Thread by @Panda31808732

Sur la première vague française, une estimation du pourcentage de personnes infectées par région fin mai en France métropolitaine. Calcul d'après décès. Entre crochets, un intervalle de valeurs possibles qui me paraît crédible.

De janvier à fin mai, cela donnerait 2,2 millions d'infections en France métropolitaine {entre 1,8 et 3,0 millions}, soit 3,4% de la population touchée {de 2,8 à 4,6%} pour un taux de létalité toutes populations confondues de 1,4% {entre 1,1 et 1,8%}.

Pour référence sur les modèles des pros :

• Pasteur (Salje et al.) trouvait 5,3% {3,3—9,3%} de la population touchée au 11 mai, soit 3,5 millions d'infections {2,1—6}.

science.sciencemag.org/content/369/65…

(Pour bien comprendre la difficulté dans les modélisations et la sensibilité aux hypothèses initiales : ils ont dû introduire un correctif de 20% parce que 3 passagers du Diamond Princess n'ont pas claqué comme prévu en réa…)

science.sciencemag.org/content/368/64…

• Une équipe de l'Imperial College trouvait 3,4% {2,7—4,3%} de la population touchée au 4 mai.

nature.com/articles/s4158…

• L'équipe ETE de l'Université de Montpellier trouvait 2,37% {2,27—2,48%} de la population infectée au 11 mai.

medrxiv.org/content/10.110…

• Ici, 4,9% {3,5—6,5%} de la population touchée au 15 mai.
medrxiv.org/content/10.110…

(Le modèle le plus haut que j'ai vu passer trouvait 11% de la population infectée au 11 mai.)

Sur la base de tous ces modèles, le Conseil scientifique évoquait le 27 juillet "entre 3 et 9%" de la population infectée lors de la première vague.

solidarites-sante.gouv.fr/IMG/pdf/avis_c…

Ici, le calcul est basé sur ~31 600 décès au 21 juin :

• 15 215 à l'hôpital (hors résidents Ehpad, sinon ça fait ~19 100)
• 14 374 résidents Ehpad (dont 3886 décédés à l'hôpital)
• ~2000 à domicile, sur la base des remontées Inserm :

liberation.fr/checknews/2020…

L'hécatombe dans les Ehpad explique les taux de létalité très élevés dans les grosses vagues européennes. En France, les résidents Ehpad (~1% de la population) comptent ainsi pour 45% des décès. Je dirais que moins de 25% des infections ont entraîné plus de 95% des décès.

Au niveau de la vague, ça donnerait ça pour la valeur principale (moyenne sur 7 jours).

Avec l'intervalle (basé sur l'incertitude quant au taux de létalité).

Les indicateurs depuis fin février.

Notez comme le dépistage reste totalement collé à la courbe des admissions à l'hôpital jusqu'à fin mai, après quoi on commence enfin à explorer l'immense continent caché des infections…

Au niveau du taux de détection, jusqu'à fin mai on devait détecter 1 cas sur 15 {1 cas sur 12 à 1 cas sur 19}, c'est-à-dire seulement ceux qui arrivaient à l'hôpital plus un halo un peu plus large dans les régions qui n'étaient pas sous tension. Un sous-dépistage hallucinant.

On comptait environ 103 300 entrées cumulées à l'hôpital au 13/06, ce qui donnerait un taux d'hospitalisation de 4,6% {de 3,5% à 5,8%}, ou 3,8% {de 2,9 à 4,8%} si on exclut les réas.

Le modèle Pasteur trouvait 2,9% avec un intervalle allant de 1,7 à 4,8%.

Les ~18 200 admissions cumulées en réa mi-juin donneraient un taux d'entrée en réa de 0,8% {de 0,6 à 1%}. Jusqu'à fin mai, parmi les personnes hospitalisées, 18% sont entrées en réanimation.

Au niveau du taux de létalité par classe d'âge, ça donnerait ça si tous les groupes d'âge adultes ont été touchés à peu près pareil (ce qui ne sera pas forcément le cas, donc c'est indicatif) :

À titre de comparaison, d'autres estimations du taux de létalité par classe d'âge :

https://twitter.com/DiseaseEcology/status/1293976338219458560

medrxiv.org/content/10.110…

Si, comme dans la dernière séro anglaise, les plus de 65 ans ont été 2 fois moins touchés, alors leur taux de létalité est 2 fois plus élevé. Il n'y avait pas de différence 65+/65- dans les séros espagnole et italienne, on verra les résultats en France.

Tous ces taux (létalité, hospitalisation, entrée en réa) sont très sensibles à la structure d'âge et de comorbidités des malades, ils ont évolué à la baisse depuis. De même, le taux de détection des infections a fortement augmenté, peut-être entre 20 et 40% en ce moment.

Pour le % de la population qui avait eu le virus en Outre-Mer fin mai :

• Guadeloupe et Martinique : je dirais entre 1 et 2% ; peut-être idem à Saint-Martin ;
• pour la Guyane et Mayotte, les vagues étaient encore en cours ;
• rien ou quasi-rien ailleurs.

Ce sont des estimations, on verra ce que dit Epicov. Je réviserai selon les résultats.