1/9 Achterstanden RIVM verwerking van positieve testresultaten. Ik zie nu speculaties dat dat komt door Excelbestanden. Nee. Dit is wat ik me heb laten uitleggen door een BCO'er. 2/ Er zijn drie gekoppelde IT-systemen. Als je een testafspraak maakt op coronatest.nl worden de afspraak en uitslag geregistreerd in systeem 1: CoronIT.
De uitslagen gaan dan van CoronIT naar systeem 2: HPzone.

1. Steekproef #coronatest.nl. Drukte blijft toenemen; record sinds 25 nov (79% van 48 u volgeboekt), in 13 van 24 "geen #testplaats gevonden". #testafspraak #ggd
Updates volgen. Volledige tabel: docs.google.com/spreadsheets/d…
Vorig draadje hieronder.

https://twitter.com/hk_nien/status/1478295088128212996

2. Steekproef #coronatest.nl. Met 83% vol een record sinds 23 nov.

Er is wat nieuws: sinds vanmorgen doorverwijzing andere testaanbieder. Lijkt slechts mogelijk in enkele regio's, o.a. Rotterdam.

#testplaats #geenTestplaatsGevonden #ggd #testafspraak

1/15 Kerstmis en familiebezoek komt eraan: draadje over ventileren en aerosolen,

Hier een grafiek met een paar scenario's. Een typische woonkamer. Twee bewoners, vier bezoekers die drie uur blijven. Ventilatie volgens de bouwnorm en met extra ventilatie. 2/ Aerosolconcentratie in de grafiek is uitgesplitst naar wat bewoners zien van de bezoekers en vice versa. Aanname is dat iedere persoon 1 eenheid aerosol per uur produceert. Voor besmettingsrisico telt de aerosoldosis: concentratie × tijd.

1/17 Review of Qingping Air Monitor Lite for CO₂ and PM2.5 monitoring. Summary: it does the job for an affordable price.
Because of Covid-19, it is recommended to ventilate indoor spaces to keep CO2 concentration below some limit (700 to 1200 ppm … 2/ … depending on which recommendation you follow). Atmospheric CO₂ is 420 ppm.

This device was around €80 from AliExpress, including tax and shipping. This review is primarily about its performance as a sensor and less about its smart features.

1/4 Dit bericht over luchtreinigers in Staphorst gaat sinds gisteren rond.
Deze apparaten van €3000 werken blijkbaar tegen besmettingen, maar je kunt dezelfde filterwerking voor onder de €300 krijgen. Wat relevant is: de capaciteit is 400 m³/h. 2/4 Dit is enigszins verbazend, want voor een klas met 25 pubers is 400 m³/h wat aan de lage kant; vergelijkbaar met ventileren tot CO₂ <1500 ppm terwijl meestal wordt geadviseerd om 700-1200 ppm na te streven.

1/7 Review of low-cost CO2 meter for air-quality monitoring. Summary: useless.
Because of Covid-19, it is recommended to ventilate indoor spaces to keep CO2 concentration below some limit (700 to 1200 ppm depending on which recommendation you follow). 2/ This CO2 meter is available on AliExpress for €15 or in the Netherlands for €33, under various brand names. Name plate: "Model T01". It does respond to something in the air, but most likely not CO2. The displayed values have very little to do with the CO2 concentration.

1/ Reproductiegetal Nederland oktober; t/m 23 sep: R=0.99. Door testen voor toegang (TvT) voor horeca mogelijk een week lang verhoogde R-schattingen. Effect lijkt wat groot (6% meer positieve tests). Effect van 25 september gaan we de komende dagen zien.
#COVID19NL 2/ Achtergrondinformatie:

https://twitter.com/hk_nien/status/1421825780372447234?s=20

N.B. "% gevaccineerd" in de bijschriften staat voor hoeveel mensen alle prikken hebben gehad van de totale bevolking (inclusief kinderen), volgens RIVM; "1 prik na doorgemaakte infectie" telt hier niet mee.

1/10 Over de vertraging in de testuitslagen. De teststraten lijken het redelijk vol te houden; als ik 's morgens vroeg een afspraak probeer te maken krijg ik bij de meeste postcodes wel een tijd later op de dag (sinds zaterdag). 's Avonds lijkt het boekingssysteem overbelast. 2/ @mzelst heeft gisteren getweet over vertragingen in de PCR-labs en GGD-administratie.

https://twitter.com/mzelst/status/1414585649450061827

Hoe groot is de impact daarvan nu?

1/6 Reproductiegetal per variant o.b.v. RIVM data. (Betrouwbaarheidsinterval 68%). Rδ=1.1 rond 18 juni; toen 57% van de infecties. De verhouding Rδ/Rα varieert tussen 1.4 en 1.9. Over twee weken zijn 99% van de infecties δ-variant; momenteel 85-90%. 2/ Rond 18 juni was 29% van de NL bevolking volledig gevaccineerd (bron: RIVM; excl. 14 dagen wachttijd). Zeg 80% werkzaamheid tegen symptomatische èn asymptomatische δ-besmetting. Verder nog immuniteit na doorgemaakte ziekte.

1/ Draadje reproductiegetal juli (dagelijkse updates).
Toelichting rekenmethode:

https://twitter.com/hk_nien/status/1364582102902145029

Draadje juni:

https://twitter.com/hk_nien/status/1399719106065096714

Rapportagevertraging:

https://twitter.com/hk_nien/status/1391384017929478144

2/ Update reproductiegetal Nederland t/m 23 jun: R=1.04. Boven de één! De schaduwpunten in de grafiek voor 24-26 juni liggen ruim boven de 1. Die zijn (nog) minder nauwkeurig, maar doet vermoeden dat vandaag niet een uitschieter naar boven was.

