Carte du taux d'incidence par département (nombre de cas détectés pour 100 000 habitants sur les 7 derniers jours disponibles, ici du 15 au 21 décembre).
La France était à 123,1 jeudi dernier (123,7 après consolidation), aujourd'hui elle est à 146,7.
Stabilité dans la catastrophe depuis la mi-novembre.
Les recommandations du gouvernement pour Noël semblent globalement suivies.
Les intentions de vaccination chez les 18-49 ans sont tragiquement basses.
40% des sondés disent vouloir "certainement ou probablement" se faire vacciner.
Le taux d'anti-vaccins par principe semble tourner autour de 15-20%.
La vaccination devrait donc pouvoir couvrir entre 30 et 65% de la population (les moins de 16 ans n'y auront pas accès), sans doute avec une meilleure couverture chez les vieux (qui prennent le plus cher, mais ne sont pas le moteur de la transmission).
La raison n°1 du refus chez les 60% des sondés qui ne souhaitaient pas être vaccinés : « les nouveaux vaccins ne sont pas sûrs (82%) »
« A contrario, dans ce même groupe, les raisons qui pousseraient à le faire étaient : "des informations qui prouvent l’efficacité et la sûreté des vaccins" (42%), "la protection de mes proches" (21%) »
La montée récente des cas correspond pour l'instant à une hausse du taux de détection, qui avait chuté d'un facteur 2 lors du confinement.
Au taux de détection d'octobre, le taux d'incidence devrait être >200 et il n'y aurait quasiment que du noir sur la carte qui ouvre ce fil.
L'épidémie a été globalement stable de la mi-novembre à la deuxième semaine de décembre. Les prochains jours, avec une forte hausse des contacts, sont évidemment susceptibles de relancer une nouvelle phase de croissance exponentielle que l'on mesurerait début janvier.
Un autre problème se pose dans le contrôle futur de l'épidémie avec la montée en puissance du variant B.1.1.7 au Royaume-Uni.
En résumé, ce variant du virus, détecté pour la première fois en septembre au Royaume-Uni, a supplanté les autres à une vitesse suspecte. Il est jugé significativement plus transmissible, à hauteur de plusieurs dixièmes de point sur le R (cf. fil ci-dessus).
C'est plus incertain, mais cela pourrait également être le cas du variant "sud-africain" (501.V2), qui a émergé de façon indépendante mais présente une mutation commune (N501Y) avec B.1.1.7.
Notons qu'en France, on n'aurait même pas pu documenter l'émergence d'un variant plus transmissible puisque l'on séquence et publie très peu les génomes du virus…
L'émergence et la diffusion de variants plus transmissibles n'étaient malheureusement qu'une question de temps au vu du peu de contrôle exercé sur l'épidémie dans la plupart des pays.
Les stratégies d'atténuation laissant largement circuler le virus, elles fournissent un terrain propice à ce type d'évènement. C'est l'une des nombreuses raisons pour lesquelles tous les pays qui en ont les moyens auraient dû faire de la suppression.
B.1.1.7 ayant été détecté pour la première fois en septembre au Royaume-Uni, il est probable qu'il soit déjà présent sur le sol français. On l'a déjà trouvé aux Pays-Bas, en Belgique, Italie, Australie, ainsi qu'à Singapour et Hong Kong sur des voyageurs de retour d'Europe, etc.
Bref, autant partir du principe qu'il est déjà en France. Le principe de précaution demande de le trouver et de le supprimer jusqu'à zéro, et d'endiguer toute nouvelle importation (quarantaine pour les arrivants, et il faudrait dépister régulièrement les transfrontaliers).
Le problème, c'est qu'on ne détecte pas la majorité des infections, et le gouvernement a gentiment programmé un propulseur d'épidémie en encourageant la tenue de repas de Noël (très dangereux du point de vue de la transmission) avec sa règle obscurantiste des 6 adultes par table.
Et ensuite, il y aura la rentrée scolaire (qui devrait être retardée de plusieurs semaines, mais ils n'ont évidemment pas l'intention de le faire) pour bien ventiler partout ce nouveau variant en janvier s'il est présent sur le sol français.
Je n'ai pas compris quel était le plan du gouvernement pour endiguer B.1.1.7. Cette menace est grave et sérieuse, et comme d'habitude ils ont l'air de prendre ça bien à la légère…
En ce moment, le R est à 1. Pas besoin d'être un grand génie pour deviner ce qui se passerait si un nouveau variant plus transmissible (donc avec hausse du R) se propageait en prenant l'ascendant sur les vieilles versions qu'on ne contrôlait déjà pas…
Compte tenu du fait (a) qu'on est déjà sur un plateau beaucoup trop élevé, (b) de la menace de reprise post-fêtes et rentrée scolaire et en plus (c) de la possibilité de montée en puissance d'un variant plus transmissible, il faudrait passer janvier en confinement strict.
Mais au lieu d'adopter cette approche prudente, je suppose que le gouvernement va continuer à suivre son principe du yolo pandémique.
Correction d'une erreur de ma part sur le R SIVIC, qui était à 0,94 et non à 1,01.
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« Les autorités ont précisé que le pilote (...) s'était rendu dans de nombreux lieux publics alors qu'il était porteur du virus, et notamment dans un grand magasin. »
« L'immense majorité des personnes arrivant à Taïwan doivent observer une quarantaine de 2 semaines et se faire tester négatives. Jusqu'à mardi, cela avait permis d'empêcher les porteurs du virus de le transmettre à la population locale. »
Sur le variant sud-africain : « Si la pleine signification des mutations reste encore à déterminer, les données génomiques, montrant une supplantation rapide des autres lignages, suggère que ce lignage peut être associé à une transmissibilité accrue. »
« Une hypothèse pour l'émergence de ce lignage, étant donné le grand nombre de mutations comparé au taux de mutation de SARS-CoV-2, est qu'il pourrait provenir d'une évolution intra-hôte dans un ou plusieurs individus avec une réplication virale prolongée. »
« La mutation N501Y est une des mutations du spicule qui ont émergé dans un individu immunodéprimé aux États-Unis, qui avait une réplication virale prolongée pendant plus de 20 semaines »
Carte du taux d'incidence par département (nombre de cas détectés pour 100 000 habitants sur les 7 derniers jours disponibles, ici du 8 au 14 décembre).
La France était à 108,3 jeudi dernier (109,3 après consolidation), aujourd'hui elle est à 123,1.
« [L'étude ComCor] montre que "les repas jouent un rôle central dans ces contaminations, que ce soit en milieu familial, amical ou à moindre degré professionnel" »
Heureusement, le virus est "républicain" et refuse de rentrer dans les cantines scolaires.
« 44% des personnes infectées connaissent la personne source qui les a infectées, 21% suspectent un évènement particulier sans connaître la personne source de l’infection, et 35% ne savent pas comment elles se sont infectées. »
« On constate que seulement 51% des personnes sources du foyer se sont mis en isolement et quand elles l’ont fait, seulement 52% l’ont fait dès le début des symptômes. »
Carte du taux d'incidence par département (nombre de cas détectés pour 100 000 habitants sur les 7 derniers jours disponibles, ici du 1er au 7 décembre).
La France était à 92,7 jeudi dernier (111,1 après intégration des antigéniques), aujourd'hui elle est à 108,3.
Carte du taux d'incidence par département (nombre de cas détectés pour 100 000 habitants sur les 7 derniers jours disponibles, ici du 24 au 30 novembre).
La France était à 131,6 jeudi dernier (132,4 après consolidation), aujourd'hui elle est à 92,7.