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Oct 5, 2022 ‱ 48 tweets ‱ 15 min read ‱ Read on X
#FlawedJamaStudy #LongCovid
Des explications...👇
L’étude de JAMA de novembre 2021 sur le covid long est basĂ©e sur deux donnĂ©es :
- un questionnaire dans lequel les participants signalent des symptĂŽmes prolongĂ©s (type fatigue, douleurs thoraciques, perte d’odorat
) d’une part,
et indiquent s’ils pensent avoir Ă©tĂ© infectĂ©s par le SARS-CoV-2 d’autre part.
- un test sĂ©rologique fait sur les mĂȘmes participants (c’est un test qui cherche Ă  Ă©valuer s’ils ont Ă©tĂ© infectĂ©s par le passĂ©).
Le rĂ©sultat-clĂ© de l’étude repose sur le fait que parmi les participants avec un test sĂ©rologique positif, 600 dĂ©clarent ne pas avoir Ă©tĂ© infectĂ©s et ont des symptĂŽmes semblables Ă  la population gĂ©nĂ©rale.
#FlawedJamaStudy
Les 400 participants restants, qui déclarent avoir eu le covid, rapportent eux un nombre accru de symptÎmes prolongés.
Les auteurs ont conclu que c’est davantage la “croyance” d’avoir Ă©tĂ© infectĂ© qui crĂ©e les symptĂŽmes prolongĂ©s, et non l’infection elle-mĂȘme.
Ce rĂ©sultat en lui-mĂȘme est Ă©tonnant : aprĂšs avoir pris connaissance d’un rĂ©sultat positif de leur test, la đ—șđ—źđ—·đ—Œđ—żđ—¶đ˜đ—Č́ des participants ont donc dĂ©clarĂ© ne pas avoir Ă©tĂ© infectĂ©s par le virus.
#FlawedJamaStudy #LongCovid
C’est pourtant une consĂ©quence simple et directe d’un point clĂ© du protocole d’étude, mais qui n’est pas dĂ©voilĂ© dans l’article comme vous allez le dĂ©couvrir par la suite.
#FlawedJamaStudy
Ce qui a Ă©tĂ© reprochĂ© Ă  l’étude, c’est de ne pas avoir pris la mesure du grand nombre de rĂ©sultats de tests faussement positifs. Ce sont des tests sanguins sur les participants qui ressortent positifs alors que ces personnes n’ont en rĂ©alitĂ© jamais Ă©tĂ© infectĂ©es.
#FlawedJamaStudy
En prenant en compte la fiabilitĂ© des tests indiquĂ©e dans la littĂ©rature scientifique, on dĂ©duit pourtant que plus de la moitiĂ© des participants avec un test positif (j'appelle ce groupe "Test+") n’ont en rĂ©alitĂ© jamais rencontrĂ© le virus !
#FlawedJamaStudy
Dans un second sous-groupe de l’étude, les personnes dĂ©clarent elles-mĂȘmes avoir Ă©tĂ© infectĂ©es. J’appelle ce groupe “DĂ©claration+”.

