1/n Covid19. A la recherche de la connaissance et de la nuance perdues. Thread.
2/n Cela a été peu dit, alors il faut que je le dise, ce qui m'a le plus étonnée en m'intéressant à cette pandémie c'est la profondeur abyssale de l'ignorance ambiante sur la cinétique des épidémies, que nous subissons pourtant des millénaires.
3/n C'est sans doute le reflet de défauts profonds dans la conceptualisation des épidémies et d'une orientation de la recherche qui s'éloigne de plus en plus des sciences fondamentales, comme j'ai eu l'occasion de le dire, car trustée par des intérêts privés.
4/n Les complotistes sont sans doute un vecteur d'ignorance, mais je suis personnellement plus préoccupée par l'ignorance véhiculée par le discours officiel, qui lui est bien plus crédité et a le pouvoir, politique et financier, de se traduire en action.
5/n Sans trop m'éloigner de mon sujet, et sans être exhaustive je mettrai en garde contre certaines fausse vérités ou malentendus complaisamment tolérés. Comme: l'immunité n'est pas nécessairement protectrice, les anticorps "neutralisants" ne "neutralisent" pas nécessairement>
6/n> la Covid19, tous les risques associés à la Covid19 ne doivent pas nécessairement être considérés comme des risques majeurs.
7/n Ce dernier point, qui est la règle dans le discours officiel, a attiré particulièrement mon attention car il rend inopérante toute tentative de compréhension de l'épidémie et donc toute tentative de gestion.
8/n L'épidémiologie et la santé publique n'ont pas seulemnt pour rôle d'identifier des risques, ms aussi de les évaluer, de les comparer et de les hiérarchiser.
Si tel n'était pas le cas, comme cela se passe actuellemnt c'est que nous aurions décidé de nous passer de lr concours.
Si tel n'était pas le cas, comme cela se passe actuellemnt c'est que nous aurions décidé de nous passer de lr concours.
9/n Nous devrions alors nous en remettre à des sondages et décider que ce qui est prioritaire c'est ce qui fait le plus peur, tous les risques devant être, au même titre, considérés comme majeurs.
10/n Cela comporterait (comporte) quelques inconvénients, la panique provoquant la sidération, la sidération paralysant la réflexion, laissant le champ libre à ceux qui sont en mesure de proposer des pseudo-solutions miraculeuses nous libérant de nos peurs.
11/n Il y a quelque temps j'ai retweeté un thread de quelqu'un qui semble répandre des idées loufoques sur Tweeter, un complotiste, semble-t-il . Je l'ai regretté car je n'aime pas faire de la pub à cx q surfent sur la désinformatn et le sensationnalisme.
12/n Ms les idées, bien qu'extrapolées et déformées, comme je m'en suis rendue compte avec une lecture plus attentive, n'étaient pas de lui et j'avais déjà eu l'occasion de les évoquer, en provenance de sources autrement plus fiables.
13/n Il existe une difficulté bien réelle à trouver des régularités dans cette épidémie. Chaque fois qu'on élabore une thèse basée sur une régularité observée un contre-exemple semble la contre-dire.
14/n L'impossibilité d'établir la supériorité d'une thèse qui permette de faire des anticipations exacerbe les antagonismes entre ceux qui soutiennent des thèses pour des raisons idéologiques ou conceptuelles: les catastrophistes et les complotistes.
15/n L'effet de focalisation de l'attention sur un phénomène constitue en soi un biais majeur d'observation (effet de loupe, effet iceberg, vision hospitalo-centrée) 
16/n Marc Lipsitch, porfesseur d'épidémiologie à Harvard, expliquait en 2015, que pour diverses raisons, notamment le phénomène de l'iceberg, la sévérité apparente d'une épidémie tend à diminuer avec le temps
17/n Il me semble que des qs simples peuvent contribuer à mieux comprendre cette épidémie: 1- quelle est l'évolutin observée? 2- quelle pourt-être l'évolution naturelle? Le virus est-il surtout nouveau ou surtout plus dangereux que les autres? quel est le rôle de l'hétérogénéité?
18/n L'évolution observée des courbes du nombre de cas détectés est très hétérogène. Tout ce qu'on peut dire à ce jour est qu'il y a une ou plusieurs phases d'accélération, d'augmentation du nombre de cas et des phases de décélération quoi qu'il advienne.
19/n Le nombre de cas observés dépend très largement du nombre de tests pratiqués qui est, globalement, en constante augmentation mais les politiques de testing restent très variables d'un pays à l'autre plus ou moins large ou sélective selon les stratégies adoptées.
