Thread by @MartinFierro769

1/n Thread sur le variant omicron. Que nous disent les données sud-africaines?
Don't panic. Elles sont plutôt rassurantes.

2/n Quand nous parlons de l'Afrique du Sud de quoi parlons nous? D'un pays qui a le même nombre d'habitants que la France mais dont la population est beaucoup plus jeune, ce qui se voit dans la pyramide des âges. L'âge médian des Sud-Africains est 27 versus 42 en France.

3/n D'un pays qui se situe dans la zone de revenu national brut par habitant intermédiaire d'après la banque mondiale. Environ 5000$ par habitant et par an versus 39 000$ pour la France. Cela situe l'Afrique du Sud à la 93ème place /190 pays.

4/n Nous parlons aussi d'un pays qui a 2 particularités q influent sur la morbi-mortalité covid. Il s'agit du pays le plus inégalitaire de la planète et aussi celui qui comporte le plus de malades du SIDA donc immunodéprimés, dans le monde. worldpopulationreview.com/country-rankin…

5/n Vis à vis de l'épidémie de Covid, cela s'est traduit par un des excès de mortalité les plus élevés au monde MALGRE une population plutôt jeune. 23% versus 6% en France. L'Afrique du sud a connu 3 vagues.

6/n La population sud africaine est très concentrée dans la province de Gauteng, où se trouvent les deux plus grandes villes du pays, Johannesbourg et Prétoria. La densité à Gauteng est 16 fois supérieure à la densité moyenne.

7/n Tout cela étant dit on peut constater que la mortalité cumulée Covid a été très forte en Afrique du Sud, comparée à des pays d'âge médiant équivalent comme El Salvador ou l'Arabie Saoudite.

8/n Les discussions des spécialistes portent sur la réponse aux anticorps neutralisants, comme ici

https://mobile.twitter.com/mugecevik/status/1466845357686640640

9/n Muge Cevik met tout de même 34 tweets à se rappeler que le système immunitaire est plus complexe que les simples anticorps sérologiques neutralisants.

https://mobile.twitter.com/mugecevik/status/1466847584702676998

10/n Cela parce que la plupart des spécialistes partent du principe que la seule issue ne peut être que de vacciner, et de vacciner tout le monde. Et de vacciner et revacciner de manière itérative, quel que soit le niveau de risque.

11/n Alors que, comme je l'avais signalé, pr les personnes qui se défendent le mieux contre le virus, c'est à dire les plus jeunes (et plus on est jeune mieux on se défend), les anticorps jouent un rôle marginal. Cela avait été montré tôt dans l'épidémie

https://twitter.com/MartinFierro769/status/1248896755485286403

12/n Voici l'étude correspondante, par Wolfel et coll nature.com/articles/s4158…

13/n L'Afrique du Sud présente aussi une autre particularité dont il faut tenir compte: une part importante de la population a déjà été infectée. En juillet cette part atteignait 60% pour certaines tranches d'âge.

14/n NB: la vague entre mai et juillet correspondait à la propagation du variant delta, comme on peut le constater.

15/n La séroprévalence était élevée en mai 2021, notamment en zone urbaine. wwwnc.cdc.gov/eid/article/27… Mais se rappeler qu'en France nous pouvons être entre 40 et 60% de la population déjà infectée, avec une + forte proportion chez les jeunes.

16/n La prévalence d'omicron parmi les virus séquencés augmente très rapidement, d'abord à Gauteng, où omicron est majoritaire , mais aussi dans d'autres provinces . A Gauteng, omicron est majoritaire depuis la semaine du 8 novembre.

17/n Or, si l'on s'intéresse aux hospitalisations, que constate-t-on?

18/n On constate que parmi les patients récemment hospitalisés, 22,8% (105/461) des patients hospitalisés en soins critiques en Afrique du Sud ont besoin de réanimation, alors que 12,9% (29/225) des patients récemment hospitalisés en SC à Gauteng ont besoin de réanimation.

19/n Pratiquement deux fois moins de patients hospitalisés à Gauteng en soins critiques ont besoin de réanimation , relativement à la moyenne nationale.

