OECD rapport om Europas svar på pandemin i våras. Lite utdrag. Sverige hade långsammaste responsen på utbrottet och mildaste åtgärderna. Det tog 58 dagar att vända uppgång till nedgång (dvs till Rt<1) mot ett snitt på 34 dagar). (tråd) >> Sverige var det enda landet som inte stängde public spaces, t.ex. restauranger. >>

Multi post about dispersion. The dispersion/inhomogeneity in the reproduction means that ~80% of the transmissions come from 10-20% of the infected. The higher individual reproduction numbers come from superspreading and airborne virus. 1/ If R0 was 2.5-3 early in the outbreak, it was quickly reduced by regulating gatherings and by the use of masks, down to around 1.5 or lower. Most early model studies used R0 =2.5 and did not account for this big reduction down to 1.5. 2/

Med anledning av att det uppstått köer och väntetider för pcr-tester för SARS-CoV-2 har det börjat talas om kriterier för att få testa. Jag hoppas med detta inlägg lyfta en debatt om testkapacitet och hur det nödvändigtvis måste vara en del av vårt civilförsvar. 1/ Antag att vi drabbas av en ny pandemi liknande covid-19 men med 10% dödlighet som främst drabbar unga och barn. För att stoppa ett sådant virus från att alls bli pandemi krävs en helt ny nivå av internationellt försvar mot virus! 2/

6 av 16000 testade positivt på Umeå universitet och SLU. Dessa självisolerade och man smittspårade även. 40% hade senaste två veckorna rest in från olika delar av landet. Positivt, men oj vad viktigt att följa upp. vk.se/2020-09-17/kla… Stefan Stenmark från Region Västerbotten redogör för projektet och resultaten på FoHM:s pressträff idag.

Allt fler inser nu att flockimmuniteten *kan* vara lägre än befarat. Britton publicerade ett preprint i maj (nu pub i Science) där han använde en matrismodell med olika grupper och olika kontaktfrekvens. Jag skrev själv följande till Lisa Brouwers på FoHM i början av april. 1/ Slutsatsen för oss båda är att flockeffekten kommer snabbare än väntat, eftersom den kommer först där den behövs bäst! Ganska intuitivt att immunitet hos sjukvårdspersonal och taxichaufförer mfl, med många kontakter, bildar en slags statistisk barriär! 2/

Om igen hör jag att en viss åtgärd inte behövs förrän samhällssmittan är högre, för ”nu är den ju så låg”.

Läs detta tills det klarnar:

När smittan är relativt låg, kan den fås att bli mycket låg. Detta har särskilt värde eftersom risken för stora utbrott minskar! 1/ Varför? Jo, smittspridningen är inhomogen. Ett fåtal står för en majoritet av spridningen, och de smittar många. Med ett fåtal smittade i en population kan smittan dö ut därför att de flesta smittar ingen eller ett fåtal. När antalet smittade ökar minskar den sannolikheten. 2/

Jag tror att munskydd skulle göra marginell skillnad i Sverige precis nu, eftersom vi nästan bara har kontaktsmitta nu, och låg reproduktion. Däremot kan det gå illa i höst med betydligt fler samlingar inomhus, torr och kall luft, och luftburen smitta från asymtomatiska. (1/4) Det senare ger superspridning som kan höja reproduktionstalet ganska mycket, kanske fördubbla det. Dessutom har andra coronavorus tydlig säsongsvariation. Vi vet inte om SARS-CoV-2 har det, men vi kan inte bara passivt hoppas.
Men munskyddsdebatten kostar för mycket. (2/4)

Jag begärde ut protokoll från Folkhälsomyndighetens rådgivande referensgrupp. Det förs dock inga protokoll eftersom den har en ”informell rådgivande funktion”. Var det regeringens avsikt med uppdraget? Jag har inte tid att utforska det här så mycket mera utan hoppas någon journalist tar vid. Hur informella får såna här uppdrag vara? Är det i linje med uppdragets intention? Offentlighetsprincipen? Hur påverkar det förtroendet medborgare-myndighet? Intervjua rådgivarna kanske?

Svår logik för många:

Om vi tar till åtgärder vid låg smitta sänker vi den ännu mera, och minimerar därför sannolikheten för stora utbrott. Detta är *mycket* smartare än att vänta på stora utbrott och först då ta till dessa åtgärder.

Elementär sannolikhetslära. På förekommen, en förklaring. Covid har mycket heterogen spridning. De flesta smittar ingen eller någon enstaka eller en par. Ett fåtal smittar väldigt många, dvs superspridning. Risken för superspridning är mycket liten vid låg samhällssmitta och därför vill vi dit!

@Folkhalsomynd har nytt uppdrag för smittspårning. Bra! regeringen.se/49eb50/content… Nu hoppas jag på: (1/3) i) smittspårningsprotokoll som minimerar spridningen o tar hänsyn till kontaktfrekvens ii) en målbild och tidsplan för hur samhällssmittan sänks iii) regionuppdelning utifrån smittonivå o åtgärder (2/4)

3.2-3.8% prevalens i serologitester i Wuhan. Det betyder 400k infekterade på ca. 11m population. 3800 döda betyder IFR på ca. 0.9%. Omsätter man till Stockholm och ca. 2300 döda på 2.3m population, blir det prevalens på drygt 10%.
nature.com/articles/s4159… Ja, jag är medveten om att omräkningen från Wuhan till Stockholm kan ha brister, men jag bedömer denna skattning baserad på IFR vara säkrare än de serologitester vi alltjämt saknar från Stockholm...

Here's a challenge to everyone doing multibody simulation. Simulate this without any screw-joint constraints - contacts only. This is simulated in our physics engine, AGX Dynamics from @algoryx . Beat it @erwincoumans and send me a challenge to beat! 🙃

Lagging data reports in an exponential process will make the process look steeper. If #covid19 deaths are reported at a later date than the real date, the curve looks steeper. This lag probably follows exponential growth. Many fatility curves around the world may have this error. And lagging data into a linear process may make it look exponential. Dramatic difference. Whether the current process in SE is mostly linear or have exponential terms, I simply don't know since there are too few points. Immediate impression is that p(t) = a*t + b*t^2 dominate.