¿Cómo se sabe qué variantes de #SARSCoV2 circulan en el país? ¿Cómo y por qué se hace vigilancia genómica de variantes de este virus? En este #hilo resumimos la labor del Grupo de Trabajo Interinstitucional integrado por @IPMontevideo @Udelaruy y @MSPUruguay y su utilidad: 
Recordemos: desde su caracterización inicial, #SARSCoV2, cómo parte de su evolución, sufrió mutaciones naturales. Estas mutaciones generan las variantes, algunas con potencial impacto o riesgo para la salud (llamadas variante de preocupación). Sobre ellas se hace vigilancia.
La vigilancia busca identificar qué variantes del virus circulan en Uruguay. Para eso, en las muestras positivas se analiza el genoma del virus presente para saber qué variante infectó a esa persona. Eso se hace mediante un tipo de PCR y posterior “secuenciación genómica”
La secuenciación genómica es un método de laboratorio que nos permite “leer” el genoma de un organismo. Se realiza mediante un dispositivo y el procesamiento puede insumir algunos días, tiempo que puede variar según la calidad y cantidad de muestra, por ejemplo
La secuenciación genómica puede ser útil para entender causas y origen de enfermedades, hacer diagnóstico o, como en el caso del #SARSCoV2 u otros organismos, identificar una nueva variante al comparar la información genómica obtenida con otras información ya existente
La identificación de una nueva variante se hace comparando la info genómica obtenida con la info ya registrada en bases de datos mundiales como @GISAID. Allí se almacenan secuencias genómicas de virus ya identificados. Hay +1,2 millones de secuencias de #SARSCoV2 de 172 países
Si la secuencia genómica del virus hallado coincide, por ejemplo, con la registrada para la variante delta, el virus que enfermó a la persona será de esa variante. Si la secuencia hallada no coincide con otra contenida en esa base de datos se considera una nueva variante.
En 🇺🇾, el Grupo de Trabajo @IPMontevideo @Udelaruy @MSPUruguay hace vigilancia al recibir muestras positivas enviadas al instituto por prestadores de salud del país. Al momento, @MSPUruguay instrumenta la logística para que las muestras de los viajeros con PCR+ lleguen al GTI
Una vez recibidas por el GTI, las muestras se preparan y se someten a un tipo de PCR desarrollado por investigadores de @Udelaruy @ipmontevideo para identificar aquellas cuyo agente viral pueda ser una variante de preocupación (Delta, entre ellas). Esto lleva aprox. 1 día.
Solo sobre las muestras que el PCR sugiera que sea una variante de preocupación de #SARSCoV2 (delta, P1 u otras) se hace la secuenciación genómica. Esta etapa requiere una nueva preparación de la muestra y, según varios factores técnicos, puede llevar varios días.
En base a este análisis genómico, el Grupo de Trabajo informará de inmediato al @MSPUruguay la aparición de Delta u otra variante de interés (como ya hizo con P1) y periódicamente envía un informe cuya información servirá para delinear las medidas sanitarias correspondientes.
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