1/ Wellicht gaan de basisscholen weer open op 8 februari. Tijd voor een nieuwe prognose voor wat dat zou kunnen betekenen. Dit zal het effect van de avondklok (-10% op R) ongeveer ongedaan maken. 2/ Volgens OMT was het effect van de avondklok 8-13% op R. Het OMT-advies over dde basisscholen is nog niet openbaar. Volgens RIVM is het effect van scholen en hoger onderwijs samen 40% [tweedekamer.nl/sites/default/…]. Hier staat het effect van de basisscholen optimistisch op +11%.

1/ Hier is een update van de #UKvariant #B117 groeicurves in verschillende landen en regio's. De verhouding B.1.1.7/overig (odds ratio OR) zou exponentieel groeien ongeacht gedrag van de burgers. (Dit draadje eerder in het Engels:

https://twitter.com/hk_nien/status/1355634266399453194

) 2/ Een 'log slope' 0,08 betekent dat de OR met 8 %/dag toeneemt. Bij elke dataset staat de publicatiedatum en of het is o.b.v. S-gene target failure (SGTF, d.w.z. PCR-tests) of genetische sequencing (seq).

1/ Data on the #UKvariant #B117 in a number of countries and UK regions. The (odds) ratio of the B.1.1.7 variant versus other variants would be expected to grow exponentially (straight line on a logarithmic scale) independent of behavior (lockdowns etc.). 2/ A log slope 0.07 means that the odds ratio increases by 7% per day. The publication date for each dataset is indicated. The datasets are either based on S-gene target failure (SGTF; PCR tests with some selectivity for the B.1.1.7 mutation) or on full genomic sequencing.

1/ In a recent publication, Walker et al. [medrxiv.org/content/10.110…] suggested that the B.1.1.7 coronavirus strain was less transmissible than previously thought, growing only 6 %/day relative to other strains, rather than 11 %/d. Let's have a closer look.
#B117 2/ Fig. 4 shows a daily growth factor 1.04 (=4 %/d) for recent data (after "late November") and 1.09 for earlier data. However, the actual growth curves are not shown; rather, fig. 2 shows curves for SGTF and non-SGTF samples.

1/ Here are the growth curves of the #B117 UK variant as the ratio between the B.1.1.7 versus other strains, for different regions (two UK regions; Denmark, Netherlands, Portugal). The the relative growth per day is indicated: [0.100] means 10% per day. 2/ Note the logarithmic scale: exponential growth = straight line. Although recent UK data indicates that the growth decreased to ~0.03 /day in Dec [medrxiv.org/content/10.110…], the growth rate in DK, NL, and PT is all ~0.08/day. Zoomed graph:

1/ Prognose infectiecijfers met avondklok. Aanname: -10% op R. Model gebaseerd op de waargenomen exponentiële groei van de verhouding van varianten UK/overig en de waargenomen trend in positieve testcijfers. Logaritmische y-as: rechte lijn = exponentiële groei. #B117 2/ N.B. Vaccinaties niet meegeteld. De avondklok helpt, maar is niet genoeg. Let wel: exponentiële processen zijn erg gevoelig voor de modelparameters. De groei van B117 t.o.v. overig is zeer vergelijkbaar tussen NL, UK en DK met verdubbelingstijd 6-9 dagen.

Waarom zijn wasbare mondkapjes uit de winkel zo beroerd? Ik maak ze zelf. Goede afsluiting (zelden beslagen brillenglazen), goede filterwerking en comfortabel door de lage ademweerstand. Het filtermedium ligt in je keukenkastje: gele viscosedoekjes. 1/5 Die uit de winkel: zelden met metalen neusdraad; ofwel doorzichtig, ofwel zo dicht dat de ademlucht grotendeels via de kieren stroomt. Hoe weet ik dat die van mij goed werken? Als mijn partner wierook brandt, ruik ik die bijna niet met zo'n kapje op. En met een proefje: 2/5

De NL cijfers voor positieve tests zijn interessanter als aantallen per eerste ziektedag in plaats van aantallen gerapporteerd. Dit is echter lastig uit de anonimiseerde data te destilleren. Er is toch wat over te zeggen: @jannoTR @YorickB @mzelst 1/4 Die vertraging is in recente weken ongeveer 4.5 dag. Ik snap niet helemaal waarom het zo lang is (afspraak maken + testen + uitslag = 2-3 dagen?), ook gezien de incubatietijd (5 dagen) en de 7 dg vertraging tussen reproductiegetal en dagcijfers. Suggesties welkom. 2/4

Imperial College just released a report on the UK coronavirus variant of concern. The growth rates measured over November are significantly different from an earlier report. The good news is that the growth-rate estimate was lowered. @erikmvolz 1/3 The increase in Rt would be a factor 2.0 versus a factor 1.6 (based on 6.5 days generation interval). But what changed? In both cases, it is based on genomic sequencing. Anyone knows? 2/3

Morgen (dinsdag) komt de wekelijkse update van het reproductiegetal Rt. Bij de vorige zes was de voorlopige Rt gemiddeld 0.2 punten te laag ingeschat. 1/4 Op basis van de dagelijkse infectiecijfers (data t/m maandag) zaten we op 16 oktober op Rt=1.05±0.05, wat zou betekenen dat RIVM er vorige week niet te ver naast zat. Op 20 oktober zaten we op Rt=0.95±0.05. (Source code: github.com/han-kwang/covi…) 2/4