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@SystemsVirology
May 16, 2023 • 8 tweets • 5 min read • Read on X
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#拡散希望 速報🔔 G2P-Japan🇯🇵の論文第21弾「組換えによって誕生した新しいオミクロン亜株XBBの特性解析」を、Nature Communications @NatureComms に発表しました。本研究では、#遺伝子組換え で誕生した #オミクロン XBB株（俗称 #グリフォン）の特性を解明しました。 1/
nature.com/articles/s4146…
2022年後半、BA.5株以降、世界を席巻する新しい変異株の出現が見られず、また逆に、世界中でさまざまな #オミクロン亜株 が多様化していました。2/
本研究ではまず、@jampei2 と@SpyrosLytras による分子系統学と流行ダイナミクスの学際融合解析によって、XBB株は、昨夏、BJ.1とBM.1.1.1（BA.2.75の子孫）というふたつのオミクロン亜株の組換えによって誕生したことを明らかにしました。4/ Image
また、XBBの実効再生産数（Re）は、もうひとつの流行株BQ.1.1と同程度に高いものの、流行地域が異なることを明示しました。2022年末までの状況としては、BQ.1.1系統では西半球で、XBB系統は東半球で流行拡大していたことがわかります。5/ Image
中和実験の結果、XBB.1は、BA.2に比べ、BA.2ブレイクスルー血清に対して30倍（！）、BA.5ブレイクスルー血清に対して13倍というきわめて顕著な抵抗性を示すことを明らかにしました。6/ Image
さらに、XBB.1株の融合力は、BA.2.75株よりも2.2倍高いことを明らかにしました。

G2P-Japanによるデルタ株（第5弾@Nature）、オミクロンBA.1株（第7弾@Nature）、BA.5株（第12弾@CellCellPress）などの研究から、スパイクの融合力とハムスターでの病原性には正の相関があることを見出しています。7/ Image
しかし、予想に反し、もうひとつの「オミクロンBA.2一家」の子どもであるBQ.1.1（第20弾 @NatureComms）と同様、XBB.1の病原性は、BA.2.75と同程度か、それよりも低いことがわかりました。8/ ImageImage
XBBは、組換えによって流行拡大に成功した初めての株と言えます。本邦におけるXBB系統の頻度は高まってきています。5類移行、PHEIC解除と、パンデミックもひと区切りな風潮ですが、今後の流行の動向は、やはりみなさんの感染対策次第と思います🙏 9/9
news.yahoo.co.jp/byline/kutsuna…

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Nov 21, 2024
#拡散希望 速報🔔 G2P-Japan🇯🇵の新しいプレプリント「JN.1対応mRNAワクチンが誘導する中和抗体の効果の評価」を、bioRxiv @biorxivpreprint に発表しました。1/
biorxiv.org/content/10.110…
本研究では、#ファイザー 🇺🇸🇩🇪のワクチンと、#第一三共 🇯🇵の国産ワクチンを接種した方の、ワクチン接種前後の血清を用いた検討実験を行いました。
まず朗報として、２つのワクチンで誘導される中和抗体の活性に大差はなく、どちらの血清も、JN.1のみならずKP.3.1.1やXECの感染を強く抑制しました。2/ Image
しかし、科学的観点からは、注目すべき点がふたつ。

その１。われわれは最近、JN.1やKP.3.3の「自然感染」では、強い中和抗体活性が誘導されないことを示しました。しかし上述の通り、JN.1ワクチンでは、強い中和活性（NT50; 50%中和抗体価）が誘導されています。この違いはいったい🤔？ 3/ Image
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Nov 21, 2024
BREAKING🔔 A new study from G2P-Japan🇯🇵, led by Keiya @Keiya717, is out at @biorxivpreprint. We assessed the humoral immunity induced by JN.1 mRNA vaccines against a broad range of SARS-CoV-2 variants including JN.1, KP.3.1.1 & XEC. Please repost🔥 1/
biorxiv.org/content/10.110…
In this study, we used 2 mRNA vaccines, one is from Pfizer/BioNTech🇺🇸🇩🇪, while another is from Daiichi-Sankyo🇯🇵. The good news is that there are no significant differences between them and both broadly neutralized a variety of SARS-CoV-2 including JN.1, KP.3.1.1 and XEC. 2/ Image
But there are two scientific interests.

