Share this page!

Pablo Tsukayama Profile picture
Twitter logo
Nov 27 • 17 tweets • 8 min read
Parece que tenemos una nueva variante del covid made in Peru. Se llama omicron DJ.1, ha estado creciendo en las últimas semanas y podría estar detrás de la ola actual de casos.🧵

1/n
Este análisis se basa en el último set de #datosabiertos disponibles para Perú, generado por lxs colegas de @INS_Peru y compartidos en @GISAID. Llegan hasta la última semana octubre y se suben nuevas secuencias todas las semanas.

2/
Hace unos días les hablé de las múltiples variantes omicrones que han aparecido: Linajes distintos entre sí pero que convergen en las mismas mutaciones de la proteína spike que se asocian a unión de anticuerpos y afinidad por el receptor ACE2.

3/
Luego de ese post, @siamosolocani, colega en Italia y experto cazador de variantes, nos comentó que desde octubre vienen monitoreando un nuevo linaje en Perú, hija de BA.5.1.25. Gracias, Federico!

4/
BA.5.1.25 es una de las varias hijas de omicron que han estado circulando por el mundo en las últimas semanas.

5/
 cov-lineages.org/lineage.html?l…
Pero vemos que en Perú, desde agosto, BA.5.1.25 ha adquirido un par de mutaciones adicionales (S:K444N y S:N460K) que la harían mejor en evadir la unión por anticuerpos. Este patrón lo hemos observado recientemente en varios países.
6/
 nature.com/articles/d4158…
Estas mutaciones adicionales le permitirían transmitirse más fácilmente entre personas vacunadas y que han tenido covid hace solo unos meses, lo cual le da una ventaja sobre los demás sublinajes y hace que aumente en frecuencia en el tiempo.

7/
Al tener nuevas mutaciones y aumentar su frecuencia local, podemos solicitar que se le asigne un nuevo ‘nombre’ en el sistema de clasificación #pango.

En este caso le pusieron ‘DJ.1’ (abreviación de BA.5.1.25.1).

Me encanta el nombre, DJ.1 🎧

8/
 github.com/cov-lineages/p…
La mayoría de secuencias DJ.1 proviene de Loreto, donde aumenta rápidamente desde octubre. Quizá por esto Loreto empezó antes su ola de casos (aunque también debemos considerar sesgos de muestreo.) @GIPEIT

9/
Cuando se le compara con otras variantes circulantes, vemos que DJ.1 crece rápidamente desde setiembre. Se estima que seguirá creciendo en las próximas semanas.

10/
 cov-spectrum.org/explore/World/…
Los últimos datos de Perú son de hace un mes. Será muy interesante monitorear a DJ.1 en las próximas semanas y ver cómo se comporta en Lima frente a la introducción de BQ.1* y XBB.* que han causado olas recientes en Europa y Asia.

11/
No hay evidencia que esta nueva variante sea más virulenta que las cientos de omicrones que circulan actualmente por el mundo. Pero es interesante ver que la evolución vuelve a converger en este rincón del mundo.

12/
DJ.1 no habría sido identificada si INS no siguiera secuenciando miles de genomas SC-2 en 2022.

Es importante que se sigan financiando programas de vigilancia genómica en todo el mundo y no solo en países ricos.

13/
 nature.com/articles/s4146…
DJ.1 también ilustra por qué es importante que los genomas se compartan de forma abierta: Científicos en Europa identifican patrones interesantes en datos compartidos por Perú y luego nos avisan de vuelta para que lo investiguemos e informemos.

This is the way, INS 😉

14/
Gracias totales a colegas en todo el mundo que siguen generando secuencias para el estudio de este virus. Y a los equipos que desarrollan herramientas gratuitas para catalogar y analizar estos enormes sets de datos. @NextStrain @PangoNetwork @GenSpectrum @MyMicroreact

15/
Aquí un excelente artículo para entender mejor la evolución de omicron en 2022.

16/
 virological.org/t/sars-cov-2-e…
Esta información es muy preliminar. Analizaremos de cerca la evolución de DJ.1 en los datos que se suban en las próximas semanas. Anticipo un aumento en frecuencia en Lima y competencia con BQ.1* y XBB.*. Veremos cuál gana.

Seguiremos informando 🖖

17/

• • •

Missing some Tweet in this thread? You can try to force a refresh
　

Keep Current with Pablo Tsukayama

Pablo Tsukayama Profile picture

Stay in touch and get notified when new unrolls are available from this author!

Read all threads

This Thread may be Removed Anytime!

PDF

Twitter may remove this content at anytime! Save it as PDF for later use!

Try unrolling a thread yourself!

how to unroll video
  1. Follow @ThreadReaderApp to mention us!

  2. From a Twitter thread mention us with a keyword "unroll"
@threadreaderapp unroll

Practice here first or read more on our help page!

