Thread by @Panda31808732

1. Maîtriser le virus : purger, prévenir, dépister, tracer, isoler.

Avertissement : c'est long.

Il y aura un lien pour lire sur version HTML tout à la fin.

2. Le 20 janvier, 4 jours avant la France, la Corée du Sud détecte son premier cas de Covid-19 (une importation depuis Wuhan). Dans les deux pays, l'épidémie monte en puissance en février.

5 mois plus tard, voici le bilan des deux pays.

3. Que s'est-il passé ? Pourquoi y a-t-il eu au moins 100 fois plus de morts en France ? La relation entre le nombre de cas et le nombre de décès suit un rapport assez constant : s'il y a beaucoup moins/plus de morts dans un pays, c'est qu'il y a eu beaucoup moins/plus de cas.

4. La Corée du Sud ne s'est pas amusée à laisser circuler un virus quasi-inconnu, dont toutes les caractéristiques (contagiosité, taux de létalité et de formes sévères, transmission sans symptômes, intervalle moyen infecteur—infecté, etc.) hurlaient : « Arrêtez-moi ! »

5. Instruite par l'expérience, elle a donc mis le paquet dès le départ — la phase décisive, tout en découle — pour bloquer la circulation du SARS-CoV-2 ; la France, après avoir raté la phase d'endiguement, l'a laissé se propager avant de devoir fermer la boutique en catastrophe.

6. À cette différence de stratégie, il faut ajouter une différence de réussite opérationnelle : la Corée du Sud avait la bonne stratégie et l'a bien exécutée ; la France a opté pour une stratégie « grosse grippe » désastreuse, dont elle a en plus foiré l'exécution.

7. Voici quelques caractéristiques démographiques des deux pays. Les deux ont une population âgée, le stade de "développement" est similaire (PIB/hab assez semblable). Bref, ce n'est pas le jour et la nuit entre les 2 pays au point d'expliquer une telle différence de bilan.

8. À cette heure, aucune preuve n'a été établie quant à l'existence d'une souche différente du virus qui justifierait de tels écarts dans les bilans humains entre les différents pays (par exemple si le virus y était beaucoup plus contagieux ou tuait bien plus).

9. La différence de bilan est due à la qualité de l'intervention publique — c'est la réaction des autorités qui explique que le virus a causé très peu de dégâts directs en Corée du Sud, tandis qu'en France il a provoqué une surmortalité exceptionnelle.

10. De fait, l'ampleur de l'épidémie a été très différente dans les deux pays.

En France, la bureaucratie Macron ayant réalisé bien trop tard que laisser circuler le virus était une idée épouvantable, la vague a été très haute — un raz-de-marée.

11. Au plus haut de l'épidémie française, on comptait ainsi jusqu'à 850 000 cas actifs (définis comme un malade contagieux) : environ 1 personne sur 80 était contaminée en semaine 13.

Et ce n'est qu'une moyenne nationale : en Île-de-France, par exemple, c'était encore pire.

12. En Corée du Sud, les autorités n'ont jamais laissé l'épidémie prendre une telle ampleur. La vague a donc été modeste : au plus haut, autour de 10 000 cas actifs (1 personne sur 5 000). La digue sanitaire que représente la méthode dépister-tracer-isoler a donc pu tenir.

13. Pourvu que la vague ne soit pas très haute, on peut écoper manuellement l'eau qui dépasse. On peut tracer quelques centaines, quelques milliers de cas par semaine ; pas des dizaines ou des centaines de milliers comme en France en mars-avril.

14. Passés certains seuils, il n'y a plus que le confinement pour calmer la tempête.

Au stade de perte de contrôle épidémique où en était la France dès fin février, même la digue la plus solide n'aurait pas tenu : la puissance de la vague aurait tout balayé, les équipes…

15. … de traçage auraient été totalement submergées de cas et se seraient retrouvées à devoir vider l'océan avec des seaux. C'est la raison pour laquelle les ARS avaient fini par arrêter de tracer les contacts (une erreur, car il fallait recueillir des données).

16. Voici, représentée graphiquement, l'ampleur de l'épidémie en France et en Corée du Sud — pour comparatif, on rajoute l'Allemagne (qui a obtenu un résultat intermédiaire honorable).

17. Justification des hypothèses : la méthode de calcul est la même que ci-dessous [messages 13-20], mais avec des valeurs différentes (taux de létalité plus élevé, redressement des décès plus bas). C'est simplifié mais ça devrait faire l'affaire.

https://twitter.com/Panda31808732/status/1256303138589548549

18. J'ai pris un taux de létalité plus élevé en France : il augmente sans doute avec le débordement du système de santé ; et plus le virus est présent en population générale, plus il se fraye un chemin dans un nombre croissant de maisons de retraite, où il décime les résidents.

19. Ce qui pousse le taux de létalité à la hausse, vers les 1% ou plus (sinon, la valeur courante semble se situer entre 0,5 et 1).

J'ai rajouté environ 2 000 décès à la France pour inclure les décès à domicile, qui ne sont pas encore comptés.

19b. Même si j'en ai mis trop ou pas assez, ça change peu l'ordre de grandeur entre pays sur la courbe. Avec 0 décès à domicile, le pic français approcherait quand même les 800 000.

20. Pour les 10 jours de contagiosité : la transmission peut commencer ~2 jours avant symptômes, et dans diverses études les chercheurs arrivaient beaucoup moins à cultiver le virus sur les prélèvements réalisés 7-8 jours après symptômes, d'où les 10 jours de contagiosité.

21. Que voit-on ? En Allemagne, la courbe est plus en rondeur : la vague a été étalée, reflet d'une progression plus douce. En France, où la perte de contrôle a été massive, la vague est très abrupte, signe d'une croissance fulgurante plus longue.

22. En Corée du Sud, la courbe grimpe assez vite avec le foyer épidémique à Daegu, mais reste contenue à un niveau très faible (plus de 80 fois inférieur au pic français) :

23. On peut comparer la vitesse de départ du virus à un temps de doublement tous les 3 jours (soit une croissance de ~26% par jour), et regarder combien de temps un pays suit en moyenne cette trajectoire. En général, plus un pays la quitte tôt, moins il y a de dégâts.

23b. Même si ça peut varier après, car on peut ralentir l'épidémie plus efficacement au départ… mais stabiliser sur une vitesse de croisière plus élevée ensuite. La tortue finit par rattraper et dépasser le lièvre si celui-ci s'arrête de courir.

24. Ici, on voit que la Corée du Sud ralentit beaucoup plus vite et sort de cette trajectoire mortelle au 18è jour. La France, elle, y reste 40 jours — et ici, il n'y a que les décès à l'hôpital, si on ajoute le reste (Ehpad, domicile) ce serait encore un peu plus long.

25. Voilà l'origine de la différence massive dans l'ampleur de la vague entre les deux pays : la France a laissé filer le virus à toute vitesse dans la société pendant environ 3 semaines de plus, laissant donc l'exponentielle prendre une ampleur énorme.

26. Pour avoir une chance d'avoir un bilan aussi faible qu'en Corée du Sud, la France aurait dû confiner… avant même le premier décès communautaire* recensé, c'est-à-dire avant le 25 février.

