La dieta de los perros actuales es más omnívora que la de sus ancestros: los lobos. El cambio de dieta tuvo lugar durante el Neolítico, el inicio de las prácticas agrícolas favoreció una dieta de menos carne y más carbohidratos a partir del consumo de cereales. 
En Europa se sabe que esta transición tuvo lugar entre hace 8.000 y 6.000 años, sin embargo la presencia de más genes de la amilasa para producir enzimas capaces de convertir el almidón en azúcares, no se vuelve frecuente entre los perros hasta mil años más tarde.
Un reciente análisis de heces fosilizadas de perros ayuda a explicar cómo los animales pudieron llevar a cabo el cambio dietético: antes de que sus genomas se adaptaran a su comida rica en plantas, su microbioma intestinal adquirió un perfil de digestión de almidón.
Los investigadores han secuenciado el ADN de 13 heces de perro fósiles, o coprolitos, hallados en una comunidad agrícola de la Edad del Bronce en Solarolo, cerca de Bolonia, unos fósiles que van de los 3.600 a los 3.450 años.
En las heces han encontrado restos de sus dietas compuestas principalmente de oveja, trigo y uvas, sugiriendo una dieta omnívora. Sin embargo, el ADN recuperado de los perros demuestra que tenían menos copias del gen de la amilasa que los actuales para procesar el almidón.
Sin embargo, el análisis de los coprolitos también identificó 56 especies de microbios estomacales de los perros antiguos, algunas de las cuales son comunes en los perros actuales, los cuales metabolizan el almidón produciendo sus propias enzimas amilasas.
Estas bacterias no solo estaban presentes, sino que el ADN microbiano recuperado muestra que tenían casi el doble de señal de amilasa de la que se observa en los microbiomas intestinales de los perros modernos.
Esto sugiere que cuando los perros comenzaron a comer más alimentos con almidón, sus flora bacteriana se adaptó rápidamente: las bacterias que eran mejores para descomponer el almidón debieron superar a otras bacterias y, por lo tanto, proliferaron en sus estómagos.
La nueva dieta de los asentamientos humanos, con mayor disponibilidad de vegetales en combinación con restos o cadáveres del ganado, supusieron una nueva condición intestinal que seleccionó a la comunidad de bacterias.
Los perros antiguos podrían haber aprovechado la energía del almidón antes de que sus genomas se adaptaran a la nueva dieta. Sin esos microbios, el almidón en la comida de los perros antiguos habría permanecido en gran parte sin digerir y se habría excretado.
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