More from @pablotsukayama

Pablo Tsukayama Profile picture
Jul 18
Hace un par de semanas, luego de 2.5 años de cuidados, llegó el covid a esta casa. Aquí la experiencia de un científico ligeramente obsesionado con el virus.
🧵
Mi esposa y mi suegro fueron los primeros en caer. Un análisis poco riguroso de entrevistas y rastreo de contactos sugiere que se contagiaron 4 días antes, durante un pandero en un chifa de la Av. Aviación: 4 personas en la mesa dieron positivo.
Gise tenía sus vacunas al día con la tercera dosis (AZ) en feb-2022. El primer día de síntomas ya daba positivo a una prueba de antígeno casera (= no aparece en las cifras oficiales de contagios). No requirió atención médica pero la pasó bastante mal en cama por 3-4 días.
Read 11 tweets
Pablo Tsukayama Profile picture
Jul 11
Los casos de covid aumentan en todo el mundo debido a las nuevas sub-variantes de Omicron. Se anticipa un pico menor de casos y hospitalizaciones que a inicios de año porque las vacunas y la inmunidad colectiva están haciendo su trabajo.

Un hilo.

1/n
Desde que 'saltó' de un hospedero animal a un humano hace casi 3 años, el virus SC-2 ha ido acumulando cambios en su genoma que le permite transmitirse cada vez mejor en la población humana.
nextstrain.org/ncov/gisaid/gl…

2/
Desde 2020, vemos variantes que se transmiten con mayor eficiencia que las anteriores, debido a (1) mayor transmisibilidad intrínseca y/o (2) mayor capacidad de evadir nuestra respuesta inmune.
science.org/doi/10.1126/sc…

3/
Read 23 tweets
Pablo Tsukayama Profile picture
Apr 11
Hace dos años propusimos un plan para crear una red de vigilancia genómica de SARS-CoV-2 en Perú. Este mes cerramos el proyecto y agotamos los últimos recursos disponibles. Va un resumen del trabajo y lecciones aprendidas en dos años de estudiar genomas en pandemia. 🧵
1/24
Este post se basa en nuestra presentación hace unas semanas en el evento organizado por @Concytec y @UKinPeru. Aquí la nota de prensa.
gob.pe/institucion/co…
2/
Empezamos en abril 2020 con la primera ronda de proyectos de emergencia COVID-19 del @Concytec. En la primera fase, optimizamos métodos para secuenciar el genoma de SC-2 y estudiar su evolución local. La meta fue generar 1,000 genomas virales en 2020.
3/
 fondecyt.gob.pe/convocatorias/…
Read 26 tweets
Pablo Tsukayama Profile picture
Dec 23, 2021
Hace un mes nos enteramos de la existencia de Omicron. Hoy, está en 90+ países, creciendo exponencialmente en los que pueden pueden registrarlo. También sabemos un poco más sobre la nueva variante, y esto no pinta nada bien para las próximas semanas. 🧵
1/n
Primero: La evidencia es preliminar y aún es temprano para sacar conclusiones definitvas. Mi interpretación de los datos puede ser pesimista y es posible que el impacto de Omicron sea menor al del resto de variantes. Pero ante la incertidumbre prefiero actuar con cautela.
2/
Se han reportado varios estudios epidemiológicos, de laboratorio y de modelamiento (a una velocidad alucinante) que confirman que Omicron es preocupante. Empecemos por este resumen de @UKHSA del 15-dic. assets.publishing.service.gov.uk/government/upl…
3/
Read 31 tweets
Pablo Tsukayama Profile picture
Nov 29, 2021
Sabemos muy poco sobre la nueva variante Omicron / B.1.1.529. Va un resumen de la limitada evidencia disponible y por qué, en mi opinión, debemos ser cautos pero no alarmistas sobre su llegada a la región.
1/24🧵
2. Los primeros casos de un nuevo linaje llamado B.1.529 se reportaron en muestras colectadas en Sudáfrica y Botswana el 12-20 de noviembre.
3. Hoy se reportan en GISAID 176 genomas Omicron de Sudáfrica (n=124), Botswana (n=19) y viajeros provenientes de Africa en Holanda, Hong Kong, Australia, Inglaterra, Canada, Italia, Alemania, Israel, Bélgica y Austria.
Read 27 tweets
Pablo Tsukayama Profile picture
Nov 22, 2021
Tomó un tiempo, pero Delta ya es la variante de SARS-CoV-2 que domina en Sudamérica. Y ahora, ¿Qué sigue en los próximos meses?
1/n 🧵
2. La llegada de Delta a desde junio coincide con una caída sostenida de nuevos casos luego de los picos de abril-mayo en varios países de la región. Nuestra calma actual contrasta con la alarmante situación de varios países de Europa.
3. La reducción de casos también coincide con el rápido aumento de la vacunación en la región, a pesar de las marcadas diferencias entre países de mayores y menores recursos. Noten también la injusta y alarmante situación de la África frente al resto de regiones.
Read 30 tweets

Did Thread Reader help you today?

Support us! We are indie developers!

This site is made by just two indie developers on a laptop doing marketing, support and development! Read more about the story.

Become a Premium Member ($3/month or $30/year) and get exclusive features!

Become Premium

Don't want to be a Premium member but still want to support us?

Make a small donation by buying us coffee ($5) or help with server cost ($10)

Donate via Paypal

Or Donate anonymously using crypto!

Ethereum

0xfe58350B80634f60Fa6Dc149a72b4DFbc17D341E copy

Bitcoin

3ATGMxNzCUFzxpMCHL5sWSt4DVtS8UqXpi copy

Thank you for your support!

Follow Us on Twitter!

Send Email!

:(