Después de que estos meses hemos estado escuchando que el nuevo SARS-CoV-2 es un virus 🦠 creado en el laboratorio de Wuhan etc. Uno de sus argumentos era decir que tenía regiones del VIH o más conocido como el virus del SIDA. Anoche aburrido quise ver si era verdad 👇🏽 
Para ver si era cierto que el nuevo coronavirus tenía regiones del VIH, comparé sus genomas en una página llamada YASS, que se dedica precisamente a comparar regiones para ver si tienen parecidos. Los genomas están a disposición de cualquiera en NCBI
Primero comparé los genomas del virus causante de la COVID-19 y del VIH. En esta tabla se ven las regiones que son similares entre ambos virus. Hagamos caso al valor E que básicamente indica como es de "probable" que un alineamiento sea debido al azar. Cuanto más bajo, mejor.
Se considera que si el valor E es menor que 10 elevado a -5, esto es 0,00001, este alineamiento probablemente sea único y no fruto del azar. Como se ve, el valor E más pequeño es de 0,25 bastante lejos del número antes mencionado. Esta es la secuencia más parecida.
Pero vamos a ver la secuencia que es más parecida entre ambos virus. Las letras ATGC simbolizan los nucleótidos de ADN o en bioinformática también de ARN. Si están unidas por una linea es una coincidencia, si por puntos indica un parecido y los guiones indican huecos (gaps)
Para hacerlo más visual vamos a emplear una herramienta que es el "dot plot" en la que se representan en cada eje una secuencia y si hay coincidencias se marca un punto (más o menos). Cada línea que sale es una región del genoma similar. Como se ve, hay pocas y muy pequeñas.
Después se me ocurrió comparar otros virus con el nuevo coronavirus. En este caso, el viejo coronavirus, el SARS-CoV-1. Como se ve, comparten grandes regiones del genoma y además su valor E es 0. Esto indica que su similitud es real.
Obviamente es normal, ya que ambos son de la misma familia de virus y de la misma especie. Lo que indica que ambos han tenido "parientes" en común hace muy poco. Veamos una región coincidente escogida al azar entre ambos genomas. Como se ve casi todo es idéntico.
Otra vez con el "dot plot" se observa ahora sí una gran similitud ya que hay una línea diagonal que atraviesa el gráfico. Esto indica la gran similitud entre ambos genomas.
Después seguí comparando con otros virus, en este caso empleé el genoma del virus de la hepatitis B.
El bacteriófago T4
Herpes simplex tipo 1
Como se observa ninguno tiene suficiente nivel de similitud como para decir que se han usado las regiones de otros virus para crear o modificar el nuevo coronavirus. De hecho todos los virus que he puesto despúes del VIH tienen más similitud y de mejor calidad.
Por tanto, el virus del SIDA no es ni siquiera el que haya sido más probable que hayan usado en caso de "crear" el virus. Todo indica a su origen natural. De hecho la secuencia más parecida y con mejor valor E es del virus del herpes.
Yo solo soy un estudiante y he conseguido hacer esto, aunque tampoco es mucho, así que dejemos a los profesionales de verdad hacer su trabajo y confíen en la ciencia. 🧪
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