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Apr 9, 2021 9 tweets 7 min read Read on X
Our study about B.1.1.7 in the US was recently published on @CellPressNews. We used flight data to predict importation risks in major urban areas, and genomic evidence revealed multiple introductions, interstate spread, and the exponential increase of B.1.1.7 in US states. #COVID
Using travel data of incoming flights from the UK and other countries heavily affected by B.1.1.7, we modelled the risk of introduction and local spread of variants from this lineage.

Six states were predicted with the highest importation risks: NY, CA, FL, TX, NJ and MA. ✈️
There are big disparities in the percent of sequenced COVID-19 cases across US states. As local and international travel continues, genomic surveillance must be ramped up to prevent the silent emergence and circulation of variants, which may pose major threats to public health.
Variants B.1.1.7 were introduced in the US via multiple independent events. CA, FL and NY were likely the first states to receive these variants in November 2020. Once introduced, the viruses spread from state to state, as evidenced by genomic and phylogeographic analyses. 🧬
B.1.1.7 has a deletion in the S gene (spike) that makes some RT-PCR tests fail (S gene target failure, SGTF). We collected SGTF data from four states (CT, NY, NJ, IL), and our logistic growth model projected a rise in B.1.1.7 frequency. 📈
As SARS-CoV-2 infects more people, mutations could lead to variants that may be more transmissible, escape antibody neutralization, or be more virulent. To prevent unnoticed viral emergence and transmission, we need to remain vigilant, and keep the genome surveillance efforts.
Human mobility is a major driver of infectious disease spread. With vaccination being rolled-out, while we still progress towards higher levels of population immunity, measures to mitigate COVID spread remain essential: mask wearing, physical distancing, proper ventilation, etc
Below you can find more information about our B.1.1.7 study, product of a joint effort by researchers from @Yale @CDC_AMD @UMich @ualbany @HealthNYGov @tempuslabs, among other national and international collaborators.

sciencedirect.com/science/articl…

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Jun 10
Um grupo de pesquisadores internacionais empenhou esforços para desenvolver um sistema de nomenclatura de linhagens do vírus da dengue (DENV), essencial para facilitar a comunicação e a pesquisa sobre o vírus.

Quer saber mais? Segue o fio. 🧵👇🏾 Image
O DENV possui quatro sorotipos (DENV-1 a DENV-4), cada um com múltiplos genótipos. A evolução do vírus envolve mutações frequentes durante as infecções, traços genéticos que são monitoráveis quase em tempo real. O vírus acumula cerca de ~7 mutações por ano​​. Image
A forma tradicional de nomenclatura de linhagens de DENV tem limitações, como a inconsistência global e a resolução insuficiente, que agrupa grande diversidade genética em poucas categorias, dificultando a detecção de novas linhagens​​.
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Jan 7, 2022
Programo em Python. Adoro resolver problemas que envolvem programação. Mas se tem uma coisa que detesto é gastar horas tentando entender falhas (bugs) nos códigos. As vezes perco a esperança de achar a causa do problema, e no fim descubro que foi um 'espaço' fora do lugar. 😵‍💫💢🪲
Comecei a programar no mestrado em Microbiologia na USP. Queria tentar MSc em Bioinformática, mas o programa exigia alto nível de conhecimento em computação.

Hoje programo por que aprendi durante o PhD no Reino Unido, onde eu NÃO precisava chegar sendo especialista em computação
Como biólogo que programa, devo admitir: tenho os dois pés atrás perante alguns programadores profissionais.

Sem generalizar, mas com frequência me deparo com profissionais arrogantes, que tratam iniciantes como idiotas ('noobs'), em razão de dúvidas simples sobre programação.
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Jan 3, 2022
"Flurona": importante esclarecer sobre esse termo (inadequado) usado para designar coinfecções pelos vírus Influenza e SARS-CoV-2

1⃣ Não, não existe um vírus híbrido da gripe/COVID
2⃣ Infecções simultâneas por vírus que se disseminam juntos acontecem: é normal, porém indesejável
É importante ter muito cuidado ao inventar termos não-oficiais para designar doenças ou patógenos. Termos como "flurona", "Delta plus" só geram confusão e ansiedade desnecessárias: "vírus híbrido", "super doença", "vírus mais agressivo".

Usem conceitos, não termos "criativos".
Deixemos os neologismos para a Literatura. Funcionam bem por lá. Em saúde pública, quanto mais nos atermos aos conceitos e termos oficiais, menos ruídos e interpretações equivocadas geramos.

Podemos usar "coinfecção", "dupla infecção". Temos opções.
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Nov 13, 2021
O cenário atual da pandemia na Europa, revelado com dados do @ECDC_EU, serve de alerta:

→ A desigualdade da cobertura vacinal é um problema global. Países com baixa cobertura têm sido duramente afetados com aumento de casos E óbitos.👇🏾🧵
A baixa cobertura vacinal em alguns países da Ásia, América Latina, Leste Europeu e em especial no continente africano tem que ser vista como um problema de todos nós.

Enquanto tivermos populações não vacinadas, o SARS-CoV-2 seguirá se disseminando mundialmente e causando danos.
Alguns países no leste europeu tem menos de 50% da população totalmente vacinada. Somada à baixa cobertura vacinal, medidas como uso de máscara e distanciamento foram negligenciadas.

Resultado: aumento nos casos, hospitais saturados, e aumento nos óbitos.
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Oct 7, 2021
Vigilância genômica no Brasil: semanas 31 a 38 🧬🇧🇷

Variantes detectadas nas 5 regiões brasileiras, de 1/8/2021 a 25/9/2021, com 7.150 genomas sequenciados por laboratórios independentes:

🔹Delta = 5.210 (72.9%)
🔹Gamma = 1.909 (26.7%)
🔹Outras = 31 (0.4%)
Nos painéis abaixo, vemos as proporções de cada sublinhagem das principais variantes em circulação no Brasil. Tais proporções devem ser avaliadas com cautela, pois não sabemos ao certo quais estratégias de amostragem foram usadas. Logo, existem vieses.
Proporções (%) das variantes detectadas no Brasil em cada semana (datas = último dia das semanas). No mapa, o tamanho dos círculos (pizzas) denotam a quantidade de genomas amostrados nos estados, e as cores indicam as variantes.
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