Thread by @T_Fiolet

Thread sur le variant en Afrique du Sud 🇿🇦

La nouvelle lignée #SARSCoV2 (501Y.V2) est caractérisée par 8 mutations définissant la lignée dans la protéine de pointe, dont trois à dans le domaine de liaison au récepteur (K417N, E484K et N501Y)

N501Y est commune au variant du UK

La 2ème vague épidémique de SRAS-CoV-2 en Afrique du Sud a commencé vers octobre 2020. Le
le nombre de reproduction effective estimé du pays, Re, est passé à plus de 1 à la fin de Octobre, indiquant une épidémie croissante

EC Eastern Cap
WC Western Cap
KZN KwaZulu-Natal

Dans ce préprint, 2 589 génomes ont été analysés entre le 5 Mars et le 25 novembre 2020. Début Novembre, la lignée 501Y.V2 (en ROSE) avait remplacé la lignée 3 principales lignées sud-africaines (B.1.1.54, B.1.1.56 et C.1) qui circulaient pendant la 1ère vague épidémique

On peut noter qu'il existe de très nombreux variants dans le monde

Sur ce arbre phylogénétique, plus la ligne (la branche) est longue, plus il y a de mutation. les ancêtres sont représentés par la jonction des branches (2 branches ou plus)

En gros, plus une branche sera longue plus les séquences correspondantes seront éloignées en terme d'évolution par rapport à son ancêtre et entre elles

Ici en Jaune, la nouvelle lignée

Cette lignée en plus de la mutation D614G a 5 mutations faux-sens

Une mutation faux-sens est un changement de nucléotide induisant le changement de l'acide aminé associé. 5 mutations non synonymes dans la protéine de pointe : D80A, D215G, E484K, N501Y et A701V. Trois autres mutations sont apparues à la fin
de novembre: L18F, R246I et K417N

Trois des mutations de pointe sont au niveau du domaine de liaison au récepteur RBD (N501Y, E484K et K417N), trois sont dans le domaine N-terminal (L18F, D80A et D215G) et une (A701V)

E484K et N501Y sont dans le motif de liaison au récepteur humaine ACE2

Les auteurs écrivent "C'est l'une des positions clés qui différencie le SARS-CoV-2 du SARS-CoV et contribue à l'amélioration de l'affinité de liaison du SARS-CoV-2 pour ACE2". La mutation E484K est rare, étant présente dans <0,02% de séquences hors de l'Afrique du Sud

La mutation K417N aurait un impact minimal sur la liaison affinité pour hACE2

Les auteurs estiment que la mutation N501Y pourrait avoir un rôle dans l'évasion immunitaire pour certains anticorps (classe 1) (c'est une hypothèse au conditionnel ⚠️)

Des tests de neutralisation/d'infection sont en cours pour comprendre l'effet de ces mutations. Il est encore trop tôt pour conclure quoi que ce soit sur l'immunité et l'impact sur les vaccins

Il faut attendre. Les gestes barrières et la distanciation sociale sont tjrs de mises

L'analyse phylogéographique spatio-temporelle suggère que la lignée 501Y.V2 est apparue au début Août (début juillet - fin août 2020, 95% de densité postérieure la plus élevée) à la baie de Nelson Mandela

La propagation initiale dans le district de Garden Route à l'Ouest a touché d'autres régions à l'Est et, plus récemment, à la ville du Cap et plusieurs localités du KwaZulu-Natal

Ici en graphe vous avez les cliniques où le nouveau variant a été détecté

Une hypothèse pour l'émergence de cette lignée, compte tenu du grand nombre de mutations par rapport au taux de mutation "de fond" du SRAS-CoV-2, est que cela viendrait d'une évolution intra-hôte chez un/plusieurs individus avec une réplication virale (infection) prolongée

Source : krisp.org.za/manuscripts/ME…