20/n La crainte qui préside à toutes les mesures mises en place est que la phase d'accélération ne se termine naturellement que lorsque le seuil d'immunité collective sera atteint.
21/n Un calcul sommaire, avec une létalité (nombre de décès sur ,ombre d'INFECTES) estimée de 1%, reviendrait alors à 54 millions de décès, c'est à dire approximativement un doublement des décès annuels dans le monde.
22/n En raison de cette crainte une majorité de pays (161 en tout) se sont confinés, la plupart sur l'ensemble de leur territoire, dès le mois de mars, à la remorque de l'Europe où l'épidémie était en phase d'accélération.en.wikipedia.org/wiki/COVID-19_…
23/n Ce suivisme s'est soldé par un confinement très long, de 5 mois dans certains pays ou régions d'Amérique du Sud (p exp Buenos Aires), sans garantir une protection comme le montre l'exemple du Peru, et en aggravant la situation sociale et économique de pays fragiles.
24/n Malgré des confinements longs la phase d'accélération s'est produite dans certains pays, simplement elle s'est produite de manière décalée. Elle a été accompagnée d'une augmentation du nombre de décès attribués à la Covid19 et parfois d'une explosion de ces décès.
25/n On peut donc dire que le confinement a été au mieux peu utile ou totalement délétère pour ces pays.
26/n Pour ce qui est de l'évolution naturelle de la courbe, si tant est qu'il y en ait une, car l'aspect de la courbe dépend très étroitement non seulement de la circulation virale mais surtout des politiques de dépistage, l'exp de la Suède est ce qui s'en rapprocherait le plus.
27/n La Suède a été beaucoup stigmatisée pour son refus de confiner. Elle présente une courbe plus régulière que celle de la France ou l'Espagne. Elle a connu un pic du nombre de cas en juin, qui n'a pas été suivi par un pic dans le nombre de décès attribués à la Covid19.
28/n Finalement le nombre de décès en Suède survenus pour 70% soit dans les maisons de retraite ou équivalents EHPAD, soit chez des personnes dépendantes à domicile, représentent 6% des décès annuels, sensiblement la même proportion qu'en France.
29/n Après avoir été l'objet de opprobre unanime des nations, l'exemple de la Suède commence à susciter la curiosité et à faire débat. Après tout la phase de décélération a bien eu lieu en l'absence de confinement. medpagetoday.com/infectiousdise…
30/n Globalement, il est très difficile de se faire une opinion définitive sur l'évolution naturelle de l'épidémie ou sur les mesures les plus efficaces par la simple observation, car la comparabilité des pays est limitée en l'absence de standardisation à différents niveaux.
31/n Les pays différent par leur démographie, leurs caractéristiques géographiques, leurs habitudes culturelles, leurs stratégies de contention, la mise en oeuvre de ces stratégies...
32/n Non seulement ils diffèrent entre eux mais leurs stratégies, de contention et de dépistage ne cessent de changer au cours du temps.
33/n Si bien que tenter de les comparer revient à essayer de se repérer en pleine mer avec une balise que quelqu'un s'amuserait à changer sans arrêt de place.
On ne dispose pas de point de repère fixe et il faut alors prendre un peu de recul.
On ne dispose pas de point de repère fixe et il faut alors prendre un peu de recul.
34/n Et il faut avoir conscience que ce que nous observons n'est pas LA réalité, mais ce que nous en montrent les outils dont nous disposons, qui varie dans le temps et selon la manière dont nous les utilisons. C'est donc une interprétation de la réalité.
35/n La question suivante était: est-ce que ce virus est plutôt nouveau, ou plutôt dangereux? La réponse déterminera ce à quoi nous devons nous attendre à l'avenir.
36/n D'éminents virologues pensent que ce virus n'est pas si étrange. C'est plutôt que la multiplication du nombre de cas et l'observation minutieuse voire obsessionnelle nous font remarques des phénomènes peu fréquents que nous banalisons pour d'autres maladies infectieuses.
37/n Cette observation minutieuse voire obsessionnelle est aussi très hospitalo-centrée, ce qui tend à dramatiser la pathologie en mettant le focus sur des formes graves.
38/n Vues de l'hôpital, toutes les varicelles aboutissent à des surinfections, toutes les gastro-entérites du nourrisson nécessitent des perfusions, toutes les rougeoles provoquent des encéphalites ou des pneumonies graves...
39/n Mais comment définirait-on un virus "dangereux"? Qu'est-ce qui peut être considéré comme dangereux ou menaçant du point de vue de la santé publique?
