👋🏻 Bonjour #Twitter,
👇🏻 Traduction 🇫🇷 d'un excellent thread de @EpiEllie, épidémiologiste & superstar de la comm' scientifique aux US, (avec son accord) sur le rôle de la #VaccinationCovid et l'intérêt (ou non) de la #3èmedose!
(thread d'origine:
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👇🏻 Traduction 🇫🇷 d'un excellent thread de @EpiEllie, épidémiologiste & superstar de la comm' scientifique aux US, (avec son accord) sur le rôle de la #VaccinationCovid et l'intérêt (ou non) de la #3èmedose!
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https://twitter.com/EpiEllie/status/1422595200615133189)
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PENSEZ COMME UN ÉPIDÉMIOLOGISTE :
L'annonce récente du CDC selon laquelle le variant Delta a un nb moyen de reproduction de 6 à 9 inquiète bcp et bcp me demandent si cela signifie que nous avons besoin d’une 3ème dose de vaccin.
L'annonce récente du CDC selon laquelle le variant Delta a un nb moyen de reproduction de 6 à 9 inquiète bcp et bcp me demandent si cela signifie que nous avons besoin d’une 3ème dose de vaccin.
Parlons mathématiquement de la façon dont nous pourrions décider !
Tout d'abord, nous devons nous assurer que tout le monde est sur la même longueur d'onde sur ce qu'est le « nombre de reproduction » moyen.
Ce terme désigne le nombre moyen de nouveaux cas qui seront infectés par un seul individu infecté.
Ce terme désigne le nombre moyen de nouveaux cas qui seront infectés par un seul individu infecté.
Lorsque nous parlons d'une population qui est entièrement susceptible (non immunisée), nous utilisons R0 = le nombre de reproduction de base.
Lorsque nous parlons d'une pop avec une susceptibilité et une immunité mixtes, nous utilisons R ou Re = nombre de reproduction efficace.
Lorsque nous parlons d'une pop avec une susceptibilité et une immunité mixtes, nous utilisons R ou Re = nombre de reproduction efficace.
Que nous parlions de R0 ou de Re, si ce nombre est supérieur à 1, toute infection entraînera une épidémie qui se développe et se développe jusqu'à ce que nous l'arrêtions ou qu'il n'y ait plus de personnes à infecter.
Un nombre R0 ou Re < 1 signifie qu'une infection ne conduit pas à une épidémie ou, si c'est le cas, l'épidémie disparaît d'elle-même.
Un objectif majeur de santé publique est de trouver tout virus avec un Re ou un R0 > 1 et d'intervenir jusqu'à ce que le Re soit < 1.
Un objectif majeur de santé publique est de trouver tout virus avec un Re ou un R0 > 1 et d'intervenir jusqu'à ce que le Re soit < 1.
Il y a bcp de maths derrière ces chiffres, et ils varient en fonction de certaines caract. spécifiques à la maladie, mais une fois que vous avez R0 ou Re, l'interprétation est assez simple.
Maintenant que nous savons ce que cela signifie, nous pouvons les utiliser pour décider.
Maintenant que nous savons ce que cela signifie, nous pouvons les utiliser pour décider.
La prochaine leçon d'épidémio. dont vous avez besoin est que chaque fois que nous voulons prendre une décision, nous avons besoin d'un « cas de base » : nous ne pouvons pas décider quoi faire à moins de savoir ce qui se passerait dans le cadre typique de notre action par défaut !
Dans le cas de la COVID, il y a 2 cas de base possibles.
1er cas: dans quelle mesure le virus s'est-il propagé à l'origine, avant les variants et avant les vaccins ?
Ce cas de base n°1 représente la majeure partie de ce qui s'est passé l'année DERNIÈRE.
1er cas: dans quelle mesure le virus s'est-il propagé à l'origine, avant les variants et avant les vaccins ?
Ce cas de base n°1 représente la majeure partie de ce qui s'est passé l'année DERNIÈRE.
Le R0 pour le virus d'origine a été estimé à environ 2-3. Prenons 3 pour n’avoir qu’un seul nombre pour nos calculs.
Nous pouvons voir que ce nombre (3) est supérieur à 1, c'est pourquoi nous avons eu des épidémies.
