Thread by @MartinFierro769

1/n Une synthèse des connaissances acquises sur la Covid19 et les conclusions que nous pourrions raisonnablement en tirer.

2/ Mais d'abord un petit rappel sur les coronavirus endémiques au nombre de 4. Ceux de du genre alpha HCoV-229E et HCoV-NL63 (qui se lie à un récepteur ACE2 comme le SARS-CoV2), et ceux du genre béta, comme les SARS le HCoV-HKU1 et HCoV-OC43.

3/n Identifiés depuis les années 30 , les 2 premiers à être isolés HCoV-229E et HCoV-OC43 ne l'ont été que dans les années 60. Tandis que les deux derniers ont été isolés en 2004 et 2005. ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/P…

4/n Considérés comme des virus bénins (virus du rhume), comme le rhinovirus, ils étaient surtout étudiés en médecine vétérinaire, car ils causaient des dégâts dans les élevages.

5/n Il s'avère néanmoins que, comme le rhinovirus, ils peuvent provoquer des infections graves et fatales chez l'Homme lorsqu'ils croisent le chemin de personnes susceptibles et vulnérables.

6/n Ces coronavirus endémiques circulent très largement, sous forme souvent asymptomatique, car ils sont retrouvés dans l'oropharynx d'adultes sans symptômes . On les trouve ainsi dans une étude chez environ 2% d'adultes asymptomatiques ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/P…

7/n Dans une étude menée sur 5 ans et plus de 12000 sujets les coronavirus sont ceux qui sont associés à d'autres virus respiratoires le plus fréquemment (co-infection) journals.plos.org/plosone/articl…

8/n On sait aussi que les coronavirus endémiques sont saisonniers, que les épidémies surviennent plutôt de décembre à avril, et que ces épidémies sont souvent cycliques tous les 2 à 3 ans ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/P…

9/n En raison de l'analogie des virus qui sont de la même famille, il existe des réactions croisées au niveau de l'immunité humorale qui sont plutôt complexes.

10/n Elles se manifestent surtout entre virus d'un même genre et peuvent jouer un rôle protecteur en inhibant l'infection par l'autre virus de ce genre mais c'est une protection à sens unique semble-t-il.

11/n Parmi les virus alpha une infeciton par HCoV-NL63 protégerait contre une infection à HCoV-229E. Et parmi les virus béta une infection par HCoV-OC43protégerait contre une infection à HCoV-HKU1, mais pas l'inverse.

12/n D'autre part, les SARS-CoV induiraient la promotion d'anticorps contre les coronavirus saisonniers, alors que l'inverse serait moins vrai.

13/n Maintenant, qu'en est il de l'épidémie actuelle et en quoi est-elle ou n'est-elle pas comparable à d'autres épidémies dues à des virus respiratoires?

14/n Nous devons nous poser la question parce que de la réponse dépend la suite. Que craignons nous et quels sont les objectifs des mesures prises? Eviter des centaines de milliers de morts? Eviter que les services de réanimation soient submergés?

15/ Nous pouvons maintenant commencer à faire un premier bilan de cette vague épidémique.
Avec des recommandations de testing très sélectives et environ 1 million de tests 151753 cas, dont 101 657 hospitalisés (les 2/3) et 28802 décès dont 14 113 (+/-50%) en EHPAD/EMS

16/n En EHPAD, la moyenne d'âge est de 89 ans, et il s'y produit 150 000 décès chaque année. Si chaque signalement correspond à un EHPAD avec 49995 signalements environ la moitié des EHPAD ont signalé des cas de Covid19 depuis le premier mars soit depuis
3 mois

17/n Les décès en EHPAD représentent environ 10% des décès annuels en 3 mois sur la moitié des établissements.

18/n Comparé aux publications sur les décès en EHPAD dus à la grippe, le nombre de cas est équivalent, mais la létalité est plus élevée, de 19% alors qu'elle est estimée en moyenne à 3% pr la grippe avec un taux d'attaque de 25%.

19/n Les EHPAD réunissent en effet toutes les conditions pour que la létalité due à la covid19 soit très élevées: personnes très âgées, avec des multiples comorbidités, vivant en collectivité.

20/n Nous avons aussi eu 100 000 hospitalisations avec un PCR + pour le Covid 19, qui représentent 8/1000 des 12,8 millions d'hospitalisations qui ont lieu chaque année.

