An was man beim Testen im Laboralltag so denken muss... Ein kleiner Thread.
Vor kurzem hat sich meine Kollegin aufgeregt bei mir gemeldet, hochpositiver Patient, Ct 8 oder sowas.
Wir melden and Krankenhaus, Patient eh isoliert, alles gut. Kurz darauf noch mehr Aufregung!!
ALLE Proben sind hintenraus auf einmal positiv, anscheinend hat die stark positive Probe alle anderen verunreinigt.
Alle anderen...? Nein, die zwei privaten Proben leisten Widerstand, die sind negativ!
Nun ja, ich bitte die Kollegin die Krankenhausproben erneut zu isolieren.
Alle positiv, das kann nicht sein. Patienten und Personal... 😱
Während die Kollegin im Labor neue Aliquots vom Krankenhauslabor erhält und isoliert, gehe ich im Geiste die letzten Tage nochmal durch - in meinem Hinterkopf hat was geklingelt.
Irgendwann hat die Laborchefin vom Krankenhaus beiläufig erwähnt, dass sie keine Filterspitzen verwenden. 🥴
Kurzer Ausflug in die Materialkunde: Filterspitzen sind Pipettenspitzen, die einen gesinterten Filter eingebaut haben, der verhindern soll, dass man sich Aerosole und
Verunreinigungen in den Pipettenschaft zieht.
Das ganze sieht so aus:
Wir warten ganz ungeduldig auf eine Meldung der Kollegin - leider auch in der Wiederholung ALLE positiv!! 😳
Jetzt bin ich mir ziemlich sicher, die Proben wurden oben im Krankenhaus beim pipettieren verunreinigt.
Die Kollegin bringt 2 Boxen mit Filterspitzen rauf und KH Labor.
Die werden bei uns gerade zwar eng, aber wenn wir alles doppelt und dreifach machen müssen, weil die Proben oben verunreinigt werden spart das bei uns unten auch nix...
Alle wiederholten Patienten und Personal werden invalide befundet, und müssen neu abgestrichen werden.
Am Ende von Lied sind bis auf eine weitere Patientin alle anderen negativ.
Die angesaute Pipette zerlegt, gereinigt und wieder zusammen gebaut. Wir teilen uns die Filterspitzen und hoffen dass die neue Lieferung rechtzeitig kommt.
P.s.: Das mit dem Filterspitzen die anscheinend gerade weltweit knapp werden ist natürlich ein Problem!
Im Gegensatz zur ersten Welle, wo Isolationskits eng wurden und wir einen workaround dafür finden mussten, kann ich Filterspitzen natürlich nicht seriös kompensieren.
Wer mehr zum Thema PCR wissen möchte: hier geht's lang.
Im übrigen hat die PCR völlig richtig Virus detektiert. Dass das Virus von außen in die Probe kam und nicht vom Patienten kann die PCR ja nicht wissen...
Ich wurde gefragt was passiert, wenn man einen Abstrich von einer Mango nimmt und das ganze ist schon wieder so absurd, dass mir die Idee gefallen hat. Wir machen das jetzt einfach und ich nehme euch mit!
Ich bekomme also einen Abstrich, da sind ein paar Zellen drauf und die kommen in eine inaktivierende Lösung, die Zellen und Virus platzen lässt und die RNA freilegt.
Die RNA reinige ich dann auf und dann gehen wir in die RT-qPCR.
@crumble_mom PCR macht man eigentlich mit DNA, normalerweise muss ich die RNA in einem Zwischenschritt umschreiben in cDNA. Das macht eine spezielle Polymerase.
Diese PCR-Kits machen das in einem Aufwasch. Zuerst wird aus der einsträngigen RNA doppelsträngige cDNA gemacht.
@crumble_mom cDNA steht übrigens für complimentary DNA.
Dann wird die Probe auf 95°C aufgeheizt um die reverse Transkriptase zu deaktivieren (also das Ding, dass die mich die cDNA gemacht hat) und die HotStart Polymerase zu aktivieren.
Außerdem trennen sich bei dieser Temperatur die Stränge