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19 Apr, 154 tweets, 48 min read
B.1.617 a été détecté pour la première fois le 5 octobre 2020.

« Alors qu'il existait à peine en décembre, on le trouve maintenant pratiquement partout où on regarde, a dit Anurag Agarwal, de l'Institute of Genomics and Integrative Biology »

hindustantimes.com/india-news/dou…
« [B.1.617] était relativement discret jusqu'à ce qu'il commence à apparaître dans un nombre croissant d'échantillons à partir de janvier »
« B.1.617 a d'abord été trouvé dans un grand nombre d'échantillons du Maharashtra, le premier point chaud de la deuxième vague d'infections qui, jusqu'au 7 avril, comptait pour plus de la moitié des nouveaux cas détectés dans le pays »
Agarwal déclare dans l'article que "60 à 80% des échantillons du Maharashtra" sont du B.1.617, "la prévalence doit être similaire dans le Gujarat. Ailleurs, elle est sous 10 à 20%"
Augmentation de la fréquence de B.1.617 au Royaume-Uni, mais une (bonne ?) partie des cas doivent être des importations.

2 cas de B.1.617 avaient été détectés en Guadeloupe (analyse de risque liée aux variants de SPF du 08/04).

santepubliquefrance.fr/dossiers/coron… Image
« Certaines des mutations [de B.1.617] ont été décrites dans d’autres lignées de variants et pourraient être associées à une contagiosité plus élevée voire à un échappement immunitaire »

huffingtonpost.fr/entry/ce-que-l… Image
Un premier cas de B.1.617 identifié au Québec, chez une personne qui avait reçu une dose de vaccin. Elle est rétablie.

"Quelque 39 cas [de B.1.617] ont déjà été recensés en Colombie-Britannique."

ici.radio-canada.ca/nouvelle/17867…
« Leur avion a atterri à Paris, puis ils ont rejoint la Belgique. Une vingtaine d’étudiants venus d’Inde ont été testés positifs au variant "indien" du Covid-19, a-t-on appris jeudi 22 avril de source officielle à Bruxelles. »

nouvelobs.com/coronavirus-de…
"Ces étudiants font partie d’un groupe de 43 personnes venues suivre une formation en soins infirmiers, précise la RTBF. Ils sont arrivés à l’aéroport Charles de Gaulle à Paris le 12 avril. Ils avaient pourtant été testés négatifs avant leur départ."

PCR- avant départ = PASSOIRE
Pas de cas autochtone de B.1.617 détecté en France pour l'instant d'après SPF, mais vu la faiblesse de la surveillance sur tout ce qui peut rentrer, ce n'est qu'une question de temps.

santepubliquefrance.fr/maladies-et-tr… Image
Des données intéressantes sur B.1.617 dans le point n°9 de PHE sur les variants.

"Sur la base des données disponibles, le lignage B.1.617 contient 3 clades avec différents profils de mutations."

Le deuxième n'a pas E484Q.

assets.publishing.service.gov.uk/government/upl… Image
Sur 119 cas du clade 1 au 22 avril :

• 3 cas sans lien connu avec un voyage
• 94 en lien avec un voyage
• enquête en cours pour 22 cas

Les importations ont augmenté en mars.

En plus des 119 cas de B.1.617.1, ils ont trouvé 94 séquences de B.1.617.2 et 3 de B.1.617.3.
Le gag du "contrôle" épidémique ouest-européen résumé en un tweet.

36 cas de B.1.617 détectés en Ontario ces derniers jours, tous en lien avec des voyages. Pour l'instant...

globalnews.ca/news/7783463/c…
Ouf ! On a vraiment de la chance qu'il se soit arrêté à la frontière.

