1/n A propos des tests utilisés pour la Covid19. On me pose des questions et on me fait des remarques.
Voici quelques explications sur leur signification et la manière de les interpréter.
Voici quelques explications sur leur signification et la manière de les interpréter.
2/n Nous avons deux types de tests, tous deux ont des insuffisances très importantes qu'il faut comprendre: 1/ Des tests réputés détecter une infection actuelle, les RT-PCR (reverse transcription‐polymerase chain reaction). Ce sont des tests q permettent de détecter et amplifier>
3/n >du matériel génétique viral (ARN). Du matériel génétique viral et non le virus lui-même, c'est ce qu'il est important de comprendre. Il détecte donc une infection actuelle toujours en cours OU une infection récente.
4/n La QUANTIFICATION ou charge virale qui est, en réalité la quantité de matériel génétique viral est traduite en termes de Ct (cycle threshold), et plus ce chiffre est élevé moins la charge virale est élevée.
5/n Les personnes ayant été infectées plus de 2 semaines auparavant peuvent continuer à excréter des débris viraux inertes: le test PCR sera alors positif mais la personne ne sera pas contagieuse mais considérée comme telle.
6/n C'est pourquoi Carl Heneghan et Tom Jefferson proposent que pour des charges virales faibles et des Ct SUPERIEURS à 24 , on ne considère pas les personnes comme contagieuses et on ne les isole pas
7/n Pour ce qui est des dépistages par écouvillonage naso-pharyngé , même avec des techniciens chevronnés ceux-ci peuvent apparaître négatifs, la charge virale semblant descendre au dessous du seuil de détection, alors même que l'infection est en cours. tests NP ligne jaune 
8/n Il y a alors des FAUX NEGATIFS et on dit que le test manque de SENSIBILITE. Pour le RT-PCR par écouvillonnage naso-pahryngé la sensibilité varie de 0,56 à 0,83. En moyenne UN TIERS des tests sont donc faussement négatifs.
9/n Ce test détecte très bien le matériel génétique issue du SARS-CoV-2 sans le confondre avec celui d'autres virus. On dit alors qu'il est très SPECFIQUE du virus. Sa spécificité est de 99% au sens moléculaire. On a 1% de risques de se tromper si on dit que le test est + .
10/n Mais cela ne s'applique qu'à la capacité du test à détecter correctement l'ARN du SARS-CoV-2: la positivité du test ne veut pas dire que la personne est contagieuse.
11/n 1% d'erreur cela semble faible. Mais si la prévalence (proportion de personnes infectées à une période donnée) de l'infection est faible dans une population où tout le monde se fait tester cela devient problématique
12/n Cela est bien illustré par cet article de la Revue Médicale Suisse revmed.ch/RMS/2020/RMS-N…
13/n Ce qui intéresse quelqu'un qui va se faire tester ou son médecin est notamment de savoir si quand le test est positif cela veut dire que la personne est réellement infectée ET contagieuse.
14/n Le frottis naso-pharyngé sera d'autant moins capable de le dire que la prévalence de l'infection dans la population testée sera faible car alors la PROPORTION de faux positifs (manque de spécificité) sera relativement importante, même si elle n'est que de 1%.
15/n Je corrige , même si le manque de spécificité n'est que de 1%. C'est illustré par la Valeur prédictive positive (probabilité d'être vraiment infecté si le test est +) qui augmente quand la fréquence de l'infection dans la population augmente.
16/n On voit donc que si la prévalence actuelle de l'infection était , par exemple, de 1%, cela voudrai dire que 10 patients sur 1000 testés au hasard seraient vraiment infectés, mais que parmi les 990 restants 10 seraient considérés à tort comme positifs.
17/n En clair, avec 1% de prévalence on aura 50% de faux positifs sur des tests faits au hasard.
Et encore, on laisse de côté la question de la contagiosité des vrais positifs.
Et encore, on laisse de côté la question de la contagiosité des vrais positifs.
18/n Voila pourquoi il est totalement inutile, et cela devrai être interdit, de se faire tester au hasard, "si jamais".
Cela ne permet pas de savoir si on a déjà été infecté. Cela ne permet pas de savoir si on sera infecté le lendemain.
Cela ne permet pas de savoir si on a déjà été infecté. Cela ne permet pas de savoir si on sera infecté le lendemain.
19/n Si la prévalence actuelle de l'infection était de 1% on aurait une chance sur 2 d'être considéré à tort comme infecté, mais aussi une chance sur 3 d'être considéré à tort comme non infecté.
20/n C'est pourquoi je ne m'explique pas, parenthèse, la politique démagogique de laisser faire actuelle, qui ne se préoccupe pas dans le même temps d'essayer de répondre aux question essentielles par des études structurées.
21/n Une étude avait montré que certains individus, rares, pouvaient excréter du matériel génétique viral jusqu' à 63 jours, sans être, pour autant, contagieux. ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/P…
22/n Cela devrait amener à beaucoup de prudence, également, dans l'interprétation des taux de reproduction. Parce que si on considère comme positifs et/ou contagieux des gens qui ne sont ni l'un ni l'autre...
23/n Pour les anticorps, une myriade d'études, désormais, montrent que si ils sont très souvent présents ils apparaissent assez tardivement par rapport au moment de la contamination et qu'ils sont plutôt un marqueur de sévérité.
24/n A savoir qu'ils atteignent des taux d'autant plus élevés que l'infection est sévère et symptomatique.
25/n Comparativement au test Rt-PCR ils sont peu utiles pour attester d'une infection actuelle, mais ils sont réputés détecter une infection passée.
26/n Néanmoins, une étude a clairement montré que les tests devenaient négatifs rapidement en raison de la diminution rapide du taux d'anticorps.
27/n Et ils deviennent négatifs plus rapidement chez les sujets asymptomatiques, non parce qu'ils diminuent plus rapidement mais parce que le taux d'anticorps initial est plus faible chez ces personnes.
29/n Au bout de 8 semaines 40% des asymptomatiques sont devenus négatifs aux tests sérologiques et 12% des symptomatiques.
30/n Si on admet, comme cela apparaît lors des tests systématiques sur des échantillons limités, que la part des asymptomatiques est en réalité très importante, alors les tests sérologiques ne peuvent pas nous dire quelle proportion de la population a déjà été infectée.
31/n Ces enquêtes à postériori faussent, par contre, la perception de la part des asymptomatiques parmi les infectés.
32/n Je conseille de lire le thread sur l'étude de Wolfel qui permet de mieux comprendre la réaction immunitaire au SARS-CoV-2 et sa chronologie
