Thread by @BatOneHealth

Et voilà le résumé en français de notre article sur l’écologie et l’évolution des #coronavirus (CoVs) de chauve-souris (🦇) fraîchement publié dans @NatureRevMicro
doi.org/10.1038/s41579…

Un gros travail d'équipe mené par @BatOneHealth : @MRuizAravena, @clifmckee, @AmandineGamble, @lunn_tamika, @yeoyaoyu, @elinor_jax, @cl_faust, @dev_n_jones, @maureenkkessler, @caylee_falvo, @danewingcrowley @J_R_Port

@nitanother, @caraebrook, @AguilarVirology, @ali_bat, @BugsWormsNBats, @TSchountz, @ColinP3, @EmilyGurley3, @jlloydsmith, @PeterPjh18, @rainamontana

Alors que l'on planifiait une nouvelle étude sur les CoVs chez les🦇, on a voulu faire un point sur l'état des connaissances sur le sujet. On a réalisé qu'elles étaient dispersées dans des centaines d'articles… On a alors décidé de compiler toutes ces infos…

Notre équipe @BatOneHealth - qui regroupe entre autres des écologues, des immunologistes, des virologues, des épidémiologistes et des modélisateurs - a passé en revue les connaissances sur l'écologie et l'évolution des CoVs de🦇…

… avec un intérêt particulier pour les mécanismes en jeu dans l’émergence de CoVs de chauve-souris chez d’autres espèces, en considérant aussi bien les interactions moléculaires (entre virus et cellules animales) qu’écologiques (entre🦇et autres espèces, dont l'humain).

On a examiné plus de 300 articles, presque tous publiés depuis l'émergence du virus du SRAS en 2002-2003, pour lequel des🦇ont été identifiées comme hôte principal. Avant ça, aucun groupe de recherche ne semblait étudier les CoVs chez les🦇.

Depuis, la recherche sur le sujet s'est considérablement accélérée. Il y a maintenant des dizaines d'articles sur les CoVs de🦇publiés chaque année.

Plus de 5000 séquences de CoVs de🦇ont été décrites mgc.ac.cn/DBatVir/.
Sur les 1435 espèces de🦇connues, 543 ont été testées, et 238 (16 %) se sont avérées porteuses d'un ou plusieurs CoVs. Ça représente 14 des 21 familles de🦇.

Il est maintenant bien établi que les🦇sont le principal groupe d'hôtes ancestral des alpha- et bêta-coronavirus. Parmi les 7 CoVs connus pour se transmettre de personne à personne, 5 ont été attribués à des lignées de virus circulant chez les🦇 (dont SARS-CoV-2).

On trouve des CoVs chez les🦇sur tous les continents qu’elles occupent. Alors que l'échantillonnage est bien représentatif de la distribution des🦇(+ d'espèces aux tropiques), il y a - d'espèces porteuses de CoVs en Amérique du Sud et + en Asie du Sud-Est.

Des différences biologiques réelles entres les familles de🦇pourraient expliquer en partie cette différence, mais les petites tailles d'échantillons en Amérique, et un échantillonnage + intensif en Asie du Sud-Est y contribuent probablement aussi.

L'histoire de la transmission de CoVs entre les🦇et les autres espèces est longue. La diversité des🦇, leur histoire évolutive (>60M ans) et leur comportement grégaire ont pu faciliter l'apparition d'une grande diversité de CoVs, et les opportunités de saut d'espèce.

Mais, pour qu'un virus passe de la🦇à une autre espèce, il doit réussir à s'infiltrer au travers d'une série de barrières, détaillées dans doi.org/10.1038/nrmicr…… .
Décomposons ce processus…

La transmission inter-espèces nécessite, pour commencer, des🦇infectées qui excrètent le virus. Peu d'études ont décrit la dynamique spatio-temporelle de CoVs en population naturelle de🦇. Par exemple, on a trouvé une seule étude longitudinale
doi.org/10.1186/s12985…

On a trouvé 14 études spatio-temporelles. Elles révèlent que les dynamiques d'infection et d'excrétion varient au fil du temps. Parfois, on observe des pics d'excrétion de CoVs ; mais souvent, aucun n'est détecté. Cette observation colle avec ce qu'on sait des autres virus de🦇.

Cependant, aucune étude ne combine ces données avec les données écologiques et environnementales pour comprendre ce qui cause ces pics d'excrétion de CoVs. Sans ces données, on "vole en aveugle" pour de qui est d'anticiper la transmission inter-espèce de CoVs de🦇.

