Thread by @Damkyan_Omega

Bon, je vois que vous avez un intérêt pour le sujet.

Donc on va parler de phylogénétique et de virus.

Ptit [Thread] - Of (Corona)Viruses and Men

https://twitter.com/Damkyan_Omega/status/1284511905189634048

Déjà, pour comprendre comment un virus ça fonctionne et ça se distribue, il faut regarder un peu plus large. C'est-à-dire regarder l'arbre de la vie qui regroupe tous les organismes. Et il y a des différences majeurs entre bactéries, archées, eucaryotes et virus.

Les virus sont polyphylétiques:

Dans un arbre phylogénétique, les caractéristiques des membres des taxons sont héritées des ancêtres précédents. Les virus ne peuvent pas être inclus dans l'arbre de vie car ils ne partagent pas de caractéristiques avec les cellules, et aucun gène

n'est partagé par tous les virus ou lignées virales. Alors que la vie cellulaire a une seule origine commune, les virus sont polyphylétiques - ils ont de nombreuses origines évolutives.

Il n'y a pas de lignées virales ancestrales:

On n'a pas identifié de gène unique partagé

par tous les virus. Il existe des motifs protéiques communs dans les capsides virales, mais ils sont probablement issus d'une évolution convergente ou d'un transfert horizontal de gènes.

En gros les virus se distribuent de manière beaucoup plus spécifique à leur hôte.

Si je prend un autre de mes sujets préférés (les chats), on peut voir que d'un point de vue évolutionnel, les chats Felis ont un ancêtre commun avec lequel ils partagent certaines des caractéristiques (gênes).

Pour une représentation d'un arbre de la vie avec les trois grands groupes, voir ici: "A new view of the tree of life". Nature Microbiology. 1 (5): 16048. doi:10.1038/nmicrobiol.2016.48

Bref, les virus ont aussi une classification élargie et une taxonomie propre, à voir sur le International Committee on Taxonomy of Viruses qui sert de référence:
talk.ictvonline.org/taxonomy/

En version simplifiée on a ces différents types de virus existants selon les hôtes (plantes, bactéries, humains, etc.)

Bref, les virus c'est complexe, il y en a une tripotée et ils sont extrêmement efficaces pour s'adapter à leurs hôtes.

Bon, mais du coup les coronavirus Kézaco(vid)?

Les coronavirus appartiennent à la famille des Coronaviridae dans l'ordre des Nidovirales. Ils peuvent être

classés en quatre genres : Alphacoronavirus, Betacoronavirus, Gammacoronavirus et Deltacoronavirus.

Voir (annualreviews.org/doi/full/10.11…, Human Coronavirus:
Host-Pathogen Interaction). Ici on a un papier qui présente les HCoV (human coronaviruses) avant la découvert de CoV-2 (Covid-19)

La taxonomie complète ce fait dans cet ordre: Riboviria › Orthornavirae › Pisuviricota › Pisoniviricetes › Nidovirales › Cornidovirineae › Coronaviridae › Orthocoronavirinae

Structure du génome des coronavirus humains (HCoVs). Schéma montrant la structure du génome de six HCoVs connus (pas à l'échelle). Cette image est plus pour les scientifiques qui lirons ceci, elle n'avance pas plus pour la généralisation de ce qu'est un coronavirus.

Bon, d'accord on voit que c'est distribué dans une taxonomie établie, que ça infecte différents hôtes, que ça évolue en fonction de ces derniers et que c'est zoonotique (Relatif à la zoonose, maladie qui se transmet de l'animal à l'homme ou vice-versa.). Mais c'est comment?

Un coronavirus s'appelle de cette manière parce qu'il est recouvert d'une protéine en forme de petite pointe (Spike ou S-protein) qui le hérisse de picots et lui donne l'air d'avoir une couronne (Corona en latin).

Ces petits clous de girofles sont un trimère de protéines

responsables dans ce cas-là (Covid-19) d'infecter les récepteurs ACE2 humains ou animal en se fixant dessus (Ici une image que j'ai faite à partie de Sars-CoV et Sars-CoV-2 et le récepteur ACE2 (à droite en bleu).

Tout ceci est relativement connu, mais je voulais contextualiser un peu.

Pour plus d'explication sur l'évolution des Spike, lire l'excellente review : Structure, Function, and Evolution of Coronavirus Spike Proteins

annualreviews.org/doi/10.1146/an…

Pour l'évolution et l'origine des coronavirus pathogènes, je recommande ce papier qui est une mine d'or: Origin and evolution of pathogenic coronaviruses

nature.com/articles/s4157…

On y trouve par exemple l'origine et la transmission de plusieurs Coronavirus qui ont transités par zoonose entre différents vecteurs avant d'être transmis à l'humain.

Bref, tout ça pour revenir à un point central que je voulais mettre en avant en une phrase mais que je ne savais pas comment sortir comme ça sans contexte: "LES CORONAVIRUS C'EST VIEUX, Y'EN A PLEIN, C'EST POSSIBLE D’ÊTRE CONTAMINÉ PAR UN CORONAVIRUS QUI N'EST PAS SARS-CoV-2"

Parce que la maladie (Covid-19) causée par SARS-CoV-2 est une maladie à coronavirus, mais toutes les maladies à coronavirus sont SARS-CoV-2 dépendantes.

Donc sortir des données de 2005 ou d'avant pour dire que OMG on sachait: Non, juste non.

Bon ça se voulait assez court et didactique, sans trop de détails, mais il fallait que je mette un peu de biscuit et que je relise certaines publis.

Bref, maintenant des comptes à suivre de scientifiques pour Covid: @EricBillyFR @Le___Doc @leandrotessler @firefoxx66 @houndcl

@GaetanBurgio @BallouxFrancois @FZores @parolin_ricardo @florian_krammer @eggersnsf @DidierPittet @TaschnerNatalia @caroline_samer @Clara_Locher

cc @ElVeider_FDV @LUppsala @OlivierHertel @ICH8412 @Sev_Erhel @Curiolog @GenetixVideos et les autres

*ne sont pas

@SciTania @Kezacovid aussi. Bordel, j'oublie toujours des gens.