Dans la plupart des cas, cette dĂ©claration s’appuie sur un diagnostic mĂ©dical de covid (commentaire JAMA N. Brown).
Par consĂ©quent on s’attend Ă  avoir une proportion plus grande de gens infectĂ©s dans le groupe “DĂ©claration+” que dans le groupe “Test+”, dont on a vu les limites. D’ailleurs, plusieurs Ă©lĂ©ments indĂ©pendants le confirment,
par exemple en analysant le nombre de personnes ayant perdu l’odorat dans les 2 sous-groupes (commentaire JAMA E. Iasonidou). Ici, si la “dĂ©claration” Ă©tait un test, ce serait un test plus fiable que le test sĂ©rologique.
#FlawedJamaStudy
Alors, bien Ă©videmment, comme rappelĂ© par les auteurs, ces tests sĂ©rologiques gardent un pouvoir statistique suffisant pour pouvoir identifier des effets de l’infection. D’ailleurs, l’article montre l’association entre un test positif et 10 symptĂŽmes prolongĂ©s.
#FlawedJamaStudy
Mais les conclusions de l’étude reposent sur une analyse rĂ©alisĂ©e par la suite, qu'on appelle un "ajustement mutuel" entre đ˜”đ˜Šđ˜Žđ˜” et đ˜„đ˜ŠÌđ˜€đ˜­đ˜ąđ˜łđ˜ąđ˜”đ˜Ș𝘰𝘯 (c’est un calcul statistique qui permet d’estimer quelle est la part de l'un et de l'autre).
#FlawedJamaStudy
Voici la thĂ©orie de l’étude : dĂšs lors que le test sĂ©rologique permet d’identifier les infections, les symptĂŽmes prolongĂ©s du covid devront se retrouver associĂ©s aux tests positifs dans les analyses statistiques, le reste Ă©tant simplement liĂ© Ă  la “croyance” d’avoir Ă©tĂ© infectĂ©.
Mais comme nous l’avons vu, la dĂ©claration s’avĂšre en fait ĂȘtre un prĂ©dicteur plus fiable que la sĂ©rologie. Les symptĂŽmes liĂ©s Ă  la maladie vont donc ĂȘtre plus fortement associĂ©s au meilleur des 2 tests : ici, la dĂ©claration.
#FlawedJamaStudy
Une fois la dĂ©claration "appliquĂ©e", l'aspect “test” n'influence plus beaucoup les valeurs, car tout a dĂ©jĂ  Ă©tĂ© qualifiĂ© avec l'aspect "dĂ©claration".
Dit autrement, l’essentiel des associations de l’infection aux symptĂŽmes prolongĂ©s a dĂ©jĂ  Ă©tĂ© dĂ©duit avec l’aspect “DĂ©claration+”, qui a intĂ©grĂ© la plupart des personnes contaminĂ©es et symptomatiques.
Dans le sous-groupe “Test+”, les personnes rĂ©ellement infectĂ©es sont "diluĂ©es" parmi des personnes qui n’ont jamais Ă©tĂ© touchĂ©es par le covid. Il ne reste donc plus grand chose đ˜„đ˜Š đ˜Żđ˜°đ˜¶đ˜·đ˜Šđ˜ąđ˜¶ Ă  identifier pour la catĂ©gorie “Test+”.
#FlawedJamaStudy
Seuls les symptÎmes particuliÚrement caractéristiques du covid vont pouvoir ressortir de façon statistiquement significative avec ce sous-groupe. C'est la conséquence inévitable des conditions particuliÚres de l'étude !
Le dernier symptĂŽme qui peut subsister malgrĂ© la dilution sera le plus caractĂ©ristique du covid, Ă  savoir la perte d'odorat. Les auteurs viennent de redĂ©couvrir une information qu'on connaĂźt depuis janvier 2020... đŸ‘đŸŽ–ïž
Dans les rĂ©sultats de l’étude, les symptĂŽmes prolongĂ©s associĂ©s Ă  la maladie se retrouvent donc dans les rĂ©sultats de la dĂ©claration. Ils sont mĂȘlĂ©s aux symptĂŽmes causĂ©s par la croyance, en supposant qu’il y en ait.
#FlawedJamaStudy
Imaginons malgré tout qu'on joue le jeu des auteurs, et qu'on conserve les tests sérologiques comme indicateur de l'infection. Une analyse (#19 PubPeer pubpeer.com/publications/0
) présente une correction des résultats des tests sérologiques en retirant les faux positifs,
afin d’amĂ©liorer a posteriori la prĂ©cision du test.
Trois symptĂŽmes – la perte d'odorat, l'Ă©puisement et les difficultĂ©s de concentration –, si on se place dans les conditions les plus dĂ©savantageuses, deviennent alors significatifs pour les tests positifs.
Ainsi, l’analyse des donnĂ©es “redressĂ©es” montre qu’il y a bien un lien entre infection et plusieurs symptĂŽmes prolongĂ©s (au-delĂ  d'un supposĂ© effet "croyance"), soit rigoureusement l’inverse de ce qu’affirment les auteurs dans l’étude.
#FlawedJamaStudy
C’est-Ă -dire que mĂȘme en utilisant la mĂ©thodologie des auteurs dont j’ai dĂ©taillĂ© les limites profondes, les auteurs auraient dĂ» conclure que la croyance d’avoir Ă©tĂ© infectĂ©e ne peut seule expliquer plusieurs symptĂŽmes prolongĂ©s, et non un seul (la perte d’odorat).
Si l’absence de rĂ©ponse des auteurs sur le fond de ces analyses et l’absence de rĂ©tractation du papier sont problĂ©matiques, un autre Ă©lĂ©ment met encore davantage en doute la probitĂ© des auteurs.