*non importé

27. Exemple : c'est ce qu'ont fait la Norvège et la Finlande, qui ont confiné avant même leur premier décès recensé, respectivement le 12 et 16 mars. Bilan au 20/06 : 244 morts pour la Norvège, 326 pour la Finlande.

28. Retenons l'essentiel avec ces deux principes simples :

28b. Autre cas de figure : celui où certaines mesures sont prises à temps, mais mises au service d'une stratégie désastreuse de « laisser-faire au ralenti ». Au départ, le bilan est meilleur, mais au fil du temps l'effet de la sous-intervention apparaît pleinement.

29. Revenons à notre nombre de cas actifs. Un cas actif est contagieux, mais il ne va pas forcément transmettre : s'il a des symptômes, par exemple, il peut se mettre en quatorzaine après leur apparition. Ce qui nous intéresse, pour la dynamique de transmission, …

… ce sont les cas actifs qui circulent encore dans la population, et qui sont donc en situation d'infecter autrui (contrairement à un malade seul chez lui ou isolé à l'hôtel). On peut supposer qu'avec tout le battage autour du Covid, une bonne partie des cas symptomatiques…

… vont chercher à s'isoler au mieux. Néanmoins, il y a trois exceptions de taille :

• Ces symptomatiques peuvent transmettre à domicile aux autres membres du foyer ;
• Faute de FFP2 pour le personnel (merci Macron), les malades hospitalisés ont pu infecter des soignants.

• Les paucisymptomatiques (ceux qui ont peu de symptômes) peuvent ne pas reconnaître leur dangerosité potentielle, et continuer à circuler en société en imaginant simplement "couver un petit quelque chose". Ce cas de figure est dangereux, notamment chez les jeunes adultes.

33. Quant à eux, les a- et pré-symptomatiques n'ont aucun moyen de savoir qu'ils sont malades : leur statut "silencieux" les rend donc dangereux (particulièrement les pré-symptomatiques, la contribution des asymptomatiques est encore sujette à débat).

34. Reste aussi à déterminer la distribution temporelle exacte des transmissions : la contagiosité n'est pas égale au cours du temps, il semble y avoir un pic peu avant/autour de l'apparition des symptômes.

https://twitter.com/Panda31808732/status/1256308557558972418

34b. En tout cas, si l'on reprend le chiffre de ~10 000 cas actifs au pic en Corée du Sud, cela signifie que seuls quelques milliers de malades étaient réellement en situation d'infecter autrui (les autres étant isolés, notamment par traçage avec les quarantaines préventives).

34c. En France, une partie des cas actifs était aussi neutralisée en pratique (auto-isolement après symptômes, confinement après le 16 mars)… mais sur un volume de malades beaucoup plus haut, à 6 chiffres — ce qui laissait énormément de trous dans le filet.

35. Comment la Corée du Sud a-t-elle maîtrisé le virus ? Par la prévention (en agissant tôt) et en utilisant la méthode de base dans la lutte contre les maladies infectieuses : dépister, tracer, isoler.

36. Il n'y avait là-dedans rien de sorcier, rien de non-transposable. D'ailleurs, c'est ce que la France faisait au départ à petite échelle. Mais les autorités ont totalement loupé le départ de l'épidémie, contrairement à la Corée du Sud qui a vite vu l'incendie partir à Daegu.

37. L'OMS recommande d'utiliser cette méthode depuis le départ, dès janvier.

Pas mars : janvier.

Ici, la déclaration du Comité d'urgence sur le Covid (l'OMS avait déclaré l'urgence de santé publique de portée internationale la veille) :

38. Insistons : le fameux « test, test, test » du 16 mars n'est qu'un rappel de doctrine, pas un changement. Pour « détecter la maladie à un stade précoce », quelle autre possibilité que de dépister ? La sorcellerie, le chamanisme, la lecture d'entrailles de chauves-souris ?…

39. L'OMS n'a re-martelé ce message que parce qu'elle voyait certains manches à balai aux manettes faire n'importe quoi, perdre totalement le contrôle de l'épidémie et rater la quasi-totalité des cas en sous-dépistant. La France faisait évidemment partie des pays visés.

40. L'OMS n'aurait même pas dû avoir à rappeler cela. C'est comme balancer de l'eau sur un départ de feu, ça aurait dû être un réflexe naturel partout. La gestion de l'épidémie a été en-dessous de tout par endroits, les autorités y ont été d'une incompétence terrible.

41. Quel est l'intérêt de la stratégie de suppression (bloquer au maximum la circulation du virus) par utilisation de la méthode dépister-tracer-isoler après avoir fait baisser le nombre de malades en circulation ? Les avantages sont nombreux.

42. Avantage n°1, le plus évident : sauver un nombre massif de vies (cf. le graphique qui ouvre ce fil). Ici, par exemple, on voit tout de suite qui a décidé de bloquer la circulation du virus et qui a décidé de le laisser circuler au ralenti pour immuniser la population.

43. Protéger les plus vulnérables (soit plus de 25% de la population en France, par critère d'âge et de comorbidités) nécessite tout simplement de faire cesser la circulation en population générale. Les partisans de l'immunité collective pensaient qu'il suffirait de protéger…

… les plus vulnérables et de laisser les autres vivre leur vie. Sauf qu'on ne sait pas faire deux circuits de société étanches, et que le virus ne circule PAS où l'on veut : il suit la matrice de contacts et les flux existants de la société dans laquelle il se répand.

45. L'hécatombe dans les Ehpad illustre ce principe, avec des contacts incompressibles entre population moins/non-vulnérable (le personnel) et vulnérable (les résidents). Difficile, voire impossible de préserver des bulles sans Covid si la tempête virale sévit au-dehors.

46. On peut sanctuariser les Ehpad, mais il y a 17 autres millions de personnes à risque qui ne vivent pas en établissement (un milieu plus facilement contrôlable) et qui devront fatalement entrer en contact avec autrui.

On ne sait PAS faire deux sociétés étanches.

46b. Avantage collatéral : en évitant les contaminations, on évite aussi les formes sévères et les séquelles (il n'y a pas que les décès !). Moins il y a d'infectés, moins il y aura de cobayes, candidats malgré eux à la riante découverte de tels ou tels effets à long terme.

47. Avantage n°2 : il n'y a pas de vie sociale et économique possible sans maîtriser le virus. Même si nous sommes condamnés à vivre avec une épée de Damoclès au-dessus de nos têtes pendant des mois/années, mieux vaut employer une stratégie qui réduit durablement l'incertitude.

48. Marcher en permanence sur un fil tendu au-dessus de l'abîme, sous la menace constante d'un ré-emballement épidémique, va vite devenir pénible. Sans même avoir tout redémarré, on peut déjà avoir des flambées locales…

49. Qu'est-ce que ce sera quand on aura rouvert à 100% toutes les vannes — écoles, collèges, lycées, universités, bars, restaurants, discothèques, tourisme, etc. ? La marge d'erreur dont on dispose actuellement est faible alors même qu'on tourne encore au ralenti.

50. Avantage n°3 : gérer les importations et les évènements de super-propagation.

Du point de vue d'une localité donnée qui n'a pas/plus de Covid, des malades arriveront fatalement de temps à autre de l'extérieur, il faudra les gérer pour que l'étincelle ne prenne pas.

