Thread by @GuillaumeRozier

Arrêt du suivi d’Omicron sur CovidTracker
La France a cassé les seules données publiques nous permettant de bien suivre la progression du variant Omicron, et on n’y peut plus rien. Explications… 1/16

Fin novembre 2021, le variant Omicron, échappant partiellement à l’immunité, est découvert. Il progresse rapidement dans plusieurs pays, notamment l’Afrique du Sud puis l’Europe. Il est important de pouvoir suivre sa progression pour anticiper l’épidémie. 2/16

Le séquençage, seule technique permettant de connaître précisément le génotype du virus, est lent et anecdotique en France : très peu de tests sont analysés. On ne peut donc pas utiliser cet outil pour suivre la progression de variants se propageant aussi vite. 3/16

Depuis le début de l’année 2021, les laboratoires utilisent une méthode complémentaire : le criblage. Cette technique permet de détecter facilement et rapidement la présence de certaines mutations sélectionnées. En France, depuis juin, on suit 3 mutations encodées A, B et C. 4/16

Par exemple, Delta a la mutation C. En juin dernier on a pu suivre sa progression simplement en étudiant la proportion de cas ayant cette mutation C. D’autres variants ont C, mais ils sont minoritaires. 5/16

Par pur hasard/chance, Omicron n’a pas cette mutation C, contrairement à Delta. Suivre la proportion de cas n’ayant pas C nous permettait donc d’avoir une bonne approximation de cas Omicron (même si d’autres variants, minoritaires, n’ont pas C non plus). 6/16

L’été dernier, la majorité des tests étaient criblés. Depuis, le ratio a diminué, mais jusqu’à mi-décembre plus d’1 test sur 5 l’était. C’est moins, mais suffisant pour avoir une bonne approximation du taux de cas ayant C. 7/16

Ce sont ces données que nous utilisions ces dernières semaines pour estimer la proportion de cas Omicron parmi l’ensemble des cas positifs en France. Cette situation était donc plutôt bonne, on avait une idée des territoires et de la vitesse à laquelle circulait ce variant. 8/16

Mais… la DGS a décidé vendredi 17 de chambouler les méthodes de criblage pour “mieux suivre Omicron”, en communiquant peu d’infos. Depuis, la proportion de cas dont on connait la présence de C a chuté dans les données publiques. Il est désormais impossible de suivre Omicron. 9/

.@SantePubliqueFr nous a donné l’explication il y a deux jours. Début décembre, un nouveau code a été instauré, D, permettant de suivre certaines mutations précises d’Omicron. Les laboratoires effectuent donc une transition depuis l’ancien système de codage vers le nouveau. 10/16

Certains laboratoires publient encore les criblages avec l’ancien système (A, B, C), et d’autres ont déjà commencé avec le nouveau système (A, B, C, D). 11/16

Or Santé publique France ne publie en #OpenData que les données concernant l’ancien système. De moins en moins de laboratoires remontent les données, à tel point que l’information sur C n’est plus interprétable. 12/16

Pourquoi effectuer une telle transition au pire moment, la seule période où nous avons besoin de suivre Omicron (sans parler des vacances qui limitent les moyens chez SpF) ? Dans quelques jours il sera trop tard, Omicron se propage tellement vite. 13/16

La conséquence du changement est que nous ne pouvons plus suivre Omicron. Il est trop tard, le thermomètre des open data est cassé à un moment où on en avait besoin. Il est cependant possible de limiter les dégâts, et de retrouver un suivi partiel. 14/16

Pour cela, il faudrait que Santé publique France continue à publier les données de chaque colonne (avec l’ancien ET le nouveau système), en ajoutant simplement la colonne D à son suivi, et en intégrant les données pour le moment exclues des open data. 15/16

Sans ces données, le suivi d’Omicron s’arrête aujourd’hui sur CovidTracker.fr 16/16

Précision : les équipes de SpF sont bien sûr mobilisées, y compris pendant ces périodes de fêtes, merci à elles pour leur engagement ! 🙌🏻

On m’indique que la situation évoquée dans ce thread pourrait être résolue rapidement. Bon courage aux personnes impliquées.