Thread by @DDupagne

Thread sur l'interprétation des tests PCR (nez-pharynx) pour le SARS-CoV-2 (COVID19)
Aussi bizarre que cela puisse paraître, le résultat d'un test ne peut être interprété que si l'on connait, même grossièrement, le risque d'être malade AVANT de pratiquer le test. 1/12

Aucun test n'est parfait, il existe toujours un % d'erreurs : faux positifs ou faux négatifs. Par exemple, un test de grossesse positif chez une fillette de 10 ans non réglée a toute les chances d'être un faux positif. Dans ce cas, le risque avant le test était quasi nul 2/12

et il le reste après un test positif. Donc, la probabilité d'une grossesse après un test positif n'est pas la même chez une fillette, chez un femme sexuellement active de 25 ans, et chez une femme de 75 ans... Voyons comment cela s'applique au test PCR COVID19 3/12

La sensibilité de ce test est de 70% : cela veut dire que 70% des malades sont positifs au test.
Sa spécificité est de 95%, cela veut dire que 95% des non-malades sont négatifs.
Mais ce n'est pas ce qui nous intéresse !!! 4/12

Nous voulons savoir quel est le pourcentage des positifs qui sont malades et quel pourcentage des négatifs sont effectivement sains et non contagieux. La différence ne saute pas aux yeux en première lecture, mais elle est fondamentale. Relisez ces deux tweets si nécessaire 5/12

Et pour calculer ces pourcentages, il faut évaluer le risque AVANT le test, on réalise alors un calcul qui donne les résultats suivants.
1) Risque faible a priori : personne asymptomatique sans contact connu. Mettons 5% de risque d'être malade avant le test (0,05) : 6/12

Un résultat positif donne une probabilité de 42% d'être infecté alors qu'il était de 5% avant le test. Bof ! Nous avons aussi la probabilité de ne pas être infecté si le test est négatif, qui est de 98% ! Ça c'est utile ! C'est donc un résultat négatif qui est intéressant. 7/12

2) Risque moyen : Quelques symptômes peu évocateurs ou contact rapproché avec un malade. Estimons le risque à 40% (0,4) avant le test. Le calcul donne comme résultat 90% de probabilité d'être infecté. Il reste néanmoins 17% de "chances" que le test soit négatif à tort 8/12

Dans ce cas, un test positif est utile car il confirme quasiment l'infection. En revanche, un test négatif ne peut pas être totalement rassurant du fait des 17% de faux négatifs. C'est à dire que 17% des sujets infectés auront un test négatif à tort
9/12

3) Risque élevé : symptômes typiques de l'infection . Estimons le risque avant le test à 90%. Le calcul donne 99% de risque de maladie pour un test positif mais aussi 73% de maladie pour un test négatif !!! Le test ne sert donc pas à grand chose dans cette situation. 10/12

En résumé : le test PCR nasopharyngé est utile :
- En population générale, mais uniquement s'il est négatif.
- En cas de doute sur un infection, mais uniquement s'il est positif.
- En aucun cas chez des malades chez qui le diagnostic est déjà évident avant le test 11/12

Pour en savoir plus, faire les calculs vous-même et comprendre ces concepts complexes que valeurs prédictives : reseau-naissance.fr/data/mediashar…
revmed.ch/iframe/VPN%20e… 12/12

Et dès que l'on connaîtra la sensibilité et la spécificité des tests sérologiques, on pourra faire les mêmes calculs