51. Il faut aussi gérer le scénario récurrent où un seul malade à nombre élevé de contacts infecte des dizaines, voire des centaines de personnes lors de tel ou tel évènement. Ces évènements de super-propagation, qui sont un moteur de l'épidémie (peut-être même le principal)…

… peuvent être éteints par une campagne de dépistage intensif après traçage. La Corée du Sud a ainsi récemment tracé un cas qui avait infecté plein de gens en boîte de nuit. En février-mars, un évènement de super-propagation (rassemblement religieux) avait été maîtrisé à Daegu.

53. Avantage n°4 : lorsque le nombre de cas est faible, on peut circonscrire plus facilement l'épidémie à un territoire réduit, et donc étouffer un par un les foyers de contagion en se concentrant dessus. On ne risque alors plus l'embrasement qui force au confinement généralisé.

54. Avantage n°5 : en rôdant cette méthode, on sera mieux préparés face à l'avenir — contre de futures grosses vagues qui pourraient déferler avant traitement ou vaccin, une éventuelle mutation du virus qui le rendrait encore plus contagieux… ou de nouveaux virus meurtriers.

55. Avantage n°6 : en gelant la situation épidémique à un niveau très bas, cette stratégie permet de gagner massivement du temps pendant que la science avance (et elle progresse vite) : amélioration de la prise en charge, traitement, vaccin…

56. Avantage n°7 : en traçant et donc en enquêtant, on découvre où et comment les gens se contaminent ! Ce qui permet d'accumuler des connaissances pratiques sur les situations à risque, donc de s'adapter et d'avoir une meilleure prévention (= moins de cas à terme).

57. Avantage n°8 : sur le plan international, c'est une stratégie altruiste : on évite d'arroser les voisins en malades. Tout le monde a intérêt à ce qu'il n'y ait plus de virus, donc tout le monde devrait faire de la suppression. CQFD.

58. La méthode dépister-tracer-isoler a bien été adoptée et mise en œuvre par le gouvernement, comme il l'avait annoncé le 19 avril, mais quel objectif stratégique sert-elle ? L'exécutif vise-t-il la suppression (autant que possible) du virus ?

59. Encore trop de cas passent à travers les mailles du filet pour cela (cf. plus bas).

Les objectifs doivent être plus ambitieux. Pour le 11 mai, ils voulaient que le R soit inférieur à 1 (réussi) et que le nombre de nouveaux cas/jour soit inférieur à 3000 (raté).

60. Mieux vaut viser moins de 1000 nouveaux cas par jour (idéalement, bien sûr, on veut tendre vers 0).

Avec une stabilisation autour de quelques milliers de nouveaux cas/jour (disons de 2 000 à 5000), on reste sur un plateau autour de 15-40 morts/jour jusqu'à nouvel ordre.

61. Mais ça, ce sera sans doute le point le plus bas du plateau. Si l'épidémie rebondit avant d'être remaîtrisée, on risque ensuite de stabiliser sur un plateau plus élevé. Si on reste par exemple à 50+ décès/jour pendant X mois, ça finira par chiffrer.

62. En se fixant un objectif maximum de 1000 nouveaux cas par jour, on aurait au plus 30 000 cas/mois, soit une stabilisation autour de 180 à 300 décès mensuels. On ramènerait donc le bilan annuel du Covid quelque part dans les eaux de la fameuse grippe saisonnière.

63. Sur quels facteurs peut-on agir pour tirer R vers le bas ?

On peut décomposer le taux de reproduction de base (R0, avant interventions et lorsque l'ensemble de la population est non-immunisée) en 3 facteurs :

R0 = D × p × C

D = durée moyenne effective de contagiosité (en jours)
p = probabilité moyenne d'infecter au cours d'un contact
C = nombre moyen de contacts par jour

65. Comme il y a eu interventions publiques et qu'une (petite) partie de la population a été immunisée, on devrait maintenant parler d'un taux de reproduction effectif (Re) :

Re = D × p × C × S

Où S = la fraction de la population susceptible d'être infectée (entre 0 et 1).

66. Pour baisser le R (ou Re, ou R(t) pour une date t donnée), on peut donc :

• Diminuer D, la durée effective de contagiosité
• Diminuer p, la probabilité d'infecter chaque contact
• Diminuer C, le nombre de contacts
• Diminuer S, la proportion de la population susceptible

67. En pratique :

• C va augmenter (car on rouvre de plus en plus) ;
• S, en l'absence de vaccin, ne va diminuer que lentement : on ne veut pas que beaucoup de gens soient infectés, sinon ça veut dire que le virus circule trop et se remet à tuer en masse.

68. Reste donc :

• La diminution de D par l'isolement des malades le plus tôt possible (c'est la valeur ajoutée du traçage des contacts) ;
• La diminution de p grâce aux mesures de prévention : port généralisé du masque, gestes-barrière, etc.

69. On peut aussi diminuer C par endroits en réorganisant la vie sociale pour éviter certains contacts.

Exemple : le télétravail, qui va diminuer C localement même si C repart à la hausse globalement.

70. Cette formule R = D × p × C × S explique pourquoi l'isolement des malades, les gestes-barrière, le port du masque à grande échelle, la distanciation sociale, l'interdiction des rassemblements, les fermetures et le confinement fonctionnent, en réduisant D, p ou C.

71. En particulier, le confinement met un gros coup de maillet sur C en explosant la matrice de contacts dans toute la société. L'électrochoc incite aussi à la vigilance, ce qui peut contribuer à diminuer p.

Étant donné que la distribution de C est très hétérogène…

72. … et qu'un évènement de super-propagation implique un pic local de contacts (au cours d'un évènement x ou y, un brassage de population entre un ou plusieurs infectés et des dizaines, voire des centaines ou même des milliers de gens susceptibles), l'annulation/interdiction…

73. … des grands rassemblements (festifs, sportifs, religieux, etc.) fait partie des premières mesures gouvernementales qui ont dû faire diminuer le R.

74. Tous les pays qui ont réussi la première vague ont employé une variante ou une autre de la méthode « prévenir, dépister, tracer, isoler ».

Les pays qui ont raté la première vague doivent/ont dû passer par une étape de plus pour redémarrer de bon pied : la purge.

75. Purger. — Comme la France a perdu le contrôle de l'épidémie au départ, elle a dû "purger" le stock de malades existant (le réservoir) pour ramener le nombre de cas actifs et de nouveaux cas à un volume gérable pour la méthode dépister-tracer-isoler.

76. Idéalement, il aurait fallu faire ça jusqu'à zéro (plus aucun malade), mais ça aurait mis le temps. En pratique, on va souvent se contenter de réduire significativement le stock.

Comment purger — réduire le nombre de malades en circulation ? Deux façons :

77. Méthode n°1, faire tourner la société au ralenti de sorte que le R reste inférieur à 1. En comprimant le taux de contact pendant des semaines, on a lentement vidé le réservoir qui avait atteint son point culminant peu après le confinement (cf. message 16 plus haut).

78. On obtient ainsi une purge collective à l'aveugle : c'est ce qu'on a fait pendant le confinement, et encore quelques semaines après, de sorte que nous sommes revenus en arrière au niveau du temps épidémique :

https://twitter.com/Panda31808732/status/1256306737113468929

79. Grosso modo, au 11 mai on en était revenus à début mars pour le nombre de cas actifs (contagieux) et à la dernière semaine de février pour le nombre de nouveaux cas quotidiens, mais avec Re < 1 au lieu d'un R0 autour de ou > 3.