Image
« Le variant B.1.617, plus communément appelé variant indien a été détecté dans plus de 1 200 séquences de génome dans "au moins 17 pays", a annoncé l'OMS »

rfi.fr/fr/asie-pacifi…
Évidemment, comme tous les autres variants avant lui (et en attendant les prochains), B.1.617 a réussi à contourner la ligne Maginot.

francetvinfo.fr/sante/maladie/…
Transmission communautaire de B.1.617 en Israël. 41 cas identifiés, dont 4 entièrement vaccinés.

fr.timesofisrael.com/41-cas-du-vari…
Fréquence des mutations dans le Maharashtra (sur 598 génomes, pris sur des échantillons avec Ct < 25 + voyageurs internationaux). 213/598 de B.1.617, augmentation de L452R, E484Q, G142D et P681R à partir de janvier.

biorxiv.org/content/10.110… Image
Le sérum des patients infectés par d'autres lignages et des vaccinés avec le Covaxin (vaccin indien à virus inactivé) est capable de neutraliser B.1.617, avec une réduction limitée à un facteur 2.

biorxiv.org/content/10.110…
"Pas d'évasion substantielle" observée en testant L452R et E484Q.

Même en mettant de côté les importations, la fréquence de B.1.617 augmente rapidement à Londres.

La fréquence est en hausse dans plusieurs régions anglaises.

Multiplication des foyers de B.1.617 (sous-lignage 2) en Angleterre, avec transmission communautaire.

4 hospitalisations et 0 décès sur 15 cas dans une maison de retraite où les résidents avaient eu leur deuxième dose d'AstraZeneca "la semaine avant".

theguardian.com/world/2021/may…
Pendant ce temps, Fischer : « Concernant le variant indien, il n’y a pas de lien direct entre son apparition et la gravité de la situation actuelle en Inde. »

Mais qu'est-ce qu'il en sait ?

leparisien.fr/societe/sante/…
Le sous-lignage 2 de B.1.617 (celui sans E484Q) a été classé VOC par Public Health England, « sur la base de preuves qui suggèrent que ce variant est au moins aussi transmissible que B.1.1.7 ».

gov.uk/government/new…
Incidence cumulée des différents variants. B.1.617.2 est en tête avec 520 cas (contre 202 la semaine dernière). Notez la différence de succès avec les sous-lignages 1 et 3 (rare).

"Près de la moitié sont liés à un voyage ou un contact avec un voyageur"

assets.publishing.service.gov.uk/government/upl… Image
B.1.617.2 représente près de 40% des cas séquencés à Londres (sur un nombre faible).

« 5 cas de [B.1.617] ont été détectés à Kisumu, une ville située dans l’ouest du Kenya. (...) Le Kenya est le troisième pays africain à déclarer la présence du variant indien sur son territoire, après l’Ouganda et le Maroc. »

lemonde.fr/afrique/articl…
« Après le Kenya, l'Ouganda et le Maroc, l'Afrique du Sud est touchée. Ce pays est le quatrième du continent africain à avoir trouvé des cas du variant du Covid-19 apparu en Inde, le B.1.617.2, sur son territoire. »

francetvinfo.fr/sante/maladie/…
« Mme Swaminathanan, [scientifique en chef de l'OMS], a déclaré que le variant B.1.617, qui a été détecté pour la première fois en Inde en octobre, était indiscutablement un facteur d'accélération de l'épidémie devenue hors contrôle dans le pays. »

france24.com/fr/info-en-con…
« Mais le variant seul ne peut pas être incriminé pour la hausse spectaculaire de cas en Inde, qui semble avoir baissé la garde trop tôt, avec de "grands rassemblements de masse", a-t-elle relevé. »

L'OMS pourrait bientôt le classer en tant que VOC.
« 11 membres d'équipage d'un navire en rade au large de La Réunion ont été testés positifs au variant indien du coronavirus, et 4 d'entre eux sont hospitalisés, ont annoncé ce dimanche les autorités sanitaires de l'île. »

bfmtv.com/sante/covid-11…
L'OMS vient de classer B.1.617 comme VOC ("variant préoccupant").

ouest-france.fr/sante/virus/co…
...

Et on n'a pas de quatorzaine vis-à-vis d'eux pour bloquer les importations.

