Thread by @nicolasberrod

On en parle peu, mais le pourcentage de tests positifs passés au criblage a nettement diminué ces trois dernières semaines. En Île-de-France, moins de 30% des tests positifs sont désormais "criblés". #Covid19
⤵️ [Thread 1/12]

Ces tests PCR de criblage sont réalisés sur un prélèvement PCR ou antigénique positif, afin d'y détecter une suspicion d'un des variants. Les résultats, en open data, "sont analysés par Santé publique France pour évaluer en temps réel leur circulation sur le territoire".
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Tant que le nombre de tests positifs augmente, si la proportion de ceux criblés diminue, le nombre total de PCR de criblage pourrait rester stable. Mais comme le nombre de tests positifs quotidiens augmente un peu moins vite, le nombre de ceux qui sont criblés a diminué.
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On peut toujours regarder le pourcentage de suspicion de chaque variant parmi les tests criblés. Le variant dit "britannique" représente désormais près de 82% des tests positifs criblés.
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C'est à partir de ces pourcentages que l'on peut estimer la part de chaque variant parmi les nouveaux cas quotidiens. Au 1er avril, 32 000 des 39 000 personnes positives chaque jour (en moyenne glissante) auraient donc été infectées par le variant dit "britannique".
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Le problème, si la proportion de tests positifs criblés diminue : peut toujours considérer que les pourcentages de chaque variant sont fiables au moment de les rapporter à l'ensemble des cas positifs? Sur un échantillon plus restreint, un "effet cluster" peut tout dérégler.
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Cette question se pose davantage à l'échelle régionale et encore plus départementale, lorsque le pourcentage de tests criblés est particulièrement bas. En Île-de-France, comme on l'a vu, moins de 30% des tests positifs sont criblés. Dans le 94 et le 93, c'est moins de 25%.
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Difficile de dire, à ce stade, pourquoi il y a moins de tests positifs criblés ces dernières semaines. Avec l'explosion du nombre de test réalisés et l'augmentation du nombre de cas, peut-être que le criblage fait moins partie des priorités du moment ? (poke @B2oYaya)
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J'ai aussi regardé le pourcentage de tests positifs criblés par tranche d'âge, et il n'y a pas de différence notable : les courbes se ressemblent beaucoup et ça baisse partout. Ce n'est donc pas une classe d'âge en particulier qui fait baisser le pourcentage global.
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Santé publique France mène également des enquêtes Flash, réalisées sur un échantillon aléatoire de tests positifs "quel que soit le résultat du criblage". Le but est d'avoir une vision plus complète de toutes les souches en circulation.
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La dernière enquête Flash a porté sur 3 000 prélèvements, le 16 mars. Les résultats étaient alors "globalement cohérents avec ceux des RT-PCR de criblage du 15 au 21 mars".
santepubliquefrance.fr/maladies-et-tr…
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La prochaine enquête Flash a eu lieu le 30 mars et ses résultats "seront restitués dans un prochain point épidémiologique" (peut-être pas celui de ce jeudi mais plutôt le suivant). Il sera intéressant de voir si cela colle toujours avec les résultats du criblage.
12/12