Bref, une situation épidémique maîtrisée.

80. Méthode n°2, le dépistage universel : on teste tout le monde à une échelle donnée, et on sort tous les malades de la population (isolement).

C'est ce qu'il y a de plus élégant, mais on ne peut pas (encore ?) faire cela à l'échelle d'un pays entier.

81. Le précédent empirique de Vò, une ville de 3300 habitants en Italie, illustre l'efficacité de cette méthode (messages 89-91) :

https://twitter.com/Panda31808732/status/1244356431459090432

82. Maintenant que la proportion de la population activement contaminée est faible, peut-être pourrait-on tenter un dépistage universel à grande échelle en groupant les tests pour économiser les réactifs (cf. message 99 plus bas).

83. Les autorités à Wuhan disent avoir testé 9 millions de personnes en 10 jours ainsi. Il faudrait une organisation colossale, mais la piste est à creuser pour purger les départements ou régions les plus touchés.

abc.net.au/news/2020-05-2…

84. Il faut voir la purge comme un investissement. Si on ne la fait pas cet été, il faudra la faire plus tard (et peut-être plus durement, avec du reconfinement local), ou supporter de "vivre sur le fil" avec une activité épidémique plus élevée.

85. Il faudrait purger le réservoir avant la rentrée en septembre. On voit mal comment on pourrait rouvrir sans problèmes toutes les vannes, notamment avec l'énorme brassage qu'implique le système scolaire (surtout si les vacances sèment du virus un peu partout).

86. Ça éviterait aussi de devoir fermer des établissements scolaires tous les 4 matins à chaque cas ou suspicion de cas, même si un coup de dépistage universel devrait permettre de rouvrir assez vite toutes les structures temporairement fermées pour détection/suspicion de Covid.

87. À l'avenir, s'il faut reconfiner tel département, telle région ou telle ville pour réduire le nombre de malades en circulation, 2 à 3 semaines devraient suffire pour obtenir de bons résultats si l'on organise bien les choses pour avoir un R très bas, sous 0,6.

88. En couplant cela avec une campagne de dépistage universel, on doit même pouvoir réduire le temps de reconfinement nécessaire et quasi-éradiquer le virus sur une localité donnée. D'après le papier suivant, à Vò, le R était ainsi passé de 3 à 0,14.

medrxiv.org/content/10.110…

89. Prévenir. — Le malade le plus facile à traiter, c'est celui qui n'existe pas.

Les mesures de prévention sont les plus importantes ! En haut du panier devrait figurer le port du masque lorsqu'on sort de chez soi pour interagir avec autrui.

90. Le port quasi-systématique du masque est une petite révolution culturelle dans la société française.

Le gouvernement devrait dire franchement : lorsque vous sortez et que vous allez côtoyer de façon prolongée des gens ou interagir avec eux, portez un masque.

91. Les masques doivent être gratuits ! S'il y a un problème d'argent, il n'y a qu'à créer un Impôt de Solidarité sur la Fourniture de masques : ISF, ça sonne bien…

Maintenant qu'on a passé le plus gros de l'étape pénurie, il faut être sérieux et fournir des chirurgicaux.

92. Par exemple, pour les élections, le Conseil scientifique précisait qu'il ne fallait pas faire porter des masques "grand public" aux membres du bureau les plus exposés : ils partent donc du principe que les chirurgicaux sont plus efficaces.

solidarites-sante.gouv.fr/IMG/pdf/avis_c…

93. Vu la probable transmission du virus par aérosols (des particules qui peuvent rester en suspension dans l'air, et que l'on produit simplement en respirant ou parlant), la circulation de l'air fait partie des mesures de prévention (messages 181-184).

https://twitter.com/Panda31808732/status/1256312301638082560

94. La règle de prévention la plus importante : les gens doivent comprendre comment on se contamine ! Ainsi, ils pourront adapter d'eux-mêmes leur comportement.

95. Une bonne campagne de prévention devrait répertorier les situations courantes à risque (face-à-face sans masque, lieux clos et mal aérés, possibilité d'aérosolisation, cris/chants/rires, rassemblements, exposition prolongée, etc.) et apprendre aux gens à les gérer.

96. Face au sempiternel thème du "relâchement" et à l'approche "gestion de troupeau indiscipliné" qu'affectionnent la presse à deux neurones et les autorités, rappelons que tout ne se réduit pas à une addition de comportements individuels.

97. La responsabilité individuelle existe, mais la responsabilité plus grande encore de ceux qui ont le pouvoir de redéfinir le cadre, les règles et les situations aussi. Pour réussir, la réorganisation collective est fondamentale.

Bref : la société existe.

98. La répression débile, les jugements de morale et la culpabilisation ne servent à rien. Les bonnes campagnes de prévention éduquent, traitent les gens comme des adultes et leur apprennent à réduire les risques (partir sur un modèle d'abstinence totale = échec assuré).

99. On resuggère la technique du regroupement de tests pour décupler la capacité de dépistage en économisant des réactifs. La mise à disposition d'un test salivaire fiable et rapide serait plus que bienvenue.

pourlascience.fr/sr/covid-19/fa…

« Cho Sung-il, professeur en épidémiologie des maladies chroniques à l'Université Nationale de Séoul, avance que de telles analyses regroupées pourraient aider à tester un pourcentage bien plus grand des personnes qui ont le plus de contacts sociaux »

ft.com/content/d68d62…

101. Où dépister ? En plus des Ehpad et des hôpitaux, de bonnes cibles pour des campagnes de dépistage pourraient être : prisons (et CRA), foyers surpeuplés, quartiers populaires à fort taux de logements surpeuplés, abattoirs, lycées, etc.

(Des lieux à contacts prolongés.)

102. Pour savoir dans quels départements dépister en priorité, il suffit de suivre la trace du virus (nouvelles hospitalisations, nombre brut de tests positifs et taux de positivité des tests). La carte de la prévalence n'a pas dû bouger des masses.

103. En Outre-Mer, l'épidémie en Guyane et à Mayotte pourrait être arrêtée par la méthode décrite plus haut (mesures de restriction + dépistage universel) si les capacités matérielles de le faire étaient là…

104. Tracer les contacts. — Santé Publique France définit ainsi un contact (définition mise à jour le 7 mai) :

105. Il y a, dans la façon dont certains pays tracent les malades, des aspects inutilement intrusifs. Il ne faut pas les reproduire (si jamais le débat se pose à l'avenir...). Les malades ne doivent pas se sentir fliqués, sinon ils esquiveront le système.

106. Avant même de convoquer Big Brother et toute la panoplie numérique : le traçage peut s'effectuer manuellement, en demandant simplement au malade qui il a vu, où il est allé, etc. Il faut en revanche plus de moyens humains qu'avec un dispositif semi-automatisé.

107. La vitesse de la procédure étant la clé pour isoler les malades plus tôt, les délais {apparition des symptômes → dépistage → résultat → traçage} doivent être réduits au minimum, idéalement moins de 2-3 jours en tout.

https://twitter.com/Panda31808732/status/1256310705101238278

108. Le traçage, surtout quand le système est sous tension, doit se focaliser en priorité sur (a) de potentiels évènements de super-propagation et (b) le pic de transmission (les 4-5 jours où on est le plus contagieux) des personnes à fort taux de contact.

