Thread by @Prof_D_sciences

Suite à l’apparition d’une nouvelle souche de #Covid19 en Angleterre et les mauvaises explications qui ont inondée les médias pour expliquer son apparition, il m’a paru essentiel de faire le point sur l'évolution et la sélection naturelle de nouveaux caractères #TeamSVT. 1/n

DISCLAIMER : Bien évidemment il s’agira ici de vulgarisation grand public avec son lot d’approximation et de raccourcis, je n’écris pas une thèse ici et comme d’habitude je vais repartir de la base 2/n

J’ai fait un thread pour donner les bases sur les virus, le voici pour plus de détail sur le cycle de vie de ces entités . Je vais considérer ceci comme acquis pour la suite 3/n

Revenons au sujet: pour faire tout ça je vais être obligé de vous parler de 1) ce que c’est qu’un caractère et comment ils apparaissent 2) Ce qu’est une pression de sélection et comment ça sélectionne des caractères. On se penchera sur le cas des virus, aisément généralisable 4/n

1) Qu'est ce qu'un caractère: c’est un attribut observable d’un individu qui peut avoir plusieurs états. Exemple : le caractère couleur des yeux possède des états comme bleu, vert, marron… Ici j'utiliserai le terme "caractère" à chaque fois pour simplifier 5/n

Pour un virus un caractère ça peut être la présence d’une protéine permettant de pénétrer dans les cellules pulmonaires et les états de ce caractère la forme exacte de cette protéine qui peut modifier cette capacité à pénétrer dans les cellules en mieux ou moins bien 6/n

D’où viennent ces caractères ? Et bien c’est notre patrimoine génétique le coupable. Au cœur des noyaux de nos cellules se niche notre ADN. Cette ADN peut être vu comme le manuel d’instruction de nos cellules 7/n

Elles vont lire les informations qui s’y trouvent et utiliser ces informations pour exprimer les états de caractères que leur ADN contient. Elles vont traduire ces infos en complexes protéiques qui vont être responsables des caractères 8/n

Alors d’où peut venir le pb ? Nos cellules ont l’heureuse tendance de se multiplier ce qui nous permet de grandir, de réparer et de renouveler nos tissus, ce qui est bien pratique nous en conviendrons 9/n

Lorsque qu’une cellule se divise, se multiplie, elle doit recopier la totalité de son ADN pour que chacune de ses descendantes récupère l’information qu’il contient et puisse ainsi faire son taf correctement. On parle de la réplication (voir ci dessous). 10/n

Pour les virus c’est un peu différent car ce ne sont pas des cellules. Ils ne se divisent pas en tant que tel et ne copient pas leur génome tout seul: ils pénètrent dans les cellules dont ils vont détourner la machinerie pour que la cellule se mette à produire d’autres virus 11/n

C'est donc la cellule infectée qui va copier le génome du virus. Ce dernier va insérer son matériel génétique dans celui de la cellule hôte. Ainsi lorsque la cellule lira les instructions du matériel modifié, elle va y retrouver les instructions rajoutées par le virus. 12/n

C’est ainsi qu’elle se retrouve à produire tout un tas de nouveau virus. Ceci implique 2 choses : construire les enveloppes qui permettent au virus de se propager et copier le matériel génétique à mettre dedans. 13/n

Quand on parle de copier le matériel génétique, en termes de volume, on parle de plusieurs centaines de pages au minimum pour chaque nouveau virus, hors la cellule infectée va en produire des milliers. 14/n

Bien que le système de copie, ou de réplication, fonctionne bien, il n’est pas parfait, des erreurs se glissent dans ces copies. Imaginez-vous devoir recopier à la mano des 100aines de pages, forcément que vous feriez des fautes. 15/n

Ben là c’est pareil, des erreurs se glissent dans la copie : ce sont les fameuses mutations génétiques. Elles sont parfois sans conséquences mais parfois elles peuvent changer l’état d’un caractère voir un créer un nouveau 16/n

Il est d’autant plus probable chez les virus type #SARS_COV2 que ces mutations apparaissent qu’il y a 2 moments dans son cycle où on fait une copie du matériel génétique : pour l’insérer dans celui de la cellule hôte et ensuite pour être inclus dans sa nouvelle enveloppe 17/n

Pour plus de détail sur ce point regardez le thread sur les virus que j'ai épinglé en haut sur celui ci 18/n

Un point TRES important que mon analogie du moine copiste sous entend: les fautes de copie, donc leurs conséquences, sont totalement ALEATOIRES: vous ne choisiriez pas où vous feriez une faute en recopiant un texte, la réplication ne « choisi » pas où elle se trompera 19/n

En d'autres termes, l'apparition de nouveaux caractères, se fait au pif ! Il n'y a pas dessin intelligent qui ferait exprès de créer pile poil le caractère qu'il faut pour répondre à une contrainte de l'environnement 20/n