En Inde, le sous-lignage 2 de B.1.617 écrase nettement le #1 depuis mars.

Public Health England : « B.1.617.2 est évalué comme au moins aussi transmissible que B.1.1.7 (confiance élevée). Il y a un taux de croissance augmenté comparé à B.1.1.7 dans le contexte actuel...

assets.publishing.service.gov.uk/government/upl…
... et il est plausible que ce soit lié à une réelle transmissibilité biologique augmentée, mais l'ampleur de ce changement est incertaine. »
Le ministère de la Santé au Royaume-Uni : « [B.1.617.2] commence à se propager de plus en plus rapidement dans certaines régions à travers le pays »

Le R de B.1.617.2 est évalué autour de 1,6.

Le R général en Angleterre, très majoritairement dicté par B.1.1.7, est évalué entre 0,8 et 1,1.

"Le SPI-M-O est donc confiant quant au fait que B.1.617.2 a un avantage de croissance significatif sur [B.1.1.7]"
assets.publishing.service.gov.uk/government/upl…
"C'est une possibilité réaliste que [B.1.617.2] pourrait être 50% plus transmissible [que B.1.1.7]"

"[Cet avantage de 50%] est basé sur la croissance [passée] observée, et il est incertain que ce même avantage s'appliquerait à une transmission communautaire soutenue plus large"
Multiplication des foyers de B.1.617 à Singapour.

« La meilleure politique pour gérer le sous-variant B.1.617.2 : arrêtez-le à la frontière. Ne l'essayez pas à domicile. »

Singapour durcit ses mesures de lutte contre le Covid (passage en "alerte renforcée" pour un mois) à 3 d'incidence. 24 cas communautaires ont été détectés hier et aujourd'hui, au plus haut depuis janvier.

channelnewsasia.com/news/singapore… ImageImage
« Plusieurs [employés de l'aéroport, y compris vaccinés avec Pfizer ou Moderna] ont été testés positifs au variant B.1.617 (...). Selon les autorités, aucun des cas liés au cluster de l'aéroport n'a toutefois entraîné de maladie grave ou de décès »

francetvinfo.fr/sante/maladie/…
Transmission communautaire "avérée" de B.1.617.2 à Genève [point hebdo S18]. Encore une route d'importations possible quand ça aura bien diffusé en Suisse (si ce qui est arrivé en France n'a pas déjà essaimé un peu partout à ce moment-là...).

ge.ch/document/covid…
Fil sur les différents biais pouvant conduire à surestimer la transmissibilité de B.1.617.2 :

Singapour ferme ses écoles en avance (ils sont à 4 d'incidence). D'après leur ministre de la Santé, B.1.617 "semble davantage affecter les enfants".

24matins.uk/topnews/int/si…
À Bolton (Nord-Ouest de l'Angleterre), la flambée de B.1.617 passe par les écoles. Le nombre d'enfants (< 14 ans) positifs a triplé en une semaine. Le taux de positivité est passé de 1,8 à 6,7% en 16 jours.

manchestereveningnews.co.uk/news/greater-m…
B.1.617.2 est arrivé à New York (16/699 séquences = 2,3% en S17).

www1.nyc.gov/assets/doh/dow…
B.1.617.2 poursuit son ascension en Angleterre.

Au passage, en France, on commence à avoir des traces de cas sans lien avec l'Inde (analyse de risque liée aux variants de SPF, 12/05). Image
B.1.617 s'est répandu en Angleterre, il y a 5 cas confirmés ou plus de ce variant dans 25% des localités. Il est dominant à Bolton, Blackburn et Darwen.

bbc.com/news/uk-571501…
35 échantillons séquencés sur 35 au Népal (pris aléatoirement à travers le pays) correspondent à B.1.617 (34 du sous-lignage 2, et 1 seul du sous-lignage 1).

kathmandupost.com/health/2021/05… Image
Les classes d'âge plus vaccinées résistent mieux à la flambée d'incidence à Bolton.