109. Concernant les évènements de super-propagation, il faut sans doute tracer non seulement les contacts, mais aussi les contacts des contacts pour couper les chaînes de transmission secondaires (cas index → cas secondaire → génération suivante) si on le voit tard.

110. Tracer systématiquement à l'envers, c'est-à-dire chercher la source du cas index, permettrait aussi de trouver rapidement l'ancêtre commun le plus récent et de s'en servir pour couper toutes les branches épidémiques correspondantes.

https://twitter.com/nataliexdean/status/1267887741439803392

« "Les investigations se font dans les deux sens. Nous cherchons à savoir par qui la personne a été contaminée et surtout qui elle aurait pu contaminer à son tour", détaille la directrice de l'ARS en Ardèche. »

Un bon point si c'est fait partout.

france3-regions.francetvinfo.fr/auvergne-rhone…

112. Le mois dernier, la Corée du Sud a effectué 83 000 tests autour d'un foyer à Itaewon, déclenché par un seul malade, un homme de 29 ans qui avait fait la tournée des bars et discothèques à Séoul.

koreatimesus.com/club-linked-vi…

113. Cet homme avait été testé positif le 6 mai.

Au 26 mai, autour de 250 malades (~90 directs, les autres indirects) avaient été trouvés au cours de cette campagne de traçage, soit plus de 300 tests par cas confirmé.

114. Le cas est particulièrement intéressant parce qu'il illustre les difficultés pratiques dans l'exercice du traçage. Il se trouve que cet homme de 29 ans était homosexuel. Homophobie oblige, un certain nombre de personnes-contact ne voulaient donc pas être "affichées".

Or, avec le traçage… Les gens savaient que tout cela s'était passé dans un endroit étiqueté "quartier gay," une vague d'homophobie a déferlé, etc.

En matière de traçage, il faut donc composer avec les situations "compromettantes" qui pourraient inciter les gens à esquiver.

116. De même, on pourrait aussi évoquer le fait que les populations frappées de racisme sont plus facilement négligées ou moins prises au sérieux, etc.

Les discriminations de toute nature attisent tout simplement le risque sanitaire (messages 158-160).

https://twitter.com/Panda31808732/status/1256311057468944385

117. Nos sociétés sont structurées autour d'un certain nombre de systèmes discriminatoires séculaires. Ces discriminations et inégalités sont autant de barrières, d'obstacles et donc de retards potentiels dans la lutte contre le virus.

118. Les malades doivent avoir confiance dans le processus : respect de la confidentialité, assurance de ne pas être stigmatisés, etc. Sinon, ils mentiront ou feront de la rétention d'information (ou même n'iront pas se faire diagnostiquer !), et on perdra du temps.

119. Il faut une campagne pour inciter les gens à se faire dépister systématiquement même en cas de simple suspicion, même s'ils ne sont pas personnellement à risque ; pas que pour eux individuellement, mais pour participer à l'effort collectif de lutte dans la traque du virus.

120. En raison du taux élevé de faux négatifs en période pré-symptomatique et des délais de résultat, mieux vaut placer en quarantaine préventive (au moins pendant quelques jours) les contacts les plus susceptibles d'avoir été infectés.

https://twitter.com/AdamJKucharski/status/1260839061318705152

121. Le revenu des gens placés ainsi en quarantaine doit être maintenu à 100%, sinon certains (notamment les catégories mal ou non couvertes) seront tentés/forcés de ne pas respecter cet isolement et de continuer à travailler pour raisons financières.

122. Ce système de veille sanitaire prévenir-dépister-tracer-isoler doit être maintenu jusqu'à obtention d'un traitement efficace, ou d'un vaccin, ou à jamais dans les scénarios sales où le virus s'avère "invaccinable" et s'établit comme invité régulier avec une souche menaçante.

123. Un point sur l'épidémie en France avant de parler de la situation actuelle depuis le début du déconfinement le 11 mai.

Au 26/06, 29 778 décès ont été recensés, à quoi il faut rajouter les décès à domicile (si l'on en juge d'après les chiffres de surmortalité de l'Insee, sans doute entre quelques centaines et peut-être 3000). Pour les calculs ci-dessous, j'ai rajouté ~2000 décès à domicile.

125. En supposant un taux de létalité réel situé autour de 1% {entre 0,8 et 1,2%}, le nombre total de contaminations s'élèverait actuellement à 3,3 millions {entre 2,8 et 4,3 millions}, soit 4,9% de la population française {entre 4,2 et 6,4%}.

126. Allez, comme les résultats de la séro française mettent des plombes à arriver, on essaye de cartographier la prévalence par régions fin mai. On tente la décimale (sinon, ce n'est pas drôle). Entre crochets, un intervalle qui me paraît crédible.

127. Les moyennes régionales peuvent, bien sûr, cacher de fortes disparités entre départements. Dans le Grand Est, par exemple, il doit y avoir un rapport de 1 à 3 entre la prévalence dans les Ardennes et dans le Haut-Rhin.

128. Comme l'épidémie est en cours en Guyane et à Mayotte, l'exercice aurait moins de sens. Ça n'a pas l'air bien parti du tout en Guyane, je pense qu'elle finira dans les départements les plus touchés.

104 300 hospitalisations avaient été recensées au 26 juin. Le taux d'hospitalisation français se situerait donc autour de 3,2% {entre 2,4 et 3,7%}.

(La publication finale Pasteur trouvait 3,6%.)

Combien y avait-il de cas actifs au 11 mai ? En partant sur une fourchette large, entre 70 et 100 000, soit autour de 1 personne sur 800 (la proportion étant plus haute dans les régions plus touchées). La purge ayant continué, on a dû descendre sous les 40 000 début juin.

131. Combien y avait-il de nouveaux cas au 11 mai ? Dans son discours du 28/04, sans doute basé sur la pré-publication Pasteur, Philippe en prévoyait « de 1000 à 3000 ». Début mai, un responsable de Santé Publique France avançait « de 3000 à 4000 ».

lemonde.fr/sciences/artic…

132. Dans leur publication finale, les chercheurs de l'Institut Pasteur avaient révisé à la hausse leur calcul et trouvaient 3900 nouveaux cas au 11 mai, avec 95% de chance que la valeur soit comprise entre 2600 et 6300.

science.sciencemag.org/content/early/…

133. Au 11 mai, au vu des décès et hospitalisations postérieurs, j'en vois entre 7000 et 8000.

En supposant un délai moyen infection—décès de 21 jours : du 29 mai au 4 juin, la moyenne des décès recensés à l'hôpital était de 54, en tout 57 avec la remontée lissée des Ehpad.

En partant sur un taux de létalité de 0,8% (baisse en raison de l'accalmie en Ehpad) : 1 décès → 125 cas
57 décès → 7125 cas {de 5700 à 9500 pour un taux de létalité entre 0,6 et 1%}

135. En supposant un délai moyen infection—hospitalisation autour de 13 jours, le nombre de nouveaux cas au 11 mai nous est donné par les nouvelles hospitalisations autour du 24.