40/n Au niveau individuel, le plus dangereux, ce sont les évènements brutaux, violents, imprévisibles et incontrôlables comme peuvent l'être ceux qu'on classe dans la catégorie des causes externes de décès (accidents, agressions).
41/n Si un piano à queue vous tombe sur la tête, peu importe alors votre âge, votre taux de cholestérol, ou l'état de votre coeur, vous allez y rester.
42/n On peut dire que ce type d'évènement est à une extrémité du spectre de ce qu'on peut considérer comme "dangereux" pour la santé.
43/n A l'autre extrémité du spectre nous avons des dangers conditionnels, c'est à dire des évènements, pathologies, qui ne sont dangereux que pour certaines personnes et à certaines conditions.
44/n C'est le cas ici pour la Covid19 comme on peut le montrer sous des angles divers. Par exemple, le risque de décès si infecté (IFR) augmente 8300 fois entre les personnes âgées de moins de 20 ans et celles âgées de plus de 80 ans selon la modélisation de l'Institut Pasteur
45/n Le risque n'est donc pas réparti de manière homogène et est très dépendant des facteurs de risque, et surtout de l'âge, comme l'a démontré, par une approche différente, l'étude OpenSafely menée en UK et reprise par @DDupagne medrxiv.org/content/10.110… atoute.org/n/article383.h…
46/n Il y a peu Eric Topol s'étonnait que 43% des décès, soient regroupés dans les établissements pour personnes âgées dépendantes, représentant 1% de la population.
47/n Cette configuration de concentration extrême des décès chez la part de la population la plus fragile, à la fois âgée et malade, se retrouve en France, en Suède et, probablement dans tous les pays développés jouissant d'une espérance de vie prolongée.
48/n D'un autre côté, d'après Santé Publique France, parmi les décès attribués à la Covid19 certifiés électroniquement, seules 2,8% des personnes décédées de moins de 65 ans ne présentaient pas de comorbidité connue.
49/n Voyons maintenant du côté des enfants, cette part de la population réputée, à juste titre, fragile, et dont la mortalité élevée était responsable d'une forte réduction de l'espérance de vie à la naissance dans les pays occidentaux jusqu'à la première moitié du 20ème siècle.
50/n Au contraire de ce qui se passe pour la grippe, les nourrissons et enfants, pourtant beaucoup plus sujets aux infections respiratoires que les adultes, sont peu visibles dans les études et observations depuis le début de cette épidémie.
51/n En période hivernale et pendant les épidémies de grippe, les enfants sont plus souvent malades que les adultes, et cela se voit.
52/n Les hospitalisations d'enfants en réanimation en nombre absolu et relativement aux autres classes d'âge restent rares comparées à celles observées lors d'épidémies de grippe.
53/n J'avais tenté une comparaison entre la grippe et la Covid19, avec, nécessairement, beaucoup de points d'interrogation.
54/n En tous cas, les enfants, en particulier de moins de 5 ans, sont très exposés aux virus respiratoires, nouveaux pour eux par définition. Ce q pt expliquer la fréquence plus grande des infections respiratoires aigües pour eux, 3 à 8 épisodes par an contre 2 à 4 pr les adultes
55/n Il est connu que pour un certain nombre de virus, les primo-infections virales ont des conséquences moins graves chez les enfants que chez les adultes. Que ce soit pour la varicelle, pour la rougeole ou pour les oreillons. Le SARS-CoV-2 fait partie de cette catégorie.
56/n Je rappelle la question initiale: ce virus est il surtout nouveau ou dangereux? S'il est surtout nouveau il tendra à devenir de moins en moins menaçant avec le temps, au fur et à mesure qu'une proportion croissante de la population sera entrée en contact avec lui.
57/n On avance différentes théories pour expliquer la bénignité du SARS-CoV-2 chez les enfants.onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.11… La plus séduisante est que le système immunitaire des enfants est particulièrement apte à les protéger contre des pathogènes nouveaux.
58/n Alors que le système immunitaire des personnes qui avancent en âge, peut de moins en moins compter sur la réactivité de son système immunitaire et doit surtout compter sur sa mémoire.
59/n L'aspect non homogène, conditionnel et très sélectif, de la dangerosité du SARS-CoV-2 devrait se traduire sous peu par un certain effet de moisson, tel qu'on l'a connu lors de la canicule de 2003.
60/n Si l'effet de moisson existe, ce sont principalement les personnes ayant une espérance de vie très faible qui vont décéder lors d'un évènement délétère et une SOUS-mortalité va apparaître rapidement par la suite.