En revanche, chez les moins de 20 ans non-vaccinés...

Voilà, voilà.

Et oui. Ce n'est pas fini.

Augmentation de la fréquence de B.1.617 en Allemagne, à 2% en S18 (pour 80% du sous-lignage 2).

rki.de/DE/Content/Inf…
B.1.617.2 à 0,5% aux États-Unis dans la quatorzaine finissant le 24 avril.

covid.cdc.gov/covid-data-tra…
Une modélisation qui allait avec le rapport SPI-M de la semaine dernière au Royaume-Uni. B.1.617 pourrait y être devenu dominant à la mi-mai (à confirmer dans les semaines à venir).

assets.publishing.service.gov.uk/government/upl… Image
B.1.617.2 est effectivement devenu dominant en Angleterre (y compris en enlevant les voyageurs). Sa prévalence est en hausse dans toutes les régions.

assets.publishing.service.gov.uk/government/upl… Image
Le taux d'attaque secondaire de B.1.617.2 chez les contacts (non-voyageurs) est 54% plus élevé (troisième ligne) que B.1.1.7 (première ligne). Image
[Prépublication] B.1.617.2 exploite mieux les hôtes partiellement vaccinés (1 dose) que B.1.1.7. En revanche, la réduction d'efficacité est plus modeste lorsque les gens sont totalement vaccinés.

khub.net/documents/1359… Image
En Angleterre, ~50% de la population a reçu une dose (71% des adultes), mais "seulement" 28% a reçu les deux doses. Seuls les 65+ sont majoritairement vaccinés de façon complète.

assets.publishing.service.gov.uk/government/upl… Image
Dans la prépublication citée au-dessus : « Comparé à de récents résultats du Qatar comparant l'efficacité [du Pfizer] contre les variants B.1.1.7 et B.1.351, nos résultats suggèreraient que l'efficacité contre B.1.617.2 après 2 doses est quelque part entre les deux »
« B.1.617.2 a continué à remplacer B.1.1.7 mais une augmentation dans l'incidence générale ne s'est produite que dans un nombre réduit de régions. Le taux élevé de croissance observé est très probablement dû à une combinaison de contexte et de...

assets.publishing.service.gov.uk/government/upl…
... transmissibilité. Il pourrait y avoir une contribution d'un certain degré d'échappement immunitaire, en particulier lié aux individus qui n'ont reçu qu'une seule dose de vaccin. »
« Il est improbable que le taux de croissance épidémiologique observé et le remplacement de B.1.1.7 soient entièrement dus à l'échappement immunitaire (...) ; il est probable que B.1.617.2 soit plus transmissible que B.1.1.7. L'étendue de ce changement (...) reste incertaine. »
Finalement, à Singapour, ils ne trouvent pas que B.1.617 affecte davantage les enfants.

straitstimes.com/singapore/chil…
Le désormais classique "un train peut en cacher un autre" ...

B.1.617 a été détecté dans 53 territoires (60 en comptant les sources non officielles).

bfmtv.com/sante/covid-19…
B.1.617.2 a été classé comme variant préoccupant par l'ECDC (24/05).

Confinement "coupe-circuit" d'une semaine en Victoria suite à un foyer de B.1.617 (26 cas à l'heure actuelle).

20minutes.fr/monde/3049003-…
Les traceurs dans l'État de Victoria sont à la peine à cause de la rapidité de la transmission et des milliers de contacts à vérifier. Ils vont jusqu'au troisième anneau de contacts autour des cas index.

theguardian.com/australia-news…
B.1.617 représentait 58% des séquences à la mi-mai (le proxy S+ donne même jusqu'à 74%). Son taux d'attaque secondaire est 67% plus élevé que pour B.1.1.7.

assets.publishing.service.gov.uk/government/upl… Image
Sur la baisse de neutralisation pour B.1.617.2 : « la vue consensuelle est que l'ampleur du changement se situe probablement entre celle vue pour B.1.1.7 et B.1.351 »
B.1.617.2 déclenche un début de troisième vague en Angleterre, en capitalisant sur les non- et les partiellement vaccinés. Les cas et les hospitalisations sont à la hausse.

