Thread by @BiochemistTomas

Poslechl jsem si včerejší #StudioN a jen pár poznámek k zodpovědnosti vědců, diskutovanému experimentu a k zodpovědnosti novinářů. 1/n

@FilipTitlbach @petrkou @enkocz @Simindr

denikn.cz/625229/studio-…

V první řadě, potenciál zneužití vědecké práce není nic nového. Jen se to nyní dostalo do hledáčku mainstreamových novinářů. Jakožto někdo, kdo se pohybuje v oblasti biotechnologií a GMO se s podobnýma věcma setkávám "denně". Různé studie byly znásilněny a jejich závěry 2/n

znásilněny, aby potvrdily něčí hypotézu. Jenže s takovou bychom nemohli publikovat nic. Protože takto znásilnit lze i dobře míněné (a třeba původně úplně nesouvisející) práce.
3/n

Problém nastává, když vyjde nějaká práce o velmi nízké kvalitě, nebo dokonce přímo s pochybným úmyslem. A za takovou bych s klidným svědomím označil právě diskutovanou práci. 4/n

Pojďme se na tu práci podívat 5/n

pnas.org/content/118/21…

V první řadě, nejedná se o in vitro práci, ale ex vivo. Trochu terminologie:
in vitro:smíchám proteiny, DNA/RNA a jiné komponenty ve zkumavce a nechám to zreagovat (i to by šlo udělat)
in vivo:pozoruji děje přímo v živém organismu
ex vivo:vezmu z živého organismu buňky/tkáně 6/n

(spíše buňky), ty pěstuji na Petriho misce a něco s nimi dělám.
Nedá mi to a musím k tomu přidat známý @xkcdComic

7/n

Jenže aby to nebylo jednoduché, autoři této studie nevzali jenom jakkékoli buňky z lidského těla a v nich sledovali SARS-CoV-2. Oni vzali speciálně upravené buňky, které mají aktivní RNA-dependentní DNA-polymerasu AKA reverzní transkriptasu.
8/n

To je ten enzym, o kterém později mluví @petrkou, že jde proti dogmatu molekulární biologie (což nejde), protože umí přepisovat RNA do DNA.
9/n

V zásadě známe 3 případy RT: retroviry, retrotransposony a prodlužování telomer. Takže ano, i my máme v DNA reverzní transkriptasu, ale ta není běžně aktivní.
10/n

Takže zmínění vědci "znásilnili" buňky, aby produkovaly RT a pak jim naservírovali RNA virus a světe div se, on se zainkorporoval do DNA!
Teď je otázkou, jestli to byl opravdu náhodný experiment, nebo jestli k němu vedl záměr.
11/n

Protože jak jsem psal jinde, jsem si na 99% jistý, že kdyby místo SARS-CoV-2 použili chřipku, nebo jakkýkoli jiný virus - anebo klidně jakkoukoli náhodnou RNA - tak by se zainkorporovali do genomu buňky s RT.
12/n

Stejně tak bych se vsadil, že kdyby opravdu hledali, tak by v genomu našli jiné vložené RNA, protože každá buňka potřebuje pro své fungování RNA a obsahuje ji.
13/n

Jinými slovy - ta studie prakticky nemohla vyjít jinak!

14/n

S designem toho experimentu souvisí další věc - @petrkou a @FilipTitlbach mluví o schopnosti SARS-CoV-2 se zabudovat do (lidské) DNA. Ale tak to opravdu není, právě proto, že nemá reverzní transkriptasu. Tu měly ty buňky a tedy tuto schopnost mají buňky, nikoli vir.
15/n

I proto se nezabudovává celý vir, ale pouze jeho části, protože to nepotřebuje a nevyvinul se tak. Kdyby to měla být schopnost viru, "pohlídal" by si, aby se zainkorporoval celý.
16/n

Co se týče následků, spíše bych se obával různých rakovin apod. To ovšem opět nezávisí na viru, ale na místě, kam by se vložil. (a v které buňce, protože ne všechny geny jsou všude aktivní).
17/n