61/n En 2003, les actuaires, ces spécialistes du calcul du risque qui travaillent pour les assureurs, ont calculé que plus des 2/3 des décès observés avaient été"rattrapés" dans l'année qui a suivi la canicule sous forme d'une sous-mortalité.
62/n Or, une certaine sous-mortalité globale commence déjà à apparaître. Pas partout, mais plutôt dans des pays plus touchés, comme la France où elle est plus importante dans les Grand-Est et en île de France. Elle reste à confirmer. euromomo.eu/graphs-and-maps
63/n Il faut dire que je ne prends pas beaucoup de risques en anticipant un effet de moisson. En effet la moitiés des décès observés, 15 000 sur 30 000 pour simplifier, sont survenus dans des EHPAD, des établissements pour personnes âgées où la mortalité annuelle est de 20%.
64/n A savoir que dans ces établissements, la mortalité est plus de 20 fois supérieure à la mortalité moyenne en France, et que l'espérance de vie y est, du fait de l'âge avancé et des comorbidités des résidents, très limitée.
65/n Mais alors, me dira-t-on, pourquoi un virus qui est nouveau mais n'est pas si dangereux provoque tant de décès et est supposé doubler le nombre de décès annuels?
66/n Je rappelle que les décès rapportés sont des données brutes. C'est à dire que chaque fois qu'on observe un décès chez quelqu'un qui a un test positif à la Covid19 on attribue le décès à l'épidémie actuelle.
67/n Or, dans la réalité épidémiologique et statistique cela ne fonctionne pas comme-ça. Pour rendre les causes de décès comparables entre elles on doit effectuer tout un travail de certification et de codification selon des règles strictes.
68/n Simplement parce qu'à la fin on ne doit retenir qu'une cause par personne décédée, dans un objectif de comparabilité et d'évaluation.
69/n Or, plus une personne est âgée et malade plus diverses causes sont en concurrence pour aboutir à une issue fatale.
Si on ne tenait pas compte de ces règles on aurait des millions de causes de décès pour qqs 620 000 personnes décédées, et les comparaisons sernt impossibles.
Si on ne tenait pas compte de ces règles on aurait des millions de causes de décès pour qqs 620 000 personnes décédées, et les comparaisons sernt impossibles.
70/n Un article qui permet de comprendre pourquoi c'est si compliqué. Il peut y avoir des écarts parfois très importants entre ce qui est observé, ce qui est estimé, et ce qui est retenu en tant que cause de décès.30ansplustard.wordpress.com/2017/01/16/pou…
71/n Le dernier point que j'aborderai tout à l'heure est celui de l'hétérogénéité et de comment elle peut influencer l'évolution des courbes et leur interprétation et le taux de létalité chez les personnes infectées ainsi que le fameux seuil d'immunité de groupe.
72/n Pour cette dernière partie de thread je vais devenir un tout petit peu plus polémique, et je m'en excuse auprès des âmes sensibles, parce que mon objectif n'est pas de choquer mais de faire réfléchir, la réflexion étant ce qui manque le plus dans cette crise, à mon avis.
73/n Qu'est-ce qui caractérise la gestion de cette crise depuis son commencement?
Pour moi, ce qui la caractérise c'est une vision scientiste, techniciste et orientée vers les sciences appliquées de la médecine et de la santé publique.
Pour moi, ce qui la caractérise c'est une vision scientiste, techniciste et orientée vers les sciences appliquées de la médecine et de la santé publique.
74/n Qu'est ce qui caractérise cette vision scientiste? Une sacralisation, une foi totale dans la technique qui devient non pas un moyen mais une fin, à laquelle doivent être subordonnés tous les autres aspects de la gestion de l'épidémie.
75/n Ainsi, depuis le début, nous sommes dans l'attente de la solution miraculeuse qui mettra fin à l'épidémie.
Tout en espérant cette solution miraculeuse nous sommes obligés de restreindre sans cesse nos ambitions aux limites imposées par la technique.
Tout en espérant cette solution miraculeuse nous sommes obligés de restreindre sans cesse nos ambitions aux limites imposées par la technique.
76/n En réalité c'est nous qui nous adaptons à la technique et non la technique qui s'adapte à nos besoins.
Ce qui caractérise la vision scientiste est aussi une hypersimplification de problématiques complexes.
Ce qui caractérise la vision scientiste est aussi une hypersimplification de problématiques complexes.
77/n Comme par exemple dans la modélisation linéaire de la pandémie, le nombre de décès sera forcément proportionnel au nombre d'infectés, ce qui conduit à une vision catastrophiste .