Prépublication française confirmant que B.1.617.2 échappe partiellement à l'immunité (convalescents et vaccin), surtout pour les personnes partiellement vaccinées. L'effet est plus réduit à 2 doses.

biorxiv.org/content/10.110… Image
Avis du Conseil scientifique sur B.1.617.

« Le variant B.1.617.2 est déjà présent en France sous forme de clusters en nombre limité. Ceci rappelle la situation dans laquelle nous étions avec la variant UK dès fin décembre 2020. »

solidarites-sante.gouv.fr/IMG/pdf/avis_c… Image
Le variant détecté au Vietnam est B.1.617.2 avec une ou des mutations supplémentaires.

« Pour conclure, nous spéculons que le clivage S1/S2 amélioré vu chez B.1.617 et B.1.1.7 (qui contient P681H) pourrait contribuer à la transmissibilité augmentée de ces variants. »

biorxiv.org/content/10.110…
« Le site de clivage chez [les versions ancestrales de SARS-CoV-2] qui ont émergé fin 2019 est sous-optimal, laissant du potentiel pour l'évolution de variants avec une transmission accrue du fait d'un site de clivage optimisé »
Les auteurs font également l'hypothèse que ce site de clivage optimisé pourrait contribuer à la pathogénicité supérieure de ces variants (déjà vue chez B.1.1.7, pas de résultats disponibles encore pour B.1.617).
La fréquence de B.1.617 augmente en Colombie-Britannique.

L'article parle de 7% au 15 mai, contre 4 et 2% les semaines précédentes.

globalnews.ca/news/7903024/i…
bccdc.ca/Health-Info-Si… Image
Des signes d'augmentation de la fréquence de B.1.617 en Ontario aussi.

Des traces de B.1.617.2 en Ouganda.

Fréquence de 75% fin mai pour B.1.617.2 en Angleterre (acquise depuis quasi-zéro en ~8 semaines).

Transmission communautaire de B.1.617.2 dans les Landes.

ouest-france.fr/sante/virus/co…
Malheureusement et sans grande surprise, comme pour les autres VOCs, des signes de virulence augmentée pour B.1.617.2 (ici, un risque plus élevé d'hospitalisation). Et les chiffres sont méchants.

assets.publishing.service.gov.uk/government/upl… Image
« Ces données, avec [celles] sur la croissance de B.1.617.2, soulèvent la possibilité que ce VOC présente un double défi : une réduction de l'efficacité du vaccin semblable à B.1.351, et une transmissibilité augmentée au-delà de B.1.1.7 »

thelancet.com/journals/lance… Image
Les titres d'anticorps neutralisants des participants classés en 3 groupes : bas (< 40), moyen (40-256) et élevé (> 256). Image
« Notre cohorte d'individus généralement en bonne santé, relativement jeunes, récemment vaccinés (…) représente un meilleur scénario raisonnable pour l'activité des anticorps neutralisants contre les variants »
« Ces données suggèrent donc que les bénéfices du délai de la deuxième dose (…) doivent à présent être évalués au regard de l'efficacité diminuée à court-terme, dans le contexte de la propagation de B.1.617.2 »
« Sur le long terme, nous notons que tant l'âge que le temps écoulé depuis la deuxième dose de [Pfizer] sont significativement corrélés avec une baisse de l'activité des anticorps neutralisants contre B.1.617.2 et B.1.351 — deux caractéristiques...
... de la population la plus à risque de Covid sévère au Royaume-Uni (i.e. plus vieux et vaccinés plus tôt). »
Synthèse des résultats dans ce fil.