21/n En ce qui concerne la réanimation, environ 250 000 séjours en réa ont lieu chaque année en France, dont 88% concernent ls hôpitaux publics. Parmi ceux-là 45% proviennent des urgences. Donc environ 100 000 séjours en réa pub provenant ds urgences chaque année ou 273 entrées/j

22/n L'épidémie a doublé ou triplé ce chiffre pendant 4 semaines entre le 21 mars et le 16 avril.

23/n Mais de manière très hétérogène et localisée, essentiellement dans le Grand Est et en Ile de France, un peu moins en Auvergne Rhône Alpes.germain-forestier.info/covid/#2020-04…

24/n Les hospitalisations en réanimation dues au Covid19 sont très semblables aux hospitalisations en réanimation dues à la grippe, ou à d'autres causes telles que celles présentées dans cette étude de 2012, comparées aux données d'hospitalisation pouv Covid19 et pr grippe.

25/n Semblables en termes de mortalité, environ 15%, de ventilation, mais le pourcentage des décès en réanimation chez les jeunes est moindre chez les cas de Covid19 comparé à la grippe.

26/n Le chiffre total des hospitalisations en réanimation avec un diagnostic de Covid19 n'est pas donné. Il peut être de 10 000 à 12 000

27/n Les flambées épidémiques étaient donc très localisées. Le postulat ou la crainte qui a présidé à la décision de confiner était que si on ne le faisait pas, l'ensemble de la France allait connaître le même scénario. Or, rien ne permet de l'affirmer.

28/n Nous avons les multiples exemples de pays où la distribution des cas a été très hétérogène. Mais nous avons aussi le modèle naturel du Charles de Gaulle.

29/n Les marins de ce navire ont été testés par PCR les 8 et 11 avril alors que l'alerte a été donnée le 7 avril, sur 1568 les 2/3 étaient positifs, mais l'étude montre q le virus circulait dans l'équipage sans attirer l'attention depuis le mois de février.defense.gouv.fr/content/downlo…

30/n Les marins semblaient présenter des rhumes et des syndromes grippaux et se rendaient à l'infirmerie comme d'habitude. Les études génomiques montrent que des souches différentes du virus ont été introduites dans le navire à plusieurs reprises.

31/n L'évènement déclenchant qui a révélé la circulation est un concert donné le 30 mars, qui a multiplié le nombre de cas. S'il n'y avait pas eu ce concert, on ne se serait peut-être aperçu de rien.

32/n L'épidémie dans cette population masculine et plutôt jeune s'est soldée par 29 cas sévères sur 1081 cas + dont 3 en réanimation et pas de décès.

33/n On peut donc se dire que si la distribution de l'épidémie est géographiquement hétérogène, comme c'est le cas dans tous les pays qui ont un grand nombre de cas, ce n'est pas totalement par hasard mais parce que l'épidémie ne flambe que si elle en a l'opportunité.

34/n Nous en savons assez désormais sur la transmission interindividuelle pour comprendre qu'elle est conditionnelle et liée au contexte: des lieux clos, de la proximité, et un risque de transmission accru si on parle à voix haute ou qu'on chante. L'air conditionné et l'humidité.

35/n Ces conditions ne sont pas réunies si souvent lorsqu'on pratique une distanciation et qu'on évite les rassemblements. Une étude chinoise montrait que les conditions n'étaient favorables que si on cohabitait ou qu'on partageait un moyen de transport. thelancet.com/journals/lanin…

36/n Cela est cohérent avec le constat que les flambées ont eu lieu soit après des rassemblements, soit dans de grandes métropoles où elles ont été bien plus importantes à la périphérie des villes, desservies par des transports, comme à Paris ou à New York.

37/n Qu'est-ce qui se passe à Paris et à New York? Ce sont des grandes métropoles, à forte densité et avec des transports en commun. Mais en particulier avec des lignes de métro, transports souterrains, mal aérés, souvent bondés.

38/n Une étude avait montré que la propagation de l'épidémie à la périphérie de New York était à l'inverse de la fermeture progressive des lignes

https://twitter.com/MartinFierro769/status/1253316595901816833

. 5,2 millions de voyageurs prennt le métro parisien l'un des 10 plus longs du monde topito.com/top-metro-plus…

39/n D'autre part, partout dans le monde, confinement ou pas, l'épidémie s'est repartie de manière très hétérogène et est restée centrée soit sur des métropoles ou sur des lieux particuliers où avaient eu lieu des évènements super-disséminateurs (superspreaders).

