Um caso interessante esse de Fortaleza, onde junto dados de dengue e hospitalizações por SRAG com COVID confirmada (SRAG-COVID). Segue o fio 1/n Image
A fugura mostra dados até a semana 29 para excluir problemas com atrasos de notificação tanto dengue quanto SRAG-COVID. Em vermelho tem-se a mediana e os quantis 10 e 90% de casos notificados de dengue de 2010 a 2019, para reforçar a heterogeneidade nas séries.
Para 2020, temos notificações de dengue (em verde) e SRAG-COVID (azul). Percebam que a série de dengue estava bem alta até a semana 11, quando de repente cai. Será que eu deveria pensar que a COVID-19 protege pra dengue? Nope.
Eu penso em duas explicações: (i) subregistro de casos de dengue; (ii) redução da mobilidade devido ao isolamento social. O subregistro (i) poderia acontecer por medo das pessoas c sintomas leves irem a hospitais, e o sistema de saúde estar mais alerta p a COVID q p a dengue.
(ii) redução de casos de dengue por conta da redução da mobilidade faz com q vírus circule menos, já que o mosquito tem uma área de cobertura relativamente pequena. Os humanos, por outro lado, tem uma área de cobertura grande e haverão mosquitos em praticamente todos os pontos.
A chegada da COVID observou-se uma queda de notificações de dengue, seja por subregistro de dengue e/ou redução da mobilidade. E, além disso, o número de casos de SRAG-COVID subiu, o que pode leva a uma correlação negativa, possivelmente espúria.
Com a queda de casos da SRAG-COVID (apesar do patamar ainda seguir alto), houve o relaxamento do isolamento, a mobilidade voltou a subir e, vejam só, os casos de dengue também voltaram a subir.
Essa é a minha interpretação do que aconteceu em Fortaleza, não olhei outros lugares (ainda) e essa hipótese da redução de casos de dengue por conta da redução da mobilidade eu vi num fio do @lucaszanandrez

Essa relação entre mobilidade humana e dinâmica de epidemias é a praia do @marfcg com um belos trabalhos com Ebola, Malária, dengue e recentemente COVID-19. Eu aqui só estou especulando, e minha análise é puramente ecológica.
Para a galera que bota a mao na massa: usei municipio de residencia (Fortaleza código 2304400), data de primeiros sintomas (p dengue e SRAG-COVID), p SRAG não usei filtros de sintomas e classificação final covid (CLASSI_FIN == 5). Os dados de dengue peguei via API do infodengue.
Dengue protege pra COVID? Muito pouco provável, esses dados não corroboram com essa hipótese. E o inverso? Também é improvável. A política do isolamento (consequentemente redução da mobilidade) parece proteger pra dengue (e teoricamente p COVID tb).

• • •

Missing some Tweet in this thread? You can try to force a refresh
 

Keep Current with Leo Bastos 🌻

Leo Bastos 🌻 Profile picture

Stay in touch and get notified when new unrolls are available from this author!

Read all threads

This Thread may be Removed Anytime!

PDF

Twitter may remove this content at anytime! Save it as PDF for later use!

Try unrolling a thread yourself!

how to unroll video
  1. Follow @ThreadReaderApp to mention us!

  2. From a Twitter thread mention us with a keyword "unroll"
@threadreaderapp unroll

Practice here first or read more on our help page!

More from @leosbastos

14 Jul
Dados de síndrome respiratória aguda grave (SRAG) no estado do Rio de Janeiro. Deixo aqui um parabens aos envolvidos (ironia!), estamos revertendo a tendência de queda.
Já me perguntaram o que eu achava do relaxamento do isolamento no Rio, e eu não tive dúvidas na resposta, os casos vão voltar a crescer. Não teve nenhuma cura mágica, por que iria continuar a cair se o comportamento das pessoas só mudou pra pior? Por que?
Notem q não são os casos confirmados de covid-19, são as notificações de SRAG que estão voltando a subir. Os casos de COVID-19 e depois os óbitos virão na sequência. Ao corrigir o atraso de notificação, uma mudança no padrão dos casos com pouco atraso é captada e "inflacionada"
Read 8 tweets
1 Jul
Quem assistiu algum webinar meu recente certamente viu uma figura de nowcasting para os casos de SRAG em MG usando dados de 9/6. Bem joguei os dados mais recentes por cima e acho que nosso modelo nao tá tão mal...
Webinário na UFMG: Hospitalizações por SRAG como proxy para casos graves de Covid-19 no Brasil

ABE e COVID-19 (#5): Ações e Desafios



ABE: Associação Brasielira de Estatística
Read 5 tweets
20 Jun
Nós do infogripe corrigimos o atraso da série de casos usando o nosso modelo de nowcast, mas infelizmente ele não se aplica a série de óbitos nem a série de SRAG-COVID. Vou tentar explicar o porquê:
Para calcular o atraso precisamos das datas de digitação do caso de primeiros sintomas (é a data que usamos, se alguém quiser monitorar sei lá internação, eu recomendaria o uso da data de internação). Essas datas estão disponíveis no SIVEP-Gripe. Porém...
Para corrigir o atraso para as séries de óbitos e os casos com confirmação laboratorial (SRAG-COVID, SRAG-Flu, SRAG Outros vírus) precisaríamos a data da digitação do óbito (ou resultado do teste), que é diferente da data do óbito (ou resultado do teste).
Read 7 tweets
25 May
Óbitos e casos por SRAG em MG sem filtros de sintomas segundo data de primeiros sintomas (o que explica o atraso no final das séries).
Linhas: 2020 e 2019
Colunas: Óbitos e Casos

Fonte: Dados do SIVEP-Gripe e figuras direto do site do infogripe
As cores no fundo das figuras mostram os limiares epidemicos construídos com o histórico de 10 anos das séries, ou seja desde 2009. Claramente vemos que esse ano estamos muito acima do esperado.
As estimativas de correção de atraso de digitação não conseguem corrigir as séries de óbitos pois não sabemos quando a evolução para o óbito entraram no sistema. O que estimamos nas figuras de obito é o atraso de digitação do caso entre pacientes que vieram óbito.
Read 7 tweets
18 May
Thread sobre a modelagem do atraso de notificação.

O atraso de notificação é um problema comum de quem trabalha com sistemas de alerta de epidemias. O atraso é definido pelo tempo entre a data da notificação (ou de primeiros sintomas) e a data que o dado entra no sistema.
Não confundir atraso de notificação com subnotificação. No atraso o caso ocorreu, foi reportado mas ainda não está nas bases de dados. Na subnotificação o caso ocorreu mas não e nem vai ser reportado.
O atraso de notificação, também chamado de perda de oportunidade, acontece por vários motivos. Problemas de logística, infra estrutura, etc. Por enquanto, estamos só falando do atraso na entrada do dado no sistema. Isos se aplica para qualquer doença de notificação obrigatória.
Read 14 tweets

Did Thread Reader help you today?

Support us! We are indie developers!


This site is made by just two indie developers on a laptop doing marketing, support and development! Read more about the story.

Become a Premium Member ($3/month or $30/year) and get exclusive features!

Become Premium

Too expensive? Make a small donation by buying us coffee ($5) or help with server cost ($10)

Donate via Paypal Become our Patreon

Thank you for your support!

Follow Us on Twitter!