First, compared to our recent study using JN.1 and KP.3.3 breakthrough (i.e. natural) infection sera, antiviral humoral immunity against KP.3 and XEC was weakly induced. However, JN.1 mNRA vaccine can. Why🤔?? 3/ Image
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Oct 17, 2024
BREAKING🔔 A new study from G2P-Japan🇯🇵, led by Yu in my lab, is out at bioRxiv @biorxivpreprint. We elucidated the virological characteristics of SARS-CoV-2 #XEC. Please repost🔥 1/
biorxiv.org/content/10.110…
Compared with KP.3, #XEC harbors two spike substitutions, S:T22N and S:F59S. Recombination analysis by Shusuke @KawakuboShusuke showed that XEC is a recombinant lineage of KS.1.1 (JN.13.1.1.1) and KP.3.3 (JN.1.11.1.3.3) with a breakpoint at genomic position 21,738–22,599. 2/ Image
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Transmissibility/fitness (Re):
Molecular phylogenetic-epidemic dynamics modeling led by Jumpei @jampei2 and Kaho showed that the Re of #XEC is greater than that of KP.3.1.1, the most predominant variant in the world. 3/ Image
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Jul 17, 2024
#拡散希望 速報🔔 G2P-Japan🇯🇵の新しい研究成果「新型コロナウイルス変異株KP.3.1.1のウイルス学的特性の解明」について、プレプリント公開に先立って速報します。本研究では、最近いくつかの国で増加傾向にある、JN.1の子孫株である新しい変異株KP.3.1.1の特性を検証しました。1/
春になり、JN.1の子孫株が出現し、それらが優勢になり始めています。現在本邦は第11波に入っていますが、それはこれらのJN.1の子孫株によって引き起こされています。現在の流行状況などについては、本日公開の最新コラムで解説しています↓ 2/
そのひとつ、KP.2 (JN.1.11.1.2)については、すでにG2P-Japan🇯🇵が論文として報告しています。3/
Read 10 tweets
The Sato Lab (Kei Sato) Profile picture
Jul 17, 2024
BREAKING🔔 Here I want to quickly report our new results from G2P-Japan🇯🇵 before the preprint publication. We have elucidated the virological characteristics of SARS-CoV-2 KP.3.1.1 - a progeny of JN.1. Please RT🔥 1/
Cf.1 A new one, KP.2 (JN.1.11.1.2), has been already elucidated. 2/
Cf.2 Another new ones, KP.3 (JN.1.11.1.3), LB.1 (JN.1.9.2.1) and KP.2.3 (JN.1.11.1.2.3), have also been already elucidated. 3/
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The Sato Lab (Kei Sato) Profile picture
Jun 6, 2024
#拡散希望 速報🔔 G2P-Japan🇯🇵の新しい研究成果「新型コロナウイルス変異株KP.3, LB.1, KP.2.3のウイルス学的特性の解明」について、プレプリント公開に先立って速報します。本研究では、最近いくつかの国で増加傾向にある、JN.1の子孫株である新しい3つの変異株の特性を検証しました。1/
春になり、JN.1の子孫株が出現し、それらが優勢になり始めています。そのひとつ、KP.2 (JN.1.11.1.2)の特性については、すでにG2P-Japan🇯🇵が論文として報告しています。2/
今回着目したのは、KP.2にやや遅れて出現した3つの株、KP.3 (JN.1.11.1.3)、LB.1 (JN.1.9.2.1)、KP.2.3 (JN.1.11.1.2.3)です。それぞれ、こんな変異を持っています。
（＊参考まで、JN.1=BA.2.86.1.1で、BA.2.86系統の子孫株）3/ Image
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