B.1.617.2 était déjà à 8,2% (CI : 5,1%—11,3%) en S20 au Luxembourg... B.1.351 et P.1, qui étaient sur le podium depuis des semaines, ont été doublés en l'espace de 15 jours.

lns.lu/departement/mi… Image
Augmentation de la fréquence de B.1.617.2 dans l'Ontario (cf. modèle). Elle est évaluée à ~25% dans la région de Peel, où 72% des adultes ont reçu une dose, mais seulement 4% sont complètement vaccinés.

theglobeandmail.com/canada/article… Image
Alors que B.1.1.7 et P.1 étaient en décroissance, B.1.617.2 était en exponentielle avant même l'étape du déconfinement du 25 mai en Colombie-Britannique.

bccovid-19group.ca/post/2021-06-0… Image
La souche la plus dangereuse au monde a passé la ligne Maginot. (Analyse de risque SPF liée aux variants 02/06)

santepubliquefrance.fr/dossiers/coron… Image
B.1.617.2 à 8,1% en S20 à New York. P.1 semble aussi à la hausse là-bas (10%).

www1.nyc.gov/assets/doh/dow…
B.1.617.2 était à 9,6% en S19 dans l'Ontario, en hausse.

publichealthontario.ca/-/media/docume…
B.1.617.2 et B.1.351 déclenchent une troisième vague à Kinshasa (République démocratique du Congo).

theguardian.com/world/2021/jun…
[Prépublication] « Après contrôle des facteurs confondants, nos résultats ne suggèrent pas de changement significatif dans les intervalles de série pour [B.1.617.2]. Ceci renforce l'hypothèse d'un R plus élevé chez les cas de B.1.617.2 »

medrxiv.org/content/10.110…
Il y en a déjà un peu partout en France, évidemment. #PassionPassoire

francebleu.fr/infos/sante-sc…
L'éternel retour du même...

On doit pouvoir retrouver, presque au mot près, le même baratin de sa part il y a quelques mois lorsqu'il s'agissait des débuts de l'épidémie de B.1.1.7 ("on traque à fond les chaînes de transmission, ce ne sont que des foyers, etc."). On a vu la suite.
« "L’estimation la plus juste de l’avantage de croissance [de B.1.617.2 sur B.1.1.7] – tel que nous l’appelons (…) – est d’environ 40%", a ainsi déclaré M. Hancock à la BBC, citant les travaux du groupe de scientifiques qui conseille le gouvernement. »

lemonde.fr/international/…
« Au total, en plus des Landes, une centaine de contaminations [de B.1.617.2] a été recensée dans le pays, principalement en [IDF, ARA et NAQ]. Rien d'inquiétant à ce stade, selon le professeur Bruno Lina »

Vous pensez qu'un jour ils apprendront ?

lci.fr/sante/variant-…
« Signe que "la situation n’est pas inquiétante", les personnes touchées [par le variant Delta] sont jeunes, seulement cinq ont plus de 50 ans dont une [qui] a plus de 75 ans" »

Tout va bien alors.

lemonde.fr/planete/articl…
À Guangzhou (Chine), d'après un type du CDC local, le R0 de B.1.617.2 au début de l'épidémie (démarrée fin mai) était entre 5 et 6, contre 2 à 3 pour les variants précédents.

straitstimes.com/asia/east-asia…
Leur traçage de contact a identifié des cas de transmission aéroportée à longue distance dans des restaurants, entre des clients qui n'avaient pas eu de contact direct et se trouvaient de part et d'autre de la pièce.

Ils disent aussi trouver plus d'asymptomatiques.
En Inde, dans le sillage de B.1.617, une flambée de mucormycose (infection opportuniste de personnes immunodéprimées par un champignon). >50% de létalité si pris en charge trop tard, et une partie des survivants y laissent un œil.

Quasiment tous les cas de mucormycose sont liés à un Covid antérieur.

« Santé publique France a commencé à distribuer des kits pour permettre de détecter Delta dans les tests de criblages, mais le système ne sera pas totalement opérationnel avant le 14 juin. »

liberation.fr/societe/sante/…
L'avantage de transmission de B.1.617.2 aux États-Unis. Le CDC estimait sa fréquence à 2,5% (95% CI : 1,9—3,4%) dans la quatorzaine finissant le 22 mai, et la prévision le met à 6,1% (95% CI : 3,7—8,9%) pour celle finissant le 5 juin.