Les 15+ années de recherche sur les CoVs de🦇ont apporté des connaissances précieuses sur la diversité et l'évolution des CoVs, et sur la machinerie moléculaire qu'ils utilisent pour infecter et se répliquer dans les cellules hôtes.

Pourtant, une grande partie de ces connaissances est basée uniquement sur des données génétiques (les séquences). On ne sait pas grand-chose sur la façon dont les🦇gèrent les infections. On a trouvé seulement 6 études rapportant des résultats d'infections expérimentales de🦇.

En particulier, on ne sait presque rien de la dynamique du virus *dans* les 🦇, qui peut considérablement différer de ce qu'on observe chez l'humain. Quels récepteurs et protéases les CoVs utilisent-ils chez les🦇? Où est-ce que ces molécules sont exprimées ? …

… Comment est-ce que la réponse immunitaire des🦇contrôle, ou non, l'infection ?

Dans l'idéal, on aurait des données concernant la distribution des récepteurs pour toutes les espèces de🦇, et toutes les autres espèces qui peuvent contribuer à la transmission des virus des🦇à l'humain (espèces intermédiaires).
Comme ici : nature.com/articles/s4159…

Ce manque de données est dû en partie à la difficulté de maintenir des colonies de chauves-souris captives, mais aussi à la difficulté d'isoler les virus « vivants » nécessaires aux infections expérimentales.

Sur 187 études qui rapportent la détection de CoVs de🦇en population naturelle, seulement 42 (22%) ont tenté d'isoler un virus. Seulement 5 ont réussi, chacune produisant un seul isolat. À notre connaissance, seuls 5 CoVs ont été isolés à partir de🦇.

Ceux-ci incluent 1 lié au MERS-CoV, 3 liés au SARS-CoV-1 et 1 lié au #SARSCoV2 . Le reste de nos connaissances sur les CoV de🦇est basé uniquement sur des séquences, et aucun isolat n'existe, y compris pour le célèbre RaTG13.

Du coup, on sait peu de choses sur où, quand, et comment les CoV passent des🦇aux humains. Le contact direct avec les🦇(chasse, commerce, extraction de guano...) peut être important, mais peu d'études ont exploré le lien entre ces activités et la transmission de CoVs.

Pour les épidémies de CoVs liés aux🦇les plus connues (SRAS et le MERS) la transmission de la 🦇à l’humain été facilité par un hôte intermédiaire (civettes et chameaux) en contact plus fréquent avec les humains.

Un gros problème dans notre lutte contre les virus de🦇, c'est que les systèmes de surveillance actuels sont inefficaces. Les milieux ruraux où les contacts avec les🦇 (directs ou via une autre espèce) sont plus fréquents ont souvent difficilement accès aux soins…

Résultats : les infections subcliniques ne sont pas détectées, et souvent, l'alerte n'est lancée qu'après une longue chaine de transmission de personne à personne. Alors, de quoi avons-nous besoin pour empêcher l'émergence de ces virus et le risque de pandémie qui va avec ?

Concernant les🦇dans la nature, il faut plus d'études longitudinales répliquées dans l'espace, et incluant des données sur l'écologie des🦇: démographie, état physiologique, accès aux ressources alimentaires, etc, pour comprendre où, quand et comment les CoVs sont excrétés.

À l'interface animal-humain, il faut augmenter la surveillance des humains et des animaux en contact avec les🦇. Il existe plein de nouveaux outils de dépistage, comme le PhIP-Seq, qui peuvent faciliter la détection rapide des épidémies émergentes.
doi.org/10.1126/sciimm…

Au laboratoire, il faut plus d'études sur les CoVs chez les🦇pour comprendre la dynamique de l'infection, de l'évolution et de l'excrétion des CoVs de 🦇.

Les outils mathématiques et informatiques peuvent aussi aider, par exemple à développer des prédictions sur le phénotype d'un virus (notamment sa capacité à infecter certaines espèces et sa pathogénicité) à partir des séquences génétiques obtenues sur le terrain…

…Ces prédictions peuvent être utilisées pour prioriser les efforts de surveillance sur le terrain.
doi.org/10.1038/s41564…

Et enfin, la santé des🦇, l'environnement et des humains sont tous liés. Pour améliorer la santé des 🦇 et réduire les contacts entre la🦇et l'humain, il faut réduire le besoin pour les🦇d'utiliser les paysages modifiés par l’humain (les villes, les champs, etc)…

…Pour cela, il est important de préserver de manière proactive l'habitat et les ressources alimentaires des🦇, pour leur santé et la nôtre
doi.org/10.1016/S2542-…

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