Thread by @takenitta

この論文のDNA解析については Supplementary Data に詳しく記述されてます。



本研究では、被験者の血液からDNAを抽出してPCRをしてます。
以下、詳しく解説してみます。

（予め言っておきますがスカポン論文です） europeanreview.org/wp/wp-content/…

PCRに用いたプライマーの塩基配列はこれ。
このプライマーはファイザー💉BNT162b2のスパイク遺伝子の一部（400bp）を増幅するように設計されている。
天然のコロナウイルスやモデルナ💉のスパイク遺伝子は、塩基配列が異なるので、増幅されない。

著者らは35サイクルのPCRを、同じプライマーを用いて２回行っている。計70サイクル。

論文にはNested PCRと書かれているが、、
Nested PCRとは、異なるプライマーセットを用いて増幅の特異性を高めるPCR法のこと。同じプライマーでPCRを繰り返しても非特異的増幅が増えるだけ。Nested PCRとは呼べない

ゲノムDNAを鋳型として70サイクルもPCRをすれば、非特異的なDNA増幅が起こり、変なDNA断片が増幅されることはよくある。
実際、著者らは440bpのDNAを増幅したと書いている。

（ここで、２つ前のポストをよく読んでください）

著者らが用いたプライマーで増幅されるべきDNAは400bpである。。

要するに、、訳のわからんDNA断片が増幅されたということ。

PCRで増幅を繰り返すと、プライマーがよく似た配列に非特異的に結合したり、増幅された断片どうしが繋がったりして、元々存在しなかったDNAが増幅されることが普通にある。

Supplementary Table I に、増幅されたDNAの塩基配列の一部（100bp）が示されている。

上が著者らが得た配列
下はSARS-CoV-2の配列

大文字の配列 GTGTCCTATTCAC（13bp）が、
SARS-CoV-2の配列と一致...

100bpのうち13bpが一致したことに何の意味があるのか、、まったく理解できない。。
しかも、、

しかも、、
この下の配列は、SARS-CoV-2の ORF8遺伝子である。。。
スパイク遺伝子ではない。。

スパイク遺伝子を増幅するはずのプライマーを用いてPCR（70サイクル）したら、謎のDNAが増幅され、その一部（たった13bp）がORF8遺伝子の配列と一致した、という意味不明のデータである。

著者らが増幅したDNAの配列（上の配列）で
BLAST検索をしてみたが、、
（塩基配列の類似性を調べる解析法）

何の遺伝子もヒットしなかった。。

領域を絞って検索すると、いろんな生き物の塩基配列がゆるくヒットする。

例えば、これはハイエナの遺伝子😇
（もちろん偶然似てるというだけ）

要するに、天然に存在しないDNAが増幅されとる。

まとめると、
70サイクルもPCRしたら、予想とは異なるサイズの謎のDNAが増幅され、その一部が目的外の遺伝子（いちおう新型コロナ）に一致した、という謎のデータです。
もちろん何の意味もありません。
誰が査読した？？

査読システムが崩壊してると書いた矢先にこれか。。

そうゆうことです。


少なくともDNAの検出については、
予想のはるか上（下？）をゆく超スカポンタン論文でした。

おわり

追記
渡瀬さんの解説の方が私のより早かった。
DNAサイズの指摘はその通りです。お見事。