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May 10, 2020 48 tweets 33 min read Read on X
Une carte pour surveiller les "reprises de feu" de l'épidémie #Covid19 : nombre d'admissions (=nouvelles hospitalisations) par département, sur les 7 derniers jours et pour 100000 habitants. Image
Faire la somme des 7 derniers jours permet de gommer les fortes variations d'admissions selon les jours de la semaine (par ex. moins le dimanche).
Rapporter à 100000 habitants est utile pour ne pas voir systématiquement les départements comportant des grandes villes (par ex. Rhône, Bouches-du-Rhône, Haute-Garonne) avoir un nombre d'admissions beaucoup plus élevé.
La carte du jour "prend une photo" en dernière semaine de confinement, à comparer avec ce qui viendra les prochaines semaines. Sur la semaine écoulée, tous les départements sont à moins de 20 admissions pour 100000 hab., sauf la Haute-Marne, l'Ardèche et Belfort (entre 20 et 30).
On note quand même au total (France métropolitaine) plus de 4000 personnes nouvellement hospitalisées pour covid la semaine passée, du 4 au 10 mai.
Pour mesurer le chemin parcouru, voici la carte équivalente d'il y a ~5 semaines, du 28 mars au 3 avril, au pic national d'admissions à l'hôpital pour #Covid19 :
Près de 25000 admissions sur 7 jours, de nombreux départements au delà de 60 voire 100 adm/100000 hab. Image
Cette carte sera mise à jour régulièrement ces prochaines semaines. Si vous voulez voir les courbes d'admissions par département, il faut aller sur le site très complet d'@gforestier germain-forestier.info/covid/departem…
[MAJ du 11/05] Une carte pratiquement identique à hier (malgré le passage de dimanche à lundi).

Total des admissions #Covid19 sur les 7 derniers jours : 4031. Image
[MAJ du 12/05] Carte toujours stable. L'Ardèche repasse en dessous de 20 admissions/semaine/100000 hab. La Haute-Marne(28) et Belfort(23) restent au dessus, rejoints par l'Aisne(20).

Total des admissions #Covid19 sur les 7 derniers jours en baisse : 3710. Image
[MAJ du 13/05] Pas de changement notable. Seule la Haute-Marne reste au dessus de 20 admissions/semaine/100000 hab.
Sur la France métropolitaine, la baisse régulière des admissions se poursuit. Total des admissions #Covid19 sur les 7 derniers jours : 3418. Image
[MAJ du 14/05] La baisse des admissions continue. Tous les départements sont à moins de 20 admissions/semaine/100000 hab.
Total des admissions #Covid19 sur les 7 derniers jours : 3235. Image
[MAJ du 15/05] La Meuse remonte à 23, tous les autres départements restent < 20 adm/sem/100000 hab.

Total des admissions #Covid19 sur les 7 derniers jours : 3160. Image
[MAJ du 16/05] 🟧Total des admissions #Covid19 sur les 7 derniers jours : 3247, en hausse pour la première fois depuis plusieurs semaines.

La Meuse monte à 28 admissions pour 100000 habitants sur les 7 derniers jours. Image
[Bilan 17/05] #Covid19 Bilan de la première semaine déconfinée : 3149 personnes admises à l'hôpital, une baisse de 25% par rapport à la semaine précédente (4194).

