If anybody wants to know the number of whole genome sequences uploaded per country to date (2021-05-02) I've created a sorted csv here. I'm using @GISAID data, processed by and accessed through the outbreak.info team and their fantastic API.
github.com/corneliusroeme…
Sars-CoV-2 sequences on @GISAID
1. United Kingdom 386k
2. United States 356k
3. Germany 76k
4. Denmark 51k
5. Switzerland 33k
6. Japan 31k
7. Canada 30k
8. Sweden 30k
9. France 27k
10. Netherlands 26k
11. Austria 25k
12. Italy 23k
13. Spain 23k
14. Australia 17k
15. Belgium 17k
16. Ireland 11k
17. India 11k
18. Slovenia 8k
19. Norway 8k
20. Poland 8k
21. Israel 7k
22. Mexico 7k
23. Brazil 6k
24. Portugal 6k
25. Lithuania 6k
26. Luxembourg 6k
27. South Africa 5k
28. Iceland 5k
29. South Korea 5k
30. Turkey 4k
31. Finland 3k
32. Russia 3k
33. Latvia 3k
34. Czech Republic 2.5k
35. Slovakia 2.4k
36. Argentina 2.3k
37. Singapore 2.3k
38. Chile 2k
39. Qatar 1.9k
40. United Arab Emirates 1.8k
41. Bulgaria 1.7k
42. Hong Kong 1.6k
43. Estonia 1.5k
44. Bangladesh 1.4k
45. Croatia 1.3k
46. China 1.3k
47. Peru 1.2k
48. Indonesia 1.2k
49. New Zealand 1k
50. Saudi Arabia 1k
51. Thailand 900
52. Panama 890
53. Colombia 890
54. Reunion 860
55. Kenya 840
56. Greece 790
57. Aruba 750
58. Mayotte 690
59. Nigeria 620
60. Romania 620
61. Jordan 610
62. Gibraltar 570
63. Malaysia 560
64. Gambia 460
65. Costa Rica 460
66. Macedonia 440
67. Egypt 440
68. Hungary 440
69. Ghana 400
70. Democratic Republic of the Congo 390
71. Zimbabwe 380
72. Uganda 350
73. Curaçao 310
74. Sri Lanka 300
75. Rwanda 290
76. Ecuador 280
77. Serbia 260
78. Senegal 250
79. Oman 250
80. French Guiana 240
81. Iran 240
82. Zambia 210
83. Bahrain 200
84. Papua New Guinea 194
85. Angola 182
86. Botswana 178
87. Bonaire, Sint Eustatius and Saba 175
88. Philippines 175
89. Taiwan 173
90. Pakistan 171
91. Ukraine 170
92. Kazakhstan 170
93. Morocco 169
94. Equatorial Guinea 166
95. Malawi 156
96. Mozambique 153
97. Vietnam 153
98. Côte d'Ivoire 145
99. Suriname 143
100. Cambodia 140
101. Uruguay 133
102. Cyprus 133
103. Iraq 126
104. Madagascar 122
105. Sint Maarten 122
106. Palestina 113
107. Venezuela 112
108. Bosnia and Herzegovina 99
109. Guadeloupe 97
110. Burkina Faso 96
111. Togo 94
112. Tunisia 93
113. Republic of Congo 66
114. Northern Mariana Islands 62
115. Paraguay 60
116. Namibia 56
117. Belize 52
118. Cameroon 48
119. Lebanon 48
120. Trinidad and Tobago 45
121. Belarus 42
122. Liechtenstein 41
123. Myanmar 40
124. Guatemala 40
125. Bolivia 39
126. Faroe Islands 38
127. Armenia 36
128. Georgia 34
129. Montenegro 31
130. Kosovo 30
131. Kuwait 30
132. Bermuda 30
133. Guam 30
134. Albania 30
135. Algeria 28
136. Bahamas 28
137. Uzbekistan 27
138. Mongolia 26
139. Gabon 24
140. Mali 24
141. Swaziland 22
142. Dominican Republic 19
143. Lesotho 18
144. Timor-Leste 17
145. Afghanistan 16
146. Martinique 16
147. Malta 14
148. Nepal 14
149. Jamaica 13
150. Moldova 12
151. Benin 12
152. Sierra Leone 11
153. Saint Lucia 10
154. Saint-Martin 10
155. Brunei 10
156. French Polynesia 10
157. Mauritius 10
158. Azerbaijan 9
159. Guinea 8
160. El Salvador 6
161. Comoros 6
162. Monaco 6
163. British Virgin Islands 5
164. Barbados 5
165. Ethiopia 4
166. Saint Kitts and Nevis 3
167. Cayman Islands 3
168. Cuba 2
169. Saint-Barthélemy 2
170. Antigua and Barbuda 1
171. Andorra 1

These were the Coronavirus sequences on @GISAID per country as of 2nd of May. The inequity between developed & developing world is bigger than wealth!

