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@SystemsVirology
May 3, 2023 • 9 tweets • 5 min read • Read on X
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#拡散希望 速報🔔 G2P-Japan🇯🇵の論文第19弾「オミクロン亜株XBB.1.16の特性解析」を、Lancet Infectious Diseases @TheLancetInfDis に発表しました。本研究では、世界で流行拡大中の #オミクロン XBB.1.16株（俗称 #アークトゥルス）の特性を解明しました。1/
thelancet.com/journals/lanin…
2022年末にアメリカ🇺🇸で突如感染爆発を始めたのがXBB.1.5です。この株は、XBB.1のスパイクに #F486P という変異を獲得したものです。それに対し、XBB.1.16のスパイクは、この #F486P に加えて、#E180V と #T478R というふたつの変異を持っています。2/ Image
XBB.1.5とXBB.1.16は共通する変異もありますが、分子系統学的にはそれぞれ独立に誕生したものです。つまり、XBB.1.5とXBB.1.16は、「XBB.1の子供たち（＝XBB.1.5とXBB.1.16は兄妹）」であって、XBB.1.16は「XBB.1.5の子供」ではありません。3/ Image
インド🇮🇳、アメリカ🇺🇸、シンガポール🇸🇬、オーストラリア🇦🇺におけるXBB.1.16の伝播力（実効再生産数Re）を推定した結果、どの国でも、XBB.1.16のReがXBB.1.5のReより大きいことがわかりました。つまり、XBB.1.16がこれなら世界で流行拡大していくことが示唆されます。4/ Image
次に、XBB.1.16のスパイクが持つふたつの変異、 #E180V と #T478R がシュードウイルスの感染力に与える影響を評価しました。その結果、#E180V には感染力を下げる効果が、#T478R には感染力を上げる効果があることがわかりました。トータルとして、XBB.1.16の感染力は、XBB.1.5と同程度でした。5/ Image
BA.2, BA.5ブレイクスルー血清を用いた中和試験の結果、XBB.1.16は、XBB.1やXBB.1.5と同様、それぞれのブレイクスルー血清に対してきわめて高い抵抗性を示しました。6/ Image
これらの結果を元に、XBB.1.16とその他の株の抗原性を比較すると、XBB.1.5とXBB.1.16は、抗原性がやや異なることがわかりました。7/ Image
最後に、6つの治療用モノクロ抗体の効果を調べたところ、#ソトロビマブ だけが、XBB.1.16を含むXBB系統に有効でした。8/ Image
以上の結果より、XBB.1.16は、抗原性を変化させることでXBB.1.5をoutcompeteして増えやすくなった株と言えるかも？しれません。

現在の日本は第9波に入りつつある状況で、XBB.1.5の比率も増えてきています。ここにもしXBB.1.16も流入してくると...という懸念も... 9/9
www3.nhk.or.jp/news/html/2023…

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Jul 17
#拡散希望 速報🔔 G2P-Japan🇯🇵の新しい研究成果「新型コロナウイルス変異株KP.3.1.1のウイルス学的特性の解明」について、プレプリント公開に先立って速報します。本研究では、最近いくつかの国で増加傾向にある、JN.1の子孫株である新しい変異株KP.3.1.1の特性を検証しました。1/
春になり、JN.1の子孫株が出現し、それらが優勢になり始めています。現在本邦は第11波に入っていますが、それはこれらのJN.1の子孫株によって引き起こされています。現在の流行状況などについては、本日公開の最新コラムで解説しています↓ 2/
そのひとつ、KP.2 (JN.1.11.1.2)については、すでにG2P-Japan🇯🇵が論文として報告しています。3/
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Jul 17
BREAKING🔔 Here I want to quickly report our new results from G2P-Japan🇯🇵 before the preprint publication. We have elucidated the virological characteristics of SARS-CoV-2 KP.3.1.1 - a progeny of JN.1. Please RT🔥 1/
Cf.1 A new one, KP.2 (JN.1.11.1.2), has been already elucidated. 2/
Cf.2 Another new ones, KP.3 (JN.1.11.1.3), LB.1 (JN.1.9.2.1) and KP.2.3 (JN.1.11.1.2.3), have also been already elucidated. 3/
Read 8 tweets
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Jun 6
#拡散希望 速報🔔 G2P-Japan🇯🇵の新しい研究成果「新型コロナウイルス変異株KP.3, LB.1, KP.2.3のウイルス学的特性の解明」について、プレプリント公開に先立って速報します。本研究では、最近いくつかの国で増加傾向にある、JN.1の子孫株である新しい3つの変異株の特性を検証しました。1/
春になり、JN.1の子孫株が出現し、それらが優勢になり始めています。そのひとつ、KP.2 (JN.1.11.1.2)の特性については、すでにG2P-Japan🇯🇵が論文として報告しています。2/
今回着目したのは、KP.2にやや遅れて出現した3つの株、KP.3 (JN.1.11.1.3)、LB.1 (JN.1.9.2.1)、KP.2.3 (JN.1.11.1.2.3)です。それぞれ、こんな変異を持っています。
（＊参考まで、JN.1=BA.2.86.1.1で、BA.2.86系統の子孫株）3/ Image
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Jun 6
BREAKING🔔 Here I want to quickly report our new results from G2P-Japan🇯🇵 before the preprint publication. We have elucidated the virological characteristics of SARS-CoV-2 KP.3, LB.1 and KP.2.3 - progeny of JN.1. Please RT🔥 1/
Cf. A new one, KP.2 (JN.1.11.1.2), has been already elucidated. 2/
Here we focused on relatively new ones, KP.3 (JN.1.11.1.3), LB.1 (JN.1.9.2.1) and KP.2.3 (JN.1.11.1.2.3). These variants harbor these mutations⬇️ 3/ Image
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May 20
#拡散希望 第2回新型コロナウイルス研究集会を、8月2日〜4日に東京・品川で開催します！　今年のテーマは「COVID-19の疫学、臨床医学、免疫学、ウイルス学」。新型コロナに関する科学のすべてを網羅した集会になるよう準備を進めています！ 1/
confit.atlas.jp/guide/event/co…
参加・演題登録はこちらから↓
今年は「オンデマンド配信」も予定しています。先約があったり、遠方で現地参加が難しい方や、医療従事者のみなさまにも広くご参加いただき、新型コロナの科学の最先端を知る機会を提供できればと思っています。2/
confit.atlas.jp/guide/event/co…
今年は、G2P-Japanが基礎ウイルス学を担当し、免疫学を⾼橋宜聖先生（感染研）、臨床医学を忽那賢志先生（阪⼤）@kutsunasatoshi 、公衆衛生学を押⾕仁（東北⼤）に担当いただきます。3/
confit.atlas.jp/guide/event/co…
Read 5 tweets
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Apr 27
BREAKING🔔 A new study from G2P-Japan🇯🇵 is out at bioRxiv @biorxivpreprint. We elucidated the virological characteristics of SARS-CoV-2 KP.2 - a progeny of JN.1. Please RT🔥 1/
biorxiv.org/cgi/content/sh…
Cf. This is KP.2 (aka JN.1.11.1.2). In spike, KP.2 = JN.1 + S:R346T, S:F456L & S:V1104L).

We remember that R346T was observed in BQ.1.1 and XBB lineages, while F456L is a hallmark of EG.5 lineage. 2/ Image
Transmissibility/fitness (Re): molecular phylogenetic-epidemic dynamics modeling led by Jumpei @jampei2 and Kaho showed that the Re of KP.2 is ~1.2-fold greater than that of JN.1. 3/
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