« Nous estimons que la transmissibilité peut être jusqu'à 50% plus élevée que celle de B.1.1.7. La charge virale de B.1.617.2 semble plus élevée que pour B.1.1.7, de même que le taux d'infections post-vaccinales selon les données d'Inde et du Royaume-Uni »
medrxiv.org/content/10.110…
« Nous tenons à souligner que les infections antérieures, une séropositivité élevée et une vaccination partielle sont des freins insuffisants à la propagation de B.1.617.2, comme vu à Delhi, et qu'une réponse de santé publique forte sera nécessaire pour le contenir. »
Ferguson (Imperial College) a déclaré que "la meilleure estimation" de l'avantage de transmission de B.1.617.2 sur B.1.1.7 est de 60%.

bbc.com/news/health-57…
« L’agence régionale de santé du Grand-Est a annoncé samedi un "plan d’action immédiat" après la détection d’au moins 4 cas du variant dit indien au sein de la Haute Ecole des arts du Rhin, à Strasbourg. » #PassionPassoire

lemonde.fr/planete/articl…
B.1.617.2 sème en Europe pour une troisième vague.

lemonde.fr/planete/articl…
Voilà, voilà. Sans surprise, c'est déjà mort pour la phase d'endiguement. #PassionPassoire

Delta a déjà été détecté dans 74 pays, sur à peu près tous les continents.

theguardian.com/world/2021/jun…
Delta est estimé à 30% dans les Landes.

leparisien.fr/societe/sante/…
« En quelques jours seulement, deux foyers épidémiques du variant "Delta" ont été détectés à Évry-Courcouronnes. (...) Les autorités affirment que pour l'instant "aucun lien n'est fait entre ces deux clusters." »

L'un des foyers est un collège.

francetvinfo.fr/sante/maladie/…
En Écosse, ils trouvent que Delta est associé à un risque 1,85 (95% CI : 1,39—2,47) fois supérieur d'être hospitalisé comparé à B.1.1.7... qui avait déjà un risque d'hospitalisation augmenté comparé aux types sauvages.

thelancet.com/journals/lance…
En même pas 1 mois... Image
Le SPI-M-O estime que l'avantage de croissance de Delta comparé à B.1.1.7 converge autour de +40 à +60%.

"Cependant, des estimations plus hautes ne peuvent pas encore être exclues"

Les valeurs extrêmes vont de +25 à +100%.

assets.publishing.service.gov.uk/government/upl…
Papier de l'OMS estimant un R eff supérieur de 55% (95% CI : 43—68) pour Delta comparé à B.1.1.7, "suggérant un avantage compétitif clair".

eurosurveillance.org/content/10.280…
« Étant donné nos estimations et en supposant que les autres facteurs demeurent constants, il est attendu que B.1.617.2 surpasse rapidement les autres variants et devienne le lignage dominant en circulation au cours des prochains mois »
« Il est important de noter que notre analyse ne peut pas distinguer entre une augmentation réelle dans la transmissibilité (i.e. le R0) et l'évasion immunitaire comme explications à des R eff plus élevés. »
« Le variant Delta, plus contagieux, représenterait désormais près de 90% des nouveaux cas dans la capitale russe. »

huffingtonpost.fr/entry/covid-po…
En France, 6,6% des PCR criblés avec un résultat interprétable sont L452R+ sur les 7 derniers jours (SPF).

Si la valeur Flash#10 (le deuxième point fin mai) est fiable et que 90% des L452R+ sont du Delta, cela pourrait suggérer un doublement tous les ~24 jours. Image
Entre le 1er mai et le 15 juin, ils avancent que sur GISAID, 66% des L452R+ sont du Delta (analyse de risque SPF 16/06).

