Thread by @OlgaVPettersson

Как же сладко спится отпускным субботним утром, милые твиттеряне!
(Не завидуйте, сами там будете. 😜)

Сегодня я расскажу в чем именно состоит моя работа и чем же занимается национальный центр геномных исследований Швеции.

Срочно наливайте себе кофе!

Свою работу я обожаю, т.к. скучать она точно не дает. Но чтоб понять как я докатилась до жизни такой, будучи исследователем-микробиологом, необходимо поведать о том как в Швеции живется ученым.

А это далеко не прогулка в парке.

В Швеции, штатных ставок в принципе нет. На таких должностях обычно сидят профессора, лекторы и административщики. Научным сотрудникам весьма несладко и все они контрактники.

Контракты заключаются в основном на 2 года.

Схема такая: защищаешь диссер, несколько лет работаешь по краткосрочному контракту, а потом начинаешь подавать на гранты. Не получишь грант - останешься без работы.

Гранты раздают фонды-меценаты, в основном богатые семьи банкиров, вроде семьи Валенберг.

Ну или еть два гос. агенства, VR что дает деньги на чистую науку, и FORMAS, что дает деньги на науку прикладную.

На гранты подают все ученые скопом, всегда весной. Ответ всегда приходит в ноябре.

Конкурс до 20-30 голов на грант.

Если не работаешь с жизненно важными отраслями, вроде медицины, рака, человеческой генетики, то получить грант безумно тяжело.

Я, сирый микробиолог, подавала гранты три года подряд.

В последний год, я прошла во второй тур, с 9 баллами из 10.

Деньги дали 5 человекам, я была шестой.... Все были более прикладные.

Ой, как я взбесилась! И решила забить на науку.

Т.е. чтоб вы понимали, каждый год ты пишешь грант весной. В ноябре в 80% случаев получаешь отказ. И тогда ты не знаешь, будет ли у тебя работа с 1го января. КАЖДЫЙ ГОД.

Если повезет, идешь на поклон к зав. кафедрой, нет ли у него/ее денег тебе еще на год. КАЖДЫЙ ГОД.

А если в семье оба ученые? Стресс бешенный. Жизнь планировать крайне тяжело. Короче, мне это надоело.

Собрала я манатки, и пошла на курсы. Сначала, углубленного шведского. За 20 лет в стране я прекрасно говорю, но иногда делаю грамматические ошибки. Курс очень помог.

После этого, я села и стала искать должности связанные с наукой, но не со своими исследованиями.

Была на собеседовании в одной крупной компании, и, чудо! Увидела обьявление о найме координатора проектов в геномической инфраструктуре.

Шо это такое. В 2010 году правительство Швеции решило поднять биологию и биомедицину на международный уровень и придумало SciLifeLab, крупный исследовательский центр на базе 4х крупнейших универов.

Одна из его частей, это Национальный Центр Геномных Исследований.

Вот там я и получила работу.

Мы третьи по величине в Европе, и одни из крупнейших в мире.

У нас самое последнее оборудование, в жутких количествах.

Мы делаем анализы геномов по последнему слову техники, и даже помогаем эти последние слова придумывать.

Нас три ветки, одна в Стокгольме, две в Упсале. В каждой ветке 2 координатора.

Я занимаюсь только секвенированием используя оборудование, которое расшифровывает ДНК кусками больше 1 000 нуклеотидов длиной, это машины третьего поколения после Сангера.

Что я делаю.

Вот надо ученому, или врачу, получить ответ на свой научный вопрос с помощью расшифровки генома. Продвинутые ученые, который меньшинство, знают что им нужно. А процентов 80 - в геномах полные чайники.

Сажусь с каждым, разбираю их научные цели, помогаю планировать эксперименты и сбор образцов, советую как выделять ДНК или РНК именно для этого проекта, сколько образцов понадобится, на какой машине секвенировать, сколько считок надо получить, как данные обработать, итд.

После этого делаю им смету (самые большие доходили до полмиллиона евро) и контракт.

После этого, всю инфу о проекте заношу в базу данных и даю указания собственно нашей лаборатории, о том что нужно сделать для каждого такого проекта.

Через мои руки за последние 9 лет прошло более тысячи проектов. О некоторых из них я рассказываю вам здесь.

То, что по началу было сложной административкой, со временем выросло в должность ученого-консультанта. Так получилось, что таких как я в мире не так много.

Я очень много преподаю, т.к. я ОБОЖАЮ учить людей. Это и студенты начальный курсов, и аспиранты, и профессора, в зависимости от уровня курса.

Это как наркотик, видеть в глазах студента что они ПОНЯЛИ как вещи работают.