Départements où les admissions ont été les plus fréquentes:
🟧 Meuse (28 admissions/100000 hab)
🟧 Haut-Rhin (20) Image
[MAJ 18/05] Sur la France Métropolitaine prise dans son ensemble, la baisse des admissions continue, avec 3003 admissions #Covid19 sur les 7 derniers jours.
Mais certains départements comme par exemple la Vendée ou l'Aude, semblent repartir à la hausse depuis une semaine. ImageImageImage
[MAJ 19/05] Pas de gros changement visible sur la carte des admissions, toujours en baisse au niveau national (2844 admissions depuis 7j).
Nouveau dept à surveiller : les #Ardennes, avec 29 admissions #Covid19 rapportées aujourd'hui, un record pour ce dept de 300k habitants. ImageImage
il n'est pas impossible que les 29 admissions pour les Ardennes soit une erreur, ou bien un rattrapage de retard de données. A suivre ces prochains jours 🙄
[MAJ 20/05] Carte presque identique à hier, baisse à 2740 admissions #covid19 sur la France métropolitaine pour les 7 derniers jours.
Nouvelle visualisation de l'évolution des admissions par département. ImageImageImage
[MAJ 22/05] Baisse à 2304 admissions #covid19 sur la France métropolitaine pour les 7 derniers jours.
Seuls quelques départements ont des admissions en légère hausse ce vendredi : Aude, Cher, Essone par exemple. ImageImageImage
[Bilan 24/05] #Covid19 Bilan de la 2ème semaine déconfinée : 2148 personnes admises à l'hôpital, une baisse de 32% par rapport à la semaine précédente (3149) et de 47% par rapport à la dernière semaine confinée (4039).
[Graphes par départements à suivre] Image
C'est toujours dans le Nord-Est que les admissions ont été les plus fréquentes (Meuse, Haut-Rhin, Belfort), mais ces chiffres sont en baisse.

🟨A signaler 3 départements contigus en hausse par rapport à la semaine dernière : Creuse (+7), Allier (+5) et Cher (+3). ImageImage
[MAJ 26/05] La baisse continue : 1924 admissions #covid19 depuis 7 jours en France métropolitaine.

4 départements en légère hausse par rapport à il y a 2 jours : Côte-d'or, Seine-et-Marne, Aisne, Meurthe-et-Moselle (+2 admis/100000 habitants/7j) ImageImageImage
[MAJ 29/05] 4 départements de l'Est au dessus de 10 admissions #covid19 par semaine pour 100000 habitants :
🟨 Haute-Marne (16)
🟨 Meuse (15)
🟨 Haut-Rhin (11)
🟨 #Jura (10, plus haut depuis 5 semaines. Il peut s'agir d'une correction de données). ImageImageImage
[Bilan 31/05] #Covid19 Bilan de la 3ème semaine déconfinée : 1674 personnes admises à l'hôpital, -22% par rapport à la semaine dernière (2148). La baisse continue mais ralentit, et toujours une forte hétérogénéité entre départements.
[Graphes par départements à suivre] Image
4 départements où le décompte des admissions pour 100000 habitants a sensiblement augmenté par rapport à la semaine dernière :
🟨 Haute-Marne (+10)
🟨 Jura (+6 ; possiblement une correction de données)
🟨 Aisne (+3)
🟨 Seine et Marne (+3) ImageImage
[Bilan hebdo 07/06] (avec 1 jour de retard 😶)
#Covid19 : la baisse continue, avec "seulement" ~1000 admissions à l'hôpital la semaine passée.
A comparer avec ~4000 admissions à la mi mai (fin du confinement), et ~25000 au plus fort du pic début avril. ImageImageImage
[MAJ 11/06] un point 1 mois après le déconfinement : la baisse continue (884 admissions en 7j). Les dpts où les admis. sont plus fréquentes :
🟨 Meuse (8)
🟨 Haut-Rhin (5)
🟨 Ardennes (5)
🟨 Meurthe-et-Moselle (5) ImageImageImage
[Bilan hebdo 14/06] 713 admissions #Covid19 cette semaine. ImageImageImage
[Bilan hebdo 21/06] 591 admissions #Covid19 cette semaine. Toujours en baisse depuis la semaine précédente, mais on peut noter que ce chiffre national stagne depuis 3 jours. Les 3 départements les plus en hausse (légère +2) : Orne, Haute-Marne, Eure-et-Loir. ImageImageImage
[Point 10/07] 426 admissions #covid19 en France métro. sur 7 jours. Tous les depts sont à moins de 3 admissions / semaine / 100k habitants (sauf Belfort qui a dû enregistrer une correction de données ce soir).