À titre d'exemple, sur les résultats de Flash#10 (25 mai), Delta aurait représenté 77% des variants avec L452R.

La part a dû encore augmenter depuis. ImageImage
En supposant qu'on détecte toujours autour d'1 infection sur 2, ça donnerait 250 à 350 contaminations/jour de Delta sur la première semaine de juin (selon la part des L452R+ qui revient à Delta). Et le R de Delta dans la première moitié de juin serait supérieur à 1.
Comme on a 2 mois de retard sur l'Angleterre, on est au même niveau qu'eux à la mi-avril s'agissant de la fréquence de Delta. Croisement des courbes vers la mi-juillet et hégémonie de Delta en août si on suit la même trajectoire.

assets.publishing.service.gov.uk/government/upl… Image
Efficacité des vaccins contre Delta (lien au-dessus), contre les formes symptomatiques en haut et les hospitalisations en bas. Principalement un mélange d'AstraZeneca (majoritaire) et de Pfizer là-bas. Image
Delta est arrivé en Israël. Deux foyers dans des écoles, plusieurs dizaines d'enfants infectés. Plusieurs adultes vaccinés ont aussi été infectés.

timesofisrael.com/in-2nd-israeli…
Delta est passé au Danemark.

covid19genomics.dk/statistics Image
Prépublication ETE sur Delta en IDF, estimant à partir des données du criblage un avantage de transmission de 92% (95% CI : 67—120%) des échantillons L452R+.

"D'après nos estimations, à la mi-juin sa fréquence en IDF pourrait déjà être au-dessus de 10%"

medrxiv.org/content/10.110… Image
« Ces résultats ont des implications majeurs de santé publique puisque, étant donné les estimations actuelles du R en France (Rt ≈ 0.8), elles impliquent que le variant Delta pourrait se propager rapidement (avec Rδt ≥ 1,2) »
« En l'absence d'interventions spécifiques et en se basant sur le déploiement actuel des vaccins, un modèle adapté à l'épidémie française suggère que cela pourrait entraîner une autre vague épidémique débutant en août 2021.
L'ampleur et le timing exact de cette vague dépendraient de l'avantage de transmission exact de ce variant. »
9,6% des tests criblés sur les 7 derniers jours sont L452R+ (SPF).

En supposant que 90% correspondent à du Delta (c'était 77% dans les séquences de Flash#10, il y a presque un mois), la taille de l'épidémie de Delta aurait doublé en 23 jours. Image
Les Landes sont le département où la fréquence de Delta était la plus élevée (annoncée à 30% il y a 6 jours, donc sans doute majoritaire ou presque aujourd'hui). L'incidence ne diminuait plus (alors que baisse ailleurs), là elle vient de repasser au-dessus du seuil d'alerte. Image
123 nouveaux cas hier en Israël, au plus haut pour une journée depuis avril. 70% des infections seraient dues à Delta.

fr.timesofisrael.com/a-binyamina-de…
Delta et P.1 remplacent B.1.1.7 aux États-Unis. Delta, plus rapide, progresse plus vite dans les comtés où la vaccination complète est plus basse (contrairement à P.1).

medrxiv.org/content/10.110… Image
Delta est estimé à 20% aux États-Unis dans la dernière quatorzaine.

Tiens, SARS-CoV-2 a un compte Twitter.

Le plan du gouvernement face à l'exponentielle de Delta ? "Être d'une vigilance absolue".

Nous voilà rassurés !

15 jours d'écart entre ces deux titres.

lemonde.fr/planete/articl… ImageImage
L'ECDC : « Sur la base de l'avantage de transmission de Delta, (...) nous projetons que 70% des nouvelles infections en Europe seront dues à ce variant début août, et 90% fin août. »

ecdc.europa.eu/en/publication…
« Les interventions non-pharmaceutiques devraient être maintenues à un niveau suffisant pour contenir la transmission communautaire de Delta jusqu'à ce qu'une part plus importante de la population soit pleinement vaccinée, afin d'éviter une résurgence des cas (...). »

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