Thread by @BatOneHealth

Hilo sobre nuestra revisión bibliográfica sobre coronavirus en murciélagos 🦇, publicada en @NatureRevMicro
doi.org/10.1038/s41579…

un esfuerzo de equipo de @BatOneHealth: @MRuizAravena @clifmckee @AmandineGamble @lunn_tamika @yeoyaoyu @elinor_jax @cl_faust @dev_n_jones @maureenkkessler @caylee_falvo @danewingcrowley @J_R_Port

@nitanother, @caraebrook, @AguilarVirology, @ali_bat, @BugsWormsNBats, @TSchountz, @ColinP3, @EmilyGurley3, @jlloydsmith, @PeterPjh18, @rainamontana

Durante la planificación de nuevas investigaciones en coronavirus en 🦇, vimos que la información estaba dispersa en cientos de artículos por lo que decidimos compilar y revisar la literatura para hacerla accesible a la comunidad científica

nuestro equipo de ecólogo/as, immunologo/as, virólogo/as, epidemiólogo/as, modeladores y otros expertos revisamos críticamente el conocimiento de la ecología, evolución y transmisión de coronavirus de 🦇 a humanos, desde interacciones virus-célula hasta emergencia de pendemias

Revisamos más de 300 artículos científicos, casi todos publicados después de la emergencia de SARS-CoV-1 en 2002-2003, cuando 🦇 herradura (Rhinolophus) fueron identificados como reservorios de coronavirus relacionados a SARS.

Antes de 2005, no existían estudios de CoV en🦇!

Desde la epidemia de SARS-CoV-1 en 2002-2003, la investigación en Coronavirus de murciélagos se ha acelerado, con docenas de artículos publicados al año.

Hasta hoy, se han detectado más de 5000 secuencias genéticas de coronavirus en 238 de las 1435 especies de 🦇 conocidas (543 especies han sido muestreadas!). Las especies positivas pertenecen a 14 de 21 familias de 🦇 mgc.ac.cn/DBatVir/.

Hoy está bien establecido que los 🦇 son los hospederos ancestrales de los géneros Alpha y Betacoronavirus. Así, 5 de los 7 coronavirus que infectan humanos tienen origen evolutivo en coronavirus de 🦇! (incluyendo SARS-CoV-2)

🦇 son hospederos de CoVs en todos los continentes que habitan. La mayoria de las especies de 🦇 muestreadas se concentran en las zonas de mayor diversidad (tropicos). Pero la distribucion de sus CoVs difiere, con la menor densidad en Sudamerica y mayor en sudeste asiatico.

Estos patrones pueden reflejar, en parte, las relaciones evolutivas de ciertas familias de 🦇 y sus CoVs. Sin embargo, bajo tamaño muestral en 🦇 en las Américas y mayor esfuerzo de muestreo en China y SE asiatico puede contribuir también.

Transmisión de CoV desde 🦇 a humanos y otras especies tiene larga historia. Diversidad de 🦇, su larga historia evolutiva (>60M años) y su comportamiento gregario juegan un rol en facilitar alta diversidad de CoVs y oportunidades de evolución via transmisión entre dif especies.

Para que un evento de spillover (transmision entre especies) ocurra, un coronavirus debe cruzar una serie de barreras. Ver doi.org/10.1038/nrmicr……

Veamoslas por parte…

1ero, se requiere una población de 🦇 infectados Y ADEMAS excretando virus.

Pocos estudios han muestreado 🦇 en tiempo y múltiples sitios. De hecho sólo un estudio… pero usando “pools” de muestras de múltiples individuos juntos en varios sitios. doi.org/10.1186/s12985…

Encontramos solo 14 estudios muestreando 🦇 múltiples veces en diferentes sitios, mostrando alta variabilidad de detección y cantidad de virus excretado en dif estaciones. Comúnmente CoV no son detectados o presentan pulsos de excreción. Esto es similar a otros virus en 🦇

Pero...Ningún estudio ha colectado datos sobre la ecología y salud de 🦇 o contexto ambiental que permita entender las causas de los aumentos de excreción de CoVs. Sin estos datos, “volamos ciegos” para entender cuándo y dónde la transmisión a otras especies puede ocurrir.

