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@SystemsVirology
May 3, 2023 • 9 tweets • 5 min read • Read on X
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#拡散希望 速報🔔 G2P-Japan🇯🇵の論文第19弾「オミクロン亜株XBB.1.16の特性解析」を、Lancet Infectious Diseases @TheLancetInfDis に発表しました。本研究では、世界で流行拡大中の #オミクロン XBB.1.16株（俗称 #アークトゥルス）の特性を解明しました。1/
thelancet.com/journals/lanin…
2022年末にアメリカ🇺🇸で突如感染爆発を始めたのがXBB.1.5です。この株は、XBB.1のスパイクに #F486P という変異を獲得したものです。それに対し、XBB.1.16のスパイクは、この #F486P に加えて、#E180V と #T478R というふたつの変異を持っています。2/ Image
XBB.1.5とXBB.1.16は共通する変異もありますが、分子系統学的にはそれぞれ独立に誕生したものです。つまり、XBB.1.5とXBB.1.16は、「XBB.1の子供たち（＝XBB.1.5とXBB.1.16は兄妹）」であって、XBB.1.16は「XBB.1.5の子供」ではありません。3/ Image
インド🇮🇳、アメリカ🇺🇸、シンガポール🇸🇬、オーストラリア🇦🇺におけるXBB.1.16の伝播力（実効再生産数Re）を推定した結果、どの国でも、XBB.1.16のReがXBB.1.5のReより大きいことがわかりました。つまり、XBB.1.16がこれなら世界で流行拡大していくことが示唆されます。4/ Image
次に、XBB.1.16のスパイクが持つふたつの変異、 #E180V と #T478R がシュードウイルスの感染力に与える影響を評価しました。その結果、#E180V には感染力を下げる効果が、#T478R には感染力を上げる効果があることがわかりました。トータルとして、XBB.1.16の感染力は、XBB.1.5と同程度でした。5/ Image
BA.2, BA.5ブレイクスルー血清を用いた中和試験の結果、XBB.1.16は、XBB.1やXBB.1.5と同様、それぞれのブレイクスルー血清に対してきわめて高い抵抗性を示しました。6/ Image
これらの結果を元に、XBB.1.16とその他の株の抗原性を比較すると、XBB.1.5とXBB.1.16は、抗原性がやや異なることがわかりました。7/ Image
最後に、6つの治療用モノクロ抗体の効果を調べたところ、#ソトロビマブ だけが、XBB.1.16を含むXBB系統に有効でした。8/ Image
以上の結果より、XBB.1.16は、抗原性を変化させることでXBB.1.5をoutcompeteして増えやすくなった株と言えるかも？しれません。

現在の日本は第9波に入りつつある状況で、XBB.1.5の比率も増えてきています。ここにもしXBB.1.16も流入してくると...という懸念も... 9/9
www3.nhk.or.jp/news/html/2023…

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confit.atlas.jp/guide/event/co…
参加・演題登録はこちらから↓
今年は「オンデマンド配信」も予定しています。先約があったり、遠方で現地参加が難しい方や、医療従事者のみなさまにも広くご参加いただき、新型コロナの科学の最先端を知る機会を提供できればと思っています。2/
confit.atlas.jp/guide/event/co…
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biorxiv.org/cgi/content/sh…
Cf. This is KP.2 (aka JN.1.11.1.2). In spike, KP.2 = JN.1 + S:R346T, S:F456L & S:V1104L).

We remember that R346T was observed in BQ.1.1 and XBB lineages, while F456L is a hallmark of EG.5 lineage. 2/ Image
Transmissibility/fitness (Re): molecular phylogenetic-epidemic dynamics modeling led by Jumpei @jampei2 and Kaho showed that the Re of KP.2 is ~1.2-fold greater than that of JN.1. 3/
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BREAKING🔔 The 32nd paper from G2P-Japan🇯🇵 is out at Lancet Infectious Diseases @TheLancetInfDis. We show the breadth of antisera induced by XBB.1.5 monovalent vaccine - comparison between infection-naïve and XBB-infected individuals. Please repost🔥 1/
thelancet.com/journals/lanin…
To control SARS-CoV-2 infection, the XBB.1.5 monovalent vaccine is now available. However, we found that natural infection with XBB subvariants, including XBB.1.5, does not efficiently induce humoral immunity against the infecting XBB subvariants, e.g. 2/
These observations raise the possibility that the XBB.1.5 monovalent vaccine may not be able to efficiently induce humoral immunity against emerging SARS-CoV-2 variants, including a variety of XBB subvariants as well as BA.2.86 and JN.1. 3/
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BREAKING🔔 The 33rd paper from G2P-Japan🇯🇵 is out at Lancet Infectious Diseases @TheLancetInfDis. We elucidated the virological characteristics of SARS-CoV-2 JN.1 - a progeny of BA.2.86 (#Pirola). Please retweet/repost 1/
thelancet.com/journals/lanin…
This is JN.1 (aka BA.2.86.1.1; in spike, JN.1 = BA.2.86 + S:L455S. We remember that the L455 substitution, S:L455F, was observed in the XBB lineage (e.g., HK.3 and these are known as "FLip" subvariants). 2/ Image
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