(Ă  suivre)
#FlawedJamaStudy
Reprise du [thread] sur #FlawedJamaStudy

La premiĂšre version de l’article Ă©voquait bien l’existence des faux nĂ©gatifs, mais Ă©tonnamment pas des faux positifs (et dans la correction de l’article publiĂ©e en avril, ces notions ne sont plus abordĂ©es du tout
).
Les auteurs n’avaient-ils pas conscience des limites des tests sĂ©rologiques Ă©voquĂ©s ci-dessus ?
Vraiment ?
#FlawedJamaStudy
Le protocole de l’étude montre pourtant le contraire (com. JAMA LarchĂ©). Afin d’éliminer les “faux positifs” des tests sĂ©rologiques, le protocole prĂ©voyait de soumettre les participants ayant eu un rĂ©sultat positif Ă  un deuxiĂšme test trĂšs particulier, appelĂ© “sĂ©roneutralisation”. Image
Les rĂ©sultats de ces tests complĂ©mentaires ont Ă©tĂ© communiquĂ©s aux participants avant de rĂ©pondre au questionnaire de l’étude.
Voir Ă©galement Ă  ce sujet l'interview de X. de Lamballerie (Conseil scientifique du gouv !), l'un des auteurs :constances.fr/actualites/202

#FlawedJamaStudy Image
Figurez-vous que 92% des personnes qui ont leur premier test positif, mais qui dĂ©clarent ne pas avoir Ă©tĂ© infectĂ©es, avaient en fait reçu un rĂ©sultat nĂ©gatif au second test. Vous vous souvenez, le rĂ©sultat bizarre dont je parlais au dĂ©but, sur lequel repose toute l’étude ?
Faut-il s'étonner qu'une personne non infectée, qui reçoit un résultat négatif lors du second test plus poussé, déclare ne pas avoir été infectée ?