🟥 150 admissions en Guyane sur la même période, soit 52 / 100k hab. ImageImageImage
[Point 21/07] Chiffres pas très bons ce soir. Après un long creux à ~430 les deux dernières semaines, on remonte à 545 admissions #Covid19 sur 7j.
Cela peut-être en partie dû au 14-15/07 ; A suivre.
5 dept à ~3 adm/100k : Creuse, Val-de-Marne, Mayenne, Yonne, Bouches-du-Rhône. Image
Précision : le 14 il y a eu - d'admissions qu'un mardi normal, et le 15-16 + d'admissions (rattrapage). Donc quand on fait la somme du 15 au 21, cela peut gonfler un peu les chiffres. A voir comment tout cela évolue en fin de semaine.
[point 24/07] 555 admissions #covid19 sur les 7 jours passés, soit une augmentation de 33% par rapport à la semaine précédente (415 au 17/07).
Mayenne, Val-de-Marne et Yonne toujours en tête, à ~3 admis/semaine/100k habitants. Image
Il faut se souvenir que la première vague de mars-avril a atteint 25000 admissions/semaines, on en est très très loin. Mais...
Quand on regarde l'évolution des admissions depuis le déconfinement, on voit que plusieurs départements, notamment ceux de grandes villes (Paris, Lyon, Marseille, Lille, Nice) sont à leur plus haut depuis au moins 1 mois. ImageImage
[point 28/07] les admissions continuent à augmenter doucement au niveau national : 594 sur les 7 derniers jours. Départements où les admissions sont les plus fréquentes : Mayenne, Val-de-Marne, Val d'Oise, Yvelines. Image
[point 31/07] 628 admissions cette semaine, +13% par rapport à la semaine dernière. Depts en tête : Mayenne, Sarthe, Val-de-Marne, Val d'Oise, Hauts-de Seine, Haute Marne. ImageImageImage
On lit souvent "les cas augmentent, mais heureusement rien à l'hôpital". La hausse des admissions nationales peut paraître faible mais c'est différent quand on regarde les départements en reprise. Ici les courbes d'admissions (sur 7j pour 100k hab.) depuis le 11 mai. ImageImageImage
[point 7/08] 666 admissions #covid19 cette semaine en France métropolitaine, +6% par rapport à la semaine précedente, +56% en un mois😬 ImageImageImage
[point 11/08] 753 admissions #covid19 les 7 derniers jours. En plus de la Mayenne/Sarthe et de la région parisienne, les départements concernés pas une hausse semblent nombreux et dispersés : Haut-Rhin, Alpes, Ardèche, etc. ImageImageImage
[point 13/08] les admissions à l'hôpital pour #covid19 ont quasiment doublé en 1 mois. Ci-dessous les cartes du 13 juillet et du 13 août pour comparaison. ImageImage
[point 21/08] la hausse des admissions à l'hopital pour #covid19 se poursuit, avec 899 admis cette semaine.

🟧Courbe inquiétante dans les Bouches-du-Rhône notamment (6 adm/100k = 122 personnes admises cette semaine = 13% des admissions en France métrop). ImageImageImageImage
[point 28/08] 1164 admissions cette semaine en France métropolitaine (+27% en 7j)

Les 3 départements en tête :
🟧 Bouches-du-Rhône 9 admis/100k (+43%)
🟧 Alpes maritimes 6 admis/100k (+83%)
🟧 Val-de-Marne 5 admis/100k (+64%)

@gforestier @eorphelin @Le___Doc @Panda31808732 ImageImageImage
[MAJ 4/09] 1466 admissions cette semaine (+26% en 7j).
La carte commence à s'allumer fort pour 2 dpts :
🟧 Bouches-du-Rhône 13 admis/100k (+47%)
🟧 Rhône 8 admis/100k (+125%)
Ces niveaux sont équivalents à ceux de début mai.

@gforestier @eorphelin @Le___Doc @Panda31808732 ImageImageImage
[MAJ 11/09] 2189 admissions #covid19 à l'hôpital cette semaine. C'est une augmentation de 49% en 7j, en accélération.
Cartes du 11 mai et du 11 juillet pour comparaison. ImageImageImage
Et l'évolution par département sur les 4 mois depuis le déconfinement : ImageImage
[MAJ 18/09] 3457 admissions en 7j (+58%)
(n.b. +46% si on ignore les données de l'Essone, qui semblent être un gros rattrapage aujourd'hui).
Au moins une quinzaine de départements en reprise claire, mais chacun peut se faire une opinion sur les courbes.
@Panda31808732 @Le___Doc ImageImageImage
[MAJ 25/09] 3857 admissions en 7j (+11%)
8 départements > 10 admis/7j/100k habitants :
🟧Bouches-du-Rhône
🟧Loire
🟧Rhône
🟧Paris
🟧Vaucluse
🟧Hauts-de-Seine
🟧Seine-Saint-Denis
🟧Val-de-Marne
@Panda31808732 @Le___Doc ImageImageImage

