Thread by @waggybiomed

Pessoal, hoje o fio científico vai ser um pouco diferente do habitual de sequela de covid-19, amanhã coloco mais sequelas aqui 😁 hoje vou comentar sobre um artigo interessantíssimo sobre Detecção de DNA no Ar e sua Biodiversidade, da Universidade de York, Canadá, segue o fio🧵⬇️

Antes de mais nada apenas pra fazer uma contextualização rápida para aqueles que nunca sequenciaram DNA e/ou RNA antes, primeiro, há diferentes métodos de sequenciar e quantificar DNA e RNA. O método Sanger ou eletroforese capilar seria um método padrão para sequenciar poucos⬇️

genes por exemplo, quando se faz necessário sequenciar vários genes o mais adequado seria utilizar NGS, Next Generation Sequencing q são uma série de novas plataformas-técnicas de sequenciamento que permite sequenciar múltiplos genes simultaneamente com maior nível de precisão⬇️

É necessário que vocês entendam pessoal, toda técnica de sequenciamento tem seus prós e contras, preço, profundidade de sequenciamento, disponibilidade de analistas de bioinformática muitas vezes é necessário e uma série de variáveis que cada grupo de pesquisa analisa para ⬇️

tomar a melhor decisão sobre qual melhor técnica atende aos interesses daquela pergunta biológica, porém não vou mentir ok, no Brasil muitas das vezes sequenciamos com o que tem ou o que a verba de pesquisa nos permite, por isso sempre buscamos colaborações para ajudar a⬇️

por exemplo fazer um sequenciamento em outro laboratório que tenha as máquinas de sequenciamento, assim o pesquisador obtém os resultados do sequenciamento e consegue publicar e a outra equipe q colaborou é citada no artigo, meio q todo mundo sai ganhando e a pesquisa é gerada⬇️

Pois bem, pra quem já teve a infelicidade (ou felicidade) de sequenciar RNA, saibam pessoal, HÁ LITERALMENTE RNA EM TUDO. Neste planeta que você está e nós coabitamos há vestígios de RNA em literalmente tudo que tocamos e deixamos de tocar, por isso é bem difícil sequenciar⬇️

RNA por conta de possíveis contaminações com a amostra de interesse, entre outras variáveis que dificultam sequenciar RNA, pois bem, dito isso e falando um pouco sobre as dificuldades esse grupo de pesquisa do Departamento de Biologia da Un. de York foi para um zoológico⬇️

Hamerton Zoo Park que fica em Huntingdonshire, um local de 25 acres de conservação contendo aproximadamente mais de 100 espécies animais, a grande maioria mamíferos além de diversos pássaros, plantas e árvores, além de pessoas que visitam e mantém o local, bom nesse zoológico⬇️

20 locais foram selecionados meio como "hotspot" para uma alta probabilidade de conter DNA no ar, sendo assim foram coletados 72 amostras de ar por 30min a uma taxa de filtro de 300ml/min⬇️ - Legal Wagner, o q isso quer dizer? Sou especialista em sequenciamento não faço ⬇️

de como se estoca ar, para maiores informações sobre como se estocar, armazenar e prender ar em recipientes, vou deixar aqui um @ de um físico e engenheiro biomédico Doutor em Engenharia Biomédica pela Universidade de Vermont @vitormori manjador de partículas, pois bem⬇️

após as coletas de ar utilizando uma bomba peristáltica (Geotech) e filtrada por Sterivex-HV, (aparentemente uns vários cm³ de ar coletado nesse rolê) as amostras de ar foram levadas para o laboratório e sequenciadas utilizando uma plataforma de NGS chamada Illumina MiSeq, ⬇️

no laboratório os branquelos pesquisadores dessa universidade decidiram sequenciar uma região chamada 16S presente na mitocôndria de mamíferos utilizando primers mam1 e mam2 (primers fazem parte do método de sequeciamento e imprescindível para sequenciar) uma região de DNA⬇️

presente em vários mamíferos de modo que fosse possível identificar a quais espécies essas amostras de DNA pertenciam. Daí outros branquelos fizeram toda a análise de sequenciamento do DNA obtido utilizando programas de bioinformática. PS: a pesquisa foi no Canadá, por isso ⬇️

alta probabilidade de que brancos realizaram ou participaram da pesquisa, mas só pra deixar claro não chequei se todo mundo da equipe de pesquisa era branquelo, se algum branquelo ficou ofendido, pasmem, também sou branquelo, porém minha raba é transparente, não sei porquê 🤔🤫⬇️

outro adendo, trato brancos bem e tudo quando tão aqui em casa ofereço água filtrada normal sabe, anyway, continuando, o airDna, DNA do Ar continha 25 espécies de mamíferos e pássaros, incluindo 17 espécies conhecidas e distintas de zoológico terrestre (ainda bem). Também foi ⬇️

identificado itens alimentares nas amostras de ar, partículas de alimentos nativos da área local, incluindo partículas de ouriço eurasiático ameaçado de extinção no Reino Unido e o veado-montjac, uma espécie invasora estabelecida naquela área. - Legal, muito bacana mesmo só ⬇️

ainda não sei bem o que fazer com essa informação. Beleza, as evidências desta pesquisa apontaram que o airDNA está concentrado em áreas em torno das regiões habitadas recentemente, porém a dispressão desse airDNA estavam distantes da fonte de onde essas espécies habitam ⬇️

Esses dados demonstraram que há claramente um profundo potencial de utilizar o ar como fonte de biomonitoramento terrestre global e análises ecológicas, porém lembrando que o airDNA é disperso longe da fonte de origem podendo ou não auxiliar na movimentação de espécies em ⬇️

determinados biomas de estudo. Muito importante essa pesquisa para as futuras análises ecológicas baseadas em biomonitoramento via airDNA. Sendo assim pode ser + uma ferramenta NÃO-INVASIVA de monitorar espécies de mamíferos, pássaros e outros animais a partir da coleta do ar⬇️

Pra finalizar, esta pesquisa coletou ar, sequenciou, analisou e identificou ao todo 25 espécies de DNA de animais da região, mamíferos e pássaros, além de ter identificado também espécies em risco de extinção e interações presas-predador também foram confirmadas. Os autores ⬇️

(branquelos ou não) estão bem animados de que essa abordagem possa contribuir e muito nos levantamentos de dados sobre a biodiversidade em diversos tipos de biomas. Pra quem não pegou a referência de um dos últimos gifs, foi da animação infantil de 2012 chamada Lorax, que ⬇️

que retrata um mundo realista-distópico onde bolsomínions com menos de 1,60m de altura dominaram a classe política-econômica de uma cidade artificial e tiveram que vender ar puro engarrafado para as pessoas suportarem o peso de suas realidades altamente poluídas tudo pq⬇️

um branquelo estranho queria vender cachecol feito de folhade trúfula, (não sei o que é trúfula, perguntem pro físico). Perdão pelo spoiler, acabei de poupar vocês de 37min de uma série de musicais desnecessários presentes no filme para alimentar atores brancos da indústria. Fim.

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