Nous pouvons voir que ce nombre (3) est supérieur à 1, c'est pourquoi nous avons eu des épidémies.
Toutes les précautions de santé publique (masques, distanciation, confinement, etc) que nous avons prises au cours de la dernière année ont abaissé le Re à près de 1** quand mises en place ** et dans certains cas même en dessous de 1.
Une énorme victoire !
Jusqu'à ce que nous arrêtions de les faire 🤦🏻♀️.

Qu'ont fait les vaccins à Re ? Calculons-le !
Jusqu'à ce que nous arrêtions de les faire 🤦🏻♀️.

Qu'ont fait les vaccins à Re ? Calculons-le !
Nous pouvons obtenir un calcul approximatif de Re avec la formule suivante :
Re = R0*(1-X*Ve)
où X est la proportion de personnes vaccinées et Ve est l'efficacité du vaccin.
(Une autre façon d'écrire ceci : Re=R0*S
où S = proportion de personnes susceptibles d’être infecté).
Re = R0*(1-X*Ve)
où X est la proportion de personnes vaccinées et Ve est l'efficacité du vaccin.
(Une autre façon d'écrire ceci : Re=R0*S
où S = proportion de personnes susceptibles d’être infecté).
Supposons que tous les vaccins ont la même efficacité que Pfizer/BioNtech (c'est-à-dire 95%).
Pour la COVID d'origine, nous constatons que l'impact du vaccin *si 100 % des personnes étaient vaccinées* serait :
Re=3*(1-1*0,95)=0,15 <<< 1!
Pour la COVID d'origine, nous constatons que l'impact du vaccin *si 100 % des personnes étaient vaccinées* serait :
Re=3*(1-1*0,95)=0,15 <<< 1!
Nous ne sommes évidemment pas à 100% de pers. vaccinées. Alors, qu'en est-il si nous prenons le % actuel de personnes entièrement vaccinées en France ?
Au 2 août, ce % était 62%.
Re=3*(1-0,62*0,95) = 1,23 >>>> 1
donc nous avons encore besoin d'autres précautions.
Au 2 août, ce % était 62%.
Re=3*(1-0,62*0,95) = 1,23 >>>> 1
donc nous avons encore besoin d'autres précautions.
De +, le virus d’origine n’est pas le seul en circulation.
Donc, pour notre 2ème cas de base, regardons le variant Delta.
Le CDC dit que le R0 peut être de 6-9. Choisissons 8.
Des données récentes suggèrent une + faible efficacité du vaccin Pfizer contre Delta, disons 85%.
Donc, pour notre 2ème cas de base, regardons le variant Delta.
Le CDC dit que le R0 peut être de 6-9. Choisissons 8.
Des données récentes suggèrent une + faible efficacité du vaccin Pfizer contre Delta, disons 85%.
Que nous donnent ces chiffres pour le Re pour Delta en France au 2 août ?
Re=8(1-0,62*0,85) = 3,8 >>>>>> 1 !
C'est certainement inférieur à 8 mais WOW c'est élevé. Plus élevé même que le R0 du virus d’origine, celui du début de la pandémie !
Re=8(1-0,62*0,85) = 3,8 >>>>>> 1 !
C'est certainement inférieur à 8 mais WOW c'est élevé. Plus élevé même que le R0 du virus d’origine, celui du début de la pandémie !
C'est pourquoi nous avons tous encore besoin de mettre les masques !!
Pensons maintenant à quelques interventions que nous pourrions faire.
A) Et si on augmentait les taux de vaccination à 75 % ?
B) Et si on donnait une 3ème dose à *toutes les personnes vaccinées* ? Supposons que le booster restaure l'efficacité d'origine à 95%.
A) Et si on augmentait les taux de vaccination à 75 % ?
B) Et si on donnait une 3ème dose à *toutes les personnes vaccinées* ? Supposons que le booster restaure l'efficacité d'origine à 95%.
Pour le cas de base n°1 (virus d’origine),
L'option A nous donne :
Re=3*(1-0,75*0,95)=0,86 < 1 !!
Cela signifie que nous pourrions compter uniquement sur la vaccination ! Quelle victoire !
(L'option B ne change pas notre scénario de base car la Ve était tjrs de 95 %.)
L'option A nous donne :
Re=3*(1-0,75*0,95)=0,86 < 1 !!
