Thread by @SaiyanBio

La recherche des variants COVID, déclenchée pour tout prélèvement positif en France, est réalisé par « criblage »
Comment ça marche ?
Pourquoi il y a des limites ?
Et pour quelle raison il va bientôt y avoir de GROS changements ?
C’est parti !!

Petit rappel tout d’abord : pour mettre en évidence le matériel génétique du SARS-CoV-2, on fait une « rétro transcription » (RT) pour transformer l’ARN du virus en ADN (car on ne sait travailler que sur de l’ADN) puis une amplification (PCR) de certaines zones du génome viral...

Pour cette PCR on utilise des « amorces » qui garantissent la spécificité de la zone choisie. Toujours par 2 ces amorces vont, et quand les 2 se fixent, on peut amplifier la zone en question, et par la suite détecter cette amplification.

il faut légalement au moins 2 zones pour les techniques de mise en évidence de ce virus en France. Pourquoi 2 ? Car on peut avoir des mutations qui empêchent 1 amorce de se fixer. Si la mutation est au niveau de cette amorce -> pas d’amplification pourtant il y a du virus !

Avec au moins 2 zones on diminue les risques de « louper » le virus. Surtout que ces 2 zones sont choisies de façon optimales et les amorces modifiées en fonction des séquences qui circulent le +, et donc des variations de séquences que l’on peut être amené à trouver.

on fait ces amplifications en même temps dans le même puits réactionnel. Pour cela il faut des ajustements précis des techniques pour que ces cibles s’amplifient de façon similaires. On appelle ces techniques « multiplex » (comme la dernière journée de Ligue1)

Pour info, le « variant anglais » était sur une des zones choisies par une firme (ThermoFisher) ; heureusement, ils avaient 3 zones dans leurs kits donc au début on a décrit des profils « atypiques » où 1 cible n’était pas retrouvée, mais sans louper des diag.

Et pour les variants donc ?
Mais d’abord qu’est-ce qu’un « variant » ?
C’est une branche de l’évolution génétique du virus. Pour faire court, c’est un ensemble de mutations qui va être associé à un profil particulier au virus
La réponse longue est ici : vidal.fr/actualites/266…

Pour affirmer la nature du virus chez un individu comme faisant partie d’un variant donné, il faut donc s’assurer de retrouver toutes les mutations du variant, mais également l’absence d’autres mutations non présentes chez le variant en question. Donc il faut séquencer.

or, séquencer c’est long, cher et ça demande une expertise plus rares que de réaliser de « simples PCR ».
-et aujourd’hui c’est toujours interdit aux labos privés qui en auraient la capacité, mais ce point devrait évoluer-
Donc on nous demande d’utiliser des PCR « de criblage »

Les PCR de criblages sont comme celles de détection : on amplifie une petite zone du génome. Sauf qu’au lieu de concevoir les amorces pour des zones très conservées du virus, on les met sur les zones des principales mutations d’intérêt qui caractérisent le mieux les variants.

Et ça présence pleins de limites, dont voici les principales :
1- si on a une mutation au niveau d’une amorce, on ne va pas amplifier la zone de la mutation recherchée. Cela ne veut pourtant pas dire que la mutation recherchée initialement n’est pas présente...

2- les PCR de criblages ont été mises au point dans l’urgence.. la qualité de la multiplex s’en ressent parfois : on met + facilement en évidence certaines zones cibles que d’autres.. pouvant conduire à mal cribler le type de variant (surtout si peu de virus)

3- Un variant, c’est environ 5-10 mutations signatures. Or là on met souvent en évidence 2 zones ciblant 1 mutation. Donc on n’a pas la même finesse d’analyse de la phylogénétique du virus.

Cependant, on a des résultats plutôt concordant quand on compare avec le séquençage :

https://twitter.com/touna14/status/1383135769200627716

La + grosse limite, c’est que cette méthode de criblage est de + en + limitée avec la multiplication des variants et de mutations communes entre eux.
Et que les kits actuels désormais peu utiles (prédominance du variant anglais, variant indien non vu, ...)

sans compter la confusion dans l’esprit des gens : on indique «en faveur d’un variant X» mais on n’est pas du tout sûr que le patient est le variant X! Tout l’art des textes d’interprétation des biologistes comme le «compatible avec»... qui ne veut pas dire que l’on pose un diag

C’est pourquoi d’ici 1 semaine les textes vont évoluer et les kits en même temps : ce seront des zones clés de mutations qui seront recherchées et rendues, de façon brut. Il n’y aura donc plus forcément de commentaire « en faveur d’un variant X » car les mutations ne seront pas..

... choisies pour leur capacité à retrouver la signature d’un variant, mais à caractériser des capacités du virus à être + transmissible ou à un échappement immunitaire.

Dernier point : il aurait été intéressant de faire une stratégie en 2 étapes : on fait un “criblage”, puis certains profils sur ces 2-3 marqueurs auraient dû conduire à un séquençage (par exemple pour distinguer le variant sudafricain et brésilien). Mais comme dit + haut, la ...

.. partie “séquençage” était réservée à d’autres situations (rechutes, post vaccination, etc...) et les qq centres autorisés ne pouvaient pas analyser tous ces profils. On avait donc un “criblage” sans affirmation du variant.

Ce point est intéressant car on voyait beaucoup de journalistes donner des affirmations sur la circulation des variants.. alors que ces criblages pouvaient les identifiés incorrectement.
Si on passe sur une stratégie “mutations cibles” + “séquençage disponible + largement”, ...

... ce sera scientifiquement et médicalement + pertinent. Mais il va y avoir un travail “d’évangélisation” des journalistes et du grand public.
(Ah ! Et notre tel ne va pas arrêter de sonner car les patients vont être perdus..)
Des bises