Преподаю азы секвенирования, разбираю химию за оборудованием, рассказываю о прикладных аспектах, итд.

После рака, я сделала себе татуировку, полный рукав.
На ней по-русски написано "Раку - фак", через все идет ДНК и моя жизнь в цветах.

Почему? Потому что захотелось.

У студентов сначала глаза на лоб, а потом диалог налаживается. Мы часто болтаем после лекций. Некоторые студенты приходят потом за консультациями, многие теперь сами исследователи.

Со временем, у меня появилась и своя узкая область исследования, хотя я от этого бежала как от огня. Это выделение высокомолекулярной ДНК для любого типа странных организмов, от сосны до червей и бактерий. Это, скорее, искусство, чем наука.

Это искусство привело меня в совет крупного междунаторного проекта, Earth Biogenome Project, или Биогеном Земли.

Наша задача отсеквенировать геномы всех живущих сейчас видов растений и животных и создание всемирного открытого ресурса данных.

Там я сижу в комиссии которая разрабатывает методы сбора образцов, их сохранения и выделения ДНК. Так, чтоб через 50 лет можно было достать образец редчайшего вида из коллекции и выделить из него наисвежайшую ДНК для любого типа геномных иследований.

Вот истории о коала, турухтане и тасманском дьяволе, были именно из этого глобального проекта. Таких историй у меня сейчас вагон и маленькая тележка, и все безумно интересные.

С чем еще приходится работать?

Иногда приходят медики. Врачи это отдельная история. Они замечательно разбираются в своих болезнях и пациентах. А вот о молекулярке и геномах обычно знают очень мало.

Ищем гены вызывающие разные типы рака, помогаем откопать геномные основы странных генетических болезней, ...

... помогаем делать тесты беременных женщин с историей таких болезней в семье, итд.

Иногда стреляем по воробьям из протонной пушки, а иногда и ищем крупинку песка в огромном стогу сена.

Кроме человеческих геномов, секвенируем всяких болезнетворных микробов и вирусы.

Одно время много работали с ВПЧ, вирусом папилломы человека, вызывающим рак шейки матки.

В образцах зараженных ВИЧ женщин из ЮАР нашли целый зоопарк новых, ранее неизвестных, типов ВПЧ, например.

В самом начале лета подготовили лабораторию для секвенирования COVID-19.

ПЦР на это дело делают диагносты при больницах, а к нам приходят уже ученые для изучения самого вируса.

Чтоб начать секвенировать ковид, надо отработать методики, заказать много специфических реагентов..

Все отработали в июне, а сейчас, пока я в отпуске, мы начали секвенировать первые пробы пациентов.

Посмотрим, что скажут анализы в августе, когда наши биоинформатики вонзят в это дело свои острые зубы.

Что получается... Хотя в 2012 я пыталась бежать из науки, она меня все-таки настигла. Вместо своей узкой темы с плесенью, мои пухлые пушистые лапки запускаются в огромное количество исследовательских проектов со всей страны, да и из других частей света.

Секвенировали мы и бактерии из России, потому что такого оборудования как у нас, в России пока нет (обидно за державу и бесит немеряно).

Самое крутое, что мы секвенировали, был мамонт и неандертальцы.

Сейчас секвенируем ель и сосну, чтобы помочь быстро отобрать устойчивые к болезням сорта. А иначе пришлось бы ученым ждать 30 лет, пока первое и второе поколения деревьев дадут семена. А с нашей помощью и генетическими тестами, это можно сделать уже за год.

О чем-то я смогу тут рассказать, что-то мне пока раззказывать нельзя, т.к. результаты пока не опубликованы.

Но я вас заверяю, каждый понедельник мне очень интересно идти на работу. Никогда не знаешь, что еще притащат ученые на неделе и с кем мне доведется встретиться.

Кроме науки, есть и классный социальный аспект.

За 9 лет я научилась обьяснить человеку что он чайник и идот 100500 разными видами, и так, чтобы его не обидеть. Т.е. профессора старой закваски и некоторые врачи (особливо хирурги) бывают очень интересными клиентами....

Вот этим я и занимаюсь на работе.

Как и в прошлый раз, не ленитесь и напишите, чем занимаетесь! Мне действительно ОЧЕНЬ интересно!

На сем откланяюсь. Следующая суббота тоже oтпускная, а потом женится брат 😱.

Замучу че-нить легкое и удобоваримое.

Но со злостным геном агрессии тоже разберемся! Думаю пока, как оформить в интересный тред.

ВСЕХ ЛЮБЛЮ и ЦЕНЮ!