Epidemic model for Sweden #FlatteningtheCurve, estimated from incidence of cases and deaths, assuming social-distancing measures introduced between March 9 and 20 (matching Google Mobility Report data). #Covid19Sverige#Covid19Sweden 1/7
The model estimates that because of the measures, Rt dropped from an initial 3.5 (2.4 - 6.5) to 1.34 (1.18 - 1.67). But the effective reproduction number (Re) is dropping further below 1, providing an explanation why their daily cases are hitting a maximum. 2/7
Provided that there is no change in social distancing behaviour, then this would be the projected death estimate. 3/7
Estimates of number of infectious people and recovered people. 4/7
An SEIR model (like we use) assumes that the epidemic affects the entire population in the same way ("homogeneous mixing"), but clearly that is not the case for Sweden (from Wikipedia). 5/7
Therefore a lower "effective" population size is co-estimated to model how infected people infect susceptible people. An Rt of ~ 1.34 would require about 25% people to be "immune" for Re to drop below 1, while the model estimates only about 10% having been infected until now. 6/7
Een volgtip voor rustige en genuanceerde duiding bij het verloop van de epidemie in ons land. Sinds 15 oktober stijgen de cijfers (besmettingen en hospitalisaties) ongeveer lineair en lijkt het eerder in de goede dan de foute richting te evolueren richting een piek. 1/4
Een exponentiële faze, die bij het natuurlijk verloop van een golf enkel initieel een bruikbare benadering is, is ook niet te verwachten tenzij omstandigheden (slechter weer) de stijgende immuniteit (en beperkte gedragswijziging) teniet zou doen. 2/4
Dat neemt uiteraard niet weg dat de ziekenhuizen de komende maanden nog overbelast zullen zijn. Wie tot de risicogroepen behoort (en des te meer als je niet gevaccineerd bent): jullie hebben kans na infectie in het ziekenhuis te belanden. 3/4
Laat ons volgend gedachtenexperiment voeren. In januari waren er uitbraken in scholen, in vele gevallen door B.1.1.7, de nieuwe besmettelijke variant. Deze werd toen ingeschat 65% besmettelijker te zijn (een inschatting die wetenschappelijk nog altijd +/- standhoudt). 2/10
Er was enorme druk op minister Ben Weyts om bijkomende maatregelen te nemen in de scholen, en/of ze te sluiten (zoals in ons omringende landen het geval was). Door de nieuwe variant zou R tegen eind februari stijgen tot 1.5 à 2, werd ons voorberekend. 3/10
Current Re estimate 0.85 (95% cri 0.7 - 1.0). The model is not predicting a "third wave", since it estimates that infections <65y have continued to decrease (see more below). 1/5 #COVID19be
Zoomed in version (as PDF: genomedetective.com/covid19-epi/be…). Case data <65y (which isn't being used by the model) is being overestimated since the end of October, but could now be starting to follow the predicted (downward) trend of the model.🤞 2/5
The model motivates the optimism mostly based on hospitalization data. Although age information of daily hospitalizations is lacking, since last week, the model uses weekly hospitalization age distribution from surveys. 3/5
"De piek en het 'over de piek gaan' is pas gekomen op het einde van de herstvakantie" verklaart immunoloog Hans-Willem Snoeck, om daarna te argumenteren dat scholen best sluiten. Vreemde uitspraak die tegen alle data ingaat. 1/8 vrt.be/vrtnws/nl/Jour…
De piek in vastgestelde besmettingen kwam op 27 oktober, hospitalisaties op 3 november, en overlijdens 10 november. Rekening houdende met vertraging voor elk van deze gegevens ten opzichte van infecties, kan je dit terugrekenen tot een piek van infecties rond 17 oktober. 2/8
Deze grafiek is gebaseerd op een model dat die vertragingen (en de onzekerheid erop) tegelijk ook inschat uit de data, op basis van geobserveerde wijzigingen in reproductiegetal en genomen maatregelen. 3/8
Indien deze lockdown dient om de curves om te buigen, dan schiet ze wellicht haar doel voorbij, en in dat geval moet overwogen worden om deze veel sneller dan voorzien terug te draaien, gezien de grote maatschappelijke impact ervan.
Het is ondertussen duidelijk dat besmettingscijfers (zelfs >65j) spectaculair dalen, hospitalisatie cijfers dalen, en overlijdens wellicht deze week de daling zullen inzetten. Weinig spannend dus.
We zijn een week ver in de nieuwe lockdown. Dat betekent dat we vanaf deze week een effect mogen verwachten in de cijfers van besmettingen, en vanaf volgende week een impact op cijfers van hospitalisaties. Wat mogen we verwachten? 1/6
Hoe weten we dat maatregelen van de lockdown nog geen rol spelen in de cijfers nu? Voor de Belgische cijfers weten we dit uit modellen: de tijd van infectie tot test is gemiddeld +/- 8 dagen; van infectie tot hospitalisatie is gemiddeld +/- 13 dagen. 2/6
Nog vóór deze lockdown was de epidemie al aan het krimpen, met een reproductiegetal 0.6 - 0.8 (gjbex.github.io/DSI_UHasselt_c…ibz-shiny.ethz.ch/covid-19-re/). Dat is vergelijkbaar, of zelfs onder, het reproductiegetal tijdens de lockdown van maart. 3/6