Les auteurs n’ont pas rĂ©vĂ©lĂ© l'existence de ces tests qui ont pourtant fortement influencĂ© les rĂ©ponses des participants,
et donc les résultats de l'étude.
Pire, lors d’un webinaire enregistrĂ©, les auteurs sont interrogĂ©s Ă  trois reprises sur la raison pour laquelle la majoritĂ© des personnes avec un test positif dĂ©clarent ne pas avoir Ă©tĂ© infectĂ©es.
#FlawedJamaStudy
Ils n'évoquent pourtant jamais ces tests complémentaires, mais finissent par reconnaßtre, lorsqu'ils y sont confrontés en fin de webinaire, que les participants avaient bien été informés du résultat de ces tests avant de répondre au questionnaire.
Sur la page web de l'Ă©tude, on note que les auteurs ont formulĂ© des rĂ©ponses aux commentaires que le journal JAMA a publiĂ©, mais en mettant sur le mĂȘme plan des Ă©lĂ©ments qui ont des probabilitĂ©s trĂšs diffĂ©rentes (du genre,
“il est possible que quelqu'un ait renversĂ© le verre, mais il est aussi possible que ce soit quelqu’un qui a fait bouger ses genoux sous la table et alors le verre est tombĂ©, c'est notre thĂšse, les deux sont possibles, donc nous maintenons nos conclusions”).
#FlawedJamaStudy
Ce faisant, ils ne respectent pas la conduite Ă©lĂ©mentaire en recherche scientifique : en cas d’incertitudes, on ne peut affirmer des conclusions que si les rĂ©sultats restent valables “dans le pire des cas”.
Les auteurs ne sont pas accusĂ©s d’avoir modifiĂ© des donnĂ©es. Par contre, les experts leur reprochent des erreurs mĂ©thodologiques majeures, et la dissimulation de donnĂ©es dĂ©terminantes pour expliquer les rĂ©sultats de l’étude, et qui viennent remettre en question leurs conclusions.
Les auteurs refusent de dĂ©livrer des tableaux synthĂ©tiques intermĂ©diaires (anonymisĂ©es) de donnĂ©es qui auraient permis de creuser les biais et en dĂ©duire d’autres implications, lesquelles auraient pu avoir un intĂ©rĂȘt pour la recherche et les malades.
Par exemple, on ne connaĂźt pas le nombre de malades du covid long dans cette Ă©tude, probablement une centaine au maximum. La demande de ces tableaux a ensuite Ă©tĂ© relayĂ©e par le directeur de l’ANRS, M. Yazdan Yazdanpanah, qui n’a pas davantage obtenu de retours des auteurs.
Toutes les donnĂ©es de l’étude sont rĂ©coltĂ©es avec de l'argent public, mais leur dĂ©livrance est Ă  la discrĂ©tion des membres du groupe “Surveillance Cohorte Constances”, dont font partie plusieurs auteurs de l’étude, avec un comitĂ© qui n'a d'Ă©thique que le nom, qui s’étonne
(et rĂ©pondra nĂ©gativement) que des experts tiers demandent les donnĂ©es de l’étude. Image
Et le journal JAMA ?
Le journal a dĂ©clarĂ©, dĂšs l’instant que la version corrigĂ©e de l’étude a Ă©tĂ© publiĂ©e en mars 2022, qu’ils ne publieraient plus aucun commentaire, ayant atteint leur “quota”.
La derniĂšre analyse en lien du premier tweet de ce thread a donc Ă©tĂ© soumise Ă  la plateforme PubPeer, oĂč elle a Ă©tĂ© acceptĂ©e. Les auteurs, systĂ©matiquement notifiĂ©s, n’y ont apportĂ© aucune rĂ©ponse.
Le Monde titre “Des troubles au centre de vifs dĂ©bats” en parlant de cette Ă©tude. Mais de dĂ©bat, il n’y en a aucun. Les auteurs opposent, Ă  des Ă©lĂ©ments mathĂ©matiquement objectifs, leur mauvaise foi et un blocus sur des donnĂ©es issues de la recherche publique.
#FlawedJamaStudy
Le journal JAMA, quant Ă  lui, veut Ă©viter le scandale d’une Ă©tude rĂ©tractĂ©e.

Dans tout ça, il n’est nullement question de la validitĂ© des thĂ©ories des auteurs, mais dâ€™đ—¶đ—»đ˜đ—ČÌđ—Žđ—żđ—¶đ˜đ—Č́ đ—Č𝘁 đ—±đ—Č đ˜đ—żđ—źđ—»đ˜€đ—œđ—źđ—żđ—Čđ—»đ—°đ—Č đ—±đ—źđ—»đ˜€ đ—č𝗼 𝗿đ—Čđ—°đ—”đ—Čđ—żđ—°đ—”đ—Č.
#FlawedJamaStudy
L’association @apresj20 avait publiĂ© une tribune Ă  ce sujet, en se rĂ©fĂ©rant Ă  cette affaire : apresj20.fr/_files/ugd/9a4

#FlawedJamaStudy #apresj20 #longcovid #covidlong

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