Du 22 au 26 mai, la moyenne des nouvelles hospitalisations était de 255.
En partant sur un taux d'hospitalisation de 3,2% : 1 hospitalisation → 31 cas
255 hospitalisations → 7900 cas {de 6400 à 10 200 pour un taux entre 2,5 et 4%}

137. Le seuil de 3000 nouveaux cas/jour de Philippe était donc largement dépassé.

138. Heureusement, le calcul gouvernemental {cas/jour × 25 × 7} était basé sur une société qui tourne normalement. Sinon, il aurait fallu autour de 1,3 millions de tests/semaine hors marge…

https://twitter.com/Panda31808732/status/1258409809407336453

139. Dans son point épidémiologique du 29 mai, Santé Publique France rapporte le chiffre de 216 891 tests effectués du 18 au 24 mai — à comparer au 700 000 théorique que le gouvernement avançait initialement au 11 mai. Les chiffres sont depuis restés dans ces eaux.

140. Dans un entretien paru le 27 mai dans La Croix, le directeur général de l'Assurance maladie note que le dispositif de traçage « fait face, pour l’instant, à un nombre de patients positifs et de "cas-contacts" moins important que prévu ».

la-croix.com/France/circula…

141. Alors que le calcul de Philippe prévoyait jusqu'à 20 à 25 contacts par cas (c'est ce que donnait à peu près le traçage de contact à Singapour et Taïwan), la réalité s'avère inférieure : à peine 3 contacts à tracer en moyenne !

142. Ce constat appelle plusieurs réflexions.

Au niveau du taux de contact, la société tournait toujours au ralenti. Pour l'instant, le traçage s'effectue par temps calme. Mais naviguer par beau temps et par mer agitée sont deux exercices très différents.

143. Les 6500 agents actuellement employés ne suffiront pas en cas de rebond épidémique général dans une société qui tourne normalement, il faut avoir la possibilité de monter en puissance très rapidement si nécessaire (idem à une échelle locale).

francetvinfo.fr/sante/maladie/…

8000 cas ont été tracés du 13 au 25 mai. En supposant un délai moyen de 10 jours entre infection et traçage (5 jours d'incubation + délai de consultation du médecin + test + résultats + traçage), ces cas correspondaient à peu près à de nouvelles infections allant du 3 au 15 mai.

145. Du 3 au 15 mai, environ 100 000 nouveaux cas sont apparus en France. 8000 cas tracés sur 100 000 : cela signifierait qu'une part considérable des cas (plus de 90%) échappe au dispositif.

146. Il n'y a pas 36 raisons possibles à cela :

(a) les asymptomatiques y échappent naturellement (faute de symptômes, ils ne peuvent pas se signaler d'eux-mêmes) ;
(b) le non-recours, c'est-à-dire que les gens ne rentrent pas dans le parcours de dépistage-traçage.

147. Si vous ne consultez pas de médecin, vous ne pouvez pas rentrer dans le parcours de traçage.

Est-il naturel, pour des gens relativement jeunes et en bonne santé, d'initier une démarche un peu "lourde" pour des symptômes légers, dont ils peuvent même parfois douter ?

148. Quid des réticences face à la procédure ? L'aversion sociale à la consultation d'un médecin, qui peut être massive, a-t-elle suffisamment été prise en compte ? Il faut multiplier les endroits où l'on peut venir se faire tester rapidement, sans prescription ni questions.

149. Quant au taux d'asymptomatiques, est-il régulier au cours de l'épidémie ? La grosse étude séro espagnole avait trouvé 26% d'asymptomatiques ; la seconde vague de la même étude, autour de 33% ; la méta-analyse suivante trouve 15% {entre 12 et 18%}.

medrxiv.org/content/10.110…

150. Cette prépublication italienne trouve, en revanche, 69% d'asymptomatiques ; c'est énorme (les symptômes sont limités aux signes respiratoires et à la fièvre… mais quand même). L'âge accroissait la probabilité de développer des symptômes.

arxiv.org/ftp/arxiv/pape…

151. Il y a une difficulté sur la définition des symptômes, assez larges, qui peut conduire à classer à tort comme asymptomatiques des gens qui ont des symptômes atypiques ; sans compter les études sans suivi qui confondent asymptomatiques et pré-symptomatiques.

152. Ainsi, alors que la moitié des malades du Charles-de-Gaulle étaient asymptomatiques au moment du test, seuls 13% le sont restés au final.

De même, le taux de 43% d'asymptomatiques trouvé en Islande au moment du test signifie donc "moins de 43%".

https://twitter.com/Gjpvernant/status/1262302086013878272

153. Vu l'incertitude sur la proportion exacte d'asymptomatiques, on va partir sur une plage assez large, disons de 15 à 50%. Sur nos 100 000 nouveaux cas en France, du 3 au 15 mai, cela donnerait de 15 à 50 000 cas asymptomatiques.

A priori, pas de quoi justifier que l'on ne trouve que 8000 cas à tracer : avec une efficacité parfaite du système de dépistage-traçage, on aurait dû tracer entre 50 et 85 000 symptomatiques. Même avec un taux énorme d'asymptomatiques (ex. 80%), on aurait dû tracer 20 000 cas.

155. J'en conclus que le dispositif de traçage loupe la majorité des cas symptomatiques par non-recours.

156. Suivant le principe « la dose fait le poison », si la sévérité des formes est liée à la dose de virus que l'on reçoit, on pourrait aussi faire l'hypothèse que le taux d'asymptomatiques varie au cours de l'épidémie et augmente par temps calme.

157. La contagiosité elle-même pourrait être dynamique au cours de l'épidémie, ce qui expliquerait un phénomène d'auto-emballement en phase de croissance (doses plus élevées → formes plus sévères → plus grande contagiosité → plus de malades très contagieux, etc.)…

… et, inversement, un phénomène d'auto-accalmie en phase de décroissance.

En quelque sorte, ce principe « la dose fait le poison » radicaliserait la pente (ascendante ou descendante) sur laquelle se trouve la circulation du virus.

159. Autre hypothèse, qui se combine d'ailleurs très bien avec la précédente, le virus circule dans une population plus jeune et en meilleure santé (car les gens fragiles, par prudence, auraient réduit leurs contacts), laquelle développe donc des formes plus légères.

160. On peut en trouver un indice dans la baisse du taux d'entrée en réanimation au fil du temps.

161. Moins de formes sévères en raison de modes d'exposition différents — l'aérosolisation est sans doute en forte baisse depuis que l'on se méfie des lieux clos ? Dose moyenne moins élevée ? Politique d'hospitalisation plus large ?

161b. Nouvel hospitalisé moyen statistiquement plus jeune et en meilleure santé parce que les personnes vulnérables sont restées à l'écart ? Meilleure prise en charge ? Un peu de tout cela ?

162. En supposant que la Corée du Sud a un taux de létalité standard (autour de 0,6%), ils ont réussi à détecter environ 25% des cas. Je dirais que la France détecte autour de 16% des cas depuis le déconfinement. Pas mal, mais peut mieux faire.

163. La possibilité d'un réservoir largement asymptomatique ne fait que confirmer l'importance de grosses campagnes de dépistage, ainsi qu'une approche agressive et volontariste : ne pas attendre que le virus vienne à soi, mais aller le chercher.

