COVID-19 en Puerto Rico: hoy se anunciaron 14 muertes. Estas no se concentran en ninguna fecha, y algunas son de semanas atrás.
Recuerden siempre: Las muertes se siguen a 3-4 semanas de los contagios. Si suben las muertes ahora es porque subieron los contagios antes. Y los contagios llevan subiendo desde principios de octubre, así que la velocidad de las muertes seguirá subiendo.
La curva de casos nuevos (azúl en la gráfica anterior) anda por 549/día (10/nov). Esto es confirmados + probables por antígenos.

Bioportal está por 622 a la misma fecha. Bioportal exagera los casos pero está más al día, así que es más bien una alerta que los casos van a subir.
Los casos confirmados añadidos al conteo recientemente, en más del 80%, son casos con muestras no más de 7 días atrás, a pesar de volumen récord. Si esto sigue voy a cambiar las categorías y colores para hacerlas más exigentes, como barra de limbo.
El volumen de pruebas moleculares que se hace en Puerto Rico apenas ha crecido desde junio. (Ese pico bien alto en julio fueron pruebas que se mandaron a procesar en los EEUU, y tardaron como 3 semanas en procesarse).
Como se aprecia de la línea roja arriba, las pruebas de antígenos van cobrando importancia. Aquí datos un tanto más crudos. Se nota indirectamente de esto es que las antígenas positivas se entran al sistema más pronto que las negativas, así que positividad reciente está sesgada.
Mi gráfica de positividad "sencilla," que contemplo renombrar positividad "al garete," ahora tiene una línea para pruebas de antígeno.
Mis gráficas de casos por edad y municipio ahora suman casos confirmados y probables (= por antígeno). La gente que reporta los datos no le ha entrado en la cabeza aún que debemos sumar estos, ya que ambas pruebas son diagnósticas.
Ayer modifiqué el "backend" de mis páginas para usar un nuevo "endpoint" en Bioportal que provee fecha exacta de cuándo se recibió cada resultado. Antes tenía que estimarlos a partir de comparar mis descargas diarias fechadas. Ahora mis números son más precisos y reproducibles.

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15 Nov
Perú: I'm seeing thread after thread of terrible images of police attacking demonstrators in the past couple of days.

I'm trying to understand the context. All I really know is:

1. The Congress removed president Martín Vizcarra and installed a new one called Manuel Merino;
2. Mass protests have broken out over this;
3. Police are being remarkably brutal, at least two dead so far;
4. Demonstrators are calling Merino a dictator and murderer over the response to the protests, and generally labeling the congress's move a coup.
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14 Nov
En mi curva de casos de COVID-19 en Puerto Rico estoy sumando casos confirmados (por molecular) y casos probables (por antígenos) porque ambas son pruebas diagnósticas con probabilidad semejante de verdadero positivo, y casos diagnosticados por ambas son fiables.
Pero a la vez, en los cálculos de positividad estoy separando las pruebas moleculares de las de antígenos, porque difieren significativamente en sensibilidad. Las moleculares son más sensibles y dan positivo en bastantes pacientes que las de antígeno dan negativo.
Mirando los datos de algunos países y estados de los EEUU, y cálculos de positividad por estos y terceras partes, me he fijado sin embargo que no toman el cuidado de separar estos. Así que jurisdicciones que usan más antígenos sesgan hacia abajo. #SeaLaMadreDeLaPositividad
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14 Nov
COVID-19 en Puerto Rico, 14/nov/2020: El pico de la curva de casos confirmados y probables está por 500 casos/día para el 8/nov. La curva de Bioportal—inflada pero más al día—anda por 616 al 10/nov.
El reporte diario del @DeptSaludPR hoy de nuevo sufre de un pequeño descuadre. La nota al calce #1 nos dice que los casos adicionales son de muestras desde 29/oct, y la gráfica suma 1 caso al 29/oct. Pero la nota al calce #2 suma de nuevo el mismo caso al 29/oct.
Yo pillo estos errores porque tengo análisis para cotejar el cuadre. Hace rato que llevo diciendo que me sospecho que estos errores frecuentes en Salud parecen delatar que trabajan mucho a mano. Yo meto los números del reporte en una base de dato, y mi software llena plantillas.
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14 Nov
COVID-19 en Puerto Rico, 13/nov/2020: Hoy se añadaron 665 casos confirmados o probables al conteo. La curva de casos oficial (azul) anda por pico de 484/día (2/nov).
También trazo una curva (en gris) a partir de Bioportal, el sistema de datos de Salud. Este sistema infla siempre los números, pero como tiene datos más recientes sirve para prever la dirección de la curva.

Bioportal anda por 583/día (10/nov). Pronóstico: subida fuerte.
Un detalle: que desde que Salud cambió el sistema de clasificación para que casos probables = por prueba de antígeno, todas las curvas que doy son confirmados + probables. Llevo par de días quejándome que ahora se deben sumar y la gente no se ha ajustado.
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13 Nov
COVID-19 en Puerto Rico, 12/nov/2020: Hoy el gran titular es 1,154 casos confirmados nuevos, que no es falso, pero con los cambios a la clasificación, recomiendo que se debe sumar los casos confirmados y los probables (por antígeno). Así que son 1,291:
Las curvas de casos (confirmados + probables) andan por:

• 483/día (1/nov, reporte oficial)
• 551/día (10/nov, Bioportal)

Bioportal tiene números siempre un poco inflados pero más recientes; exagera el nivel pero advierte de la dirección de la curva. Esto va para arriba. Image
Aquí casos según el reporte oficial y lo que calculo a partir de Bioportal. En fechas más viejas Bioportal exagera por 10-40 casos/día, que debe ser que el oficial está más depurado. Pero los últimos 8 días Bioportal está más al día, y sustenta que haya como 1,500 por anunciarse. Image
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13 Nov
One thing I keep saying is that when you see whopping-high positive rates like this one you should pause and check if they're true. I checked this one against South Dakota's website, which says 20.3%.

But I think BOTH are wrong. Image
Using @COVID19Tracking data, I can reproduce the 68% calculation. It's the Nov. 12 cases figure divided by the new PCR tests (people) figure: 2,020 ÷ 2,968 = 68%.
covidtracking.com/data/#state-sd
But:

• The cases figure includes probable cases which are detected through antigen tests, not PCR, so don't figure in the denominator.

• Don't frickin' calculate positive rates for individual dates, take 7-day averages.
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