COVID-19 en Puerto Rico, 13/nov/2020: Hoy se añadaron 665 casos confirmados o probables al conteo. La curva de casos oficial (azul) anda por pico de 484/día (2/nov).
También trazo una curva (en gris) a partir de Bioportal, el sistema de datos de Salud. Este sistema infla siempre los números, pero como tiene datos más recientes sirve para prever la dirección de la curva.
Bioportal anda por 583/día (10/nov). Pronóstico: subida fuerte.
Un detalle: que desde que Salud cambió el sistema de clasificación para que casos probables = por prueba de antígeno, todas las curvas que doy son confirmados + probables. Llevo par de días quejándome que ahora se deben sumar y la gente no se ha ajustado.
Se comenta mucho que las hospitalizaciones se están disparando, que es absolutamente cierto.
Más del 80% de los casos confirmados añadidos al conteo los últimos 7 días son de muestras tomadas no más de 7 días antes. El volumen de 0-7 días anda por récord (860/día).
Se están haciendo como 4,500 pruebas moleculares/día y 1,400 antígenos/día.
Datos crudos de pruebas de antígeno, cuyo uso está creciendo. Como esto es por fecha de muestra, fechas recientes (y especialmente las últimas dos) deben estar incompletas. (Y tampoco debemos fiarnos de la positividad en esas fechas.)
La positividad (por pruebas moleculares) anda super alta. Niveles récord. No les voy a decir los niveles porque si bien se vale hablar de la tendencia, no existe ni consenso de cómo calcularla ni vara objetiva contra la cual evaluarla.
Otro detalle: positividad en moleculares y antígenos no es sencilla de comparar:
• Antígenos son menos sensibles;
• En Puerto Rico se ofrecen gratis al público general.
Pero me he sentado a cotejar cifras de positividad de varios estados, y varios las mezclan.
Este tema de la positividad me tiene cantaleteando. El problema es que:
• Lo que hace en verdad falta son modelos y métodos para estimar cuántos casos no se detectan;
• Lo que se está difundiendo son cálculos disparatados o erróneos de "positividad."
COVID-19 en Puerto Rico: hoy se anunciaron 14 muertes. Estas no se concentran en ninguna fecha, y algunas son de semanas atrás.
Recuerden siempre: Las muertes se siguen a 3-4 semanas de los contagios. Si suben las muertes ahora es porque subieron los contagios antes. Y los contagios llevan subiendo desde principios de octubre, así que la velocidad de las muertes seguirá subiendo.
La curva de casos nuevos (azúl en la gráfica anterior) anda por 549/día (10/nov). Esto es confirmados + probables por antígenos.
Bioportal está por 622 a la misma fecha. Bioportal exagera los casos pero está más al día, así que es más bien una alerta que los casos van a subir.
2. Mass protests have broken out over this; 3. Police are being remarkably brutal, at least two dead so far; 4. Demonstrators are calling Merino a dictator and murderer over the response to the protests, and generally labeling the congress's move a coup.
En mi curva de casos de COVID-19 en Puerto Rico estoy sumando casos confirmados (por molecular) y casos probables (por antígenos) porque ambas son pruebas diagnósticas con probabilidad semejante de verdadero positivo, y casos diagnosticados por ambas son fiables.
Pero a la vez, en los cálculos de positividad estoy separando las pruebas moleculares de las de antígenos, porque difieren significativamente en sensibilidad. Las moleculares son más sensibles y dan positivo en bastantes pacientes que las de antígeno dan negativo.
Mirando los datos de algunos países y estados de los EEUU, y cálculos de positividad por estos y terceras partes, me he fijado sin embargo que no toman el cuidado de separar estos. Así que jurisdicciones que usan más antígenos sesgan hacia abajo. #SeaLaMadreDeLaPositividad
COVID-19 en Puerto Rico, 14/nov/2020: El pico de la curva de casos confirmados y probables está por 500 casos/día para el 8/nov. La curva de Bioportal—inflada pero más al día—anda por 616 al 10/nov.
El reporte diario del @DeptSaludPR hoy de nuevo sufre de un pequeño descuadre. La nota al calce #1 nos dice que los casos adicionales son de muestras desde 29/oct, y la gráfica suma 1 caso al 29/oct. Pero la nota al calce #2 suma de nuevo el mismo caso al 29/oct.
Yo pillo estos errores porque tengo análisis para cotejar el cuadre. Hace rato que llevo diciendo que me sospecho que estos errores frecuentes en Salud parecen delatar que trabajan mucho a mano. Yo meto los números del reporte en una base de dato, y mi software llena plantillas.
COVID-19 en Puerto Rico, 12/nov/2020: Hoy el gran titular es 1,154 casos confirmados nuevos, que no es falso, pero con los cambios a la clasificación, recomiendo que se debe sumar los casos confirmados y los probables (por antígeno). Así que son 1,291:
Bioportal tiene números siempre un poco inflados pero más recientes; exagera el nivel pero advierte de la dirección de la curva. Esto va para arriba.
Aquí casos según el reporte oficial y lo que calculo a partir de Bioportal. En fechas más viejas Bioportal exagera por 10-40 casos/día, que debe ser que el oficial está más depurado. Pero los últimos 8 días Bioportal está más al día, y sustenta que haya como 1,500 por anunciarse.
One thing I keep saying is that when you see whopping-high positive rates like this one you should pause and check if they're true. I checked this one against South Dakota's website, which says 20.3%.
Using @COVID19Tracking data, I can reproduce the 68% calculation. It's the Nov. 12 cases figure divided by the new PCR tests (people) figure: 2,020 ÷ 2,968 = 68%. covidtracking.com/data/#state-sd
But:
• The cases figure includes probable cases which are detected through antigen tests, not PCR, so don't figure in the denominator.
• Don't frickin' calculate positive rates for individual dates, take 7-day averages.