164. Il faut déterrer ces chaînes de transmission, discrètes ou invisibles, qui font la persistance de l'épidémie. On en avait parlé ici (messages 117-137).

https://twitter.com/Panda31808732/status/1256308560079683585

165. Cela suppose de travailler le terreau épidémique de deux façons : (a) un travail d'extraction classique, à la main, des cas symptomatiques et (b) de gros coups de rateau qui visent à ramasser large et attraper à la volée des asymptomatiques.

166. Les 210 à 240 000 tests par semaine conduits par la France sont, du point de vue (b), très insuffisants. 230 000, c'est ce que le Royaume-Uni dit avoir fait… en un jour, mardi dernier. Leur moyenne est plus autour de 160 000/jour, mais quand même.

https://twitter.com/DHSCgovuk/status/1275804709559902208

167. Le gouvernement a justifié l'absence des 700 000 tests par "une plus faible circulation du virus qu'attendue" : pur baratin. Comme on l'a vu, dans leur formule {nouveaux cas/jour × nombre de contacts × 7j} qui justifiait le 700 000 tests/semaine, c'est le faible nombre…

… de contacts (3 au lieu de 25), et non le nombre de nouveaux cas/jour, qui expliquait les moindres besoins. Les nouveaux cas par jour, eux, étaient au-dessus des 3000 attendus : le virus ne circulait pas moins mais plus que prévu.

169. Et quand bien même il aurait moins circulé, absolument rien n'empêche de faire des centaines de milliers de tests supplémentaires pour chercher activement le virus ! La Corée du Sud fait 300 tests par cas confirmé. Avec le même taux, on en ferait 150 000 par jour.

170. Ô miracle, que vois-je ? 5 mois après le début de l'épidémie, Olivier "Si l'on avait testé absolument tout le monde, on aurait eu peu ou prou le même nombre de malades" Véran aurait-il enfin compris l'intérêt du dépistage ??

francetvinfo.fr/sante/maladie/…

On resuggère un sondage-test roulant quotidien. Vu la faible prévalence actuelle (1 sur 2500 à 3500 ?), il faudrait un gros échantillon pour trouver quelques cas. Les Anglais en ont trouvé 14 sur 24 256 à leur dernier sondage-test.

https://twitter.com/Panda31808732/status/1256311588887257088

ons.gov.uk/peoplepopulati…

On peut aussi recueillir anonymement des données sur les gens qui ont des symptômes évocateurs du Covid, et regarder si la proportion est stable ou augmente. On disposera ainsi d'un deuxième indicateur aussi rapproché que possible du début de l'infection.

https://twitter.com/PascalMarichal1/status/1261639879521439746

171c. Santé Publique France fait ça sur covidnet.fr — pour l'instant, il y a 6000 participants/semaine.

Ils devraient faire de la publicité autour pour en avoir des dizaines de milliers, la mesure serait meilleure.

172. Pour vérifier si la circulation actuelle est particulièrement silencieuse, je pense qu'il faudrait procéder à un dépistage universel à l'échelle d'un département, et regarder le % de malades (en le comparant à ce qu'on attendait), le taux d'asymptomatiques et l'âge moyen.

173. Je propose le territoire de Belfort. Très dense, 150 000 habitants (donc numériquement faisable), et ç'a été l'un des départements les plus touchés en raison de la proximité avec Mulhouse. On écouvillonne plus de 100 000 personnes, et on regarde ce qui revient.

173b. Ils ont l'air de vouloir faire ça dans des communes en Île-de-France, dont acte. La date de péremption des réactifs aura accompli des miracles...

francetvinfo.fr/sante/maladie/…

174. Je pense qu'il faudra reproduire cela à l'échelle du territoire entier. Je ne vois pas d'autre solution. Pour purger le réservoir, il faut dépister en masse, par millions, en regroupant plus ou moins les tests selon la probabilité attendue d'un retour positif dans le lot.

175. En procédant à 2 ou 3 vagues de dépistage massif (on pourra resserrer au fur et à mesure sur les lieux et profils les plus intéressants), on arriverait à purger assez largement le réservoir, même s'il y aura des résidus.

On pourrait alors atteindre moins de 1000 nouveaux cas par jour, et on gèle la situation épidémique à ce niveau. Dès qu'on voit que ça remonte, on envoie un signal de vigilance à la population, on réintroduit les mesures les moins gênantes baissant le taux de contact, etc.

177. C'est la raison pour laquelle il faut absolument un test salivaire fiable (s'il y a trop de faux résultats, ça ne sert à rien) disponible en masse, pour contourner le problème de la limite en écouvillons. Le regroupement permet d'économiser les réactifs.

178. Les îles sont des candidates naturelles à l'éradication totale (on gèle ensuite la situation par endiguement des imports : dépistage/quarantaine). La Corse et les îles d'Outre-Mer pourraient viser zéro malade sur leur territoire… à condition d'en avoir les moyens matériels.

179. Même si le réservoir a bien fondu depuis mars (il est passée sous les 0,1% de la population en mai), il reste le fond de la cuve à purger.

180. Dans les prochaines semaines, on peut craindre une stabilisation du réservoir : le nombre de malades en circulation ne baisserait plus, voire se remettrait à augmenter un peu du fait de la phase 2 du déconfinement, où le taux de contact va sans doute grimper.

181. (La phase 1 était légère de ce point de vue.)

On verra.

En profitant du répit estival, l'enjeu est de vider le réservoir autant que possible pour préparer les saisons froides d'intérieur qui arrivent.

182. L'épidémiologiste Antoine Flahault :

liberation.fr/france/2020/06…

183. Lorsque la Corée du Sud a tenté de lever les mesures de distanciation sociale, ils ont vite fait face à des problèmes malgré un fond de cuve bien plus mince qu'ici — ils étaient descendus à un petit millier de cas actifs à la mi-mai (1 sur 50 000…).

https://twitter.com/Panda31808732/status/1266115413030645762

184. Bon, après, ce qu'ils appellent "deuxième vague", c'est du 40-50 cas recensés par jour (soit ~160-200 réels chez eux). Chez eux, il y a rebond de l'épidémie quand ils en sont à 5% du niveau de la première vague française finissante — à chaque pays ses standards…

185. Je ne vois pas de scénario dans lequel la deuxième vague monterait aussi haut qu'en mars-avril. L'intensité meurtrière de la première vague est le fruit de l'échec total du système de détection et de la réaction catastrophiquement tardive du pouvoir.

186. Je ne vois pas comment cette combinaison d'erreurs monstrueuses, qui a permis à l'exponentielle de prendre une ampleur énorme, pourrait être répétée. Les ARS ont les moyens de voir quand l'épidémie devient hors de contrôle, lorsqu'il y a transmission communautaire…

… c'est-à-dire lorsqu'un ou des foyers de contamination débordent et arrosent tout un territoire en malades dont on ne parvient plus à trouver la provenance. C'est pour éviter ce scénario que l'Allemagne a reconfiné le canton où se situe le gros foyer de l'abattoir.

188. Cela dit, certaines choses me chiffonnent.

Premièrement, leur gestion de la Guyane a l'air de répéter les mêmes erreurs : leur réaction arrive tard, alors qu'on sait depuis 3 à 4 semaines que ça décolle.

