve temkinli olarak yaklaşılıp önlem alınan mutasyonlar için, daha önce de belirttiğim gibi net çıkarımlar yapılacak bir verimiz yok. Ancak bu mutasyonlarla ilgili olarak Eylül ayında yayınlanmış iki çalışmayı destekler nitelikte sonuçlar çıkarılabilir. Bu çalışmalardan ilki, Eylül başında yapılan "deneysel" bir çalışmada, özellikle virüsün diken proteininin hücreye bağlanma bölgesine (RBD) dair mutasyonlarda dahil olacak bir çalışmada, RBD bölgesinde yer alan bir aminoasitin (arjinin)- aromatik halka
sciencedirect.com/science/articl…
Dec 2, 2020 7 tweets 2 min read
Görüldüğü gibi Sinovac şirketinin aşısı 16 Eylül'de faz çalışmalarına Türkiye'de Hacettepe Üniversitesi'nde başladı, Faz çalışmalarına bir kural olarak sağlık çalışanlarından başlanıyor, etik kurul onayı ile. Bu sürecin nasıl işleyeceği,
bbc.com/turkce/haberle… aşılamada önce hangi testlerin yapılıp/yapılmayacağı gibi ayrıntıları etik kurul belirliyor, ve bir protokol oluşturuluyor. Yani, hadi bismillah deyip hastanede tuttuklarına aşı yapmıyorlar. Şimdi Sinovac protokolünde her gönüllüden PCR negatifliği, antikor negatifliği testleri
Sep 15, 2020 6 tweets 2 min read
Sars-CoV-2 labda üretildi geyikleri yeniden başlamış, bu sefer virüs üretim şeması bile var. Bu komplo teoricileri neden böyle biraz şey oluyorlar. Bari bilen birine hazırlatsaydınız, "structure guided design" yapıp reseptöre bağlanacak süper bölge bulacak kadar zekiyiz+ ama klonlamayı antika kes/yapıştır ile yapıyoruz. Çifte kesim yapınca geni tek yönde sokarsınız diye okumuşlar wikipediadan, iki restriksyon enzimi koyalım o zaman. Bu arada araya Furin enzimi kesim alanı koymamız lazım, salak olduğumuz için onu Desgined RBM'e baştan koymuyoruz