Thread by @Pr_Logos

1/ Question en DM.

Y-a-t-il un début de rationalisation au fait que le variant brésilien, P.1, et le variant sud-africain n'ont pas fait de vague en France métropolitaine, malgré leur avantage de transmissibilité?

Dans ces conditions, ne peut-on échapper aussi à Delta=indien?

2/ D'abord je vais poser une hypothèse interprétative: la propagation épidémique dépend des rapports sociaux, des conditions météo, et il peut y avoir une saisonnalité du système immunitaire, mais pas de dépendance forte vis-à-vis du phénotype. Brésil=Chine=France=Angleterre.

3/ Trois faits
- Le virus lui-même ne vit pas. C'est une molécule inerte.
- Les souches n’interagissent pas hormis par la modification des rapports sociaux et via le niveau d'immunisation.
- La dynamique épidémique ne devient déterministe qu'au delà d'un certain nombre d'infectés

4/ Ce dernier point est très important pour l'émergence d'une nouvelle souche: comme le nombre de contaminés par personne atteinte est très variable, avec une grosse probabilité de 0, la phase exponentielle n'est pas immédiate. On peut avoir 10 voyageurs contaminés et… rien.

5/ Et de fait, le variant brésilien ou le variant sud-africain, détectés ensemble comme V2 ou V3 n'ont pas eu d'avantage de transmission significatif en France, sauf pendant quelques mois.

La fraction est stable donc l'un OU l'autre descend en nombre depuis 2 mois.

6/ On sait par les études flash, que ce n'est pas le variant de Manaus P.1, qui n'a jamais dépassé le stade erratique en France métropolitaine ou n'y est jamais rentré.

Ailleurs, le variant sud-africain n'a pas non plus d'avantage sur Alpha=B1.1.7=anglais. Tout est cohérent.

7/ Pourquoi aucun des 100 variants qui circulaient à Manaus, classés en P.1 ne s'est reproduit en France, conduisant à une croissance, comme aux Etats-Unis. Parce que P.1 a un avantage, contrairement au sudaf=B. 1.351 ?

Il y a un effet psychologique intéressant à analyser.

8/ Les alertes ne sont pas des prédictions de l'avenir. Elles sont destinées à ce que la possibilité la plus sombre n'advienne pas, précisément. Quand l'alerte conduit en 3 jours à la suspension des vols, et bien elle a marché.

On n'a pas P.1.
⬇️

https://twitter.com/Pr_Logos/status/1381277291666366467

9/ Et oui. Pour P.1 de Manaus, l'exécutif a réagi vite et ça a marché. Ca arrive.

Comme pour la vie en extérieur. Ca a pris des mois, mais finalement la réouverture fonctionne grâce à ça.

Et j'en suis très heureux qu'on arrive à avoir prise sur le réel. Très heureux.

10/ Donc, il existe une lecture des faits épidémiques cohérents avec les hypothèses, et qui montre que quand on agit, il n'y a pas de fatalité. On peut encore, avec de l'investissement dans la réduction de risque, ne pas avoir la flambée de Delta à l'automne.

On peut.

11/ Quelles sont les souches avec un avantage sur B1.1.7=alpha=anglais, et quel est cet avantage? Peut-on gagner la course de vitesse par la vaccination seule, ou par vaccination + masque en intérieur?

On a B1.1.7 + mutation E484K -> échappement immunitaire.
25% en Ile-de France

12/ Le variant anglais=alpha=B1.1.7 est en train de baisser en proportion partout. DONC il y a déjà plus contagieux. En Ile-de-France, il n'est déjà plus que de 50%.

13/ Maintenant, nous sommes armés analytiquement pour attaquer la question: peut-on échapper à Delta à l'automne? Cette question contient en réalité trois questions.

Voilà le % de Delta dans les Landes et en France.

14/ Question 1: peut-on encore l'endiguer pendant qu'il n'est encore que dans cette phase initiale non déterministe, dominée par les aléas? OUI.

Et le fait que le rétrotracing soit fait sérieusement dans les Landes et qu'on ait 3 mois de beau temps -> extérieur est favorable.

15/ Question 2: si Delta rentre avec le tourisme de l'été et passe la phase non déterministe en aout, peut-on l'arrêter avec 70% de vaccination (deux doses + 15 jours)?

70% de vaccination, ça fait passer de R0=6,5 à R=2. Sans mesure complémentaire, la réponse est NON.
NON
NON

16/ Question 2 bis: est-ce si grave que l'épidémie de Delta circule à l'automne à R=2 si la vaccination protège bien de l'entrée en réa? OUI. Et Drosten a tort, la dessus.

x0,3 par la vaccination
x2,5 par l'infectiosité
=0,75

Ca nous fait 75% de la vague de l'automne dernier.

17/ Question 2 ter: mais ce sera la faute aux anti-vax; n'est-ce pas bien fait pour leur gueule? NON

Vous souhaitez vraiment voir les tensions sociales s'exacerber avec les vaccinés qui veulent revivre et les anti-vax (dont beaucoup d'extrême-droite) qui descendent dans la rue?

18/ Question 3: l'exécutif peut-il finir par accepter, après un an de consensus scientifique, d'investir dans la ventilation des lieux publics pour gagner le facteur 2 qui manquera en complément de la vaccination, pour passer en dessous de R=1 et prévenir le mutant d'après?

19/ L'obscurantisme du cabinet Véran, qui est sur les positions de Pittet (un déni TOTAL de la transmission aéroportée), et les positions démagogiques de Macron donnant la science en pâture à la frange barbarisée de son électorat laisse peu d'espoir…

20/ Mais si j'écris ce thread, c'est bien que je crois encore un peu au pouvoir des idées et donc à la possibilité que la pression puisse conduire (comme pour la sociabilité en extérieur, plutôt que l'inepte covfefeu) Epidémiolok 1er à finir par comprendre…

J'en serais heureux