C’est important à comprendre car il a existé une école évolutionniste française à l’aube du XIXe siècle qui voyait l’apparition de ces nouveaux caractères comme déterministes et améliorant l'existant (poke @DurocYann ). Sorry Neil but it's wrong 21/n

On ne peut donc prévoir si, où et quand apparaitra un nouvel état voir un nouveau caractère ! Cette apparition est totalement hasardeuse. On parle de phénomènes stochastiques 22/n

2)Transition parfaite pour aborder notre 2e point : la pression de sélection et ses conséquences.
Une pression de sélection est un facteur environnemental qui va favoriser un caractère particulier: un climat froid va favoriser un caractère «pilosité plus épaisse» 23/n

La présence d’un antibiotique va favoriser les bactéries qui auront acquises le caractère résistance à l’antibiotique.
Pour le #COVID19 le mode de vie du virus, qui contamine des cellules humaines, favorise le caractère « capable de contaminer le plus de cellules possible » 24/n

En effet avoir ce caractère permet au virus de se multiplier davantage. Ainsi face à un virus ayant un caractère « contaminant peu de cellules » se multipliera moins que le précédent et se répandra donc moins vite dans la population humaine 25/n

Résumons : de nouveaux caractères peuvent apparaitre au hasard via les mutations génétiques. S'il permet d'augmenter la multiplication de l’individu qui le possède ce caractère et ses porteurs se multiplieront plus vite que les autres et ils se répandront dans l'envt 26/n

Appliquons au cas du #Sars_cov_2 : à cause d’une mutation une des copies du virus produite par une cellule infectée s’est retrouvé avec la capacité de contaminer plus de personnes. Ainsi cette copie peut donc contaminer plus de personne et donc se répandre partout 27/n

Cette mutation, donc ce caractère, est apparu par hasard et s’est retrouvé dans un environnement favorable qui a permis aux virus le possédant de se répandre dans la population plus vite, donc de se multiplier plus vite que les autres virus ne l’ayant pas 28/n

Ce ne sont pas les mesures anticovid qui ont provoqués l’apparition de cette mutation. Au pire elles ont favorisés les virus ayant acquis, par hasard, le caractère « plus contagieux ». 29/n

Dire que ce sont ces mesures qui ont directement engendrées l’apparition de ces mutations c’est rejoindre la fameuse école Française Lamarckienne que j’évoquais plus haut 30/n

Le Chevalier de Lamarck pensait ainsi que les espèces s’adaptaient en réponse à leur environnement. L’exemple le plus connu est celui des girafes : les arbres plus haut engendreraient chez les girafes l’apparition du caractère « cou plus long » 31/n

La vision actuelle de l’évolution, dite néodarwinienne (Darwin enrichi de nos connaissances récentes), aurait dit « les arbres plus haut ont favorisé les girafes ayant par hasard acquis, à cause d’une modification génétique, l’état de caractère « cou plus long » 32/n

On aurait intuitivement tendance à donner du crédit à Lamarck car il traduit ce que l’on voit mais oublie ce que l’on ne voit pas. En effet, on observe dans la nature que les individus possédant les caractères sélectionnés à un moment. Les autres ont disparus. 33/n

C’est un cas du biais du survivant : vu qu’on ne voit que les formes sélectionnés on n’envisage spontanément pas qu’il ait pu y avoir d’autres formes qui ont disparu. 34/n

La pression de sélection agit donc comme un tamis : elle laisse passer les caractères qui permettent à leurs porteurs de se multiplier davantage que les autres et retient les caractères qui baissent la capacité à se multiplier. 35/n

Ce tamis est variable: un avantage à un moment donné peut devenir inutile voir néfaste plus tard. Ainsi l’apparition d’un état « poil long » serait parfait pour une population soumise à un climat de plus en plus froid mais un inconvénient dans le cas d’un climat plus chaud 36/n

Mais vu qu’on ne voit que les formes qui se multiplient donc se maintiennent on a l’impression biaisée que l’évolution a une direction particulière dictée à l’avance alors que son origine est purement aléatoire. 37/n

Petit fun fact pour finir: Grâce aux mutations on peut retracer le voyage partout sur Terre du #SARSCoV2 , j’avais écrit ceci à ce sujet il y a qq mois. Il me semble être un bon complément à celui-ci 38/n

Voilà merci d’avoir tenu jusqu’ici! Comme toujours je suis ouvert aux ajouts/corrections. N’oubliez pas que RT et Liker diminuent la taux de multiplication du #SARSCoV2 #Covid19 #JoyeuxNoel #Fin 39/39

PS: petite correction - J'ai écrit une bétise le #SARSCoV2 n'insère pas son matériel génétique dans celui de la cellule hôte. Il est converti à l'intérieur de la cellule par des enzymes virales pour ensuite s'insérer dans la chaine de production de protéines de la cellule

PS2: Ceci se passe sans qu'il y ait d'insertion du matériel génétique du #SARS_CoV_2 dans celui de la cellule.
Bon ça ne change rien à ce que je dis sur l'évolution ensuite mais c'est important d'être précis.

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