40/n Bergame et Milan, en Italie, suite au match de foot, le Grand Est en France suite au rassemblement évangélique de Mulhouse, mais aussi Daegu en Corée du Sud suite au rassemblement religieux de la secte Shincheonji koreaherald.com/view.php?ud=20…

41/n L'excès de mortalité toutes causes en semaine 13 au moment du pic de l'épidémie en France était très centré sur les deux épicentres de Paris-île de France et de Mulhouse-Grand-Est et à un moindre degré dans le Rhône (match de foot France/Italie)

42/n Début mai @DrGomi avait fait une excellente analyse avec des hypothèses originales qui s'avèrent très probablement justes: les évènements superspreaders, que je définirai, jouent à la fois un rôle fortement accélérateur localement et aggravant. dr-gomi.blog4ever.com/sarscov2-un-vi…

43/n Donc ce seraient principalement des évènements, des éléments contextuels superspreaders, qui seraient en cause plutôt que des individus superspreaders. Les occasions où plusrs personnes contagieuse se trouvent en contact avec e nbs personnes, longuement, et/ou en émettant>

44/n >une grande quantité de virus (en chantant, en vociférant...). C'est ce qui se produit dans le métro, c'est ce qui s'est produit à Mulhouse, dans certains matchs de foot...
Se rappeler de ce qui s'est passé dans le Charles de Gaulle.

45/n Dans le Charles de Gaulle les tests effectués l'étaient par prélèvement nasopharyngé et PCR les 8 et 11 avril. Il est probable qu'ils ont sous-estimé le nombre total des cas, surtout ceux qui se sont produit avant le 31 mars et le concert. Les cas graves sont apparus ensuite

46/n Le cas du Diamond Princess est bien différent. Au 20 février on avait 16,7% de contaminés à bord. Un sur 5 environ se sont contaminés après le confinement, d'autant plus qu'ils étaient plus nombreux dans la même cabine.

47/n Il y avait deux autres différences notables ente le DP et le CDG: la proportion des aysmptomatiques était de 51,3% à bord du DP malgré l'âge élevé des voyageurs et de 13,8% à bord du CDG et il n'y avait pas de mesures de distanciation sur le DP.

48/n Cette proportion des cas asymptomatiques plus importante sur le DP pourrait, au moins en partie, s'expliquer par une plus grande sévérité des cas en relation avec un évènement superspreader (le concert) à bord du CDG.

49/n La relation entre charge virale mesurée dans le nasopharynx et sévérité, semble bien établie. Comme dans cette étude citée par le Dr Gomi thelancet.com/action/showPdf…, qui met également en avant une négativation nettement plus rapide de prélèvts np chez les cas non sévères.

50/n Cette relation se retrouve aussi entre les cas PRE-symptomatiques et les cas qui restent asymptomatiques d'après une autre étude: les cas asymptomatiques vrais ont une charge virale moindre qui peut être mise en évidence sur un petit échantillon.ijidonline.com/action/showPdf…

51/n La précédente étude n'est pas conçue pour montrer une différence dans le temps de négativation des prélèvements nasopharyngés (seult 2 prélèvts par patient) mais il est très probable que la négativation soit plus rapide chez les vrais asymptomatiques.

52/n Nous savons maintenant avec un bon degré de certitude que la charge virale est correlée à la sévérité, ainsi, que, très probablement, le temps de négativation des prélèvement et d'élimination du virus du nasopharynx, mais qu'en est il d l'effet de l'inoculum (la dose reçue?)

53/n Pour connaître l'effet de l'inoculum il faudrait pouvoir faire des études interventionnelles en infectant délibérément des volontaires avec des doses étalonnées de virus. Or, ce n'est pas éthique pour un virus considéré comme très dangereux.

54/n On a essayé d'établir une corrélation sur la base d'hypothèses concernant la grippe espagnole.pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/20668679/

55/n Mais il existe au moins une étude qui a exposé des volontaires à des doses croissantes de coronavirus. Elle date de plus de 50 ans en arrière en 1967 et elle a été faite par Bradburne et coll sur le HCoV-229E qui n'était pas encore bien connu ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/P…

56/n Elle met e évidence une corrélation entre la dose infectante et les symptômes développés, entre autres choses dont je parlerai plus tard.

57/n Donc on peut dire qu'on a une très forte présomption d'associations entre inoculum>charge virale>sévérité de la maladie.

