Thread by @coraman

Bu bir "SNPchip."
Türkçesi, Tek Nükleotit Polimorfizm çipi. 🧐
DNA'da farklılık gösteren bölgeleri incelemek için kullanıyoruz. Yakında açacağımız bir sergide sergilenmesi için seçtim. Neden bu "çekici" objeyi seçtiğimi anlatayım.

Önce sergiden biraz bahsedeyim. Sergi, evcil çiftlik hayvanlarını nasıl değiştirdiğimiz üzerine. Bu konuyu; tarihi, etik, morfolojik ve genetik gibi farklı açılardan ele alıyoruz. Sadece son 100 yüzyıla bakıyoruz. Hayvanlara bakışımız, onlardan beklentilerimiz nasıl değişmiş.

Sergi için sosyal bilimci, tarihçi, hayvan yetiştiriciliği uzmanı ve biyologlar bir arada çalıştık. (Yaşasın çok disiplinli çalışmalar; olaya birçok açıdan bakıp bir sürü şey öğrenmecilik!)
Peki hayvanları nasıl değiştiriyoruz?

Malumunuz, aynı türe ait bireyler tamamen birbirine benzemezler. Köpekler mesela. Kimi kısa, kimi uzun; kimi asabi, kimi sakin. Biz de köpekleri çiftleştirirken istediğimiz özellikleri iyi gösterenleri seçiyoruz. Bunu yavrularında da yaparak türü istediğimiz yönde değiştiriyoruz.

Bu "istediğimiz şekilde" kısmı işin ilginç kısmı. Çünkü hem istediğimiz, hem de kimin istediği sürekli değişiyor. Örneğin eskiden çiftliğimizdeki ineği "istediğimize" göre çiftleştirirken artık sübvansiyonlarla belirli ırkları "tercih" edebiliyoruz.

Bu sadece küresel şirketlere veya antibiyotik lobisine de bağlı değil (büyük oyunu görüp Son*r Y*lçın'a selamlarımı yolluyorum). Mesela Dünya savaşları bu tercihleri etkilemiş. Mesela Almanlar, yakın zamana kadar 2 farklı ülke olarak farklı hayvanları seçmiş.

Ülkelerin birleşmesiyle hayvanlar da birleşmiş. Birleşen toplumun da hayvanlardan yeni beklentileri oluşmuş. Eskiden kaslı hayvanları tercih ederken artık "mermerli" steakçi eti istiyoruz (Bakınız, eti fetiş haline getiren Nusret ve türevleri).

Neyse işin bu tarafını bırakıp objeyle alakalı kısmına geleyim. Özellikleri seçiyoruz ya, aslında seçtiğimiz DNA! Fiziksel, davranışsal farklılıkların altında yatan sebep DNA'da olan farklar. Yani DNA'daki bir A'nın C olması o türü az daha yağlı yapabilir (bu kadar basit değil).

Yanlış anlaşılmasın; A'yı alıp yerine C koymuyoruz. Hemen bilgileri tazeleyelim. Annemiz A/A, babamız C/C olsun. Anadan A, babadan C gelecek bizim DNA'mızın o kısmı
A/C olacak. Biz ve çocuklarımız devamlı A/A olanlarla evlenirse bir süre sonra torunlarımız hep A/A olacaktır.

Dış görünüşe bakarak, DNA'da neye tekabül ettiğini bilmeden seçimler yaptık. Bu A'ları, C'leri doğru kombinasyonlarda yan yana getirmeye çalışıyorduk aslında. Hedefimiz tek bir nokta olmadığı için yüz binlerce kombinasyon vardı. Deneye deneye nasıl yaptığımızı bilmeden yaptık!

Sonra genetik alanında atılımlar oldu. Artık bir sürü canlılın neredeyse tüm DNA'sını biliyoruz. Buna genom deniyor. Genomu biliyoruz ama neresi ne işe yarar orasını daha tam çözemedik. Ama alan hızla ilerliyor.

Peki nerenin ne işe yaradığını anlamıyorsak genomik veriler ne işe yarıyor? Bunun için şöyle bir yöntem bulunmuş. Bir türe ait bir sürü bireyin genomunu çıkarmışlar. Mesela ineklerin. Bunları alt alta koymuşlar nereler farklı diye bakmışlar.

Fikir vermesi açısından, yakın akraba olmayan iki insanın genomlarını alt alta koyup bakarsınız birbirinden %0.6 farklı olduğunu görürsünüz. Yani 3 milyar bazlık DNA'nın 20 milyon noktası farklı. Farklılık gösteren bu noktalara "Tek Nükleotit Polimorfizm" deniyor. Çipin adı yani.

Genomunu çıkardıkları bireyleri görünüş davranış özelliklerini de bir kenara yazıyorlar. Boyu, sütü, agresfiliği bu diye. Bunların DNA'nın farklılık gösteren noktalarıyla arasında bir ilişki var mı diye test ediyorlar. Anlamlı bir etki varsa demek ki ilgili gen yakında diyorlar.

Tam nerede bilmiyoruz ama bununla bağlantılı diyoruz. Bir de sadece bir nokta, bir genle alakalı olmayabilir. Birçok özellik birden fazla genle ilişkili. Bu analizelere Genom çapında ilişkilendirme çalışmaları (İng. GWAS deniyor).

Hani DNA testleri bilmem neye yatkınlığınız gibi sonuçlar veriyor ya işte onlar kabaca böyle analiz ediliyor. Malum önemlerinden ötürü birçok çiftlik hayvanı için de böyle veriler var. Hatta o kadar ki DNA'larına bağlı olarak her hayvana bir skor verilebiliyor.

Yani artık damızlık hayvanlar daha doğdukları an belirleniyor. Normalde hayvan büyür nasıl gözüküyor, nasıl davranıyor, kaç yavrusu oldu vs. bakarsın ya artık hiç beklemiyorlar. Genomik skoruna göre buna karar veriyorlar.

Eskiden DNA'yı görmeden görünüşe göre seçerken, artık neredeyse hayvanı görmeden DNA'ya bakarak üreyecek hayvanları seçiyoruz! İşte bu çip DNA'da farklılık gösteren yerlere bakmak için üretilmiş bir çip. Genomun 600,000 noktasını yakalıyor ve orası A mı C mi diye söylüyor.

Evcilleştirme gerçekten enterasan bir süreç. Bugün Afyon'da bir ahırda duran bir Holstein ineğinin hikâyesi bundan 10,000 yıl önce yine aynı coğrafyada başlıyor. O günden bugüne geçen süreçteki politik süreçler, teknolojik gelişmeler gibi birçok faktör bu ineği değiştirmiş.