Se você leu o How to take smart notes e, assim como eu, foi influenciado pelo sistema de notas, deve estar em dúvida sobre como implementá-lo. Eu uso o @RoamResearch pra isso, mas é pago e salgado. Mas há uma alternativa grátis usando uma ótima ferramenta: o @NotionHQ
Um exemplo: criei uma página de notas, com três databases (Autores; Notas de Leitura; Notas Permanentes). Gosto de usar uma base só para Autores para organizar todo material que eu tenho de um único autor (vocês vão entender). 
O segredo pra implementar o sistema é utilizar bases de dados linkadas (linked databases). Com isso, você consegue relacionar duas notas em bases de dados diferentes ou na mesma base de dados.
Um exemplo: supondo que eu esteja lendo e tomando notas no livro do Adrian Sgarbi sobre Kelsen (O Mundo de Kelsen). Na minha página de notas de leitura eu vou criar uma nota para isso, e linká-la com a página do autor (Adrian Sgarbi).
Nessa base de dados vou tomando notas de leitura (ainda não são as notas permanentes sugeridas pelo livro). Só para ilustrar, lendo outro livro do Adrian Sgarbi (Curso de Teoria do Direito), crio uma nova página na minha base de dados de notas de leitura.
Percebam que, como são livros do mesmo autor, e como criei uma base de dados linkada, na minha base "Autores", a página do Adrian Sgarbi já está atualizada com todas as notas de livros ou artigos produzidos por ele
Depois de tomar notas de leitura, você pode retornar lá e retirar, dali, as ideias para tomar notas permanentes, no método Zettelkasten. Gosto de linkar as bases de dados, assim eu tenho a nota permanente, e os links para as notas de leitura e para a página do autor
Quando você for criar uma nova nota permanente, deve fazer as relações com as notas que você já possui na sua base de dados de "Notas permanentes". É simples: é só linkar essa base de dados a ela mesma. Vejam aí como isso é feito
Pra facilitar a visualização, eu coloco a minha base de dados de notas permanentes no modo de visualização em cartões, assim vejo o conteúdo da nota como uma ficha, e consigo criar as relações
Com isso, suas notas não ficam soltas, você consegue controlar e relacionar suas notas de leitura e notas permanentes e, de brinde, tem uma página com todas as notas que tomou em relação a determinado autor.
Leva um tempo pra aprender a montar isso no @NotionHQ ou em qualquer outro programa, mas é aquele tempo gasto que vai ser economizado várias vezes lá na frente, quando o sistema já estiver rodando.