58/n Si on fait le lien avec le rôle des évènements superspreaders les conséquences en termes de santé publique sont immenses, car cela veut dire qu'on peut contrôler la gravité de l'épidémie par des mesures barrière sans essayer à tout prix d'interrompre la circulation virale.

59/n Les enfants semblent "protégés" contre le virus, en ce sens qu'ils seraient très majoritairement asymptomatiques. Initialement, en Chine, le rapport de l'OMS estimait que parmi les infectés il n'y avait que 1% d'enfants.

60/n Mais c'est aussi ça le travail du scientifique, d''observer tout en mettant en doute ce que l'on observe et en se laissant par abuser par les apparences.

61/n Une étude, déjà citée, celle-là même qui montrait que 8,9% des cas infectaient 80% des contacts ainsi que l'hétérogénéité de la contagiosité et du R, montrait aussi que les enfants étaient aussi susceptibles d'être infectés que les adultes.thelancet.com/action/showPdf…

62/n Mais contrairement aux adultes les enfants Covid19+ étaient plus souvent détectés par la recherche systématique des contacts plutôt que par la présence de symptômes.

63/n En cohérence avec ce qui a été dit auparavant, les enfants seraient donc, non pas moins infectés, comme cela a été dit mais moins souvent symptomatiques, avec une moindre charge virale et une contagiosité de plus courte durée.

64/n En ce qui concerne les personnes âgées en EHPAD le taux d'attaque peut être estimé à environ 20% (74000 cas sur environ 5000 EHPAD représentnt 375000 résidnts) c'est à dire proche de celui de la grippe. Avec 19% de létalité cela représente 4% de décès en moyenne (20% de 20%)

65/n La mortalité globale en EHPAD paraît relativement faible en comparaison de la catastrophe annoncée. L'explication pourrait se trouver dans la proportion importante, là aussi, de cas asymptomatiques, qu'on ne voit que si on teste largement.

66/n Comme ici, en Belgique, 72,5% de cas asymptomatiques parmi les résidents positifs dans les résidences pour personnes âgées.

67/n La collaboratn Open safely avait fait une étude des facteurs de risque de décès, basée sur un très large échantillon britannique que @DDupagne a repris dans sa synthèse en la clarifiant. Il en ressortait que l'âge, était, de très loin le plus important FR de décès pr la Cov

68/n Voici l'étude medrxiv.org/content/10.110…. L'interprétation est que, indépendamment des autres facteurs de risque le groupe d'âge des 70 à 80 ans a un risque de décès avec le Covid19 68 X plus élevés que celui des 18-40 ans.

69/n Les facteurs de risque se potentialisent (se multiplient) et on peut tenter une évaluation du risque individuel, qui sera forcément approximative.

70/n Mais ce qui peut générer des erreurs c'est la base même du calcul, c'est à dire le nombre de décès attribués au Covid19 et également le fait de considérer que le risque est imputable uniquement à l'hôte avec un effet constant du virus.

71/n Le mot d'ordre suivi pendant l'épidémie a été d'attribuer tous les décès + au Covid19 à cette maladie. Or, entre autres, on a ignoré la possibilité de co-infections, mais aussi le fait que le Covid19 pouvait avoir un rôle plutôt modeste pour précipiter le décès.

72/n Au total, on posait des questions auxquelles on attendait des réponses claires et définitives. Quel est le CFR? Quelle est la proportion d'asymptomatiques?
La réponse est tout à fait claire, mais elle n'est pas définitive, la réponse c'est : ça dépend.

73/n Comme l'explique bien cet article nantessecteurouest.wordpress.com/2020/05/22/des… en raison de cette très forte hétérogénéité, le % d'immunisés pour atteindre la fameuse "immunité de groupe" dont nous reparlerons pourrait être bien plus faible qu'annoncé.

74/n Mais pourquoi donc est-ce que cette maladie est si compliquée? Mais pare qu'en fait toutes les infections respiratoires sont compliquées et que jusqu'ici on se contentait d'une représentation simpliste de ces pathologies.

75/n Finalement l'infection c'est la rencontre d'un agent pathogène avec un hôte, certes, mais aussi dans un contexte donné.

76/n Je poursuivrai ce week-end, je pense, pour en venir à parler des profils cliniques et des aspects immunitaires en essayant de ne pas perdre mon fil de raisonnement d'ici là.