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More from @CorneliusRoemer

6 May
Was für eine Witzfigur Trump geworden ist.
Er hat sich jetzt sein "eigenes Twitter" gebastelt.
In Wirklichkeit einfach ein Blog ohne jegliche Interaktionsmöglichkeiten.
Clickt man auf "Like" passiert... nichts. Ein Bug? Peinlich. Dabei ist Trump doch ein ach so toller Dealmaker. Image
Das Twitter-Feeling mit Retweets, Likes, Kommentaren fehlt. Die Texte sind seltsam lang, eher wie eine mäandernde Trump-Rede als die typische Knackigkeit der 280 Zeichen.
Das ganze ist eingebettet in eine Kampagnenwebsite.
Man kann spenden und den Newsletter abonnieren. Das wars. Image
Wirklich lächerlich das Ganze. Trump ist komplett durch. Das sind jetzt nur noch die Nachwehen.
Ich hätte nicht gedacht wie effektiv der Ausschluss von Twitter und Facebook ist. Auf einen Schlag hört man nichts mehr von ihm.
donaldjtrump.com/desk
Read 6 tweets
6 May
Meine Hochachtung gilt @Chrissip81 für diese einfach verständliche Erklärung und Kampagne, warum wir 15% mehr verimpfen könnten.
Wenn jetzt endlich Druck auf die Politik kommt zu handeln, dann hat Christian an diesem Abend hunderte Leben gerettet.
Für mich ist sein Einsatz hier direkt Bundestverdienstkreuzwürdig.
Kann ihn bitte jemand offiziell vorschlagen?
Ärtzefunktionäre wie Gassen, die sowas eigentlich pushen sollten töten durch Wissenschaftsleugnung.
Christian macht das ehrenamtlich. Einfach so
Leider wird das wohl schwierig mit dem Bundesverdienstkreuz.
Ein Vorschlag ist ohne Probleme möglich.
Das Problem ist, dass die Ministerpräsidenten alleinig zuständig sind für Einwohner ihrer Bundesländer.
Da @Chrissip81 hier Söder kritisiert wird das nix.
bundespraesident.de/DE/Amt-und-Auf… Image
Read 4 tweets
5 May
Yes, this could still just be a travel effect.
But even then, therise in the Indian variant B.1.617.2 in the UK and US is stunning.
I'm watching this graph daily. Whether it's just travel or also higher transmissibility, we'll learn over the next 2 weeks.
outbreak.info/location-repor… Image
Because India is huge and sequencing very little, data from India needs to be taken with a grain of salt.
But I don't like what I'm seeing there.
B.1.1.7 has been present there since early December like in Europe.
Yet its share has been dropping recently.
outbreak.info/location-repor… Image
I see two possible explanations:
Option a) Indian sequencing is extremely biased. B.1.1.7 was only ever present in limited areas. It never made it to the areas that see a huge surge now, where B.1.617.1/2 just happened to already be present.
Read 8 tweets
5 May
Kompetenzsimulation in der CDU, Klappe die Zweite
Nach @_FriedrichMerz Liquiditätsfallen-Fiasko redet @HBraun lieber komplett am Thema vorbei, als zuzugeben, dass er die Details nicht kennt und eine schriftliche Antwort nachliefert.
Überheblichkeit statt bescheidener Ehrlichkeit.
Das Problem ist die inkorrekte Vermischung zweier Meldedaten: von Labor und ans RKI.
Anstatt konsistent zu sein und das Meldedatum ans RKI alleinig zu betrachten werden Fälle zum Teil aus der Berechnung gelassen, bei denen es Meldeverzug gab.
Verzögert ein Gesundheitsamt die Meldung um 2 Tage, sinkt die Inzidenz um 2/7, ca 30%.
Das macht das System anfällig für Manipulationen und verringert die Objektivität.
Read 5 tweets
4 May
A thread on B.1.617.2 (indian) variant share plots and importation:
When a new variant pops up and the increase is driven by importation and not (yet) by local transmission what you're really measuring is the incidence of variant in export country times travel intensity divided..
... divided by the incidence in the home country.
Share ~ INC_VAR_FOREIGN * TRAVEL / INC_TOT_HOME
So you can't just look at the numbers shooting up really fast and be like: a new super mutant!
What else may be at play here?
If travel suddenly doubles, so does importation.
Is this relevant for the Indian variant B.1.617.x? I don't know. Any Indian experts here who can answer? There was a festival recently apparently, if people travelled to India for that and then returned it may be part of the explanation of the surge we see in UK, US, Bahrain...
Read 18 tweets
4 May
Glaubt jemand ernsthaft, dass wenn 30% der Bevölkerung von Regeln ausgenommen sind, die anderen 70% weiter mitmachen wie zuvor?
(Positiver) Gruppendruck, nicht die Polizei, hat geholfen, dass sich selbst Kritiker an Maßnahmen halten.
Das fällt sofort weg.
Das fällt sofort weg.
Die Compliance bei kaum einschränkenden Maßnahmen wie Masken ist dann im Eimer und muss durch Einschränkende wie Ausgangssperre kompensiert werden.
Bei den Ausnahmen muss man extrem aufpassen, dass sie nicht sichtbar sind.
Nur damit ich nicht falsch verstanden werde, individuelle Freiheitseinschränkungen sollten nur das letzte Mittel sein. Aber in dieser Pandemie ist es leider das einzige geworden (weil #NoCovid nicht gemacht wird).
Ausnahmen müssen mit Blick auf Gruppendynamik gewählt werden.
Read 8 tweets

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