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Nov 16, 2021
Do current Delta🦠waves in Europe correlate with temperature change?🌡️

Here's a graph for all 35 countries with > 1M population 👇

thread 🧵, 1/n
🔵Blue is the 7-day mean outdoor temperature.
⚪️White is the 7-day case ratio (i.e. new cases detected on a given date, divided by new cases detected 7 days earlier). This ratio can also be used as a rough estimation of R (i.e. the number of persons infected by a single case).
There are a couple tricks to align both variables :

👉 the temperature is plotted on a reversed axis (low temp. on top), as cold air is suspected to facilitate virus transmission (more on this below).
Read 29 tweets
Apr 15, 2021
Météo ⛅️ + mobilité🚗: une carte 🗺️ pour essayer de ne plus naviguer à vue avec le #covid19.

Un fil (très) exploratoire 🔽🔽🔽 Image
Comme vous avez pu le lire ici dans de multiples fils, en suivant de près le R de l’épidémie (le nombre de personnes contaminées par malade) et les courbes de température et d’humidité, il semble qu’un air froid et sec favorise la transmission.
Le “problème” c’est que ce qui détermine le R en premier lieu, ce sont les mesures de restrictions sociales, confinements etc.
On peut voir que les corrélations climatiques se “cassent la gueule” dès que le niveau des restrictions varie.
germain-forestier.info/covid/meteo.ht… Image
Read 51 tweets
Mar 6, 2021
Here's a quick-and-dirty attempt at transposing plots of covid transmission vs. weather to another country : Germany 🇩🇪

Plots for R vs. Temperature, and R vs. Absolute Humidity during summer :
As I don't have access to new hospitalization data, I had to estimate R from new cases, and shifted it by a delay of ~12 days to account for incubation, testing and reporting delays.

Remember the weather axes are flipped upside down.
The bottom plot is 1-month floating-window correlation (Pearson's r, y axis also inverted). Note how the correlation varies but remains always negative.
Read 16 tweets
Feb 6, 2021
Covid-19 🦠 vs. Weather ⛅️ in the U.S., a thread.

[disclaimer: I work as a biologist, but am no epidemiologist, so please use results with caution]
If weather influences covid19 transmission, it should show in reported cases with a delay, that is ~5 days from infection to symptoms + maybe 1 week for getting tested, receiving the results and get reported in state data.
The variable putatively influenced by weather is not directly case count, but Reproduction number R, the number of people infected by each sick person.
Read 18 tweets
Sep 27, 2020
Covid19 en France : combien de jeunes à l'hôpital ? ImageImageImage
il y a des données officielles sur les hospitalisations par classe d'âge, mais elles sont rarement représentées graphiquement. data.gouv.fr/fr/datasets/do…
Pourtant, à l'heure où une bonne partie des clusters ont lieu en milieu scolaire et universitaire, où les protocoles sanitaires sont discutés, il peut être utile de suivre les données hospitalières par classe d'âge.
Read 18 tweets
Sep 20, 2020
Question aux habitués des data Covid data.gouv.fr
Je m'attends à ce que que les nouvelles hosp (en noir) = la somme des variations journalières d'hosp. en cours, de retours et de décès (en cyan)
@gforestier @eorphelin @starjoin @Panda31808732 @GuillaumeRozier 1/ Image
Par ex le 15/09, pour que le n d'hospit en cours augmente de 181, alors qu'il y a eu 384 retours et 36 décès depuis la veille, il faudrait que le nombre d'entrées à l'hopital ait été de (181 + 384 + 36) = 601. Or le chiffre de nouvelles hospit donné pour ce jour là est de 642. Image
Cette différence sur le site d'information, je la retrouve dans les fichiers (fichier "nouveaux" vs. fichier "classe d'âge" en prenant la classe total "0") : la somme des var. journalières d'hospit en cours + retours + décès n'atteint en moyenne que 90% des nouvelles hospit. ImageImage
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