78/n Il existe aussi une confiance dans les outils de mesure qui est en contradiction avec les principes de base de la science: tout scientifique sait ou devrait savoir que l'observateur et/ou les outils de mesure peuvent modifier l'objet observé ou sa perception.
79/n Une autre caractéristique est un mépris non dissimulé pour les sciences fondamentales et pour les questions essentielles au profit de la recherche appliquée à but commercial.
80/n On a ainsi englouti des sommes colossales dans la recherche de traitements et de vaccins pour finalement s'apercevoir que le meilleur traitement à ce jour est un vieux médicament mais on n'a pas fait d'études structurées en population pr connaître le % d'infectés et asymptq
81/n Finalement, cette accumulation d'ignorance génère la peur qui se traduit par la loi du tout ou rien, la recherche du risque zéro et une vision héroïque de la médecine et de la santé publique qui semble tout droit sortie d'un blockbuster américain.
82/n Tout cela pour dire que la conceptualisation compte, compte plus que la technique: lorsqu'on conceptualise mal les problèmes on aboutit à des conclusions fausses.
83/n Ce sont des propos très généraux, alors nous allons revenir a du concret.
D'où provient l'idée que l'épidémie doit évoluer nécessairement de manière linéaire comme dans les modélisations faites par l'institut Pasteur ou celle de l'Imperial College of London?
D'où provient l'idée que l'épidémie doit évoluer nécessairement de manière linéaire comme dans les modélisations faites par l'institut Pasteur ou celle de l'Imperial College of London?
84/n Le problème provient, apparemment, d'une foi excessive dans un outil simpliste, improprement utilisé pour modéliser la pandémie, alors qu'il n'était pas conçu ni adéquat pour cela: le taux de reproduction ou R0 avec la formule R=1-1/R0.
85/n L'outil a été créé pour calculer le pourcentage de vaccinés nécessaire pour empêcher la circulation d'un agent infectieux dans une population dont on présuppose que tous les individus sont susceptibles. Autrement dit, c'est un outil hors sol.theatlantic.com/health/archive…
86/n Or le R0 est associé à la notion d'immunité de groupe, d'où une cascade d'erreurs.
Le tout suppose qu'un agent infectieux se propage de manière homogène au sein d'une population totalement susceptible chaque individu ayant les mêmes chances de transmettre l'agent à d'autres.
Le tout suppose qu'un agent infectieux se propage de manière homogène au sein d'une population totalement susceptible chaque individu ayant les mêmes chances de transmettre l'agent à d'autres.
87/n Une autre erreur consiste à penser que les chiffres qui ressortent des tests de dépistage sont le reflet de la réalité, qu'ils sont comparables d'un pays à l'autre, et d'un moment à l'autre dans un même pays, malgré l'évolution de l'épidémie et des politiques de dépistage.
88/n On nous répète depuis le début qu'il y aurait 20% de cas sévères de Covid19: à l'évidence, personne n'en sait rien, puisqu'on n'a toujours pas la moindre idée du dénominateur.
89/n Une des premières chercheuses à avoir évoqué le rôle de l'hétérogénéité pour réduire le seuil de l'immunité de groupe est @mgmgomes1. L'idée est simple et vérifiée par différentes études. A savoir qu'une minorité de personnes infecte la majorité de ceux qui sont infectés.
90/n Cette idée de l'importance de l'hétérogénéité pour déterminer une immunité de groupe a été aussi reprise par Yugang Gu considéré comme un des meilleurs modélisateurs aux Etats-Unis covid19-projections.com/estimating-tru…
91/n Il a alors inventé le concept prudent de seuil d'immunité de groupe efficace temporaire.
92/n Le rôle de l'hétérogénéité de la transmission pour abaisser le seuil d'immunité de groupe est expliqué dans deux articles en français. Ce sont les évènements superspreaders qui seraient responsables de cette hétérogénéité plutôt que des individus déterminés.
93/n Voici les deux articles:
nantessecteurouest.wordpress.com/2020/05/22/des…
vidal.fr/actualites/250…
nantessecteurouest.wordpress.com/2020/05/22/des…
vidal.fr/actualites/250…
94/n Mais rappelons nous aussi que la survenue d'une "vague" nécessite une phase d'accélération exponentielle et incontrôlable et que cette accélération a de moins en moins de chances de se produire lorsqu'une proportn croissante d'individus a été infectée
Pause. Je vous laisse lire tranquillement les articles, pour ceux que cela intéresse. Je reprendrai quand je pourrai.