Cela signifie que nous pourrions compter uniquement sur la vaccination ! Quelle victoire !
(L'option B ne change pas notre scénario de base car la Ve était tjrs de 95 %.)
Nous pouvons donc voir que * si nous avions affaire au virus d’origine uniquement *, alors la meilleure solution serait de faire vacciner tout le monde, et nous pourrions arrêter de porter les masques et autres précautions !
Quid du variant Delta ?
L'option A (plus de personnes vaccinées) nous donne :
Re=8(1-0,75*0,85)=2,9
Wow! C'est toujours plus grand que 1, nous avons donc encore besoin de porter les masques et des autres précautions, mais BEAUCOUP mieux que 8 !!
L'option A (plus de personnes vaccinées) nous donne :
Re=8(1-0,75*0,85)=2,9
Wow! C'est toujours plus grand que 1, nous avons donc encore besoin de porter les masques et des autres précautions, mais BEAUCOUP mieux que 8 !!
L'option B (3ème dose) donne :
Re=8(1-0,62*0,95)=3,3 😞
Donner à CHAQUE pers. vaccinée un booster qui améliore l'efficacité du vaccin jusqu'à 95% (un nb incroyablement élevé) ne fera que ↘️ le Re du variant Delta de 3.8 à 3,3 !
C'est PLUS ÉLEVÉ que pour le virus d’origine!
Re=8(1-0,62*0,95)=3,3 😞
Donner à CHAQUE pers. vaccinée un booster qui améliore l'efficacité du vaccin jusqu'à 95% (un nb incroyablement élevé) ne fera que ↘️ le Re du variant Delta de 3.8 à 3,3 !
C'est PLUS ÉLEVÉ que pour le virus d’origine!
D'après ces calculs, il semble assez clair que vacciner 75% des personnes est mieux que de donner des rappels aux 62% personnes qui ont été complètement vaccinées.
Mais peu importe ce que nous choisissons, nous avons encore besoin d'autres précautions !
Mais peu importe ce que nous choisissons, nous avons encore besoin d'autres précautions !
Combien de *nouvelles* personnes devraient être complètement vaccinées pour obtenir le MÊME avantage que de donner un rappel à tous les vaccinés ? Pour cela, un peu d'algèbre :
3,3=8(1-x*0,85)
x=0,69
La réponse : 69% des personnes, 7 points de pourcentage de plus !
3,3=8(1-x*0,85)
x=0,69
La réponse : 69% des personnes, 7 points de pourcentage de plus !
Alors, dans quelle mesure est-il possible d'augmenter le pourcentage de vaccins entièrement vaccinés en France de 62% à 69% ?
Eh bien, au 2 août, 74% étaient au moins *partiellement* vaccinés !
(data.gouv.fr/fr/datasets/do…)
Eh bien, au 2 août, 74% étaient au moins *partiellement* vaccinés !
(data.gouv.fr/fr/datasets/do…)
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*note technique, pour simplifier, je suppose que les personnes partiellement vaccinées sont susceptible d’être infecté à 100%, ce qui n'est pas vrai mais facile
*note technique, pour simplifier, je suppose que les personnes partiellement vaccinées sont susceptible d’être infecté à 100%, ce qui n'est pas vrai mais facile
Cela signifie qu'en veillant à ce que tous ceux qui ont commencé la série de vaccins reçoivent leur 2ème dose, nous pouvons obtenir autant de protection que de donner à CHAQUE personne vaccinée une dose de rappel supplémentaire.
Quels que soient les chiffres, vous constaterez que vacciner les personnes non vaccinées est à peu près TOUJOURS une meilleure décision que de donner des rappels aux personnes déjà vaccinées. Au moins jusqu'à ce que presque tout le monde soit vacciné.
Alors, vous pouvez décider, mais pour moi, je veux des vaccins pour tous !
Nous pouvons également voir que si le variant Delta est vraiment si mauvais, nous aurons besoin de masques et d'autres précautions pendant longtemps.
C'est vraiment décevant et pire encore, nous aurions pu éviter cela en faisant un meilleur travail de contrôle des infections l'année dernière.
Ne commettons pas deux fois les mêmes erreurs !
Ne commettons pas deux fois les mêmes erreurs !
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