Más de 15 años de investigación en CoV en 🦇 han proveído información valiosa sobre su diversidad y evolución, las interacciones moleculares para infectar células hospederas y los factores que hacen que puedan infectar algunas especies y otras no.

Sin embargo, gran parte de lo que sabemos está basado solo en secuencias geneticas. Poco sabemos de la respuesta de 🦇 a CoV en condiciones experimentales. Encontramos sólo 6 estudios que han realizados experimentos en 🦇.

Hay poca informacion sobre la dinámica de la infección “dentro” de los 🦇 infectados, la que puede diferir del comportamiento del virus en humanos. Que receptors y proteasas usan estos virus en 🦇? donde son expresadas? como el sistema inmune de los 🦇 controla la infección?

Idealmente, estudios como en este link con diferentes receptores serían necesarios en diferentes especies de 🦇, potenciales especies intermediarias nature.com/articles/s4159…

Estos estudios no están disponibles, en parte, por la dificultad de mantener 🦇 en cautiverio, pero además por la escasez de CoV aislados “vivos” necesarios para experimentos.

Aislar CoVs vivos es extremadamente difícil!

De 187 estudios que buscaron CoV en 🦇 salvajes, solo 42 intentaron aislar CoV “vivos”. De esos, solo 5 han sido exitosos, produciendo los únicos 5 CoVs aislados desde 🦇.

Estos incluyen 1 virus relacionado a MERS-CoV, 3 virus relacionados a SARS-CoV-1 y 1 virus relacionado a SARS-CoV-2.

La demas diversidad de CoVs en 🦇 la conocemos solo por secuencias geneticas sin tener aislados “vivos”, incluyendo el famoso RaTG13.

Sabemos muy poco de donde y cuando CoV son transmitidos desde 🦇 a humanos u otros animales.

Contactos directos entre 🦇 y personas (caza, comercio, minería de guano, turismo en cavernas) son importantes, pero pocos estudios han evaluado como facilitan transmisión de CoVs.

Previas transmisiones desde 🦇 a humanos (como SARS y MERS) han sido facilitadas vía hospederos intermediarios que están en contacto más estrecho con personas que los 🦇 (civetas y dromedarios, respectivamente).

Gran vacío en los sistemas de vigilancia epidemiológica es la baja detección de eventos de transmisión. Contacto entre personas y 🦇 es probable de ocurrir en zonas rurales con poco acceso a sistemas de salud, no detectando casos asintomáticos o primeras cadenas de transmisión.

Entonces, que necesitamos para prevenir una nueva transmisión de virus desde 🦇 a humanos que pueda desatar una pandemia similar a SARS-CoV-2?

Ecología: necesitamos estudios longitudinales, en varios sitios, con colecta de datos demográficos, sanitarios, y ambientales que permitan entender cuando, donde y por que los 🦇 excretan CoVs

Interfaz Humano-Animal: necesitamos mejorar vigilancia epidemiológica en humanos y animales en contacto con 🦇. Nuevas técnicas diagnósticas como PhIP-Seq pueden proveer información de detección de transmisión y sistema de alerta temprana.
doi.org/10.1126/sciimm…

Experimentos: Necesitamos más replicación de estudios en 🦇 vivos para entender las dinámicas de infección, evolución y excreción de virus.

Modelamiento y predicción: necesitamos integración de datos desde campo, secuencias genéticas, hasta ensayos funcionales de la capacidad de diferentes virus de infectar células humanas. Esto ayudaría a priorizar planes de vigilancia epidemiológica. doi.org/10.1038/s41564…

Finalmente: la salud de 🦇, ecosistemas y humanos están conectadas.

Acciones proactivas de preservacion y restauracion de habitats para mejorar la salud de los 🦇 son urgentes.
doi.org/10.1016/S2542-…

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