@petrkou Darwin evoluci nevymyslel, ta tu byla dávno před ním 😉 On ji pouze popsal, respektive popsal její mechanismus 👍
18/n

A protože jsme mnohobuněčné organismy, které se nerozmnožují odseknutím ruky, tak podmínkou evoluce je, že k mutaci dojde v buňkách vedoucích k pohlavním buňkám, tedy vajíčkům a spermiím.
19/n

Pokud dojde k mutaci v tzv. somatické buňce, tj. kdekoli jinde kromě spermie, nebo vajíčka, tak to na další generace a potažmo evoluci žádný vliv nemá (leda ten, že zemřete dřív, než budete mít děti).
20/n

Mimochodem, o chiméře mluvili sami autoři. Dokonce hned v abstraktu (...evidence suggesting that a large fraction of the viral sequences is transcribed from integrated DNA copies of viral sequences, generating viral–host chimeric transcripts.)

21/n

Teď k tomu preprintu. Ten finálně publikovaný článek není zas tolik odlišný od preprintové verze (minimálně ten zásadní výsledek), takže i kdyby tento #preprint nebyl publikován, vznikl by hoax maximálně o pár měsíců později.
22/n

Navíc vědci nemohou předvídat,jak bude jejich práce(ať preprint,nebo peer-reviewed)interpretována.Např.já bych tuto práci,když už,četl tak,že je SARS-CoV-2 nebezpečný a měli bychom udělat vše v našich silách, abychom se mu vyhli. Ale to zjevně není univerzální interpretace.
23/n

Navíc peer-review taky nevyřeší všechny problémy světa. I přes peer-review se dostanou články pochybné kvality. Např. tento článek vyšel v @PNASNews, což je časopis (Americké) Národní Akademie Věd (NAS), do jehož sekce Contributed mohou protekčně posílat články členové NAS
24/n

A kdyby měl každý tým psát blog ke každému svému článku,to už by opravdu nedělali nic jiného.Navíc,ten pěkný citát Einsteina tuším neříkal nic o 10letém dítěti,jen o tom, jestli to umíte jednoduše vysvětlit(ale jak říkával už Lincoln,Nevěřte ničemu,co najdete na internetu).
25/n

A je rozdíl, jestli problematiku jednoduše vysvětlíte kolegovi (byť by pracoval na jiném tématu), nebo nějakému laikovi.
26/n

A tady právě nastupuje zodpovědnost novinářů (ale i PR specialistů), kteří nezřídka udělají senzaci z nějaké práce a překroutí její výsledky. A je jedno, kterým směrem, jestli vytvoří poplašnou zprávu, nebo výsledky nafouknou.

@petrkou @FilipTitlbach @enkocz @Simindr

Vědci nejsou učeni, jak popularizovat vědu, těch pár popularizátorů v našich řadách jsou spíše výjimky. Od toho máme právě různé PR specialisty, popularizátory (na plný úvazek) a Vás, novináře (@petrkou, @DanielStach).

28/n

Vědecké bádání a popularizace vědy jsou dvě naprosto odlišné věci. Proto byste ani neměli chtít po vědcích, aby a priori něco takového dělali.

29/n

Mimochodem, vzniku hoaxu by ani žádná popularizace nepomohla. Protože pro tento hoax bylo nutné výsledky doslova znásilnit. Pokud chce někdo šířit nesmysly, tak si vezme to, co se mu líbí a na zbytek kašle.
30/n

To je podobné, jako se teď šíří zpráva, že @CDCgov snížilo po očkování treshold pro pozitivní vzorky na 28 cyklů. A můžete donekonečna vysvětlovat, že se to týká pouze selekce vzorků pro sekvenování a ne pro určení pozitivity. Ale oni mají svoji pravdu a nic je nepřesvědčí.
31/n

Tak to je ode mě vše, třeba si to někdo (z Vás) i přečte :)

32/32

(@FilipTitlbach pokud budete chtít pomoct s tím článek, pokud je to z přírodních věd, ozvěte se:)