Carte du taux d'incidence par département (nombre de cas détectés pour 100 000 habitants sur les 7 derniers jours disponibles, ici du 15 au 21 décembre).

La France était à 123,1 jeudi dernier (123,7 après consolidation), aujourd'hui elle est à 146,7.
Le taux d'incidence par classe d'âge.

germain-forestier.info/covid/
Le taux d'incidence par région.
Stabilisation de l'incidence ces derniers jours en Guyane.
Sur le point hebdo SPF (S51).

Le R hospitalier au 19 décembre était revenu à 1.

santepubliquefrance.fr/maladies-et-tr…
Énorme ruée sur les tests à la veille des fêtes, d'où l'augmentation de l'incidence.
Les indicateurs hospitaliers.

Les admissions à l'hôpital sont toujours en plateau, les décès ne descendent plus.
Le début de rebond que l'on pouvait apercevoir dans quelques régions la semaine dernière s'est interrompu, retour au plateau.
Vue hospitalière depuis le printemps en Outre-Mer.
Ces deux dernières semaines, entre le 10 et le 24 décembre, on a recensé 5328 décès (hôpital + Ehpad), soit en moyenne 381 par jour.
Le Nord Est continue à payer un lourd tribut sur les décès.
L'excès de mortalité Insee avec les données de vendredi dernier.

Synthèse.
Stabilité dans la catastrophe depuis la mi-novembre.
Les recommandations du gouvernement pour Noël semblent globalement suivies.
Les intentions de vaccination chez les 18-49 ans sont tragiquement basses.

40% des sondés disent vouloir "certainement ou probablement" se faire vacciner.

Le taux d'anti-vaccins par principe semble tourner autour de 15-20%.
La vaccination devrait donc pouvoir couvrir entre 30 et 65% de la population (les moins de 16 ans n'y auront pas accès), sans doute avec une meilleure couverture chez les vieux (qui prennent le plus cher, mais ne sont pas le moteur de la transmission).
La raison n°1 du refus chez les 60% des sondés qui ne souhaitaient pas être vaccinés : « les nouveaux vaccins ne sont pas sûrs (82%) »
« A contrario, dans ce même groupe, les raisons qui pousseraient à le faire étaient : "des informations qui prouvent l’efficacité et la sûreté des vaccins" (42%), "la protection de mes proches" (21%) »
Toujours pas de signe de la grippe saisonnière.

santepubliquefrance.fr/maladies-et-tr…
La montée récente des cas correspond pour l'instant à une hausse du taux de détection, qui avait chuté d'un facteur 2 lors du confinement.

Au taux de détection d'octobre, le taux d'incidence devrait être >200 et il n'y aurait quasiment que du noir sur la carte qui ouvre ce fil.
L'épidémie a été globalement stable de la mi-novembre à la deuxième semaine de décembre. Les prochains jours, avec une forte hausse des contacts, sont évidemment susceptibles de relancer une nouvelle phase de croissance exponentielle que l'on mesurerait début janvier.
Un autre problème se pose dans le contrôle futur de l'épidémie avec la montée en puissance du variant B.1.1.7 au Royaume-Uni.

En résumé, ce variant du virus, détecté pour la première fois en septembre au Royaume-Uni, a supplanté les autres à une vitesse suspecte. Il est jugé significativement plus transmissible, à hauteur de plusieurs dixièmes de point sur le R (cf. fil ci-dessus).
C'est plus incertain, mais cela pourrait également être le cas du variant "sud-africain" (501.V2), qui a émergé de façon indépendante mais présente une mutation commune (N501Y) avec B.1.1.7.

Notons qu'en France, on n'aurait même pas pu documenter l'émergence d'un variant plus transmissible puisque l'on séquence et publie très peu les génomes du virus…

liberation.fr/sciences/2020/…
L'émergence et la diffusion de variants plus transmissibles n'étaient malheureusement qu'une question de temps au vu du peu de contrôle exercé sur l'épidémie dans la plupart des pays.
Les stratégies d'atténuation laissant largement circuler le virus, elles fournissent un terrain propice à ce type d'évènement. C'est l'une des nombreuses raisons pour lesquelles tous les pays qui en ont les moyens auraient dû faire de la suppression.
B.1.1.7 ayant été détecté pour la première fois en septembre au Royaume-Uni, il est probable qu'il soit déjà présent sur le sol français. On l'a déjà trouvé aux Pays-Bas, en Belgique, Italie, Australie, ainsi qu'à Singapour et Hong Kong sur des voyageurs de retour d'Europe, etc.
Bref, autant partir du principe qu'il est déjà en France. Le principe de précaution demande de le trouver et de le supprimer jusqu'à zéro, et d'endiguer toute nouvelle importation (quarantaine pour les arrivants, et il faudrait dépister régulièrement les transfrontaliers).
Le problème, c'est qu'on ne détecte pas la majorité des infections, et le gouvernement a gentiment programmé un propulseur d'épidémie en encourageant la tenue de repas de Noël (très dangereux du point de vue de la transmission) avec sa règle obscurantiste des 6 adultes par table.
Et ensuite, il y aura la rentrée scolaire (qui devrait être retardée de plusieurs semaines, mais ils n'ont évidemment pas l'intention de le faire) pour bien ventiler partout ce nouveau variant en janvier s'il est présent sur le sol français.
Je n'ai pas compris quel était le plan du gouvernement pour endiguer B.1.1.7. Cette menace est grave et sérieuse, et comme d'habitude ils ont l'air de prendre ça bien à la légère…
En ce moment, le R est à 1. Pas besoin d'être un grand génie pour deviner ce qui se passerait si un nouveau variant plus transmissible (donc avec hausse du R) se propageait en prenant l'ascendant sur les vieilles versions qu'on ne contrôlait déjà pas…
Compte tenu du fait (a) qu'on est déjà sur un plateau beaucoup trop élevé, (b) de la menace de reprise post-fêtes et rentrée scolaire et en plus (c) de la possibilité de montée en puissance d'un variant plus transmissible, il faudrait passer janvier en confinement strict.
Mais au lieu d'adopter cette approche prudente, je suppose que le gouvernement va continuer à suivre son principe du yolo pandémique.
Correction d'une erreur de ma part sur le R SIVIC, qui était à 0,94 et non à 1,01.

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