189. Deuxièmement, ici Véran dit avoir prévu un plan pour pouvoir monter jusqu'à 12 000 lits de réa. Pour quoi faire ? Il compte encore perdre le contrôle de l'épidémie et bourrer les réas avec des milliers de malades Covid ?

https://twitter.com/olivierveran/status/1276407559977648129

190. « Non, mais c'est au cas où… » — D'accord, mais pourquoi aurait-on jamais besoin de monter jusqu'à 12 000 lits de réa Covid ? Des milliers de lits, ça ne se remplit pas en un jour ; ça prendrait des semaines de monter aussi haut. On resterait les bras croisés en attendant ?

191. Véran évoque la possibilité d'accueillir jusqu'à 30 000 malades en réa. 30 000 !! Il est dingue ? Au pic de la première vague, on était à un peu plus de 7000 lits occupés par des patients Covid.

On ne doit jamais avoir besoin d'autant de lits, même "au cas où," car la circulation du virus doit TOUJOURS rester sous contrôle. Je suppose — j'espère — qu'il est simplement en train de montrer les muscles et de faire de la com' en comptant sur l'ignorance de son auditoire.

193. Le défi de la deuxième vague n'est pas de surdimensionner l'hôpital pour une crise que l'on ne doit jamais laisser reprendre de telles proportions. Il devrait plutôt être de limiter la circulation du virus sans fermer trop d'endroits.

194. À cet égard, les deux dangers principaux sont l'incompétence de la bureaucratie Macron, évidemment, et l'aversion politique à la remise en place de mesures de restriction.

195. Il faut aussi une grande campagne de prévention. Avec une prévention réussie, on réduit la circulation en population générale, ce qui protège naturellement la population fragile. On ne doit pas condamner des millions de gens à s'auto-confiner pendant des années !

196. Pour que la pointe fonde, il faut réduire la partie immergée de l'iceberg. Pour protéger les vieux, il faut déplacer la vue sur les 2 générations suivantes. Moins de cas sévères suppose moins de cas tout court.

On ne sait pas séparer la société en deux circuits étanches.

197. Conceptuellement, les formes sévères doivent être pensées comme de petits satellites qui tournent autour d'un immense corps céleste composé de formes légères à modérées (dont une part significative de formes asymptomatiques).

198. C'est en quelque sorte paradoxal (en fait pas tant que ça), mais pour réduire les formes sévères, il faut surtout pister les formes légères. Il faut sortir du "sévéro-centrisme". Les 20-50 ans font la fête dans les bars, et 5 semaines plus tard les Ehpad sont en feu.

199. Il faut purger au maximum le réservoir avant septembre.

Un peu comme le capital chez Marx, le SARS-CoV-2 a son armée de réserve. C'est à partir d'elle qu'une seconde vague pourrait se développer à partir de l'automne.

200. Quasiment tous les pays qui ont réussi à gérer le mieux le virus ont combiné un arsenal de mesures préventives (prises très tôt pour éviter que le virus ne prenne racine et n'essaime en silence dans la population) et l'utilisation de la méthode dépister-tracer-isoler.

201. Certains de ces pays n'ont pas hésité à confiner préventivement, avant même le premier décès recensé, pour gagner du temps. Aucun n'a laissé circuler le virus, même au ralenti, pour tenter de bâtir une immunité collective à la dure.

Hormis un confinement que l'on cherche évidemment à éviter autant que possible, la méthode prévenir + dépister-tracer-isoler est la seule à avoir fait ses preuves pour geler la situation épidémique à un niveau très bas, et donc permettre une certaine continuité de la vie sociale.

La remontée minutieuse des chaînes de transmission n'est possible que si le nombre de nouveaux cas quotidien reste bas, ce qui suppose un faible nombre de malades en circulation. Si la coupe déborde trop, les moyens humains/matériels engagés sont vite dépassés (comme en février).

204. Les chaînes de transmission peuvent être plus ou moins bruyantes, discrètes ou invisibles. Aucune stratégie de suppression ne peut fonctionner sans gérer d'une manière ou d'une autre le problème des asymptomatiques.

205. Je ne vois pas d'autre moyen qu'un dépistage massif (ciblé sur les groupes à risque et les lieux où se nouent le plus de contacts) couplé au maintien dans le temps des mesures de prévention.

206. Les épidémiologistes se penchent actuellement sur l'hétérogénéité dans la transmission du virus en cherchant à calculer le paramètre de dispersion, noté k, du SARS-CoV-2. Si celui-ci s'avérait bas (il l'était par exemple pour le SARS-CoV-1)…

… cela signifierait qu'un petit nombre d'infectés cause la grande majorité des infections. C'est ce que l'on appelle la règle empirique des 20/80, ou principe de Pareto : 20% des malades provoqueraient 80% des transmissions.

(Les chiffres 20 et 80 sont assez arbitraires, l'idée à retenir étant l'asymétrie entre minorité des causes et majorité des effets.)

L'épidémie serait donc alimentée par des évènements de super-propagation, où un malade infecte beaucoup de gens.

Le taux de reproduction, R, est une moyenne qui peut cacher une distribution très hétérogène. Ainsi, pour R = 3, un certain nombre de malades infectent 0, d'autres 1, 2, etc. tandis que d'autres infectent 10, 15, 20, etc. Il y en a peu, mais ils peuvent contribuer beaucoup.

210. Quel que soit le degré d'hétérogénéité dans la transmission du SARS-CoV-2, l'avantage d'une traque agressive du virus, c'est qu'en cherchant à casser les chaînes de transmission partout, elle permet d'éteindre les petites flammes comme les gros brasiers.

211. Pour l'heure, la société tourne encore au ralenti mais la réouverture et la fréquentation d'un nombre croissant de lieux vont faire augmenter le taux de contacts dans la société française, faisant pression à la hausse sur le R.

212. Nous avons 2 mois devant nous pour nous préparer et éviter un bond épidémique à la rentrée. La période automne-hiver semble particulièrement propice à une deuxième vague (sans doute vaut-il mieux parler de rebond épidémique en cas de remontée cet été) : le maximum…

… de lieux de brassage social (système scolaire, loisirs, etc.) auront rouvert, ce sont des saisons d'intérieur, et la vigilance aura peut-être baissé parce que le danger sera perçu comme plus lointain (effet d'habituation, fatigue vis-à-vis des restrictions).

214. Purger aussi largement que possible le réservoir estival permettrait de diminuer l'ampleur d'une seconde vague automnale/hivernale. En partant de plus loin, l'épidémie mettrait plus de temps à remonter en puissance, ce qui nous laisserait plus de temps pour la maîtriser.

Avec la méthode prévenir-dépister-tracer-isoler, on peut espérer geler la situation épidémique à un niveau bas, et maîtriser indéfiniment le virus jusqu'à obtention d'une solution définitive. Cela dit, des restrictions supplémentaires seront peut-être nécessaires dès cet automne.

216. À cette heure, personne ne peut prévoir avec certitude l'évolution ou la fin de cette pandémie. Tous ceux qui claironnent haut et fort que l'épidémie est finie et qu'il n'y aura pas de deuxième vague sont des charlatans.

217. Espérons le meilleur, préparons le pire.

On peut maîtriser ce virus… à condition de rester prudents. Le comportement humain est la clé d'une épidémie.

Nous ne sommes pas ici…

… mais là.

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[Lien vers la version HTML] Plaidoyer pour une stratégie de suppression.

threadreaderapp.com/thread/1277322…