1/ Morgen krijgen we weer de wekelijks #COVID19 update van het RIVM. Vandaag vast mijn update.
Samenvatting: grootste toename van het aantal besmettingen dit jaar. En dat is een probleem.
2/ Rt is ~2.8 (1.8-4.4), dus ruim boven de 1 (links). Verdubbelingstijd: 1.6 (1-3.3) dagen.
Na een lange daling stijgt ook het percentage positieve testen weer (rechts).
3/ Rt kan overschat zijn, maar sowieso snelle stijging. Als het echt zo hard gaat ziet dat er in 1 (!) week zo uit (Let op onzekerheidsmarges (25e-75e percentiel))
👇
4/ Vooral jongeren raken besmet, maar uiteraard ook ouderen.
5/ Volgens sommigen maken besmettingen bij jongeren niet uit maar dat klopt natuurlijk niet want:
- langdurige covid
- ontstaan van nieuwe besmettelijker varianten met 'immune escape'
- als besmettingen exponentieel stijgen, doen opnames dat ook.
6/ Sommetje: 2% komt in ziekenhuis, maar bij Delta variant bijvoorbeeld 2x zoveel. Als iedereen gevaccineerd zou zijn (is nu niet zo) wordt ~90% van de opnames voorkomen, dus 0.02 x 2 x 0.1 = 0.4% komt in ziekenhuis. Bij 30000 infecties/d is dat minimaal 120 opnames/d.
7/ Er zijn regionale verschillen. Rt per regio (links), percentage positief (rechts).
8/ Er zijn brandhaarden (slechts 2 voorbeelden, er zijn er meer). Ik meen me te herinneren dat we daar heel intelligente en fijnmazige lokale maatregelen voor hebben om 'brandhaardjes direct uit te trappen'. Zoals bij >100 besmettingen in een disco? 🤔
9/ Effect van nieuwe maatregelen duurt ~2 weken (besmettingen dan x16?). Bereidheid om nieuwe maatregelen te accepteren schat ik laag in. Misschien mede door (non-)verbale communicatie van de overheid?
Tja, zou wel een puntje kunnen worden bij de parlementaire enquête tzt.
10/ En de vakanties? Ik vermoed dat andere landen dat een beetje donkerrood inzien voor NL. Jammer natuurlijk, maar vakantie heeft momenteel eigenlijk ook wel iets decadents nature.com/articles/d4158…
11/ Vrijwel alle vragen over de achtergronden van de huidige cijfers vindt u hieronder beantwoord 👇
2). Onze hersenen kunnen exponentiële groei moeilijk bevatten en zijn gevoelig voor gezichtsbedrog. Links is op een lineaire schaal, rechts dezelfde data op een logaritmische schaal. Links lijkt het mee te vallen, rechts niet.
Les 1: plot exponentiële processen op een log schaal
3). Hoe zit het dan in Gauteng met de verhouding tussen ziekenhuisopnames en besmettingen (uiteraard op een logaritmische schaal)?
1/ Using data of different #COVID19 variants from 42 countries in a multilevel multinomial model I compared the growth advantage of these variants.
The estimated growth advantage of Omicron compared to Delta (B.1.617.2) is 245%/week (95% credible interval: 205-297%).
2/ Extrapolation of these numbers in 42 different countries is demonstrated in the figure below.
If Omicron is detected in your country it will likely become the dominant variant within 1 month.
3/ Growth advantage of Omicron is heterogeneous between countries (South Africa < 189%/week, USA > 260%/week compared to Delta). This might be due to heterogeneous data quality, heterogeneous vaccine effects, different levels of restrictions, sampling bias etc.
Nu Omikron een serieuze bedreiging voor ons lijkt te zijn beginnen velen te *hopen* dat het allemaal meevalt, want *hopelijk* worden mensen er minder ziek van. Daarom goed om naar de cijfers te blijven kijken. Hieronder ziekenhuisopnames in Gauteng, Zuid-Afrika (>90% Omikron)
Update: Zuid-Afrika heeft data bijgewerkt. In Gauteng in 2 weken van 135 naar 580 opnames (x4.3). Dus elke week verdubbeling. En in Zuid-Afrika zijn mensen gemiddeld ~16 jaar jonger dan in Nederland (27.6 vs. 43.3 jaar).
Update 2: Zuid-Afrika heeft data bijgewerkt. In Gauteng in 2 weken van 136 naar 647 opnames (x4.8). Dus elke 6 dagen verdubbeling.
1). Een klein sommetje over de nieuwe coronavariant (Omicron) in Nederland.
🧵
2). In NL worden wekelijks ~1500 aselecte samples gesequencet (in de 'kiemsurveillance'). In de afgelopen 7 dagen waren er 156000 bevestigde covid gevallen. Dus ~1% van alle bevestigde gevallen wordt gesequencet.
3). De meest recente publicatie van gesequencete data is van samples die 10-16 dagen geleden zijn afgenomen. Tussen moment van besmetting en test zit ook nog ~7 dagen. Dus 17-23 dagen na besmetting wordt sequencing data gepubliceerd.
2). Hierin staat o.a.: 'Per vijf coronapatiënten zijn vier ongevaccineerd.' In Zuid-Afrika is 24% volledig gevaccineerd. Met deze gegevens kom ik op een *ruwe* vaccin effectiviteit van 20%.
3). Dit is een indicatie dat vaccins minder goed werken tegen Omicron, wat je ook verwacht gezien het hoge aantal relevante mutaties. Dit is overigens wat anders dan *bewijs* dat vaccins minder goed werken want daar moeten we nog even op wachten.
1). Ons demissionaire kabinet straalt momenteel veel twijfel uit. De #COVID19 cijfers zijn allemaal zo 'snel' en 'overwacht' opgelopen. Daarom een draadje met wat scenario's waar nu uit gekozen kan worden.
Spoiler:
Keuzemogelijkheden: zwart, zwarter of zwartst.
2). Het heden kan niet begrepen worden zonder het verleden, dus 1 tweet over het verleden:
- Besmettingscijfers 📈 sinds ~8 weken
- IC-bezetting 📈 sinds ~7 weken
- IC nu voor >55% vol met COVID patiënten
- Testcapaciteit schiet tekort
- Rt 1.10-1.30 sinds >8 weken
3). En dan heeft minister @hugodejonge ook nog moeilijke vragen gekregen waarop een antwoord verwacht wordt terwijl de modellen van Wallinga stuk zijn. Daarom kan wat extra ondersteuning geen kwaad en heb ik een paar modellen gemaakt >>