20/n Gauteng est à la fois la province où l'incidence augmente le plus vite, celle où l'on teste le plus et où le taux de positifs est le plus important.

21/n NB: En Afrique du Sud, seuls les symptomatiques sont testés, de manière priorisée.

22/n Donc nous sommes dans une situation où le variant omicron est dominant à Gauteng depuis 1 mois, et y circule probablement depuis au moins début octobre. Les cas à Gauteng représentent les 2/3 des cas d'Afrique du Sud (11 000/16 000)...

23/n Les hospitalisations à Gauteng représentent la moitié des hospitalisations en Afrique du Sud, 1540/3260.

24/n Et j'ajoute ce thread d'un chercheur sud-Africain via @AlainElineau

https://mobile.twitter.com/pieterstreicher/status/1466841450386239493

qui dit la même chose. Lui, pense et projette que la proportion des réa / cas pourrait être 3 à 6 fois inférieure versus delta.

25/n On commence à évoquer le risque de réinfection comme une menace, compte tenu du taux important de mutations du variant omicron.medrxiv.org/content/10.110…

26/n Mais compte tenu du taux très faible de réinfections connus de l'ordre de 1%, même s'il y avait un doublement du risque cela ferait encore de l'infection naturelle un excellent et durable "vaccin" contre les ré-infections.

27/n Les réinfections sont, presque toujours, moins graves que les primo-infections, le système immunitaire ayant de la mémoire. Une réinfection rare par un virus peu virulent n'est donc pas une menace.

28/n Ce taux de réinfection contraste avec les récentes informations provenant de Norvège, où il apparaîtrait que 80% des personnes vaccinées par 2 doses auraient été infectées par le variant omicron (à confirmer).

29/n N'oublions pas que tout en vantant la souplesse de la capacité d'adaptation des chaînes de production aux variants grâce à la technologie ARNm, Pfizer et Moderna nous vendent toujours le même vaccin dirigé contre le Spike du virus d'origine Et ils le vendent de + en + cher.

30/n J'en avais parlé récemment

https://twitter.com/MartinFierro769/status/1464911655536582657

31/n Quelles conséquences si nous avions un virus circulant plus rapidement mais provoquant des infections moins sévères?

32/n Le virus pourrait infecter plus rapidement une grande partie de la population ce qui permettrait d'évoluer plus rapidement vers l'endémicité, mais avec moins de risques, d'hospitalisations et de décès qu'avec le virus delta, par exemple.

33/n Les groupes de personnes à risque de formes sévères ou critiques seraient plus réduits, le curseur du risque se déplacerait vers des personnes à très haut risque non primo-infectées.

34/n La vaccination des groupes à faible risque, en particulier des enfants, mais aussi des personnes jeunes sans facteur de risque serait encore moins justifiable, le risque individuel étant encore diminué

35/n Le risque de mauvais rapport bénéfice-risque pour ces personnes, même si tous les risques d'une vaccination répétée par des vaccins à ARNm ne sont pas encore connus, deviendrait intolérable.

36/n Omicron pourrait devenir un coronavirus saisonnier parmi 4 autres coronavirus saisonniers, provoquant des rhumes de manière occasionnelle mais ayant encore la capacité d'être létal pour des personnes à la santé très dégradée.

37/n Persister à vacciner tout le monde avec un vaccin totalement inadapté deviendrait intolérable, celui-ci n'empêchant ni les infectns, ni les transmissions. Même pr les personnes à haut risque la question se pose tant qu'on n'a pas démontré une efficacité / ls formes sévères

38/n Le risque d'un virus peu virulent pour la santé publique ne provient pas de sa virulence mais du nombre de personnes susceptibles d'être primo-infectées: il devient indispensable de connaître la proportion de primo-infectés par groupe d'âge.

39/n Et, pour savoir quel est son propre niveau de risque individuel, il devient indispensable pour chacun de connaître ses facteurs de risque et surtout de savoir si il a déjà été primo-infecté.

40/40 La faible virulence du variant omicron paraît probable mais reste à confirmer.
Mais il devient plus que jamais nécessaire de se rappeler que nous avons la chance d'avoir un système immunitaire efficace et qu'il joue un rôle dans l'évolution de la pandémie.